Сеть укрепленных замков, поселений и городов обрела особо важное значение, когда в XV в. начались турецкие набеги. Это были быстрые грабительские атаки вспомогательных частей с территорий, расположенных на другой стороне реки Колпы, через Крайну, Каринтию, Штирию обратно в Хорватию. Обычно турецкие отряды состояли из представителей порабощенных османами славянских народов Балканского полуострова. Нападения продолжались с начала XV в. до середины XVI в., приносили большой материальный ущерб и человеческие жертвы. Турки никогда не захватывали словенской территории, не находились на ней постоянно, только несколько деревень в Прекмурье должны были платить им дань. Целью Османской империи был подрыв экономики в окрестностях Венеции и во владениях Габсбургов. Турецкие набеги прервали выгодную торговлю между Паннонской низменностью и Апеннинским полуостровом, затормозили поступательное культурное и экономическое развитие словенских земель. Их последствием стало сокращение численности населения в приграничной полосе, которую в начале XVI в. в значительной мере заселили ускоки – бежавшие с Балкан славяне. Хотя большая их часть достаточно ословенилась, в местах, населенных в прошлом ускоками (Бела Крайна), и сейчас встречаются характерные фамилии, особые национальные костюмы и народные песни.
Оборонительные нужды и хозяйственные перемены, особенно усиление роли денежного обращения, вызвали рост экономического давления на зависимых крестьян. В связи с этим участились крестьянские восстания, которые и до этого были проявлением крайнего недовольства зависимых крестьян. Крупнейшими крестьянскими восстаниями стали бунт в Каринтии в 1478 г., общесловенские восстания 1515 и 1635 гг., хорватско-словенское восстание 1573 г. Отдельные крестьянские бунты происходили даже в XIX в. Целью крестьянского движения был «старый закон» (словен. «stara pravda»), т. е. сохранение землевладельцами в неизменном виде традиционных по форме и размеру крестьянских повинностей. Участники восстаний нападали, как правило, на замки, а также на некоторые монастыри, грабили и убивали застигнутых там людей. Восставшие часто пользовались не только симпатиями, но и даже поддержкой горожан. Так, город Шент-Вид-на-Корошкем за поддержку бунтарей был лишен статуса главного города земли, и в начале XVI в. центром Каринтии стал Клагенфурт.
Слова песни восставших словенских крестьян, упомянутые в одной из листовок, напечатанных в Вене на немецком языке в 1515 г., стали первыми словами на словенском языке, появившимися в печатном тексте.
Крестьянские восстания и турецкие набеги вызвали большие социально-экономические последствия. Порожденное ими чувство безнадежности человеческого существования в недостойных условиях дополнил ряд произошедших в этот период естественных катастроф: нашествия саранчи, эпидемии различных болезней, разрушительное землетрясение 1511 г., следы которого по сей день сохранились в Зильской долине. Стремление найти причину сложившейся безнадежной ситуации способствовало росту у людей интереса к моральной, этической и религиозной проблематике. Критика церковной конъюнктуры, постоянно присутствовавшая в католической среде и уже выражавшаяся не только в бурных теологических дискуссиях, но и в многочисленных реформах монашеских орденов, возникновении новых течений, создала плодородную почву для распространения идей новой протестантской церкви, которая в словенских землях получила идейную поддержку из близлежащего романского пространства, а организационные формы позаимствовала прежде всего у городов Германии.
Гуманизм в Словении не имел особых условий для расцвета. Несмотря на это, можно проследить зарождение начал гуманистической деятельности вокруг первых предстоятелей созданного в 1461 г. люблянского епископства (Ж.Ламберг, К.Равбар) и при дворе графов Цельских – трое последних правителей из этого рода вели себя как настоящие ренессансные князья. Благодаря близости Венеции и итальянских университетских городов, ранние гуманисты появляются прежде всего в Копере, Пиране и Триесте (епископ П.Бономо). Самый значительный круг гуманистов, выходцев из словенской этнической территории, сформировался в Вене вокруг императора Максимилиана I. Среди них наиболее известен реформатор музыкальной жизни, венский епископ, люблянец по происхождению Юрий Слатконя. К венскому кругу гуманистов принадлежал также випавский барон Жига (Сигизмунд) Герберштейн, который в качестве посланника императора дважды побывал с посольством в Москве и в своей книге «Записки о Московии» (1549) открыл Европе Россию.
Среди деятелей искусства, рожденных на словенской территории, в XVI в. международную известность приобрел композитор Якобус Галлус, родившийся где-то в Крайне в 1550 г. и умерший в Праге в 1591 г. Хотя большую часть жизни он прожил в немецких и чешских землях, в его музыкальных произведениях для хора прослеживаются словенские мелодии. Как большинство гуманистов, он остался приверженцем католицизма.
Основным направлением Реформации в словенских землях было лютеранство, в меньшей степени ощущалось влияние цвинглианства, кальвинизма и баптизма. Протестантизм привлек в свои ряды аристократию и горожан, в меньшей степени крестьянство, дольше всего удерживая позиции в Прекмурье и некоторых деревнях западной Каринтии, где существовал тайно. Поскольку по принципу Аугсбургского религиозного мира 1555 г. «cuius regio illius religio» решение о религии подданных принимали землевладельцы, в габсбургских землях Габсбурги, верные католической церкви, в целом протестантизм в словенских землях не сохранился.
Главной заслугой словенских протестантов стал перевод богослужебных книг на родной язык. Переводы П.Трубара, Ю. Далматина, С.Креля и грамматика А.Бохорича упрочили письменную традицию, на протяжении нескольких столетий служили образцами словенского книжного языка.
Контрреформация восстановила прежнее общественное и религиозное положение католической церкви повсюду, кроме Прекмурья. Контрреформационные комиссии действовали по указу земельного князя, зачастую прибегая к насильственным методам. В 1599 г. со словенских земель были изгнаны горожане и крестьяне, не желавшие вновь обратиться в католическую веру, в 1628 г. – протестанты-дворяне, которых было немного. Уничтожены были и другие видимые следы Реформации – молельни, могилы, книги.
Власти провели насильственную рекатолизацию. Этот процесс сопровождался и более долговременными нововведениями. Для повышения интеллектуального потенциала католическая церковь учредила в словенских землях Орден иезуитов. Члены Общества Иисуса поселились в Любляне (1597), Клагенфурте (1605), Гориции (1615), Триесте (1619), Мариборе (1757). С деятельностью иезуитов было связано возникновение гимназий и лицеев, распространение высшего философского и теологического образования. Ни одно из этих учебных заведений, обычно называемых коллегиями, где помимо школы был также интернат, не сравнимо по значению и авторитету с Коллегией в Граце. Она была создана в 1586 г. и сразу же преобразована в университет. Подобную привилегию имела и иезуитская школа в Любляне, но не воспользовалась ею.
В словенских городах иезуитские учебные учреждения, где помимо профессоров было также несколько сотен студентов, стали важными интеллектуальными и культурными центрами. Во время публичных драматических представлений учащиеся помимо латыни использовали и живые языки. Иезуитский театр был весьма популярен до 1720 г., пока на словенских территориях не начали гастролировать странствующие итальянские и немецкие театральные труппы.
В 1773 г. папа Климент XIV распустил Орден иезуитов. Его член, люблянец Г. Грубер (1740–1805), отличный специалист в области гидротехники, вместе со своими духовными собратьями удалился в Санкт-Петербург. Там он пребывал до смерти, добившись влиятельного положения при дворе царя Павла I. Остатки библиотеки люблянского иезуитского коллегия, – монастырь в 1774 г. в значительной мере был уничтожен огнем, – приняла позднейшая лицейская библиотека, впоследствии ставшая основой Национальной университетской библиотеки Словении.
Если развитием среднего и высшего образования занимались иезуиты, то забота о нуждах простых людей была делом Ордена капуцинов, в начале XVI в. отделившегося от францисканцев. Монастыри капуцинов были построены почти во всех словенских городах, как правило, вне городских стен. Это было символическим выражением заботы не только о простых горожанах, но и о жителях окрестностей, которые симпатизировали проповедникам и организаторам пассионских процессий. Одним из сохранившихся примеров подобного действа является «Шкофьелокский пассион» – старейшее драматическое произведение на словенском языке. Капуцины также внесли большой вклад в стандартизацию словенского разговорного языка.