Петр поручил ему собирать осколки только что разбитой шведами армии и вновь формировать из них боеспособные подразделения. К началу 1701 г. Аникита Иванович доложил, что уцелело немногим более 10 000 беглецов, которые вместе с приведенными им с юга полками составили новое войско, численностью 22 937 солдат. За время зимней передышки его основательно пополнили и подтянули из центральных областей страны дополнительные резервы, возродив таким образом еще большую, чем прежде, действующую армию.
Половину ее (30 000 человек) возглавил Шереметев, сконцентрировавший свои части в районе Пскова. К Ладоге выдвинулся отряд Петра Апраксина (10 000). А Репнин принял команду над особым «помощным» корпусом в составе 19 солдатских и 1 стрелецкого полка (20 000), который согласно недавней договоренности Петра и Августа направился к Риге, где поступил в распоряжение саксонцев и в дальнейшем действовал совместно с союзниками.
Но плодотворного сотрудничества не получилось. Европейцы опасались сражаться в одном строю с плохо обученными царскими солдатами и старались использовать их лишь в качестве вспомогательной силы, чему Репнин не только не противился, а был даже рад, предпочитая снять с себя таким образом ответственность. В итоге реализовать свое подавляющее численное преимущество войскам Северной коалиции опять не удалось. Шведский король, перейдя в наступление, к середине лета разбил саксонцев и принудил их к отходу в пределы Речи Посполитой. После чего Аниките Ивановичу пришлось спешно уводить «помощников» обратно к Пскову.
Этот бесславный поход стал первой и последней крупной самостоятельной операцией в профессиональной биографии Репнина-генерала. Подняться до уровня требований, предъявлявшихся европейским военным искусством к командирам высокого ранга, он так и не смог. Это сразу же стало ясно всем, кто хоть немного был знаком с постановкой армейского дела на Западе. Поэтому Шереметев уже в феврале 1702 г. в одном из докладов царю просил заменить князя каким-нибудь иностранцем («Хотя и достоин той чести и сердца доброго, только не его дело»), с чем Петр полностью соглашался (резолюция на рапорте гласила: «…князь Никита такой же, как и другие: ничего не знают…»), но необходимость учитывать после крайне неудачного начала войны недовольство «засильем иноземцев» в дворянской среде пришла на помощь потомку Рюрика.
Царь вынужден был пойти навстречу общественному мнению, оставив у руководства армией часть представителей национальной аристократии. А поскольку личная преданность Репнина у монарха сомнений не вызывала, то он и оказался одной из компромиссных фигур. Правда, задач, требовавших инициативы, ему больше не доверялось. Тем не менее князь получил чин полного генерала от инфантерии (заняв следующую после Шереметева ступеньку в армейской структуре) и участвовал во всех главных походах петровских войск первого периода войны.
Он штурмовал Нотеборг, Ниеншанц, Нарву, затем сидел в гродненской ловушке и счастливо бежал оттуда. А в 1708 г. так же, как и десяток других генералов Петра I, во главе отдельного корпуса (в составе 11 пехотных полков) старался преградить Карлу XII дорогу на Москву. Эти усилия долгое время оставались безрезультатными, поэтому в середине лета несколько корпусов объединились неподалеку от Могилева и дали сражение шведскому королю.
Оно вошло в историю Северной войны под названием боя у местечка Головчино. А на генеральской карьере, да и на самой жизни Репнина чуть было не поставило жирный крест. Главный удар скандинавов пришелся как раз по полкам князя, которые вскоре побежали, побросав пушки, обозы и прочее снаряжение. Никто из соседей существенной помощи им оказать не смог. И в результате все русское объединенное войско опять покатилось к востоку. Из корпуса Аникиты Ивановича лишь 800 человек присоединились к Шереметеву как боеспособная часть, а остальных удалось собрать только за Днепром, куда они выходили разрозненными группами по 20—100 человек в течение трех дней.
В принципе, конечно, это поражение не являлось катастрофой — большая часть армии сохранила относительный порядок, но моральный удар получился огромной силы. Шведы в очередной раз подтвердили свое умение воевать при любом количественном превосходстве врага и укрепили овевавший их ореол непобедимости. Еще одна подобная неудача могла окончательно сломить дух русских войск. Поэтому Петр пришел в ярость и принялся «выбивать клин клином» — восстанавливать пошатнувшийся порядок и волю к победе жестокими репрессиями.
При желании свалить вину за Головчино можно было на голову любого генерала, участвовавшего в том бою. Шереметев, например, совершил ошибок, по крайней мере, не меньше Репнина, однако удел главного «козла отпущения» достался князю. Он попал под суд специально учрежденного трибунала, члены которого прекрасно понимали, что царь ждет от них не разбирательства, а расправы над обвиняемым. Потому и приговор выглядел неадекватно суровым — смертная казнь с лишением званий.
В последний момент Петр пожалел старого приятеля. Он даровал ему жизнь, но разжаловал в рядовые и заставил возместить из своего кармана все расходы за брошенное вооружение. Здесь также необходимо отметить, что на суде Аникита Иванович держался с большим достоинством, взяв, по сути, на себя всю вину и избавив от ответственности тем самым почти всех подчиненных. За это благородство судьба воздала ему той же монетой — царь вскоре окончательно сменил гнев на милость.
В сражении у Лесной Аникита Иванович уже командовал полком и за проявленную на поле боя храбрость был восстановлен в чине полного генерала, после чего вместе с Шереметевым и Меншиковым опять встал во главе основных русских сил, противостоявших армии Карла XII на решающем театре боевых действий. Впрочем, самостоятельных операций, он, как и прежде, не проводил. И даже в Полтавской битве руководил лишь сравнительно небольшим соединением.
Тем не менее, в честь этой победы князь получил высшую награду империи — орден святого Андрея Первозванного, что в контексте вышеизложенных событий выглядит как акт полной реабилитации. Однако и в дальнейшем он фактически продолжал оставаться на вторых ролях, хотя в боевых действиях неизменно участвовал на главных направлениях. Его имя осталось в истории долгой осады Риги, трагического Прутского похода, Померанских кампаний 1712—1713 гг. Только в финале Северной войны Аникита Иванович был выведен из действующей армии.
В 1719 г. он занял должность генерал-губернатора Лифляндии, на которой и встретил Ништадтский мир. Давая оценку вкладу Репнина в общую победу над скандинавами, можно сказать, что его жизнь и деятельность — это путь достойного солдата, но посредственного военачальника. Современники с несомненной симпатией вспоминали о нем, хотя и отмечали не слишком большой профессионализм. Даже бывший противник швед Эренмальм, дававший русским справедливые, но безжалостно-жесткие характеристики, об Аниките Ивановиче высказался довольно нейтрально: «…Второй русский генерал инфантерии — князь Репнин. С тех пор как царь наказал его за провинность под Могилевом, он постоянно стремился отличиться. На него жаловались, что он алчен и очень подвержен сладострастию, однако поскольку он умеет обходиться с князем Меншиковым, то сохраняет приобретенную славу и считается хорошим генералом. Благодаря своему красивому лицу и хорошему сложению он считается одним из самых красивых князей в России…»
В последующем судьба продолжала покровительствовать стареющему полководцу. Ему даже удалось занять высшую ступеньку в российской военной иерархии, сменив Меншикова на посту президента Военной Коллегии. Произошло это в 1724 г., когда Петру все-таки надоело бесконечное воровство «Алексашки» и «полудержавный властелин» стал терять свое могущество. В числе прочих наказаний стояло и лишение его должности министра обороны. Однако царь на следующий год умер, и Александр Данилович, благодаря старой дружбе с царицей, вернул утраченное было положение, отослав заодно Репнина на всякий случай из Петербурга в Ригу.
Правда, перед тем также поддержавший Екатерину Аникита Иванович успел получить от нее чин генерал-фельдмаршала. Но это была его последняя крупная удача. Пережить незаслуженную опалу князь не смог. Он так и умер в Риге после продолжительной болезни, не дотянув даже до своего 60-летия.
Разгром под Нарвой стал своеобразным катализатором петровских реформ. Благодаря ему получили возможность проверить себя в деле множество наиболее одаренных личностей Московии. Такого количества «безродных» и «черных людишек», поднявшихся до верхних ступенек власти во вновь создаваемых царем военных и гражданских структурах, никогда не знала ни одна «перестройка». Ни во времена Московской Руси, ни в период будущей Российской империи.
