Командующий отрядом броненосцев и крейсеров в Порт-Артуре контр-адмирал Роберт Николаевич Вирен (1856–1917) — самый младший из адмиралов — участников войны, воспитанник Морского училища, специалист в области минного дела, которое преподавал брату Николая II, великому князю Георгию Александровичу. Командовал кораблями с 1896 г., с 1902 по август 1904 г. — командир крейсера 1 ранга «Баян». Привёл этот корабль на Дальний Восток в образцовом состоянии, отличился в боях под Порт-Артуром 27 января и 31 марта 1904 г., став георгиевским кавалером. Поэтому в августе 1904 г., в обход многих более старших по службе, был избран на замену П.П. Ухтомскому и поставлен во главе остатков флота в Порт-Артуре. Грамотный моряк, Р.Н. Вирен, однако, оказался под тяжёлым впечатлением военных неудач и избрал пассивный образ действий. Несёт личную моральную ответственность за то, что японцам удалось захватить наши броненосцы и крейсера в Порт-Артуре. В руководстве отличался требовательностью, строгим следованием букве закона и педантизма, который доходил до мелких унизительных придирок к подчиненным.
Младший флагман, начальник Отдельного отряда крейсеров во Владивостоке контр-адмирал Карл Петрович Иессен (1852–1918) — воспитанник Морского училища, специалист в области минного дела и артиллерии, командовал кораблями (миноносцем) с 1890 г., в 1898–1902 гг. командовал крейсером «Громобой», стал флагманом в 1904 г. Отличался независимым характером, известно, что в разное время конфликтовал с С.О. Макаровым, Н.И. Скрыдловым и А.А. Бирилёвым. Возглавил несколько удачных походов Владивостокского отряда и отдельных выходов крейсеров, в которых проявил некоторую опрометчивость (авария «Богатыря», подрыв «Громобоя»). В неравном бою с японцами 1 августа 1904 г. отличился личной храбростью и мужеством начальника, был награжден орденом Св. Георгия 4-й степени. Стал одним из первых флагманов, которые постарались извлечь уроки из боевых действий и на опыте определить эффективность отечественного морского оружия.
Младший флагман, начальник отряда крейсеров контр-адмирал Николай Карлович Рейценштейн (1854–1916) — воспитанник Морского училища (1871), специалист в области минного дела, командовал миноносцем в 1889 г. («Нарва»), канонерской лодкой и транспортом «Европа» с 1895 г. В 1899–1904 гг. — командир крейсера 1-го ранга «Аскольд», который привёл на Дальний Восток. Незадолго до начала войны с Японией назначен командовать Владивостокским отрядом крейсеров, но в феврале 1904 г. был отозван в Порт-Артур С.О. Макаровым, который считал необходимым, чтобы Отдельный отряд возглавил контр-адмирал, а не капитан 1-го ранга. В Порт-Артуре Рейценштейн стал командующим (под брейд-вымпелом) отрядом крейсеров и заслужил высокую оценку командующего флотом за энергию и распорядительность в организации обороны рейда. Незадолго до сражения в Жёлтом море был за отличие произведен в контр-адмиралы. В начале сражения 28 июля 1904 г., имея флаг на крейсере 1-го ранга «Аскольд», действовал пассивно, лишь уклонившись от огня японцев. В критический момент сражения — при попытке японцев окружить дезорганизованную русскую эскадру — с крейсерами «Аскольд» и «Новик» с боем прорвался через боевой порядок японских крейсерских отрядов. Привёл «Аскольд» в Шанхай, где повреждённый крейсер был интернирован и простоял до конца войны. Первым из российских флагманов провёл большую работу по обобщению боевого опыта (с привлечением офицеров — участников боевых действий) результаты её были изложены в специальном рапорте от 1 сентября 1904 г. Впоследствии аргументировано отстаивал правильность своего решения на прорыв быстроходных крейсеров во время сражения. Однако самостоятельные действия «Аскольда», «Новика» и других кораблей объективно привели к распылению и ослаблению главных сил флота Тихого океана. Следует заметить, что все подобные «прорывы» и «отрывы» наших быстроходных крейсеров в 1904–1905 гг. (отряды Н.К. Рейценштейна и О.А. Энквиста, «Диана», «Новик», «Изумруд») скорее напоминали поспешное отступление с боем и в лучшем случае достигали лишь сохранения самих кораблей на будущее (после войны). Поэтому действия Н.К. Рейценштейна в сражении в Жёлтом море вряд ли выходят из общего ряда событий, свидетельствовавших о кризисе российского военно-морского командования. После войны Николай Карлович командовал Учебно-артиллерийским отрядом на Балтике (1907–1909), а потом состоял членом Адмиралтейств — совета, возглавив несколько особых комитетов. В 1913 г. он был произведен в адмиралы и скончался в 1916 г. вскоре после увольнения от службы.
Командующий Отдельным отрядом судов контр-адмирал Николай Иванович Небогатов (1849–1922, по другим сведениям 1934) — воспитанник Морского училища (1869), командовал кораблями с 1888 г., в том числе кораблями 1-го ранга — с 1896 г. В 1899–1901 гг. служил под началом З.П. Рожественского в Учебно-артиллерийском отряде, а в 1903 г. был назначен начальником Учебного отряда Черноморского флота, которым самостоятельно командовал в двух морских компаниях. В 1905 г. всего за 83 дня с кораблями своего Отдельного отряда совершил 12000-мильный переход из Либавы к берегам Индокитая, обеспечив рандеву с 2-й эскадрой флота Тихого океана. Отличался хорошим знанием морского дела, выдержанным спокойным характером и самостоятельностью. В бою 14 мая проявил личную храбрость, но не решился принять на себя командование эскадрой до окончания дневного боя, что отчасти оправдывалось незнанием действительного положения дел с преемственностью руководства и судеб старших флагманов. 15 мая 1905 г. после некоторых колебаний сдал противнику остатки эскадры — четыре броненосца, окружённые японским флотом. Приказом императора от 22 августа 1905 г. Небогатов и командиры трёх броненосцев, получивших незначительные повреждения до сдачи, были лишены чинов и уволены от службы. Вернувшись из японского плена в Россию, бывший контр-адмирал Небогатов заявил: «Перед моими глазами стояли две тысячи семейств крестьян-матросов… Решил пожертвовать своим именем, собою, но спасти две тысячи человеческих жизней… было очевидно, что мы погибли, что флот разгромлен, и дальнейшие жертвы бесцельны». 73 Действительно, многие матросы со сдавшихся кораблей искренне благодарили своего начальника за спасение, одобряли его поведение 15 мая и судовые священники. Сам Небогатов высоко отзывался о поведении в походе и бою своих офицеров и нижних чинов, которые сделали «всё, что в силах».
Однако сдача остатков эскадры, несомненно, нанесла ущерб чести Андреевского флага, что и было отмечено военно-морским судом, состоявшимся в Кронштадте в ноябре-декабре 1906 г. Суд признал виновниками позора самого Небогатова, командиров кораблей — капитанов 1-го ранга В.В. Смирнова, С.И. Григорьева, и Н.Г. Лишина, флаг-капитана капитана 2-го ранга В.А. Кросса и старших офицеров броненосцев «Император Николай I», «Генерал-адмирал Апраксин» и «Адмирал Сенявин». Временно командовавший броненосцем «Орёл», тяжело повреждённым в бою 14 мая 1905 г., капитан 2-го ранга К.Л. Шведе был оправдан. Небогатова и трёх командиров суд приговорил к смертной казни, которую Николай II заменил десятилетним заключением в крепости. На суде Небогатов держался достойно, признавая свою единоличную ответственность за сдачу отряда. Досрочно освобождённый из крепости, бывший адмирал ушёл в частную жизнь, испытывая тяжесть моральной ответственности и крайне противоположное отношение современников. По данным А.С. Новикова-Прибоя, скончался в Москве в 1922 году.
Командующий Отдельным отрядом судов контр-адмирал Андрей Андреевич Вирениус (1850-?) — воспитанник Морского училища, одноклассник Н.И. Небогатова. Специалист в области минного оружия. Имел большой опыт плаваний и стаж командования кораблями. В 1903 г., будучи помощником начальника ГМШ (З.П. Рожественского), получил задание привести на Дальний Восток Отдельный отряд судов из Средиземного моря. Задержанный неисправностями некоторых кораблей и нелепыми распоряжениями из Санкт-Петербурга, Вирениус с оставшейся у него частью отряда успел дойти только до Джибути, где его застало начало войны. Не веривший ранее в возможность военного выступления японцев, Андрей Андреевич был совершенно ошарашен первым японским успехом и предложил вернуть отряд на Балтику, опасаясь его уничтожения противником. Его предложение было утверждено руководством Морского ведомства (Рожественский, Авелан) и Николаем II вопреки настойчивым просьбам адмиралов Алексеева и Макарова. Таким образом, флот Тихого океана лишился возможности получить значительное усиление (броненосец «Ослябя», крейсера 1-го ранга «Аврора» и «Дмитрий Донской», семь эскадренных миноносцев) в первые же месяцы войны. Вирениус на «Ослябя» вернулся на Балтику и после вступления Рожественского в командование 2-й эскадрой начал временно исполнять должность начальника ГМШ. Здесь он, в основном, решал текущие вопросы, мало влиявшие на ход войны, хотя на совещаниях иногда высказывал здравые мысли по вопросам сосредоточения флота на театре военных действий.
