6 ноября 1682 года оба царя и регентша с боярами в сопровождении более десяти тысяч человек вступили в умиротворенную Москву. Стрельцы получили приказ в этот день явиться без оружия, пасть на колени и бить челом во время прохождения царского кортежа. Порядок был восстановлен. Софья торжествовала. И маленький Петр, наблюдая согнутые спины по обе стороны улиц, оценил благоприятный эффект жесткости в подавлении народного вооруженного восстания. Подавить мятеж в крови и осыпать милостями оставшихся в живых, как только опасность минует. Этот урок юный царь будет вспоминать потом всю жизнь. С раннего детства его преследовали ужас, насилие и ложь. Среди враждебного окружения только его мать оставалась безучастной к дворцовым интригам. Но она жила в мечтах. А у Петра было неутолимое желание действовать, командовать, создавать, как и у его сводной сестры Софьи, которую он боялся и ненавидел. На самом деле, едва обосновавшись в Кремле, она приняла безапелляционное решение: Иван останется во дворце рядом с ней, а Петр уедет вместе с матерью в село Преображенское.
Избавившись таким образом от одного из двух царей, от большинства стрельцов и самых ярых староверцев, Софья готовилась управлять страной вместе с Василием Голицыным. Окружающие сравнивали Софью с Семирамисом Вавилонским или Елизаветой Английской. Софье же была ближе императрица Пульхерия Византийская. Не принимая во внимание две детские головки, увенчанные короной, которые находились в ее тени, она требовала, чтобы к ней обращались «Ваше Величество» или «Пресвятая Царевна», занимала место рядом с Иваном на официальных церемониях и заказала в Голландии выгравировать свой портрет, на котором была изображена в шапке Мономаха.
Однако, достигнув вершины власти, она не потеряла рассудок. Ее первые решения были тверды и мудры. 30 декабря 1682 года – семь недель спустя после ее возвращения в столицу – двенадцать из двадцати стрелецких полков были отправлены на дальние заставы. Когда-то гордые стрельцы потянулись по снежным дорогам в ссылку со своим скарбом, женами и детьми. Прощай, счастливая жизнь с привилегиями, гулянками и дерзкими выходками! Те, кто остались в Москве, были собраны в надежное и дисциплинированное войско. Неспособные и неблагонадежные командиры были смещены. Главой стрелецкого войска вместо обезглавленного интригана Ивана Хованского был назначен энергичный и жестокий думский дьяк Федор Шакловитый. Впредь Софья станет опираться на двух человек в управлении страной: Федора Шакловитого и Василия Голицына. Ее политическое вдохновение было то великодушно, то авторитарно. Она упорно преследовала раскольников, обрекая самых строптивых на гибель своими приказами, и со всем почтением принимала гугенотов, бежавших из Франции после отмены Нантского указа. Мечтая с Василием Голицыным об улучшении условий для крепостных крестьян, издавала указ о возвращении хозяевам-помещикам беглых крепостных. Признавая практику иностранных духовных культов, предписывала своему народу единственную официальную религию. Каждый раз ее стремление к терпимости гасилось необходимостью сильной абсолютной власти. Однако, как и ее отца, Алексея Михайловича, Софью привлекал Запад. Она много читала, писала пьесы для театра, которые ставились при дворе; говорят, она сама играла в спектаклях, ввела некоторые нормы этикета «на польский манер» в аристократических кругах.
Но самым главным в ее жизни стала страстная любовь к Василию Голицыну. Высокий красавец Голицын никогда не отвергал за безобразную внешность эту бесформенную неряшливую женщину с властным взглядом. Он прислуживал ей с одинаковым рвением в постели и за рабочим столом. Это было образцовое поведение человека, сведущего в политике, умного, хитрого и способного. Все иностранные посетители, которые встречались с ним, были покорены элегантностью его манер и живостью ума. Он встречал их в своем дворце с резными потолками, приводил в восхищение своей картинной галереей, библиотекой, географическими картами, античным мрамором, венецианским стеклом и французской мебелью; вступал с ними в длинные дискуссии по-латыни или по-польски, которые восхищали гостей. По мнению дипломата Ле Невиля, князь Василий Голицын собирался «заселить пустыни, обогатить нищих, превратить дикарей в людей, трусов в героев, пастушьи лачуги в каменные дворцы». В его программу, кроме отмены крепостного права, были включены такие меры, как создание регулярной армии, открытие границ с западными странами, отправка молодых людей за границу, где они смогли бы завершить свое образование, объявление различных свобод, в том числе и свободы вероисповедания. Многое осталось лишь в мечтах. Софья, со своей стороны, также не была лишена этого. Ее связь с Василием Голицыным была известна и при дворе, и даже народу. Она афишировала ее как вызов стыдливому положению женщины в России. Но она так и не смогла, несмотря на это, поменять традицию изоляции женщин из социальной жизни своих современников. Повернувшись спиной к терему и его узницам, она удовлетворилась тем, что демонстрировала своим ежечасным поведением, что принятые для всех законы не могут быть применены в исключительных случаях. Тот факт, что у ее фаворита есть жена и ребенок, ее абсолютно не трогал. В случае необходимости она отправит княжну Голицыну, урожденную графиню Гамильтон, в монастырь, чтобы Господь утешил ее, покинутую мужем. Выйти замуж за своего любовника после того, как церковь признает расторжение брака? Иногда она мечтала об этом. Но она понимала, что не сможет никогда добиться того, чтобы Голицын стал настоящим царем, потому что это будет уже смена династии. Тогда к чему все это?
Вдохновителем как внешней, так и внутренней политики Софьи был великодушный Василий Голицын. Следуя традициям своих предшественников, он ратовал за территориальную экспансию России на запад и на юг. Страна не сможет жить (все время одна и та же проблема), не приобретя выходы к морю. Однако было бы безрассудно покушаться на Польшу, которая была в зените могущества, или шведов, армия которых под предводительством Карла XI наводила страх на весь мир. Оставалась вялая и слабая Турция. Король Польши готовился к войне с турками и татарами и предлагал Софье присоединиться к польским, австрийским и венецианским войскам для окончательного разгрома Оттоманской империи. Прекрасный случай обеспечить себе выходы к Черному морю. Но чтобы согласиться на это, регентша и ее любовник решили заручиться гарантиями. По договору, подписанному в Москве 21 апреля 1686 года, Польша уступала России в обмен на поддержку город Киев, колыбель православной веры, большие территории, занятые запорожскими казаками, и прилежащие к Смоленску территории до Днепра. «Никогда еще наши предки не заключали столь блистательный и выгодный мир, – заявила Софья. – Слава России гремит во всех концах света». И в том же порыве энтузиазма она назначает командующим армией Василия Голицына. Несравненный любовник, опытный и умелый дипломат, он должен был стать блестящим военачальником. Голицын ссылался на свою некомпетентность в области военного мастерства, Софья же наложила свою резолюцию и назначила ему в помощники шведского генерала Патрика Гордона.
Как только они оказались на месте, Василий Голицын понял, что его опасения были не напрасны. Продвижению его армии вперед мешали тяжелые и ненужные обозы. Между Днепром и Перекопским перешейком татары подожгли степь. Пожар с гулом распространялся по земле и вскоре достиг ста пятидесяти верст в длину и более ста верст в глубь степи. Задыхаясь от дыма, люди и лошади застыли на месте. Василий Голицын смирился с необходимостью отступления, довольный тем, что враг также будет остановлен огнем и не станет преследовать его армию. 11 июля 1687 года русские полки, численностью более ста пятидесяти тысяч человек, отступая, пересекли границу. Чтобы успокоить всеобщее недовольство, казаки обвинили в предательстве своего гетмана Самойловича, который был тотчас же осужден и сослан в Сибирь. Вместо него запорожцы избрали своим предводителем Мазепу. Хотя они принимали участие только в одной битве, потери перевалили за сорок тысяч солдат, сгоревших, задохнувшихся в дыму или пропавших без вести во время бегства. Из гордости отказываясь признать поражение, Софья встречала своего фаворита как победителя.
Голицын приготовился услышать упреки, а вместо этого получил подарки, награды и полторы тысячи крестьян. Офицеры и солдаты также получили награды и компенсации в соответствии с чинами. Это всеобщее ликование не могло долго обманывать общественное мнение. Вернувшиеся из похода рассказывали шепотом о своих бесславных приключениях. При дворе, как и в городе, каждый уже знал, что за так называемой победой скрывается самое нелепое из поражений. Это национальное унижение усугубили новости о продвижении поляков в Подолье и Молдавии и успехах венецианского флота у полуострова Мореи.