В XIII в. к обвинению в ритуальных убийствах прибавились еще обвинения в осквернении гостии. Будто бы евреи из ненависти к Христу тайно приникают в церкви, прокалывают гостии, воплощенное тело Христово. При этом Христова кровь в гостии превращается в ангелов или голубей, которые причитают голосом Христа: «Почему вы меня мучаете?» Поводом для таких обвинений было то, что в старых гостиях обнаруживались какие-то пятна красноватого цвета. Позднее было доказано, что они возникают естественным путем, ввиду развития колоний определенного вида грибков красноватого цвета. Тем не менее такие обвинения также имели самые тяжелые последствия для многих общин, особенно в Баварии и Богемии. Буйствующие толпы во главе с рыцарем Риндфлейшем бесчинствовали, грабили и убивали во многих иудейских общинах. Дело приняло такой оборот, что даже папа Бенедикт II и австрийский герцог полагали, что обвинения в осквернении гостии являются лишь предлогом для грабежей и разбоев.
Все это происходило в период становления всевластия римских пап, стремящихся к укреплению единства католического мира, которому угрожали появляющиеся ереси. При папе Иннокентии III в начале XIII в. был организован Крестовый поход против еретиков-альбигойцев на последнем островке еврейско-арабского просвещения — Провансе. Альбигойцы придерживались традиций первых христиан и враждебно относились к католичеству и римскому папе. Ворвавшись в Прованс в 1209 г., крестоносцы руководствовались призывом монаха Арнольда: «Убивайте всех, а там на небе Господь сам отличит своих от чужих». Наряду с альбигойцами было убито много евреев, которых считали виновниками возникновения ереси.
Созванный по инициативе Иннокентия III церковный собор принял суровые постановления против еретиков и иудеев. Однако присутствие последних надо было терпеть ввиду того, что в Послании апостола Павла к римлянам было сказано, что в конце концов «Израиль, спасется», то есть примет веру в Христа. Поэтому на иудеев было предложено наложить строгие ограничения с тем, чтобы они скорее раскаялись в своих «заблуждениях». Согласно решениям собора, христианским правителям предписывалось не принимать евреев на государственные и общественные должности, не позволять им выходить на улицу в дни Страстной недели накануне праздника католической Пасхи, и, самое главное, иудеи должны носить на платье или на головном уборе особый позорный знак. Обычно для мужчин это был кружок (кольцо) из желтой или голубой материи и особой формы колпак, а для женщин — две голубые полосы на платке. Некоторые местные власти добавляли и свои новации, например в некоторых немецких городах от евреев-мужчин требовалось носить длинные бороды, а в других, наоборот, стричь их через каждые четыре недели. Присягу требовалось приносить, стоя на свиной коже, то есть коже запрещенного для евреев животного, и сам ее текст был полон проклятий и унижений.
Но самым страшным бедствием для иудейских общин, как, впрочем, и для всего населения средневековой Европы, стала эпидемия чумы, разразившаяся в 1348-1349 гг. «Черная смерть» косила людей миллионами, вымирали целые города. Считается, что в это время население Европы сократилось на треть. Люди обезумели от обрушившегося на них бедствия, не понимая его причин. В это время был пущен зловещий слух, будто эпидемия случилась из-за того, что евреи отравили колодцы, чтобы истребить христиан. Одной из причин этого навета было то, что более умеренный, замкнутый образ жизни, лучшая забота о больных, соблюдение завета регулярных омовений снизили смертность иудеев по сравнению с окружающим населением, хотя и у них она была достаточно велика. Первое время действовала булла папы Климента VI, запрещавшая убивать евреев на основании непроверенных слухов. Однако затем население Европы охватил массовый психоз, особенно после того, как, не выдержав жестоких пыток в Швейцарии, один иудей «сознался», что составил яд, которым они отравляли колодцы. С этого момента эпидемия погромов захватила Испанию, Францию, Германию, где уцелела только община в Регенсбурге. Имущество убитых иудеев делилось между феодальными владетелями и городскими магистратами. Примерно в эту эпоху происходил процесс полного изгнания иудеев из стран Европы: из Англии — в 1290 г., из Франции — в 1394, наконец, из Испании — в 1492.
Иудеи в Италии и в православной ВизантииСледует отметить, что иным было положение иудеев в других средневековых христианских государствах — католической Италии и православной Византии. Как ни странно, в стране, являвшейся центром католичества, положение иудеев было гораздо более благоприятным, чем в остальной Европе. Италия в основном избежала еврейских погромов и массовых изгнаний, хотя и здесь известны случаи предъявления евреям нелепых обвинений. В некоторых местах, например в Сицилии, иудеи даже пользовались полным равноправием. Возможно, это объясняется сохранением остатков древней культуры в Италии. Особенно примечательны многочисленные примеры заступничества римских пап, в частности папы Александра III (1151-1181), настоявшего на принятии одним из церковных соборов постановления, запрещавшего принудительное крещение иудеев, беспричинное их преследование и препятствование им в исполнении своей веры. Все это привело к расцвету иудейской науки в Италии, причем иудейские авторы писали свои труды на итальянском языке. Кроме того, итальянские талмудические ученые, подобно своим собратьям в мусульманской Испании, интересовались светскими науками, медициной, филологией. Особо заметное место в еврейской литературе занял поэт Иммануил Римский (1261-1336), именуемый «средневековым Гейне» и друживший с великим итальянским поэтом Данте. Его перу принадлежит комментарий к книгам Пятикнижия, Притчам Соломоновым и другим книгам Танаха. Но особую славу принесли ему «Махбарот» — 28 сборников стихотворений на еврейском языке. Темой последнего сборника является путешествие по аду и раю — сюжет, подобный сюжету поэмы Данте. Следует отметить, что, в то время как Данте отказывает в доступе в рай нехристианам, Иммануил уделяет место в раю всем, кто верил в единого Бога или даже в единую первопричину всего сущего. Нельзя не упомянуть также Иуду Мессера де Леона (14401490), врача и раввина в Мантуе, утверждавшего, что в Танахе действуют те же законы красноречия, что и в античной литературе. Ему принадлежит сочинение по риторике, аналогичное сочинениям Цицерона и Квинтилиана.
Но, конечно, самое большое значение для судеб иудаизма имеет возникновение в Италии центра еврейского книгопечатания. Это случилось практически сразу же после открытия Гутенбергом типографии в 1450 г. Уже в 1475 г. врач Авраам Конат открыл в городе Мантуе типографию и буквально в течение нескольких лет возникают типографии в Ферраре, Болонье, Неаполе. Однако особенно прославилась типография, основанная выходцами из Германии братьями Самуилом и Симоном в итальянском городе Сончино (около Кремоны). Позднее Сончино стало личным именем издателей, организовавших свои типографии в Османской империи — в Салониках (1527 г.) и Стамбуле (1530 г.). Можно сказать, что типографии Сончино были основным источником просвещения иудейских общин позднего Средневековья и начала Нового времени. Их издания считаются очень редкими и ценными. Затем дело еврейского книгопечатания было подхвачено в Италии христианами. Издателю Бромбергу принадлежит честь за три года напечатать в Венеции полный текст нецензурированного Вавилонского Талмуда (1520-1524 гг.), и в течение 30 лет Бромберг напечатал четыре издания Талмуда.
Постепенно положение итальянских иудейских общин в XVI в. меняется к худшему. В Европе началась эпоха Реформации, что вызвало острую католическую реакцию. Кроме того, в раздробленную на отдельные государства Италию последовали вторжения Испании, из которой иудеи были уже изгнаны. Дело дошло до указа папы Юлия III в 1553 г. и его преемника Павла IV о сожжении всех экземпляров Талмуда и вообще еврейских книг как оскорбительных для христианства. Правда, впоследствии в 1564 г. Талмуд был разрешен к печати, но с купюрами, искажавшими порой текст.
Что касается Византии, прекратившей свое существование в 1453 г., то положение там иудейских общин на протяжении почти тысячелетней истории представляет особый интерес, поскольку это государство принадлежало к Восточной православной церкви. Как свидетельствуют источники, основным разговорным языком местных иудеев оставался греческий. Судя по всему, несмотря на неоднократные попытки некоторых византийских императоров христианизировать иудеев и на регулярные антииудейские проповеди богословов, ничего похожего на массовые убийства и изгнания евреев в Византии не было. Иудеев не допускали к службе в армии, как и к другой государственной службе, но не было никаких ограничений на род занятий и места проживания. Поэтому конфликты могли возникать только на почве торговой и профессиональной конкуренции. Не наблюдалось ничего похожего на ложные наветы. По свидетельству епископа секты несториан в г. Нисибине Илии (прим. в 1000 г.), иудеям жилось в Византии лучше, чем христианским еретикам-несторианам: «Ромеи (византийцы) дают жить иудеям в своих владениях, покровительствуют им, позволяют им публичное богослужение и постройку синагог. Еврей в этом государстве может открыто объявить: "Я иудей". Он исповедывает свою религию открыто, публично молится и за это не привлекается к ответственности, ему не мешают исполнять свои религиозные обряды и вообще не причиняют никаких затруднений». Конечно, антииудейские проповеди церковных иерархов иногда оказывали свое действие, но сильная централизованная власть в империи не допускала произвола или беспорядков. Но, разумеется, для иудеев, как и для еретиков, периодически могли вводиться обидные ограничения, что способствовало переселению ряда иудейских византийских общин на окраины Византийской империи, в частности в Крым и другие области Северного Причерноморья, а затем и в Хазарское царство.