Флиндерс узнал, что Хоуп надеялся добиться его освобождения из плена. В конце декабря Хоуп письменно сообщил Флиндерсу, что встретил у Декана очень любезный прием и обсудил с ним вопрос об освобождении Флиндерса. В конце письма он выражал уверенность в успехе. Но Флиндерс не разделял радужных надежд Хоупа, ибо не верил в искренность губернатора. В конце января 1810 г., в соответствии с достигнутой договоренностью об обмене военнопленными, Декан послал корабль к мысу Доброй Надежды за пленными французами. С этим кораблем Флиндерс отправил в Англию большую часть своих книг и вещей, а также письма родным и знакомым.
К этому времени британский флот прекратил блокаду острова, так как наступил сезон бурь. Сообщение Маврикия с внешним миром восстановилось. Из Франции прибыло несколько кораблей, но ничего нового для пленника они не привезли.
Неожиданно 13 марта 1810 г. Флиндерс получил письмо от Хоупа, в котором он сообщал, что губернатор согласился освободить и отправить Флиндерса на «Гарриет»; официальное уведомление об этом должно быть передано ему в тот же день. Отплытие корабля назначено на конец марта. Но ни в тот день, ни через неделю письмо от губернатора не пришло. Лишь 28 марта Флиндерс получил следующее письмо от полковника Монистроля: «Его превосходительство губернатор уполномочил меня сообщить вам, что он распорядился отправить Вас на родину на судне „Гарриет“ при условии, что Вы не будете участвовать во враждебных действиях против Франции или ее союзников в течение теперешней войны… Отплытие корабля назначено на субботу 31 марта».
Казалось, уже не будет больше никаких препятствий на пути к освобождению из плена. Но снова надежды Флиндерса не оправдались. На этот раз покинуть остров ему помешали соотечественники. Утром 29 марта к входу в порт подошли британские боевые корабли. Блокада Маврикия возобновилась. Весь апрель и май англичане наглухо закрывали доступ в Порт-Луи. Лишь 10 мая они пропустили в порт судно, доставившее освобожденных из плена французов.
Британским пленным было приказано перейти на борт «Гарриет» и находиться там до ухода судна из Порт-Луи. На рассвете 13 июня корабль вышел в море.
Флиндерсу была возвращена шпага, но третья часть его путевого дневника, официальная корреспонденция и подзорные трубы отданы не были. «Я был слишком счастлив от перспективы покинуть остров, — писал впоследствии Флиндерс, — чтобы расстраиваться по этому поводу… После пребывания в плену в течение шести лет пяти месяцев и двадцати семи дней я чувствовал невыразимое удовольствие находиться вне пределов досягаемости генералом Деканом».
Несколько уменьшало радостное настроение Флиндерса то обстоятельство, что «Гарриет» плыл в Индию. Это затягивало возвращение в Англию по крайней мере на несколько месяцев. Но тут впервые за многие годы Флиндерсу повезло. Судно встретилось с британскими кораблями, блокировавшими Порт-Луи, и Флиндерс узнал, что шлюп «Выдра» срочно посылается к мысу Доброй Надежды с депешами. Командующий британской эскадрой коммодор Роули разрешил Флиндерсу перейти на борт шлюпа. Вечером 14 июня «Выдра» взяла курс к мысу Доброй Надежды, а 11 июля подошла к Кейптауну. Там Флиндерс провел полтора месяца, дожидаясь корабля, направлявшегося в Англию.
28 августа на борту «Олимпии» Флиндерс поплыл к родным берегам. Корабль подошел к Лондону 24 октября 1810 г., сделав на своем пути лишь одну остановку у острова Святой Елены. После более чем девятилетнего отсутствия Флиндерс вновь увидел отечество.
Известие о том, что Флиндерс отпущен из плена и находится на пути к родине, пришло в Англию в сентябре 1810 г. 24 сентября секретарь Адмиралтейства Джон Бэрроу писал Бэнксу: «В нашем бюллетене имеется одно сообщение, которое, я уверен, доставит вам удовлетворение, — об освобождении бедного Флиндерса».
Бэнкс немедленно написал Аннетт, что она очень скоро увидит своего мужа. Эта переписка происходила тогда, когда Флиндерс находился уже в Атлантическом океане и ему оставался лишь месяц плавания.
Аннетт была подготовлена к тому, что увидит мужа не таким, каким он покинул ее, — в расцвете физических и духовных сил. Слуга Флиндерса Джон Элдер, вернувшийся в Англию в феврале 1808 г., писал ей, что капитан «выглядит не так хорошо, как раньше, его щеки впали, волосы очень поседели». Тем не менее вид мужа поразил Аннетт.
От полного жизни, энергичного молодого моряка не осталось ничего. Перед ней стоял пожилой человек, измученный злой судьбой, Как известно, истинное чувство немо. Мэтью Флиндерс молча обнял Аннетт дрожавшими, ледяными от страшного волнения руками. Аннетт прижалась к мужу, не в силах сказать ни слова.
Присутствовавший при их свидании лейтенант Джон Франклин, служивший гардемарином на «Исследователе», поспешил уйти. Через несколько дней в письме к Флиндерсу он так объяснил свой внезапный уход: «Я был так потрясен волнующей сценой вашей встречи с миссис Флиндерс, что не мог оставаться дольше в комнате, так же как не мог прийти к вам вторично в тот же день».
Но жизнь продолжалась. Флиндерса пригласил к себе первый лорд Адмиралтейства граф Спенсер и сообщил, что ему присваивается чин капитана и выплачивается половинное жалованье командира корабля британского военно-морского флота, начиная со дня его освобождения из плена, т. е. с 7 мая 1810 г.
Флиндерс протестовал против этого явно несправедливого решения, добивался, чтобы ему выплачивалось жалованье со времени пленения, т. е. с декабря 1803 г. Но долгое время он ничего не мог добиться. Граф Спенсер ушел с должности первого лорда Адмиралтейства. Назначенный вместо него Чарлз Иорк утверждал, что не имеет права изменить решение, принятое до него, что это дело может решить лишь британский король, а тот был смертельно болен.
Тогда Флиндерс попросил, чтобы ему выплачивали полное жалованье с того времени, как он начнет работу над книгой «Путешествие к Terra Australis». Это будет официальное издание, подчеркивал он, и Адмиралтейство получит на него все права. Адмиралтейство отказало ему и в этом, но Флиндерс не сдавался. Если бы не работа над книгой, писал он в Адмиралтейство, я смог бы поселиться в сельской местности, где жизнь намного дешевле. Работа же над книгой и картами заставляет меня оставаться в Лондоне, где жить на назначенное жалованье — фактически обрекать семью на нищету.
Спор продолжался до второй половины 1811 г. Окончательное решение Адмиралтейства гласило, что Флиндерс будет получать половинное жалованье командира военного судна с 18 декабря 1803 г., а в счет «компенсации» ему будет дополнительно выплачена сумма в 500 фунтов стерлингов.