Неудача бомбардировки ускорила подготовку второй закупорочной операции японцев, проведенной в ночь на 14 марта. К этому времени японский флот перенёс всю маневренную базу в устье реки Пеньянг и к островам Джеймс Холл, которые находились в 180–195 милях от Порт-Артура. Смелая ночная атака четырёх пароходов-заградителей под командованием капитана 2-го ранга Т. Хиросе натолкнулась на организованную оборону. Пароходы были своевременно обнаружены с береговых постов и дежурной канонерской лодки «Бобр», на которой находился сам С.О. Макаров. Под ураганным огнем с берега и канонерской лодки эскадренный миноносец «Сильный» лейтенанта Е.И. Криницкого подорвал миной головной японский пароход, сбив его с курса. Третий в строю брандер был подорван «Решительным». В возникшем замешательстве пароходы не смогли затопиться на фарватере и выбросились на берег. Выбросился на берег и «Сильный», повреждённый в бою с японскими миноносцами «Аотака» и «Цубаме». На «Сильном» погибли 7 человек во главе с инженером-механиком В.В. Зверевым, но и японцы понесли тяжёлые потери, погиб и командир экспедиции Т. Хиросе, ставший японским национальным героем. Русские офицеры не уступали ему в доблести: лейтенанты М.А. Кедров, Н.Н. Азарьев и мичман Г.С. Пилсудский, вызвавшись добровольцами, разоружили на брандерах «адские машины» (подрывные устройства) и потушили пожары, освещавшие противнику вход в гавань.
Закупорка провалилась, и в этом вице-адмирал Того имел возможность убедиться, появившись с Соединённым флотом у Порт-Артура утром 14 марта. Флот Тихого океана быстро вышел в море во главе с С.О. Макаровым на «Петропавловске». Несмотря на благоприятное соотношение сил, X. Того упорно не желал рисковать генеральным сражением. Он в очередной раз отступил, сознавая, что бомбардировки и закупорочные операции не смогли парализовать активность российского флота. Однако С.О. Макаров из-за неблагоприятного соотношения сил был вынужден к шаблонному маневрированию у Порт-Артура — по «восьмёрке» под прикрытием береговых батарей. Вынужденный и замеченный японцами шаблон подсказал X. Того и его штабу возможность эффективного применения минного оружия. Постановка мин была поручена командиру отряда заграждения Соединённого флота капитану 2-го ранга К. Ода. В его распоряжении находились вспомогательный заградитель «Кориу-Мару» и 12 истребителей и миноносцев. Прикрытие операции возлагалось на 4 истребителя 2 отряда капитана 2-го ранга И. Исида, благоприятные условия для её проведения (облачность, туман) сложились в ночь на 31 марта 1904 г. Утром этого дня X. Того готовился привести к Порт-Артуру главные силы Соединённого флота, пополненного только что вступившими в строй броненосными крейсерами «Ниссин» и «Касуга».
По случайному стечению обстоятельств С.О. Макаров в ночь на 31 марта также планировал наступательную операцию: ночной поиск соединённых отрядов эскадренных миноносцев к островам Эллиот, где, по агентурным сведениям, собирались японские десантные силы. Восемь эскадренных миноносцев вели капитан 2-го ранга Е.П. Елисеев («Боевой»), замещавший раненого начальника 1 отряда, и начальник 2 отряда капитан 2-го ранга М.В. Бубнов, державший брейд-вымпел на «Сторожевом». Прикрывать возвращение миноносцев утром 31 марта был назначен крейсер «Баян», который нельзя было перепутать с японскими крейсерами (он имел 4 дымовых трубы).
Японскому отряду капитана 2-го ранга К. Ода удалось успешно выполнить задачу — поставить мины на внешнем рейде всего в двух милях от Золотой горы, напротив входа на внутренний рейд Порт-Артура. Японские корабли были замечены с дежурного крейсера «Диана», но ночевавший на нём С.О. Макаров запретил открывать огонь, опасаясь повредить свои эскадренные миноносцы. Е.П. Елисеев и его командиры также справились с поручением: они осмотрели архипелаг Эллиот, и не обнаружив там объектов для атаки, повернули обратно. Но миноносцы 2-го отряда, не имевшие опыта совместного плавания, ночью разлучились с основными силами и действовали самостоятельно.
Один из них, «Страшный», на обратном пути догнал шедшие к Порт-Артуру 4-трубные японские истребители отряда И. Исида — «Икадзути», «Оборо», «Инадзума» и «Акебоно» — и принял их за своих. Когда на рассвете «Страшный» показал опознавательные, на него внезапно обрушился шквал огня. В первые же минуты боя погиб командир эскадренного миноносца капитан 2-го ранга К.К. Юрасовский. Неравную борьбу героического экипажа возглавил лейтенант Е.А. Малеев, который до последней возможности отстреливался из многоствольной пушки Норденфельдта, снятой ранее с японского брандера. Вскоре в минном аппарате «Страшного» от попавшего снаряда взорвалась приготовленная к выстрелу мина Уайтхеда, разметав по искалеченной верхней палубе убитых и раненых, миноносец начал тонуть. Японский отряд, использовав преимущество внезапности и подавляющее превосходство в силах, потерял всего 5 человек ранеными.
Эскадренный миноносец «Смелый» лейтенанта М.К. Бахирева вслед за «Страшным» тоже едва не попал в японскую ловушку, но смог оторваться от противника и доложил обстановку командующему флотом. На выручку «Страшному» полным ходом направился крейсер «Баян», отогнавший японские истребители. При этом «Баян» вступил в бой с приближавшимися к Порт-Артуру броненосными крейсерами 2-й японской эскадры. Умело маневрируя под огнём противника, командир «Баяна» капитан 1-го ранга Р.Н. Вирен смог поднять из воды 5 матросов из экипажа затонувшего «Страшного», вместе с которым погибли все четыре офицера и 47 нижних чинов.
«Баян» повернул к Порт-Артуру, откуда навстречу японцам на «Петропавловске» вышел командующий флотом. С присоединением «Полтавы», «Баяна», «Аскольда» и «Новика», не дожидаясь выхода остальных броненосцев, С.О. Макаров атаковал японские крейсера. Вскоре «Петропавловск» открыл огонь из 12" орудий. Японцы отступили, но в 25 милях от Порт-Артура с мостика «Петропавловска» обнаружили главные силы Соединённого флота: 6 броненосцев и 2 новых броненосных крейсера («Ниссин» и «Касуга»). Ввиду превосходства противника С.О. Макаров решил вернуться на внешний рейд, где в кильватер «Полтаве» вступили «Пересвет» и «Победа». «Севастополь» находился ещё на выходе из бассейна, когда русский флагманский корабль начал обычный маневр — «восьмёрку»: адмирал Макаров собирался принять бой под прикрытием береговых батарей. Однако X. Того по-прежнему избегал риска малейших потерь и держался на дистанции более 100 кб.
В 9 час. 39 мин. «Петропавловск» подорвался на японской мине (или на нескольких минах, связанных цепью), взрыв которой вызвал детонацию боевых зарядных отделений мин Уайтхеда, якорных мин в носовом минном погребе и боезапаса в крюйт-камере 12" зарядов. По воспоминаниям очевидца броненосец «сразу накренился и стал уходить носом в воду, над местом взрыва выкинуло громадное пламя и целую кучу дыма… Палуба мгновенно была объята пламенем. Трубы и мачты куда-то исчезли, корма выскочила из воды, винт левой машины заработал в воздухе, люди падали кучами, многие падали в винт, и их размалывало на наших глазах…». 11 Через полторы-две минуты после первого взрыва «Петропавловск» скрылся под водой. Шлюпки с «Полтавы», «Аскольда», «Гайдамака» (минный крейсер) и эскадренных миноносцев спасли из воды 80 человек, в том числе командира броненосца капитана 1-го ранга Н.М. Яковлева, капитана 2-го ранга великого князя Кирилла Владимировича и 5 других офицеров.
На «Петропавловске» погибли 650 человек, среди них были адмиралы С.О. Макаров и М.П. Молас, и такие выдающиеся офицеры флота, как М.П. Васильев, А.К. Мякишев, Н.А. Кроун и К.Ф. Шульц, а также ветеран многих войн и походов художник В.В. Верещагин, бывший на броненосце в качестве волонтёра (выпускник Морского корпуса 1860 г.).
Вскоре броненосец «Победа» также подорвался на мине, но остался на плаву и был уведён на внутренний рейд командиром-капитаном 1-го ранга В.М. Зацаренным. На русских кораблях предположили, что против них действуют подводные лодки, и открыли беспорядочную стрельбу по воде и плававшим на её поверхности обломкам. Адмирал X. Того, тем не менее, не рискнул воспользоваться растерянностью противника, и около 15 час. Соединённый флот скрылся за горизонтом.
Катастрофа 31 марта имела необратимые последствия для российского флота: с гибелью С.О. Макарова флот потерял вождя, которого было трудно заменить. Среди десяти других адмиралов, самостоятельно командовавших флотом, эскадрами и отрядами в русско-японской войне, ни один не мог сравниться с первым командующим флотом Тихого океана. По образному признанию самих японцев С.О. Макаров на фоне своих коллег выглядел как «благородный журавль среди домашних петухов». 12
Гибель вождя произвела тяжёлое моральное впечатление на весь личный состав флота — от нижних чинов до старших офицеров и адмиралов. Очевидец катастрофы капитан 2-го ранга В.И. Семёнов записал в дневнике, как он укорял старшего боцмана «Дианы» за «похоронный» вид, «требовал, чтобы он всячески подбодрял команду, внушал, что без потерь нельзя — на то она и война». И боцман ответил: «Что броненосец! Хоть бы два, да ещё и пару крейсеров в придачу! — Голова пропала!». 13 У адмиралов В.К. Витгефта, П.П. Ухтомского и других, так же, как и у многих командиров кораблей 1-го ранга (Р.Н. Вирен) после 31 марта пропала уверенность в своих силах. Они, заведомо признавая превосходство японцев на море, уже не пытались возродить традиции наступательной тактики, сторонником которой был безвременно погибший С.О. Макаров.
