В 1943 г. черноморцы единственными в морской авиации предприняли попытку использовать имевшиеся на флоте МБР-2ВУ по своему прямому назначению в реальной боевой обстановке. На Балтике от применения телеуправляемых торпедных катеров отказались, поскольку ВВС флота не могли обеспечить прикрытие МБР-2ВУ истребителями. В августе 1941 г. спецаппаратура была демонтирована, катера стали воевать как обычные.
В феврале 1943 г. была предпринята попытка набега на порт Камыш-Бурун с применением радиоуправляемого торпедного катера. Для уничтожения плавсредств противника был выделен ТКА-61 волнового управления, который 22 февраля в сопровождении ТКА-13 и ТКА-91 вышел из Геленджика в набег. Однако утром 23 февраля операцию пришлось свернуть, так как самолет-водитель МБР-2ВУ, вылетевший для наведения ТКА-61, упал и разбился в районе сухопутного аэродрома в Геленджике, экипаж погиб.
Еще одна попытка была предпринята 22 июля 1943 г. Уже упоминавшийся ТКА-61 (ВУ) вышел для атаки порта Анапа в сопровождении ТКА-12 и ТКА-81. После того, как с отрядом встретился самолет-водитель МБР-2ВУ, с ТКА-61 был снят экипаж и управление было передано на самолет. Под огнем немецкой артиллерии самолет вывел катер на цель, но в 300–400 метрах от головы мола ТКА-61 взорвался. Вероятно, он столкнулся с каким-то препятствием, так как команды на взрыв с самолета дано не было.
Последний оставшийся в распоряжении флота радиоуправляемый торпедный катер ТКА-41 был использован 16 декабря 1943 г. в еще одном набеге на порт Камыш-Бурун. Для обеспечения атаки были выделены значительные силы. ТКА-41 (ВУ) и сопровождающие ТКА-81 и ТКА-62 на переходе из Тамани в точку встречи с самолетом-водителем с воздуха прикрывали 5 Як-9 и 8 ЛаГГ-3. Еще пятерка Як-9 была выделена для прикрытия самолета-водителя МБР-2ВУ. Шесть Ил-2 в сопровождении восьмерки Як-9 подавляли береговые батареи немцев. Но и на этот раз успех не был достигнут, так как в полутора милях от косы Камыш-Бурун ТКА-41 (ВУ) взорвался и затонул.
Еще одной задачей МБР-2 стали поисково-спаса-тельные операции. 16 июня 1943 г. летающие лодки вели поиск команды погибшего базового тральщика «Защитник». С 6 по 10 октября 1943 г. МБР-2 вылетали на спасение экипажей лидера «Харьков» и эсминцев «Беспощадный» и «Способный», потопленных немецкими «штуками» 6 октября. Один из матросов «Способного» был подобран МБР через двое суток после гибели корабля.
Во время Крымской операции весной 1944 г. МБР-2 вели поиск сбитых летчиков у берегов Крыма, подбирая их самостоятельно или наводя торпедные катера. 15 апреля 1944 г. пара МБР-2, выполняя поисково-спасательный полет, обнаружила звено наших торпедных катеров, накануне ночью потерявших в тумане ориентировку и оставшихся в результате без топлива. Летающие лодки вывели на них два торпедных катера из Анапы, и после приемки топлива вся группа благополучно вернулась на базу.
Смена заслуженным, но окончательно устаревшим ветеранам в лице «Каталин» появилась только в июне 1944 г., когда с Северного флота было переброшено 8 машин, поступивших на вооружение 18-й отдельной эскадрильи. Но до окончания боевых действий основу парка гидроавиации флота все равно составляли МБР-2, которые нередко действовали вместе с «Каталинами». Так, 21 августа, после массированного удара авиации Черноморского флота по Констанце, четверка PBN-1 из 18-й эскадрильи и три МБР-2 из 60-й эскадрильи под прикрытием истребителей вели поиск экипажей, не вернувшихся на свои аэродромы в предыдущие дни. А в сентябре 1944 г. боевые действия для черноморских МБР-2, как и для всего Черноморского флота, закончились.
Перед Великой Отечественной войной ВВС Тихоокеанского флота имели в своем составе 218 МБР-2 — больше, чем на других флотах. Естественно, что после 22 июня 1941 г. основной поток новой техники шел на действующие флоты, поэтому к лету 1945 г. «амбарчики» оставались основными самолета-ми-разведчиками советской морской авиации на Тихом океане. Несмотря на предпринятые в преддверии войны с Японией меры по усилению Тихоокеанского флота и его морской авиации, на Дальнем Востоке в частях насчитывалось 146 МБР-2 (в том числе такие раритеты, как МБР-2 с аппаратурой волнового управления), и только 70 «Каталин». Они были распределены между тремя полками (117-м и 48-м морскими дальнеразведывательными и 115-м морским разведывательным), а также отдельными эскадрильями (морскими разведывательными и волнового управления).
Кроме флотской авиации, еще 10 МБР-2 составляли 2-й отдельный морской бомбардировочный авиационный пограничный полк Приморского пограничного округа (омбапп), базировавшийся на Камчатке и находившийся в оперативном подчинении 128-й смешанной авиационной дивизии 10-й воздушной армии ВВС КА.
В скоротечной военной кампании на Дальнем Востоке МБР-2 использовались не только и не столько как морские разведчики и самолеты ПЛО (тем более что японцы не вели активных боевых действий на море), а прежде всего как дневные (японские истребители в воздухе были тоже большой редкостью) и ночные бомбардировщики, а также как транспортные самолеты. В дальневосточных условиях с капризной погодой очень кстати оказались меньшие ограничения по погоде МБР-2 и более высокая летная подготовка экипажей разведывательных полков. На Сахалине, например, за все время ведения боевых действий (с 9 августа по 3 сентября 1945 г.) выдалось всего 7 летных и 5 ограниченно летных дней.
Морская авиация ТОФ начала боевые действия через два часа после объявления войны. Первыми «отбомбились» по корейскому порту Юки (ныне Унги) 12 МБР-2 из 115-го омрап, ведомые командиром полка майором И. Нехаевым. Летающие лодки продолжали работать по целям в Юки и ночью 10 августа. При подходе к цели для скрытности и внезапности МБР-2 снижались и ложились на боевой курс на малом газу. Ведущая пара гидросамолетов сбрасывала САБы, освещая город и порт, давая выбрать цель и прицельно отбомбиться ведомой паре. По данным послевоенного обследования порта Юки, аварийно-спасательной службой ТОФ морской авиацией потоплено пять японских судов. Из них летчики 115-го омрап претендуют на потопление одного транспорта 9 августа.
9—10 августа «амбарчики» записали на свой счет еще один, на этот раз полностью подтвержденный боевой успех. Примечательно, что это произошло в Охотском море, вдали от основного района боевых действий.
Следует пояснить, что вплоть до 9 августа 1945 г. на западном побережье Камчатки действовали японские рыболовные концессии, их обслуживали японские же рыболовные суда. После объявления войны японцы, пользуясь отсутствием боевых кораблей Тихоокеанского флота в Охотском море, предприняли попытку эвакуировать свою рыболовную флотилию, вывезя при этом часть добытой рыбопродукции Тем не менее, силами 60-го морского пограничного отряда Приморского пограничного округа в районах Ичинского и Кировского рыбокомбинатов были захвачены японский плавучий крабоконсервный завод «Riuko Маги № 2» и 59 различных промысловых судов. Но еще одна большая японская краболовная база «Kasado Маги» (6003 брт) попыталась уйти. Помешать японцам могла только авиация, поэтому на поиск «беглянки» была послана пара МБР-2 из 2-го омбапп, которые и обнаружили японское судно в районе устья реки Кихчик. После атаки «Kasado Маги» загорелась и затем затонула утром 10 августа. Победа была отнесена на счет экипажа старшего лейтенанта А. Ларионова, за что он, а также штурман лейтенант А. Угрюмое и воздушный стрелок-радист И. Грачев были награждены орденами Красной Звезды.
С 11 августа побережье Кореи было затянуто густым туманом, и МБР-2 115-го омрап летали только на воздушную разведку. Но уже 13 августа в порту Сейсин сложилась критическая ситуация. Японцы, стянув значительные силы, дали высаженному в порту десанту углубиться в город, а затем с наступлением темноты начали ожесточенную контратаку. На следующие сутки, с высадкой в порту еще одного батальона морской пехоты, бой разгорелся с новой силой. Требовалась немедленная поддержка с воздуха, а погода оставляла желать лучшего — низкая облачность (нижняя кромка — 300 м), местами густой туман. Подняться в воздух смогла только пара МБР-2ВУ из 63-й оаэ ВУ с наиболее опытными экипажами. Долетев до Сейсина, гидросамолеты «отбомбились» по японской батарее на мысе Комацу (другой вопрос — насколько прицельно), но, возвращаясь домой, один из самолетов разбился, врезавшись в гору в районе мыса Гамова.
МБР-2 48-го омдрап, входившего в состав Северо-Тихоокеанской флотилии (СТОФ), с первых дней боевых действий начали вести разведку и аэрофотосъемку южносахалинских портов Торо (ныне Шахтерск), Эсуторо (Углегорск) и Усиро. Это позволило изготовить фотопланшеты всех трех портов, так как их крупномасштабные карты и планы отсутствовали. Одновременно, с 10 августа, «амбарчики» 48-го омдрап начали ночные налеты одиночными самолетами на Торо, Эсуторо и Усиро. Бомбовая зарядка МБР-2 — «ночников», — как правило, составляла четыре ФАБ-100. До ухудшения погоды 14 августа МБР-2 успели совершить 14 боевых вылетов.
