Большие пещеры известны и на восточном берегу Байкала, в Бурятии. Самая крупная из них – Долганская яма – находится в Баунтовском районе, в 18 км от пос. Багдарин, и имеет длину 5120 м, а глубину 135 м. Пещера чрезвычайно сложна для исследований. Для ее полного прохождения требуется 20 навесок веревки. Она уникальна своими натечными образованиями. В ней зимуют многочисленные колонии летучих мышей. Среди них такие редкие, как трубконосы, впервые обнаруженные в данном регионе именно в этой пещере. В 2000 г. рядом открыта новая пещера Пломбир – ледяной колодец с дальнейшим проходом в огромный грот, высотой 50 м.
Нижнеудинские пещеры расположены почти на вершине 280-метрового утеса в прибрежной части р. Уды. Эти две пещеры не соединяются между собой и необычайно красивы. Первое описание их относится к 1783 г. и принадлежит путешественнику Эрику Лаксману: «Несколько лет тому назад начальство г. Нижнеудинска услышало о значительной пещере на р. Уде. Оттуда привозили сталактиты, которыми любители штуфов обогатили свои коллекции. Много любопытного рассказывали о величии ее, но никто не знал даже ее имени. Целых 24 часа я занимался измерением и описанием ее да собиранием сталактитов. Это огромнейшие богатства, которые природа запрятала в далекой страшнейшей и удивительной стране». Знамениты эти пещеры не только своим великолепием, но прежде всего тем, что они были местом обитания доисторических животных, а затем жилищем для человека, о чем свидетельствуют многочисленные находки – от костей пещерного медведя до толстого слоя золы костров. Под сводами огромного зала и в тесных ходах этой природной полости летом 1875 г. проводил скрупулезные наблюдения и раскопки замечательный исследователь Сибири И. Черский.
Пещеры Прибайкалья ждут своих исследователей. Впереди новые открытия пещер, ведь около 60 % территории Иркутской области, значительные области Бурятии сложены карстующимися карбонатными породами. Огромный интерес представляют горные районы, обрамляющие озеро Байкал, где возможно открытие очень больших и глубоких карстовых полостей.
На первом месте среди пещер Прибайкалья по своей значимости, протяженности и привлекательности для спелеологических исследований значится пещера Ботовская. Находится она в Жигаловском районе, в 90 км от пос. Жигалово, вниз по течению р. Лены и в 8 км от левого берега реки, вблизи устья р. Бота, недалеко от с. Коношалово. Добираться до нее лучше с проводниками. Проконсультировать по маршруту и помочь организовать туда поездку могут в иркутском клубе спелеологов «Арабика». Подъехать вплотную к входу в пещеру на автомашине невозможно. После таежной дороги, доступной только для вездеходов, до основного входа надо идти по тропе. В настоящее время открыто 6 входов в пещерную систему, и все они расположены в густом лесу, так что увидеть их можно только с близкого расстояния. Первые сведения о ней поступили от охотника, который, преследуя медведя, обнаружил вход в пещеру. Отсутствие рядом дорог и поселений долгое время сдерживало начало ее изучения. В 1947 г. геологи исследовали и описали первые 300 м, однако активно пещера стала изучаться только с конца 80-х гг. Уже первые экспедиции отметили сложную и запутанную систему протяженных ходов и обилие в них медвежьих скелетов и костей. Планомерные ежегодные исследования, проводимые спелеологами клуба «Арабика», в феврале 1999 г. вывели эту пещеру по протяженности ходов на первое место в России (до этого времени первенство держала пещера Большая Орешная в Красноярском крае, длина ее ходов составляет 49 км). До конца Ботовская пещера еще не пройдена, а значит, пещера продолжается дальше и ее общая длина еще больше.
Исследователи пещеры обнаружили в восточной части Нового Света постоянные озера длиной до 10 м и глубиной до 1,5 м, в западной части за узкими обвальными ходами открыта новая обширная сеть галерей, которую предстоит обследовать в будущем. Обнаружены новые скелеты доисторических животных. Скелет «ботовского» медведя, найденный в прошлую экспедицию на расстоянии 2 км от ближайшего входа, определен палеонтологами как Ursus Selenarctos (древесный медведь), который обитал в период 3 млн лет до н. э. – 40 тыс. лет до н. э. Это единственная находка скелета и костей такого животного на территории Сибири. Примечательно, что в Ботовской пещере обнаружено более трех десятков скелетов древесного медведя и других животных в самых дальних и разных концах пещеры. Такое большое скопление скелетов в одной пещере вызывает у исследователей удивление, нигде больше в пещерах Сибири не найдено ничего подобного. У исследователей создается впечатление, что медведи путешествовали по подземным галереям, но с какой целью они забирались так далеко под землю, еще предстоит выяснить. В привходовой части пещеры зарегистрированы следы нескольких десятков хорошо сохранившихся древних берлог (выкопанные ямы, подстилка из веток древесных растений). Теоретически по костным остаткам и древесным растениям из подстилки берлог можно методом радиоуглеродного анализа определить возраст обустройства берлог и медведей. Эти работы планировалось провести в 2004 г. Интересным открытием стал факт полного затопления ходов пещеры водой в древности, возможно, в период таяния льдов после ледникового периода. Научного объяснения пока этому не найдено.
Ботовская пещера уникальна и тем, что сложена как из песчаника, так и из известняков. Подобные пещеры редкость, классические карстовые пещеры состоят в основном только из известняков.
Ботовская относится к пещерам горизонтального типа и представляет собой чрезвычайно запутанный лабиринт ходов, уходящих в глубь горного массива. Сегодня известно 6 разных входов в нее, а лабиринт ходов насчитывает около 6 тыс. перекрестков. Сложная сеть ходов, в которой непрерывно чередуются узкие лазы с мокрыми глиняными наносами, и обширные сухие галереи выше роста человека часто заканчиваются каменными завалами. Центральная галерея получила название «Желтый путь Медео» – из-за реликтового льда в галерее. При съемке плана пещеры залам присваиваются имена. Зал Шут получил свое название из-за оригинального сталактита, дополненного скульптурным творчеством спелеологов и ставшего похожим на страшилище. После разборки одного из завалов был открыт проход в новую удаленную северо-восточную часть пещеры, получившую название Новый Свет. В другой части пещеры есть залы, озера, галереи 3-метровой высоты. Самым интересным стало открытие в ней множественных уникальных натечных образований, поражающих чистотой и белизной своих причудливых форм. В большом количестве в этой части пещеры встречаются массивные колонны, сталактитовые занавеси, сталагмиты и сталактиты. Стенки тоннелей сплошь усыпаны хрупкими белоснежными ветвистыми геликтитами, растущими на стенах и потолках во всех направлениях. Эти арагонитовые и кальцитовые минеральные образования, по-своему внешнему виду напоминающие кораллы тропических морей, выглядят как нечто длинное, веткообразное и ветвящееся – чрезвычайно редкое явление в изученных пещерах Прибайкалья. Игольчатые отростки и друзовидные наросты образуют сплошной покров на стенах. Отдельные отростки при этом достигают 10–15 см. Сталактиты и геликтиты имеют внутри сквозной канал, по которому поступает питающий раствор для наращивания кристаллов. Спелеологами были найдены здесь прозрачно-белые горошины пещерного жемчуга.