Как только в Испанию начали проникать лютеранские идеи, император Карл V в 1520 году издал несколько указов, предписывающих казнить всех сторонников лютеранства. Все, в той или иной мере способствовавшие распространению произведений, написанных протестантами, — продавцы, переписчики и читатели — подвергались преследованиям как еретики. Карл V приказывал сжигать, закапывать живьем в- землю или обезглавливать участников протестантских собраний и даже владельцев домов, в которых эти собрания проходили.
Преемник Карла V Филипп II преследовал протестантов с еще большей жестокостью. В этом ему активно содействовал глава испанской инквизиции Фернандо Вальдес, «достойный» продолжатель дела Торквемады.
Инквизиция объявляла вне закона всех, на кого пало малейшее подозрение в причастности к лютеранству. Вскоре испанские тюрьмы были переполнены, и заключенных, ожидавших суда, стали размещать в жилых домах и монастырях. Очень редко подозреваемым удавалось оправдаться; даже освобожденным из застенков инквизиции приходилось расставаться со своим имуществом в качестве наказания.
Осужденных на казнь сжигали на кострах, сам король одобрял это и присутствовал на некоторых торжественных казнях. Филипп II, отличавшийся крайним религиозным фанатизмом, говорил, что лучше совсем не править, чем править еретиками.
Религиозная нетерпимость короля привела к тому, что Испания потеряла свое самое богатое владение — Нидерланды, где Филипп II безжалостно расправлялся с протестантами. В Нидерландах, находившихся под властью испанских королей, Карл V организовал специальное отделение инквизиции. Это вызвало недовольство жителей Нидерландов, среди которых было очень много протестантов. Кроме того, Нидерланды были для Испании источником дохода, поэтому налоги в этой стране все время возрастали. Помимо религиозных притеснений, испанское правительство стремилось подчинить все отрасли хозяйства Нидерландов единой системе управления, созданной по испанскому образцу. В середине XVI века в северной стране начинает складываться революционная ситуация, вызванная жесткой политикой Испании. В 1534–1535 годах на севере Нидерландов распространилось радикальное протестантское движение — анабаптизм; в 1539–1540 годах в Генте произошло восстание против испанского владычества; по всей стране проходили стихийные выступления против налогового гнета. В середине XVI века в Нидерландах значительно увеличилось количество кальвинистов. В 1560-х годах на собраниях кальвинистов собиралось до нескольких тысяч человек. Испанская администрация пыталась разгонять эти собрания, но вскоре народ стал приходить на проповеди с оружием.
Многочисленные казни протестантов, проходившие в Нидерландах, возмущали население. Часто случалось, что осужденных на казнь освобождали соотечественники, нападая на охрану. Но не только простой народ сопротивлялся испанским захватчикам и их опоре — католической церкви. Аристократы Нидерландов также выступали за независимость страны. В Нидерландах с 1562 года стала открыто действовать Лига господ, объединявшая дворян-протестантов. Дворяне требовали смягчения политики Испании в отношении Нидерландов, свободы вероисповедания для кальвинистов, создания собственного правительства. Однако Филипп II не пошел на уступки и не принял во внимание экономические и религиозные требования протестантской знати.
В 1566 году в Нидерландах началось народное восстание. Участниками мятежа стали ремесленники и крестьяне. Они нападали на католические храмы и монастырские здания, выбрасывали оттуда иконы и статуи святых, забирали дорогую утварь и передавали городским властям для помощи неимущим. Восстание получило название иконоборческого. Иконоборцы действовали в большей части нидерландских провинций, более 5 тысяч церквей подверглись разграблению. Наместница испанского короля в Нидерландах Маргарита Пармская, увидев, что ее войска не в состоянии противостоять народному движению, решила сделать местным протестантам некоторые уступки: дворяне были освобождены от наказания за участие в сопротивлении, инквизиция в Нидерландах отменена, а протестантское богослужение разрешено в специально отведенных для этого местах.
Нидерландская аристократия согласилась прекратить военные действия и пойти на союз с Испанской администрацией из-за размаха народного восстания. Однако крестьяне и ремесленники не прекращали вооруженных выступлений. Дворяне Нидерландов вместе с испанцами приняли участие в подавлении восстания.
В 1567 году в Нидерланды из Испании был послан отряд под руководством герцога Альбы, фанатично преданного католической церкви. Альба стал главой нидерландского правительства, а его деятельность заключалась в основном в наказании участников восстания и борьбе с протестантством. Во время правления Альбы в Нидерландах были восстановлены должности епископов и архиепископов, введен новый побор — алькабала, в который входил 10-процентный налог на каждую торговую сделку и 1-процентный — на все движимое имущество. Эти налоги должны были нанести сокрушительный удар по экономике страны, где одним из важнейших занятий населения была торговля.
Однако нидерландские аристократы сумели уговорить Альбу отложить введение алькабалы до 1571 года.
Несмотря на поражение иконоборческого восстания, борьба нидерландцев за свободу вероисповедания и независимость от Испании продолжалась. Вооруженные группы людей скрывались в лесах, за что получили прозвище лесных гёзов. Лесные гёзы нападали на разрозненные отряды испанских войск. Местное население поддерживало гёзов, снабжало их продовольствием.
В конце 1560-х годов в Нидерландах вспыхнуло новое крестьянское восстание, но вскоре и оно было разгромлено. Тогда рыбаки и моряки из нидерландских портов организовали союз морских гёзов и стали воевать с испанцами на море, совершая нападения на испанские корабли и приморские города.
В 1571 году, после введения алькабалы, обстановка в Нидерландах стала взрывоопасной. Очередное нападение морских гёзов на портовый город вызвало всеобщее восстание в стране. Руководителями народного выступления стали представители буржуазии, по большей части кальвинисты. Все протестанты Нидерландов поддержали восставших. Кальвинистские пасторы своими призывами поднимали народ на вооруженное сопротивление испанцам, на конфискованные у католической церкви средства снаряжались военные отряды. Нидерландская революция продолжалась до 1609 года; результатом долгой борьбы стало образование Республики Соединенных провинций на севере Нидерландов. Революция имела целью освобождение от испанского владычества, но протестантство оказало значительное влияние на ход революции. Освобождение от испанского господства сыграло решающую роль в развитии Соединенных провинций и особенно Голландии.
Реформация оказала огромное влияние на судьбы многих народов. Одни страны сумели под знаменем Реформации обрести независимость, встать на новый путь развития, другие, наоборот, не смогли воспользоваться положительными сторонами наступивших перемен. Многие монашеские ордена были упразднены или реорганизованы, образовались новые ордена. Духовный и политический облик Европы в результате Реформации и последующей Контрреформации изменился до неузнаваемости.
