Леса на Родосе хватало лишь на текущий ремонт, но не на постройку новых кораблей. Большинство галер ордена были построены в Генуе или Марселе. Кроме того, на Родос отправляли дополнительные материалы. В конце XV века, например, магистр приказал командору Савоны в Италии отправить на Родос две галеры с полным экипажем, а с ними 400 отрезов ткани, 200 для галерных парусов и 200 для парусов торговых судов, 300 весел, а также канаты и тросы для двух галер. Обычно на Эгейском море на зимний период галеру вытаскивали на берег. На Родосе поступали так же. Некоторые галеры на зиму пришвартовывали в Главной бухте, а не в соседней бухте Мандраччио, как это часто думают.
Адмирал ордена отвечал за состояние всех галер и других кораблей, предназначенных для войны. Он также мог нанимать дополнительные галеры. Но сам адмирал и экипажи кораблей подчинялись маршалу. Высадившись на берег, рыцари поступали под начало назначенного командора. Адмиралом орденского флота по традиции назначался бальи итальянского языка. Учитывая, однако, что рыцари обычно достигали этого важного поста в преклонном возрасте, когда от адмирала уже трудно было ожидать личного участия в военных действиях, была создана новая должность — главного капитана галерного флота. На нее обычно назначался рыцарь с солидными познаниями в навигации. Уже к середине XVI века капитаны мальтийских галер по праву считались самыми искусными моряками своего времени.
Мало известно о том, как были вооружены галеры госпитальеров. Можно предположить, что они несли стандартное для того времени вооружение. Например, венецианские галеры XIV века имели абордажную команду из 30–50 человек, вооруженных мечами, а также 10–20 человек арбалетчиков. Генуэзский морской устав 1330 года, по-видимому, во многом походивший на устав госпитальеров, предписывал, чтобы на галере экипажем в 176 человек, включая младших офицеров, было 12 арбалетчиков, в том числе четверо мастеров, вооруженных двумя арбалетами. Кроме того, галера комплектовалась 160 кирасами, 160 горжетами, 170 шлемами, 12 дополнительными арбалетами, 5000 арбалетными болтами, а также копьями, дротиками и алебардами. Капитан корабля и корабельный писец должны были иметь более тяжелые доспехи, тогда как боцман — более легкие. К 1483 году на галерах появились пушки. Так как центр атаки и обороны галеры находился на баке, почти вся команда корабля концентрировалась там.
Служба на кораблях была обязательной для госпитальеров. Экипажи галер были очень пестрые. Здесь были матросы, гребцы и солдаты из различных районов Европы и Азии: русские, итальянцы, греки, испанцы и многие другие. Тактика предусматривала высадку на берег и перехват торговых кораблей. Широко применялись небольшие галиоты с 12–22 скамьями для гребцов. Хорошее знание местных особенностей повышало эффективность флота госпитальеров. Обычно галеры действовали парами. Пока экипаж одной галеры выполнял задачи на берегу, вторая галера прикрывала первую с моря. При встрече с противником госпитальеры шли на абордаж, используя такое приспособление, как клюв, обычное для средиземноморских галер.
Береговые операции проводились крупными силами. В «Тиран-ло-Блан» дается живое описание флотилии галер, плотным строем приближающихся к берегу так, чтобы все корабли его достигли одновременно. У берега галеры разворачивались, так как высадка десанта проходила с кормы. Турецкий автор так описывал десант госпитальеров в Измире: «Тридцать галер подошли к Измиру. Бесчисленные франки были закованы в железо с ног до головы».
Бой между флотами в открытом море был редкостью. Но если случался, то боевые галеры выдвигались вперед, формируя линию, в то время как транспортные галеры и малые корабли оставались в резерве. Различия в размерах, числе и тактики христианских и мусульманских флотов также описаны в «Тиран-ло-Блан». Над палубой растягивались сетки, которые предохраняли палубу от метательных снарядов, а также затрудняли абордаж. Шкафут и бак обвешивались матами, которые смягчали удары ядер. Доспехи снимали с раненых и передавали их тем, кто сохранил боеспособность. После боя трупы и раненых противников сбрасывали за борт. Размеры галер легко представить по словам турецкого автора: «Их марсели, как крепости. На их кораблях солдат без счета». При этом, говоря об «их кораблях», турок употребляет слово «cog», очевидно имея в виду нечто другое, чем небольшой корабль, характерный для Северной Европы. Возможно, турок имел в виду транспортные карраки, которые госпитальеры использовали вместе с галерами для переброски десанта. Самый большой каррак госпитальеров был спущен на воду в Ницце в год, когда орден покинул Родос.
Судно госпитальеров «Санта-Анна» вышло в море в 1524 году, став самым мощным боевым кораблем на Средиземном море. Корабль имел четыре мачты, его водоизмещение составляло 3000 тонн. Впервые в Европе корабль получил обшитый металлом киль. Вооружение из 50 больших и многочисленных малых пушек располагалось на двух орудийных палубах. Корабль нес вооружение для 500 солдат и 100 рыцарей. Запасов провианта хватало для полугодичного пребывания в море. Корабль был оснащен пекарней и несколькими кухонными печами. На борту находился небольшой сад из кипарисов и мандаринов, предназначенный для отдыха магистра и его окружения.
Военный успех рыцарей-госпитальеров основывался на постоянном контролировании морских вод от Туниса до Калабрии, причем главной целью госпитальеров было не потопление вражеских кораблей, а захват добычи, выкупы и рабы.
Ко времени прибытия на Мальту боевая мощь орденского флота госпитальеров состояла из четырех кораблей: большой баракки (тип парусно-гребного судна, распространенный в Южной Италии) «Санта-Анна» и трех галер — «Сан-Джованни», «Аквила» и «Санта-Мария Витториозо». Остальные корабли, на которых прибыли рыцари и их имущество, были простыми транспортами и не годились для ведения боевых действий. «Санта-Анна» считалась одним из самых больших кораблей своего времени, но она была тихоходна и слабоманевренна. В 1548 году, когда содержать ее стало слишком дорого, она была взорвана. 23 октября 1553 года на Мальту обрушился невиданной силы ураган, в результате которого на дне моря оказались почти все галеры ордена вместе со своими экипажами.
Финансовые затруднения ордена после конфискации в 1534 году его владений в Англии Генрихом VIII исключали возможность приобретения и оснащения новых военных кораблей. В результате к 1558 году орден располагал всего лишь четырьмя боеспособными галерами и одним галеотом. Эти суда три раза в год выходили в крейсерское плавание по открытому морю. В эти же годы вход в Большую мальтийскую гавань от форта Рикасолли до форта Сент-Эльмо был закрыт железной цепью.
Борьба рыцарей госпитальеров во главе с генералом орденских галер приором Пизанским Ботиджелой с пиратами принесла рыцарскому флоту европейскую славу.
Тогда уже в Уставе ордена появилось правило, что мальтийским рыцарем (так называли госпитальеров, после того как они переехали на остров Мальту) мог стать воин, участвовавший не менее трех лет в морских походах ордена.
В 1535 году флот госпитальеров совместно с испанскими кораблями совершил один из первых рейдов на алжирских пиратов Хайруддина Барбароссы. Начав поход из Сардинии и города Порто-Фарино, испанцы и рыцари-госпитальеры осадили и взяли турецкую крепость Гулетту — арсенал Барбароссы, освободив около 10 тыс. христианских пленников и захватив 300 пушек и 87 галер. Штурмом был взят и разграблен город Тунис, в котором рыцари не остались, а вернулись домой. В 1541 году бальи Георг Шиллинг возглавил четыре галеры ордена в экспедиции к берегам Алжира. В 1560 году пять галер ордена участвовали в новой неудачной попытке вернуть Триполи. Через три года галеры ордена вновь сражались рядом с испанским флотом. Перечисление боевых операций госпитальеров заняло бы много места, поскольку на протяжении XVI века рыцари неизменно участвовали во всех морских сражениях между Османской империей Сулеймана Великолепного и габсбургской Испанией Карла V и Филиппа II.
Но не всегда рейды госпитальеров заканчивались удачно, фортуна иногда изменяла им. Самая крупная неудача постигла госпитальеров в 1570 году, когда орден направил эскадру из четырех галер под командованием Жана Франсуа де Сент Клемента, годом ранее избранного главным капитаном орденских галер, на помощь венецианцам, защищавшим порт Фамагуста (Кипр), осажденный турками. 26 июня эскадра покинула Большую гавань и направилась в Палермо, который был назначен пунктом сбора. К несчастью, по дороге скончался капитан одной из галер — Сальваторе ля Батте. Сент Клемент, невзирая на протесты других капитанов, решил вернуться на Мальту, чтобы доложить о случившемся великому магистру дель Монте. Впоследствии, однако, выяснилось, что Сент Клемент взял в Сицилии на борт своей галеры груз продовольствия и вина для арагонского языка, в котором занимал пост консерваторе (интенданта). К тому же капитаны галер обвинили Сент Клемента в стремлении уклониться от боя со встреченными по дороге двадцатью галеотами знаменитого пирата Уджд Али, преемника Барбароссы и Драгута.
