Подозрения Флиндерса полностью оправдались. Декан не разрешил ему уехать с острова. Простояв в порту три месяца, «Маркиз Уэллсли» покинул его, не взяв на борт ни одного англичанина.
Перед отплытием капитан Сток послал Декану письмо с просьбой отпустить Флиндерса. Секретарь губернатора устно передал Флиндерсу ответ на него. Губернатор очень сожалеет, сказал он, что не имеет возможности отправить капитана Флиндерса на корабле «Маркиз Уэллсли». Но как только обстоятельства позволят, капитан Мэтью Флиндерс будет освобожден и отправлен в Лондон.
Прошло восемь месяцев, а Флиндерс продолжал томиться в плену. В течение этого времени он неоднократно обращался с просьбой объяснить ему причины задержки на острове, несмотря на распоряжение французского правительства, но ответа не получал.
В июле 1808 г. из Франции пришли два судна, Флиндерс надеялся, что они привезли повторный приказ о его освобождении, и послал письмо губернатору. Но последний ответил, что никаких указаний относительно его освобождения не получено.
В сентябре во Францию отправился фрегат «Резвый». Два французских морских офицера согласились взять у Флиндерса письма в морское министерство, сенат, государственный совет, а также видным ученым. Флиндерс настойчиво использовал любую возможность связаться с французскими и британскими властями, обратить их внимание на свое положение, но его надежды на освобождение постепенно угасали. «Используя эту и другие возможности, — писал он впоследствии, — я сообщал Адмиралтейству и президенту Королевского общества относительно задержки выполнения приказа о моем освобождении. Мои друзья на Маврикии, зная о всех предпринятых мною шагах, выражали уверенность в успехе, но я, будучи столь часто обманут, был менее оптимистичен. Мои обращения и письма ни к чему не приводили, и оставалось мало надежды быть освобожденным до призрачного времени заключения мира».
Но Флиндерс не сдавался. «Постоянные занятия были для меня, как обычно, средством заполнить время ожидания… Получив от друзей несколько рукописей, содержавших описания исследований внутренних районов и побережья Мадагаскара, я начертил карту северного побережья этого обширного острова, которую сопроводил запиской, анализировавшей имевшийся у меня материал. В этих занятиях, а также в чтении французских авторов, математических исследованиях и встречах с многочисленными друзьями из местных жителей время тревожного ожидания прошло небесполезно».
В марте 1809 г. в Порт-Луи прибыл фрегат «Венера», капитаном которого были Гамелен, в свое время командовавший «Натуралистом», одним из кораблей, участвовавших в экспедиции Бодена. Он не мог встретиться с Флиндерсом, но просил ему передать, что несколько офицеров, принимавших участие в указанной экспедиции, обращались к морскому министру по поводу освобождения Флиндерса и получили ответ, что на Иль-де-Франс был послан приказ о его освобождении и передаче ему «Камберленда». Было ли во Франции известно до ухода в плавание «Венеры», что Декан не выполнил приказ министра, Флиндерс не знал.
Большое огорчение принесло ему известие о том, что Перон опубликовал книгу о плавании Бодена, которому приписал все открытия, сделанные Флиндерсом на южном побережье Новой Голландии. «Издание книги о французских открытиях, написанной господином Пероном, — отмечал впоследствии Флиндерс, — было большой нелепостью. Император Наполеон, придавая общенациональное значение этой книге, выделил большую сумму на ее публикацию. Из „Монитора“ от июля 1808 г. я узнал, что всем открытым мною и капитаном Грантом местам на южном побережье Terra Australis даны французские названия. Ни словом не упомянуто о том, что я когда-либо высаживался на побережье. Говоря о первом томе книги господина Перона, газеты утверждали, что никогда английская нация не совершала плаваний, которые можно было бы сравнить с экспедицией „Географа“ и „Натуралиста“. После исследования южного побережья до острова Кенгуру я встретил капитана Бодена и дал ему первую информацию об этих местах и о том, что его там ожидает. Мне было больно узнать, что, несмотря на. это, о моих открытиях не упоминается ни словом. Французское правительство всячески превозносило значение экспедиции Бодена, и все офицеры, принимавшие в ней участие, получили повышения; плавание же „Исследователя“ пока привлекло мало внимания как в Англии, так и во Франции; никто из моих офицеров не был продвинут по службе по возвращении на родину, и для меня ничего не было сделано за долгие годы заключения. Совершенно очевидно, что в одном случае была нарочитая щедрость, а в другом — несправедливость и пренебрежение. Огромная разница в отношении к двум плаваниям усугубила мою горечь и поколебала ту слабую надежду, которая еще оставалась у меня на скорое и почетное освобождение».
В мае 1809 г. в Порт-Луи прибыло французское судно, доставившее известие, что все обращения и письма, посланные Флиндерсом с офицерами фрегата «Резвый», переданы адресатам. Но проходила неделя за неделей, а его положение оставалось без изменений. Прождав месяц, Флиндерс написал письмо губернатору, прося его разрешить Аннетт приехать к нему на Маврикий. Впоследствии Флиндерс так объяснял этот свой неожиданный шаг: «В мои планы не входило, чтобы жена покинула Англию, но я надеялся из ответа губернатора узнать о его намерениях. По прошествии шести недель, когда из Франции прибыло еще одно судно, мне был дан следующий ответ: „Губернатор не возражает против приезда вашей жены на жительство в колонию, но для обеспечения ее безопасности необходимо, чтобы она обратилась к министрам его британского величества, которые сделают запрос министрам его величества императора и короля“. Это было равносильно тому, что либо новый приказ о моем освобождении не был получен, либо его не думали выполнять».
В сентябре стали распространяться слухи о намерении Англии напасть на Маврикий, и все пленные англичане стали строго охраняться. В середине месяца британские военные корабли подошли к острову и блокировали его, бомбардировав в ряде мест побережье. 12 декабря к острову подошел корабль британской Ост-Индской компании «Гарриет»: Британские суда, патрулировавшие побережье, пропустили его в гавань Порт-Луи. На корабле находился Хью Хоуп, посланный британским правительством для ведения переговоров с Деканом об обмене военнопленными.
Флиндерс узнал, что Хоуп надеялся добиться его освобождения из плена. В конце декабря Хоуп письменно сообщил Флиндерсу, что встретил у Декана очень любезный прием и обсудил с ним вопрос об освобождении Флиндерса. В конце письма он выражал уверенность в успехе. Но Флиндерс не разделял радужных надежд Хоупа, ибо не верил в искренность губернатора. В конце января 1810 г., в соответствии с достигнутой договоренностью об обмене военнопленными, Декан послал корабль к мысу Доброй Надежды за пленными французами. С этим кораблем Флиндерс отправил в Англию большую часть своих книг и вещей, а также письма родным и знакомым.
