20 ноября командир доложил в Морское министерство о приходе на Батавский рейд. Он покинул его 28 ноября 1861 года. В донесении говорилось, что течь прежняя, без изменений, запасы пополнены и команда отдохнула, набралась сил для продолжения плавания. Больше донесений с клипера не поступало.
Спустя четыре месяца, когда прошли контрольные сроки получения донесений, в Морском министерстве забили тревогу. Прежде всего, поручение выяснить всё возможное о клипере дали контр-адмиралу Андрею Александровичу Попову, начальнику Тихоокеанской эскадры. Ему также приказали доложить, был ли тщательно осмотрен клипер перед отправлением в Россию.
Обратились за помощью в розыске исчезнувшего клипера к другим государствам. Вся русская военно-морская разведка была поставлена на ноги. Капитан 1‑го ранга Сергей Павлович Шварц и капитан-лейтенант Александр Александрович Колокольцев, находившиеся в Англии, получили задание доставить выписки из метеорологических журналов английских судов, вышедших из Зондского пролива в декабре 1861 года, за время их пути Индийским океаном до мыса Доброй Надежды с 29 ноября 1861 года до конца января 1862 года. Им рекомендовали собрать возможные сведения в конторе Ллойда. Одновременно послали запрос директору метеорологического департамента адмиралу Роберту Фицрою. В Голландии запросили те же сведения от директора метеорологического института в Утрехте. Находившемуся в Голландии капитан-лейтенанту Фёдорову поручили узнать в Ост-Индской компании о времени, когда клипер прошёл Зондский пролив. Кроме того, обратились через Министерство иностранных дел к голландскому правительству и главному правлению Ост-Индской компании с просьбой предоставить подробные сведения о плавании клипера «Опричник» в Яванском море до выхода в Индийский океан. В США послали официальный запрос директору Вашингтонской национальной обсерватории капитану Гиллису, а неофициально — поручение навести справки о судьбе клипера из любых источников капитану 1‑го ранга Лесовскому, выполнявшему особое задание в Америке. Все офицеры добросовестно выполнили поручение. Результаты оказались неутешительными.
В Англии капитан 1‑го ранга Шварц получил сведения, что «Опричник» вышел из Батавии 11 декабря 1861 года, но больше о нём ничего не знали. В конторе Ллойда имелось известие о сгоревшем 29 апреля 1861 года судне недалеко от мыса Доброй Надежды, но оно было крупнее клипера и имело хлопчатобумажные паруса. К тому же клипер не мог идти до мыса Доброй Надежды, никуда не заходя, четыре с лишним месяца.
Попов, морские агенты в США и Франции сообщили, что никакой информации об «Опричнике» нет.
Наиболее заслуживающие внимания сведения сообщил капитан-лейтенант Фёдоров. Ему удалось получить выписки из вахтенных журналов девяти судов, отправившихся с острова Ява в Европу в декабре 1861 года. Одно из них, барк «Шван», попал 25 декабря в ураган, получил большие повреждения, но уцелел. 21 декабря с барка наблюдали трехмачтовое судно, шедшее с ними параллельным курсом. Во время урагана голландские моряки ещё раз видели похожее судно, которое направлялось, как они считали, к центру урагана. Фёдоров установил, что после «Опричника» вышел в море французский паровой корвет «Лаплас». Он побывал на этом корвете, и командир показал ему судовой журнал, в котором значится, что русский клипер вышел 10 декабря, а французский корвет 11‑го. По выходе из Зондского пролива французы 12 декабря видели «Опричник», идущий под парусами, но так как они шли под парами, то вскоре обогнали русское судно и потеряли его из вида. Вскоре на корвете начался пожар, и он зашёл на Кокосовые острова, где ремонтировался до 6 января 1862 года. По всем признакам погоды и состояния океана французы сделали вывод, что вдали свирепствовал ураган.
Командир корвета рассказал, что он встречался с командиром клипера капитан-лейтенантом Петром Селивановым. То сказал ему, что собирается идти к мысу Доброй Надежды, не заходя никуда. Когда французское судно спустя два месяца пришло к мысу, капитан узнал, что «Опричник» там не появился. Француз сочувственно посмотрел на Фёдорова, но не стал высказывать никаких догадок. Была ещё одна странность. О клипере нет сведений в сводках судов, прошедших Зондский пролив. Голландское Министерство иностранных дел объясняло это тем, что клипер, скорее всего, прошёл пролив ночью. Места эти кишели пиратами. Когда русским военным судам приходилось стоять в этих водах на якоре, то устанавливались вдоль бортов противоабордажные сетки, и работала машина, чтобы поданным от неё по брандспойтам паром остудить горячие головы любителей наживы. Абсолютно исключено, чтобы на клипере не приняли мер предосторожности.
В гидрографическом департаменте Морского министерства проанализировали все собранные данные и пришли к печальному выводу. «Опричник» имел суточный ход 170 итальянских миль. За четырнадцать дней пройти на нём 2370 миль не составило бы труда. Если он вышел 11 декабря, то легко мог достичь того места, где видели подобное судно моряки с барка «Шван» 25 декабря. Из этого можно было сделать печальное заключение о гибели клипера «Опричник» в Индийском океане ориентировочно в южной широте 22 градуса и восточной долготе 67 ¼ градусов с 25 на 26 декабря 1861 года из-за попадания в центр урагана.
7 апреля 1863 года приказом управляющего Морским министерством без вести пропавший клипер «Опричник» исключили из списков судов флота.
Ни у кого не осталось сомнений в гибели моряков, только матери продолжали надеяться на чудо. Мать старшего офицера клипера лейтенанта Николая Куприянова написала прошение царю с просьбой организовать поиски моряков на островах, лежащих близ пути вероятного плавания клипера. Так оно и лежит в деле «О разыскании клипера “Опричник”». Никто, конечно, ни на каких островах никого не искал. Люди не любят тайн. Они их раздражают. Тайну гибели клипера пытаются разгадать уже второе столетие. Одни доказывают, что клипер был перегружен, нырнул в воду и был таков, даже мусор по воде не плавал. Но никакого дополнительного груза клипер не имел. Более того, мы уже упоминали, что он попадал в тайфун в 1860 году. Вот тогда он действительно был перегружен, доставляя груз для других судов эскадры, и ничего, выдержал. Другие кивают на то, что офицерский состав поменяли. Это уж вообще чепуха. Тогда весь российский флот должен был пребывать на дне. На всех русских судах офицерский состав меняли постоянно. Офицеры «Опричника», несмотря на молодость, были очень опытными моряками. Поэтому версия, предложенная голландцами, также маловероятна. Командир клипера не раз попадал в разные переделки, и где находился центр урагана, он понимал наверняка не хуже голландцев. Третьи объясняют встречей с «волной-убийцей» высотой до 18 метров. Говорят о взрыве крюйт-камеры, паровой машины, пожаре. Словом фантазия авторов гипотез неисчерпаема. Как ни обидно, но правды мы никогда не узнаем, как никогда не будем знать и место в Индийском океане, где можно опустить венок в память погибшим морякам.
