Меморандум Хисамицу представлял собой общую атаку на государство Мэйдзи, и, по сути, он призывал к отказу от «Присяги на хартии» от 3/1863. Особой статьей Хисамицу выделил свою обиду на Сайго и Окубо. Он потребовал их отставки из правительства Мэйдзи и заявил, что не появится в Токио до тех пор, пока его требования не будут выполнены. Поскольку Окубо в тот момент готовился покинуть Бостон, чтобы отплыть в Англию, главной мишенью Хисамицу стал Сайго.
Когда, по возвращении в Токио, Сайго узнал о демарше Хисамицу, он был потрясен действиями своего господина. «Заслуживает крайнего сожаления», написал он в письме Окубо от 12/8/1872, что недовольство Хисамицу стало достоянием общественности. И хотя Сайго не сомневался в том, что императорский двор проигнорирует требования Хисамицу, он тем не менее не знал, как ему справиться с этой проблемой. Он признался Окубо в том, что чувствует себе утомленным выпадами Хисамицу. К началу 11/1872 Сайго решил вернуться в Кагосима, чтобы успокоить Хисамицу, и по прибытии направил ему формальное извинение за то, что не смог найти время попросить у него аудиенции в ходе императорского визита в начале года. Однако Хисамицу был не в настроении позволять себя успокаивать, и он использовал визит Сайго как возможность отчитать его за неповиновение, неверность и стремление 'к самовозвеличиванию. Сайго был глубоко возмущен абсурдными обвинениями своего господина, но такое же сильное беспокойство у него вызывал политический климат в Сацума. «Настроения в Сацума, — писал он Курода Киётака 1/12/1872, — заметно отличаются от настроений в других частях страны, и ситуация ухудшается с каждым днем». Люди теперь не хотят говорить ни о чем, кроме своих обязательств перед Сацума, и это, предсказывал Сайго, несомненно, приведет к появлению серьезных проблем в будущем. Ввиду неостывающего гнева Хисамицу и этих зловещих политических признаков Сайго решил продлить свое пребывание в Кагосима.
Через месяц после того, как было написано письмо Курода, Сайго отмечал расставание с традиционным японским календарем. 11/1872 правительство издало указ о принятии григорианского календаря, вступающий в действие с 3/12/1872. Эта реформа исключила почти четыре месяца из конца года. Дата 3/12/1872 стала 1 января 1873 года, и традиционный японский Новый год пришелся на 28 января. Несмотря на странное ощущение от «потери» месяца, Сайго был не в настроении критиковать новый календарь. На фоне бесконечных тирад Хисамицу Сайго не хотел громогласно заявлять о своей собственной любви к традициям. Вместо этого он описал сельскую местность как хранилище японских традиций:
С давних пор это был день для встречи Нового года.
Как солнечный календарь достигнет
глухих отдаленных деревень?
Снег говорит о приближении щедрого года,
и стариков почитают,
как сокровище каждой семьи.
Как радостны крики деревенской детворы!
Здесь Сайго выражает осторожный оптимизм, который позволял ему поддерживать такое количество радикальных реформ государства Мэйдзи. Сайго был уверен, что самые важные традиции, такие, как почитание стариков, сохранятся даже при новом календаре.
Из-за необходимости сдерживать Хисамицу Сайго оставался в Кагосима до весны 1873 года. 12/1872, или в начале января 1873-го по новому стилю, Хисамицу дал официальное обещание прибыть в Токио, но выполнил его только в марте, после того как Кагосима посетили Кацу Кайсю и высокопоставленный придворный Ни-сиёцуцудзи. Они привезли с собой подарки и специальное приглашение от императора. Благодаря их визиту Сайго получил возможность вернуться в столицу, но из-за своего затянувшегося пребывания в Кагосима он оказался под огромным давлением в Токио. Власть Сайго основывалась главным образом на его статусе высокопоставленного чиновника в правительстве Мэйдзи, но он по своей природе не был сильным политиком. После отъезда Сайго Сандзё пришлось в одиночестве справляться с целой серией затянувшихся кризисов. Сандзё описал свои проблемы в письме Ивакура 6 января 1873 года. Его сильно тревожил Симадзу Хисамицу, который продолжал выступать против политики центрального правительства. Он был глубоко обеспокоен продолжающейся борьбой из-за бюджета, которая теперь превратилась в общий правительственный кризис. Вместо того чтобы уступить требованиям Это, Иноуэ отказался составить бюджет и прекратил свою работу в министерстве финансов. Сандзё надеялся на то, что Окума поможет ему выйти из тупика, но одному ему было не по силам преодолеть этот кризис. Кроме того, Сандзё столкнулся с двумя сложными внешнеполитическими проблемами, источниками которых стали Тайвань и Корея.
Тайваньский кризис был вызван крушением у берегов Тайваня корабля с несколькими чиновниками из Рюкю в 1871 году. Чиновники были убиты тайваньскими аборигенами, и японские экспансионисты ухватились за этот инцидент как за предлог для захвата Тайваня. Если правительство Цин не может держать под контролем горячие головы на Тайване, этом острове, то у него нет прав претендовать на владение островом. Эта опасная ситуация осложнялась тем, что Токио лишь недавно открыто объявил о своем контроле над Рюкю, и Китай не признал претензий Японии. Токийское правительство, объяснял Сандзё Ивакура, планирует направить в Китай для ведения переговоров министра иностранных дел Соэдзима Танэоми, но вооруженный конфликт между Китаем и Японией казался неизбежным.
Корейский кризис был таким же запутанным, но Сандзё считал его менее взрывоопасным. Корейская династия Ли, строго придерживаясь китайского дипломатического протокола, отказалась признать императора Мэйдзи, поскольку корейский король признавал только одного императора — китайского суверена. Вместо этого корейский двор настаивал на сохранении дипломатического протокола конца эпохи Токугава, когда сёгунат общался с корейским двором через представителей японского княжества Цусима. Отказ Кореи признать императорское правительство был расценен как серьезное оскорбление и вызвал разговоры о военном ответе. Поддержка военной экспедиции была особенно сильной среди самураев и в пределах бывшего княжества Сацума.
Сандзё, в последних строках своего письма Окубо, признается в том, что он чувствует себя совершенно измотанным и просит Ивакура вернуться в Японию как можно быстрее. 19 января 1873 года правительство издало по этому поводу приказ, предписывающий миссии вернуться. Однако кризис Сандзё не был национальным кризисом, и приказ был отправлен письмом, а не по телеграфу, которое нашло миссию в Берлине двумя месяцами позже. Но к этому времени миссия уже была разделена, как и временное правительство. Проблемы начались вскоре после прибытия миссии в Вашингтон, когда Ито Хиробуми и Мори Аринори, японский консул в Вашингтоне, убедили Окубо в том, что пришло время для пересмотра договоров. Не желая упускать такую возможность, Окубо вернулся в Токио, чтобы получить дипломатическое полномочие. Однако временное правительство настояло на сохранении первоначального соглашения, по которому миссия могла вести только предварительные переговоры. 6/1872 Окубо вернулся в Вашингтон с пустыми руками, заставив Кидо испытать гнев и разочарование. Было ошибкой, написал он в своем дневнике, пытаться изменить цель миссии и пересмотреть договоры, находясь в Вашингтоне. Соединенные Штаты, осознал он теперь, не были готовы идти на уступку в каком-либо важном вопросе, и, подняв уровень переговоров, посольство только унизило Японию. «Я бесконечно сожалею, — написал он 17/6/1872, — о том, что, прибыв сюда в спешке, мы довели ситуацию до такого состояния». Все наши усилия, горевал он, «оказались напрасными».
Разочарованные, раздраженные и сердитые друг на друга, члены миссии не могли прийти к согласию о том, как им интерпретировать приказ токийского правительства. После нескольких дней дебатов члены миссии пришли к тому, что им нужно вернуться раздельно. Окубо решил выехать немедленно и прибыл в Японию 26 мая. Кидо продолжил миссию, посетив Россию, Италию, Австрию и Швейцарию, прежде чем направиться домой, и вернулся в Токио 23 июля. Ивакура появился в Японии только 13 сентября, после увеселительного круиза, который включал остановки в Шри-Ланке, Сайгоне, Гонконге и Шанхае.
Вернувшись в Токио, Окубо обнаружил, что он потерял контроль над правительством, которое помогал создавать. Борьба между Это и Иноуэ закончилась, но Это одержал победу в последнем раунде. 19 апреля Это, Оки и Гото Сёдзиро были назначены императорскими советниками (санги), и 2 мая Это предпринял шаги для укрепления власти императорского совета. Совет теперь получил контроль над ассигнованием бюджетных средств, монетным двором, внешними и внутренними займами. После того как его министерство было, по сути, лишено всякой власти, Иноуэ 7 мая ушел в отставку Столкновение Это и Иноуэ стало первым политическим кризисом современной Японии. Иноуэ дал выход своему отчаянию, опубликовав цифры бюджетного дефицита в японской прессе. После этого правительство опубликовало собственные цифры и наказало Иноуэ штрафом за разглашение государственных секретов. В отличие от тайных дискуссий в администрации режима Токугава, лидеры правительства Мэйдзи начали вести борьбу за общественную поддержку.
