Государь дал баварским депутатам публичную аудиенцию собственно только как великий магистр Мальтийского ордена, а не как русский император. Церемониймейстер этого ордена повез их утром во дворец в придворной парадной карете, запряженной шестернею белых коней, с двумя гайдуками на запятках; с правой стороны кареты ехал конюший, по бокам ее шли четыре скорохода, а перед нею ехали верхом два мальтийских гвардейца. В богато убранной зале принял император депутацию рыцарей. Он сидел на троне в красном супервесте, черной бархатной мантии и с короною великого магистра на голове. Справа около него стояли наследник престола и священный совет ордена, слева – командоры, а вдоль стен залы находились кавалеры; русских сановников, не принадлежавших к Мальтийскому ордену, в аудиенц-зале на этот раз не было. Предводитель депутации, великий бальи Пфюрдт поклонился трижды великому магистру и, поцеловав поданную ему императором руку, представил благодарственную грамоту великого приорства баварского, которую Павел передал графу Ростопчину, великому канцлеру ордена. После того Пфюрдт произнес речь, выражавшую беспредельную признательность императору за его попечения о судьбах ордена; на речь эту отвечал от имени императора граф Ростопчин.
В то время, когда Павел Петрович с такою горячностию занимался судьбою Мальтийского ордена, дела этого ордена, по-видимому, обещали чрезвычайно запутать внешнюю политику России.
В сентябре месяце 1798 года соединенные флоты, турецкий и русский, пропущенные чрез Дарданеллы, овладели островами Зантом, Чериго и Кефалиниею, которые заняты были французами, а также овладели и самыми крепкими местностями в Албании. Порт острова Корфу был уже во власти адмирала Ушакова, и только крепость оставалась еще в руках французов. В свою очередь, английский и неаполитанский флоты действовали также успешно, отняв у французов Чивитавеккию. Такое положение дел вскоре, однако, изменилось. Императору Павлу, ставшему во главе Мальтийского ордена, этого векового борца против неверных, не приходилось уже оставаться в союзе с турками, и, кроме того, он в новом своем звании считал первою для себя обязанностью выгнать французов с острова Мальты, почему русская эскадра получила повеление направиться к этому острову, соединившись там с эскадрами английскою и неаполитанскою. Условлено было, что, если союзники овладеют Мальтою, то до заключения мира с Францией будут управлять островом представители трех держав с наместником, поставленным от русского императора. Англия, однако, опасалась, что при последнем условии Россия овладеет Мальтою, почему и предложила отдать ее королю неаполитанскому с тем, чтобы русские корабли находили там такую же постоянную стоянку, как и английские. Павел Петрович решительно отказался от этого предложения, шедшего вразрез с его видами на достояние Мальтийского ордена, а между тем, король неаполитанский стал смотреть на Мальту как на принадлежащую ему собственность. Англичане, не сойдясь с Россиею, медлили своим приходом к Мальте, и обстоятельство это чрезвычайно раздражало государя. Когда наконец они пришли и в Петербурге стали ожидать взятия Мальты со дня на день, то оказалось, что англичане, руководившие блокадою острова, ведут это дело с умыслом так небрежно, что французы, которым приходилось уже плохо, благодаря только слабости блокады могут продержаться еще долгое время. Император с неудержимою резвостию выражал свой гнев против вероломной политики лондонского кабинета. Терпение, запас которого у него был вообще не слишком велик, скоро истощилось, и он приказал русской эскадре, оставив Мальту, удалиться на остров Корфу. Это было сигналом разрыва с Англиею – разрыва, имевшего потом чрезвычайно важные последствия.
Мальтийский орден, учрежденный в России по плану императора Павла Петровича, во многом должен был разниться от того ордена, который существовал прежде. Происхождение державного ордена св. Иоанна Иерусалимского было очень скромно. Еще в исходе IX века в Сиене был основан первый странноприимный монашеский орден. По образцу его Герард Том, родом провансалец, учредил такой же монашеский орден в Иерусалиме, при храме св. Иоанна Крестителя, построенном амальфийскими купцами. Вскоре этот орден обратился в рыцарскую общину и почти сто лет оставался на месте своего возникновения. Когда турки овладели Иерусалимом, монахи-рыцари перешли в Птолемаиду, но, когда султан Саладин взял и этот город, то иоанниты удалились на остров Кипр. В 1036 году, при великом магистре Фалкон де Вилларете, они завоевали Родос. На этом острове, получившем свое греческое название от множества растущих на нем роз и принадлежавшем в ту пору грекам, рыцари прожили спокойно до 1521 года, когда Родос после отчаянного сопротивления туркам, составляющего едва ли не самую блестящую страницу в истории рыцарства, был взят султаном Сулейманом. Турки овладели островом только после трех месяцев осады, сосредоточив против рыцарей 300 000 своего войска. После этого рыцари остались без всякого пристанища. Они перекочевывали из одного города в другой до тех пор, пока римско-немецкий император Карл V не уступил им острова Мальты, прославленного чудесами апостола Павла. Император дал им Мальту с обязательством, чтобы они продолжали непрестанно борьбу против мусульман и морских разбойников. Иоанниты со славою исполняли это обязательство, и великий магистр их, Иоанн де Валет, был грозою Азии и всего Востока.
В ордене св. Иоанна Иерусалимского установились со временем три разряда членов: там были настоящие рыцари, или кавалеры, священники и военнослужащие, так называемые «servienti d'armi». С самого основания ордена требовалось от желающих вступить в число действительных рыцарей доказательство благородного происхождения. Прежде не нужно было представлять подробные родословные, но когда дворяне начали вступать в неравные браки, тогда стали требовать сведения не только об отце и матери, но и двух других восходящих поколениях, которые должны были принадлежать к древнему дворянству и по фамилии, и по гербу. При этом поставлено было, что не могут быть приняты в число рыцарей те, чьи родители были банкирами, хотя бы они и имели дворянские гербы. Такое же правило было постановлено и в отношении тех, чьи родители занимались торговлею вообще или же, присвоив себе какое-либо имущество ордена, не возвратили его по принадлежности. Лица, удовлетворявшие генеалогическим требованиям, получали рыцарское звание по праву рождения «cavalieri di giustizza», но звание рыцаря могло быть в виде милости предоставлено по усмотрению великого магистра и другим в определенном, впрочем, числе лицам, которые не подходили под означенные требования. Лица эти, находясь в ордене, назывались «cavalieri di grazzia». Ни в каком, однако, случае не был открыт доступ в рыцарство хотя бы самым отдаленным потомкам еврея, как по мужскому, так равно и по женскому колену. От военнослужащих, то есть от «servienti d'armi», не требовалось доказательств дворянского происхождения, но требовалось только свидетельство о том, что отец и дед вступающего в этот разряд ордена не были рабами и не промышляли каким-либо художеством или ремеслом.
При монашеском устройстве ордена одежду его членов составляла черная суконная мантия по образцу одежды св. Иоанна Крестителя, сотканной из верблюжьего волоса, с узкими рукавами, которые должны были напоминать иноку о том, что он лишился свободы. На левом плече мантии был нашит большой крест из белого полотна. Крест этот был осьмиконечный и служил символом восьми блаженств, ожидающих праведника в загробной жизни. Когда же монашеский орден иоаннитов обратился в военное братство, то для рыцарей был введен красный супервест с нашитым на груди так называвшимся мальтийским крестом. Поверх супервеста надевались блестящие латы. Рыцарской одежде придавалось чрезвычайно важное значение: ее могли носить только те, которые были посвящены в рыцарский сан, и кроме того, право на эту одежду предоставлялось по орденским статутам независимым государям и тем из знатнейших дворян, которые, при их набожности и других добродетелях вносили в казну братства единовременно 4000 скудо золотом. Для женщин, принадлежавших к составу ордена, была установлена длинная черная одежда с белым осьмиконечным крестом на груди, такого же цвета и с таким же на левом плече крестом, суконная мантия и черный остроконечный клобук с черным покрывалом.
Великий магистр ордена, избираемый с особенною торжественностию из числа рыцарей, вступивших в орден по праву рождения, считался державным государем; рыцари целовали у него руку, преклоняя перед ним колено. Статут предписывал «умиленно» молиться за него. При богослужении читалась о нем следующая молитва: «помолимся, да Господь Бог наш Иисус Христос просветит и наставит великого нашего магистра (имярек) к управлению странноприимным домом ордена нашего и братии нашей и да сохранит его в благоденствии на многая лета». В числе особенных прав, которые были предоставлены великому магистру, было право позволять рыцарям «пить воду», чего после вечернего колокольного звона никто, кроме него, разрешить не мог.