Во время своего изгнания Кальвин пытался наладить отношения с немецкими протестантами, чтобы объединить швейцарскую и немецкую церкви. Однако он разошелся во мнениях с Лютером по некоторым религиозным вопросам и поэтому не смог добиться желаемого единства протестантов.
Несмотря на успешную деятельность в Страсбурге, Кальвина не удовлетворял этот маленький город, где невозможно было добиться заметных результатов своей деятельности. Он мечтал вернуться в Женеву и стать главой целой республики. В 1538 году Кальвин написал своим приверженцам в Женеву, призывая их не падать духом и терпеливо ожидать лучших времен, которые наступят, когда он вернется.
Сторонников Кальвина в Женеве оказалось не так уж мало. После его отъезда в городе начались выступления против новых проповедников, потворствующих распущенности и безнравственности. Никто из новых женевских церковнослужителей не обладал организаторскими талантами Кальвина и потому не мог навести порядка в городе.
Постепенно женевцы поняли, что с отъездом Кальвина лишились определенности и строгой организованности. В сравнении с существующей анархией учение Кальвина стало казаться горожанам более привлекательным, чем раньше. Одновременно в Женеве вновь активизировались сторонники католичества. Власти города были бессильны дать отпор католикам, которые желали прибрать Женеву к своим рукам. Жан Кальвин выступил с посланием, где дал достойный отпор католикам, и это еще больше возвысило его в глазах женевцев. В конечном итоге популярность Кальвина в Женеве настолько возросла, что городской совет разрешил ему вернуться в город.
Кальвин, несомненно, был польщен, но не собирался возвращаться в Женеву, пока не получит подтверждения того, что все горожане согласны подчиняться ему и выполнять все его требования. Кальвин желал вернуться в Женеву не помилованным преступником, а повелителем. Поэтому он раз за разом ждал все больших изъявлений преданности от членов городского совета, посылаемых к нему из Женевы с просьбами. И только тогда, когда горожане униженно попросили реформатора вернуться на его условиях, Кальвин милостиво уступил их просьбам и приехал в Женеву.
Возвращение Кальвина было обставлено с необыкновенной торжественностью. Городские власти выделили ему дом с садом и обязались пожизненно выплачивать 500 флоринов в год. Кальвин, как и мечтал, вернулся в Женеву с триумфом. За годы, проведенные в Страсбурге, характер Кальвина совершенно не изменился. Он остался прежним, разве что стал еще тверже и непреклоннее.
Кальвинистская церковь была устроена не так, как католическая или лютеранская, которые предоставляли определенную свободу своим сторонникам. При установлении власти Кальвина в Женеве за жизнью общины верующих стали строго следить пресвитеры — старейшины, выбираемые из числа общинников, и пасторы, также избираемые народом. Все представители кальвинистской церкви обладали правом вмешиваться во внутреннюю жизнь каждого человека, входить в дома граждан в любое время, чтобы проследить за тем, как выполняются предписания Кальвина.
В Женеве Кальвин организовал консисторию, состоящую из протестантских священников — пасторов, которая вскоре стала высшим органом власти. Город оказался в полном распоряжении Кальвина. Каждый, кто нарушал установленные им правила, строго наказывался. Кальвин не допускал ни малейшего сомнения в истинности своего учения, а его жестокость по отношению к инакомыслящим наводила страх на женевцев.
Кальвин разработал особые правила поведения для жителей Женевы. Чтобы горожане не забывали о Боге, консистория ввела запреты на все, что может украшать и разнообразить человеческую жизнь, даже если при этом не нарушались библейские заповеди. Были запрещены театры, музыка, танцы, народные праздники, любые драгоценности и украшения, женские прически с локонами, кружевные воротники и чепчики, катание на коньках и все игры. Запрет налагался на все виды искусства как на излишества, не нужные примерному христианину. Каждый горожанин должен был пять раз в неделю посещать церковь, за уклонение от этой обязанности следовало наказание. На крещении, свадьбе и других семейных праздниках предписывалось подавать только строго определенное количество блюд и ни в коем случае не больше; даже на больших торжествах нельзя было есть ничего сладкого, паштетов, мяса дичи и домашней птицы.
Вино женевцы должны были пить только местного изготовления, а гостей приглашать не более двадцати человек. Не разрешалось дарить подарки на свадьбу; имена детям теперь следовало давать только те, которые упоминались в Библии. Кальвином было отменено празднование Рождества и Пасхи, а шпионы консистории следили за тем, чтобы этот запрет выполнялся.
Кальвин запретил издавать любые книги без предварительного разрешения консистории, писать письма в другие государства.
Хозяевам гостиниц не разрешалось впускать на ночлег жителей Женевы, а за приезжими предписывалось следить. В гостиницах постояльцам можно было подавать еду только после того, как они прочитают молитву.
Самым страшным преступлением в Женеве считалось не убийство, а любая критика, малейшее сомнение в правильности учения Кальвина.
Всем горожанам официально объявили, что обсуждать общественные дела можно только в городском совете и нигде больше.
Кальвин сумел подчинить себе свободолюбивый город всего за несколько лет. Ему удалось это сделать при помощи жесточайшего террора, постоянной слежки за горожанами. Во многом Кальвину помог простой человеческий страх — люди, вынужденные жить по указке, постоянно чувствовали себя виноватыми и боялись, что нарушения правил будут обнаружены. За самые незначительные проступки следовало жестокое наказание.
За всю свою историю Женева не видела столько казней, сколько их было при Кальвине. Он создал широкую сеть шпионов и доносчиков, которые должны были докладывать ему обо всех нарушениях церковных постановлений. Многие спешили донести на ближнего из страха, что он первым отнесет донос в консисторию. Свобода совести, к которой стремился Лютер, кальвинистами не допускалась. Церковь строго регламентировала каждый шаг верующих.
Женева из шумного и яркого города превратилась в угрюмый и серый. Жители города находились под постоянным контролем консистории. Кальвинизм, предписывающий заниматься только накоплением богатств, нанес большой урон культуре Швейцарии, в которой на протяжении многих столетий после Реформации не было создано ни одного выдающегося произведения искусства.
Франция в начале XVI века, в отличие от многих европейских стран, была уже централизованным государством, во главе которого стоял король, обладавший большой политической и военной силой. Благодаря вмешательству короля папе пришлось предоставить французской церкви определенную Свободу. Налоги, собираемые церковью, теперь не отправлялись в Рим, а оставались внутри страны. Поэтому во Франции сторонников протестантства оказалось намного меньше, чем в Швейцарии или Германии.
Французский король в 1516 году заключил с Папой Римским Болонский конкордат, согласно которому король имел право назначать кандидатов на высшие церковные должности по собственному усмотрению. Таким образом власть над церковью перешла в руки короля.
В 20-х годах XVI века во Францию из Германии проникло протестантское учение. Оно не нашло здесь широкой поддержки населения и стало распространяться по большей части в крупных городах среди ремесленников и городской бедноты. Король смотрел сквозь пальцы на существование во Франции нового религиозного направления, пока протестанты не начали открыто выступать против католицизма.
После того как один из приверженцев Лютера, Маркур, в 1534 году расклеил по Парижу листовки, в которых указывал на недостатки католической религии, протестанты во Франции стали подвергаться преследованиям, несколько десятков человек были сожжены на костре, а остальные протестанты предпочли покинуть Францию.
Через несколько лет деятельность протестантов во Франции возобновилась. Большой интерес у французов вызвали идеи женевского реформатора Кальвина, который уделял большое внимание распространению своего учения за пределами Женевы. Кальвинисты стали посылать во Францию своих проповедников и даже создали несколько подпольных типографий, занимавшихся распространением агитационных материалов. Вскоре количество французских протестантов заметно увеличилось.
Кальвинизм во Франции стал идеологической основой для борьбы дворянства с королем. Дворяне были недовольны усилением власти короля и становились сторонниками нового религиозного направления, потому что оно не признавало божественного происхождения королевской власти. Большинство кальвинистов обитало на юге Франции, где всегда были сильны стремления к отделению от центра.