В 1777 году конгресс Соединенных Штатов решил направить Джонса во Францию для связи с Бенджамином Франклином, который вел переговоры с правительством Людовика XVI о заключении франко-американского союза. Основной задачей Джонса было принять и доставить в Америку новый большой фрегат «Индиен», строившийся на амстердамских верфях по заказу американцев. Истратив остаток своего состояния – 1500 фунтов стерлингов – на вооружении 18 пушечного корабля «Рейнджер», стоявшего в Портсмуте (Нью-Гэмпшир), Джонс 1 ноября вышел в открытое море и взял курс на побережье Франции. Захватив по пути несколько английских призов, он в декабре того же года благополучно прибыл в Брест. Из Бреста Джонс поспешил в Париж, где имел встречу с Франклином и где с неудовольствием узнал, что американское правительство, опасаясь, как бы фрегат «Индиан» не был захвачен англичанами, продало его Франции.
В 1778 году Джонс получит разрешение на каперство. Он отправляется на «Рейнжере» к английским берегам. 22 апреля 1778 года Джонс проник в гавань городка Уайтхевен, в котором под защитой фортов обитало более 6 тыс. жителей. На рассвете две шлюпки с 31 волонтером во главе с Полом Джонсом приблизились к берегу. Был отлив, и около 300 угольных барж стояли на сухом дне. Ворвавшись в форты, приватиры связали спящих часовых, заклепали пушки, затем подожгли суда в гавани и на глазах онемевших от такой наглости горожан благополучно вернулись на борт «Рейнджера».
Из Уайтхевена приватиры направились через залив Солуэй-Ферт к берегам Шотландии, и в полдень того же дня Джонс с отрядом из 12 человек высадился на острове Сент-Мэри, где находилось одно из поместий графа Селкирка. Целью этого набега был захват графа в качестве заложника, чтобы впоследствии можно было обменять его на американских пленных, но владелец поместья находился в отлучке, и налетчики довольствовались тем, что – вопреки воле капитана – утащили из дома графа столовое серебро. Позже Пол Джонс выкупил серебро у своих людей и вернул его Селкиркам.
Покинув остров Сент-Мэри, «Рейнджер» поспешил к берегам Ирландии и близ гавани Каррикфергес навязал бой 20 пушечному корвету «Дрейк», специально посланному для поимки американских приватиров. По словам самого Джонса, бой был «горячий, тесный и упорный». Он продолжался чуть больше часа, после чего королевский корабль, потеряв четыре десятка человек убитыми и ранеными, спустил флаг. Его мужественный капитан скончался, когда американцы поднялись на борт корвета, а старший офицер – через два дня. Джонс потерял в бою восемь человек убитыми и ранеными.
Вместе с захваченным трофеем «Рейнджер» обогнул Ирландию с севера и взял курс на Брест. Это плавание принесло Джонсу славу героя, имя его стало известным всей Европе. Людовик XVI прислал американцу шпагу и орден, он был приглашен ко двору, и сама королева Мария-Антуанетта сделала ему комплементы. Тем не менее капитан отклонил предложение короля перейти на французскую службу – он не хотел спускать с мачты американский флаг.
Спустя три месяца на рейде Груа была собрана эскадра из 9 кораблей. Все корабли были разных типов и времени постройки, команды их вербовали из разного сброда, офицеры не знали друг друга и втайне завидовали Полу Джонсу. Флагманом эскадры стал неповоротливый 42 пушечный ост-индский «купец», первоначально называвшийся «Дюра», а позже переименованный в «Бон ом Ришар». Несколько лучшим был новый американский фрегат «Альянс», капитан которого, француз Пьер Ландэ, был уволен с флота по подозрению в сумасшествии.
Когда после разных мытарств эскадра, наконец, отправилась в крейсерство, большинство кораблей самовольно покинуло «Бон ом Ришар»; лишь два корабля сопровождали его. В районе мыса Фламборо приватиры несколько дней охотились за торговыми судами и угольными баржами, затем гонялись за двумя подозрительными кораблями, пока не разглядели, что это – отбившиеся от их эскадры французские парусники. Наконец, 23 сентября 1779 года, в полдень, дозорный заметил, как из-за мыса Фламборо появился караван из 40 судов – так называемый Балтийский торговый флот – под охраной двух военных кораблей – «Сераписа» (44 пушки) и «Каунтесс оф Скарборо» (20 пушек). Заметив, что к ним приближаются пять каперских судов, все 40 «купцов» шарахнулись под защиту берега, тогда как конвойные корабли приготовились к бою.
«Бон ом Ришар» подошел к «Серапису» на расстояние выстрела в семь часов вечера. Пол Джонс убедился, что его спутники-корабли «Альянс» (36 пушек), «Палла» (32 пушки), «Венжанс» (12 пушек) и «Серф» – не спешат поддержать его, но это не помешало ему бросить англичанам вызов.
Сражение между «Ришаром» и «Сераписом» вошло в историю как первое значительное сражение на море между англичанами и американцами. Джонс выиграл это сражение, несмотря на измену капитана «Альянса» – Ландэ.
Израненный Пол Джонс отвел свои призы в Голландию. 4 октября 1779 года он стал на якорь у острова Тексел, расположенного у входа в залив Зейдер-Зе. Официальный мотив, выдвинутый Джонсом, – необходимость ремонта судов и лечение раненых. Здесь он обвинил Ландэ в измене и взял на себя командование «Альянсом».
Пока английский посол вручал местным властям протесты, требуя изгнания или выдачи Джонса, сам «пенитель моря» посещал Гаагу и Амстердам, появлялся в общественных местах, знакомился с голландскими деятелями. «Я увидел, что здесь… уважают флаг свободы, – писал он 19 октября. – Я горячо желаю и надеюсь скоро обменяться приветствием с этой республикой. Пусть обе республики подадут друг другу руки и дадут миру мир…»
Джонсу устраивали овации, о нем писали в газетах, в его честь слагали песни. Он оставался в Нидерландах до конца декабря 1779 года, а затем, избежав встречи с блокирующей английской эскадрой, еще несколько месяцев крейсировал на «Альянсе». Английские призы он подарил Людовику XVI от имени Соединенных Штатов. Король Франции принял Джонса в знаменитом зале Марса в Версальском дворце и возвел его в рыцари. На золотой шпаге, которую вручили капитану, было выгравировано по-латыни: «Победителю моря – Людовик XVI». В тот же вечер в опере Джонса пригласили в королевскую ложу. Под взрыв аплодисментов, когда Джонс сел в кресло рядом с креслом королевы, сверху на золоченых шнурах спустился лавровый венок.
Пол Джонс вернулся в Америку на французском корабле «Ариэль», привезя с собой 30 тонн пороха. В Филадельфии в 1781 году континентальный конгресс наградил его медалью «Почета» и постановил, «чтобы была выражена Соединенными Штатами благодарность капитану Полу Джонсу за ревность, осторожность и храбрость, с которыми он поддерживал честь американского флага».
В 1783 году Джонс должен был получить под свое командование новый 74 пушечный линейный корабль «Америка», но в сентябре того же года Великобритания признала независимость США, война закончилась, и конгресс подарил «Америку» французскому королю. Оказавшись не у дел, Пол Джонс решил предложить свои услуги Франции. Он устроился волонтером в эскадру Водройля, которая отплыла в Вест-Индию, однако между Францией и Англией вскоре тоже был подписан мир. С ноября 1783 по 1786 год Джонс жил во Франции как агент по призам, в 1787 году он временно вернулся в США, чтобы получить золотую медаль от конгресса, а затем, стесненный в средствах, поехал в Данию, где решалась судьба двух призов. В это время Екатерина II как раз искала опытных моряков-иностранцев для службы в российском флоте, и Джонс получил соответствующее приглашение. Вопрос о его принятии на русскую службу был согласован в конце 1787 – начале 1788 года при участии русского и американского посланников в Париже И.М. Симолина и Т. Джефферсона и окончательно оформлен через барона Крюденера в Копенгагене. Указом императрицы от 15 февраля 1788 года Пол Джонс был зачислен на русскую службу «в чине флота капитана ранга генерал-майорского» и определен в Черноморский флот. 4 апреля указом Екатерины II он был назначен контр-адмиралом.