Шлюпочное вооружение несколько менялось как от корабля к кораблю, так и в течение службы. В частности, „Принц Ойген“ в начале карьеры нес 2 разъездные шлюпки, моторный катер, моторную шлюпку, два моторных яла, два катера и два ялика. Подъем и спуск осуществлялся главным образом парой специальных шлюпочных кранов, расположенных между трубой и грот-мачтой. Из числа построенных единиц краны на „Ойгене“ были более мощными и длинными, чем на „Хиппере“ и „Блюхере“.
Корабли имели 3 якоря, все в носу, 2 в клюзах и один по диаметральной плоскости в развале форштевня. (Последний на службе не оправдал себя и был снят с „Ойгена“ весной 1942 года).
Для подъема якорей служили 3 электрических шпиля (один из них располагался в корме и являлся резервным); в критических случаях постановку и снятие с якоря можно было осуществлять вручную.
Германские тяжелые крейсера, перенасыщенные сложным оборудованием и механизмами, имели очень значительный экипаж. Его численность менялась в зависимости от конкретного состава легкого зенитного вооружения и выполняемой задачи. Штатный состав равнялся 1380 человекам, включая 42 офицера. Однако в ходе операции „Рейнюбунг“ на „Принце Ойгене“ находилось 64 офицера, 76 старшины, 408 младших унтер-офицеров и 852 рядовых, не считая специалистов радиоразведки и призовых команд. По некоторым данным команда „Хиппера“ в его атлантическом походе достигала 1600 человек, тогда как „Блюхер“ в свой единственный роковой поход вышел с практически штатным составом в 1380 моряков.
Команда разделялась на 10 дивизионов: 4 строевых (с 1 по 4), 3 механиков и службы борьбы за живучесть (5–7), 8-й дивизион из механиков-оружейников (артиллеристов и торпедистов) и авиаперсонала. В состав 9-го дивизиона входили специалисты, обслуживающие системы связи и управления огнем, а 10-й составляла администрация и „обслуга“ (писари, официанты, портные, парикмахеры и т. п.). К вспомогательным дивизионам 8, 9 и 10 приписывались еще и музыканты, гражданские лица и временно принимаемые на борт специалисты — например, прислуга дополнительных зениток из состава армии, специалисты по радиоразведке и другие.
Первое изменение вооружения на „Хиппере“ состоялось незадолго до „Учений на Везере“ — в апреле 1940 года. Тогда на крышах возвышенных башен появилось по одной 20-мм зенитке модели С/30 на армейских станках. После возвращения в Германию для ремонта в 1941 году эти пушки оставили, добавив счетверенную установку того же калибра („фирлинг“) на башенноподобной носовой надстройке вместо находившегося там прожектора. Еще две таких же установки заменили армейские пушки на крышах башен в феврале—марте 1942 года. Наконец, на баке появился четвертый экземпляр этого весьма эффективного оружия (снят в 1943 г.).
После новогодней неудачи в декабре 1942 года „Адмирал Хиппер“ весь следующий год находился в небоеготовом состоянии, и только в 1944 году продолжилось усиление его вооружения. Той весной он имел три стабилизированных в трех плоскостях „фирлинга“ еще два стабилизированных в двух плоскоcтях (на площадке у трубы) и изначальные восемь одиночных 20-мм и шесть спаренных 37-мм зениток.
К этому времени угроза авиации стала более чем реальным фактором даже на Балтике, где советские ВВС все больше завоевывали воздушное пространство. Специальное совещание с участием высших чинов командования Кригсмарине и Вермахта решило принять меры к усилению зенитного вооружения всех кораблей учебной эскадры, в которую входил и „Хиппер“. Отличные качества шведского автомата „Бофорс“, который активно использовался союзниками, заставили, наконец, обратить на него внимание и немцев. Крейсер лишился двух передних спаренных 37-мм установок и трех 20-мм „фирлингов“, вместо которых установили шесть одиночных 40-мм „бофорсов“. Все восемь одиночных 20-миллиметровок заменили спаренными, добавив еще четыре новых одноствольных. В результате крейсер стал иметь шесть 40-мм, восемь 37-мм и двадцать восемь 20-мм стволов. Но и этого оказалось явно недостаточно, и в конце того же 1944 года было предложено перевооружить „Хиппер“ 20-ю „бофорсами“, двумя „фирлингами“ и семью 20-мм спарками. Данный проект так и не удалось окончательно воплотить в жизнь, поскольку ремонт и переоборудование крейсера под бомбами союзников велись крайне медленно.
В декабре 1941 года в ходе ремонта в доке Бреста крейсер получил четыре 20-мм счетверенных установки (на баке, шканцах и возвышенных башнях). В январе следующего года пятый „фирлинг“ занял место прожектора на башенноподобной надстройке. Однако низко расположенные открытые установки на верхней палубе, управление которыми крайне затруднялось в мало-мальски плохую погоду, проявили свои недостатки при прорыве через Ла-Манш, так что по приходе в Германию их сняли. Вместо них появились две такие же установки на платформе у трубы, а число 20-мм одиночных автоматов увеличилось до восьми.
В 1944 году „Принц Ойген“ прошел примерно такое же переоборудование, как и „Хиппер“, получив шесть 40-мм „бофорсов“ (на крышах возвышенных башен, на местах передних 37-мм установок и на шканцах) в дополнение к оставшимся четырем спаренным 37-мм, двум счетверенным и десяти одиночным 20-мм автоматам. Процесс перевооружения стал практически перманентным: в конце того же года решили, что „Ойген“ должен иметь 18 одиночных 40-мм орудий, 6 „фирлингов“ и две спарки 20-мм модели LM44. Это последнее переоборудование велось периодически, но так и не было завершено: к моменту капитуляции недоставало двух счетверенных и такого же количества спаренных 20-мм автоматов.
При вступлении в строй „Адмирал Хиппер“ имел традиционную светло-серую окраску корпуса; деревянное покрытие палубы имело естественный цвет, а остальные горизонтальные поверхности покрывались темно-серой краской. В качестве опознавательного знака для своих самолетов в передней части палубы перед носовыми башнями накрашивался большой белый круг с черной свастикой. С начала 1940 года дополнительно крыши самих башен получили желтую окраску. Весной того же года „Хиппер“ получил свой первый камуфляж в виде темно-серых полос на основном светло-сером фоне. Впоследствии схема камуфлирования менялась в начале 1942-го и начале 1944-го года, но общий принцип (темно-серые фрагменты на светло-сером фоне) оставался неизменным до конца службы.
„Блюхер“ на протяжении всей своей недолгой жизни оставался в традиционной предвоенной светло-серой окраске. Аналогичную окраску получил и „Принц Ойген“ при вступлении в строй, однако после перехода для учебы на Балтику его перекрасили по популярной тогда в германском флоте „искажающей“ схеме. Носовая и кормовая оконечности стали темно-серыми, что в условиях плохого освещения (вполне распространенная ситуация в северных морях) неплохо маскировало истинную длину крейсера. Для довершения картины в носовой части — там, где кончалась темно-серая зона и начиналась более светлая, имитирующая „корпус“, накрашивалась белая „носовая волна“. Корпус и надстройки в середине получили чередование довольно узких и ярких белых и черных полос. Любопытно, что перед выходом на „Рейнские учения“ вместе с „Бисмарком“ от этой вроде бы интересной схемы решили отказаться в пользу традиционной светло-серой окраски.
В течение примерно года с середины 1941-го по середину 1942-го „Принц Ойген“ имел камуфляжную окраску, нанесенную на него во Франции и состоявшую из темно-серых полос на светло-сером фоне. Немцы так и не смогли окончательно выработать своего мнения о пользе камуфляжа, поскольку затем крейсер опять перекрасили в серый цвет. Как и на „Хиппере“, имелись опознавательные признаки для наблюдения с воздуха: все та же черная свастика в белом круге, но на красном прямоугольнике, что в совокупности как бы имитировало германский флаг, а также довольно ярко окрашенные крыши башен, в данном случае — в красный цвет.
После приемки комиссией 29 апреля 1939 года крейсер отнюдь не находился в боеготовом состоянии. При первом же выходе в море 6 июня обнаружилось, что недостаточная высота форштевня и незначительный развал бортов в носу при ходе против волны приводят к сильному заливанию всей носовой части корпуса по самые башни. Как и на большинстве других боевых судов, имевших высокую башенноподобную надстройку близко от трубы, возникли проблемы с дымом, мешавшим наблюдению и управлению огнем.
Принявшему «Хиппер» первому командиру, 44-летнему капитану цур зее (соответствует капитану 1 ранга) Гельмуту Хейе, только что произведенному в чин, пришлось для начала заняться «хозяйственными» проблемами. После первого похода по Балтике с заходом в столицу Эстонии Таллин и шведский Хернёсанд 3 и 24 июля соответственно крейсер вновь поставили в док. В ходе работ он получил так называемый «атлантический» форштевень, в результате чего носовая оконечность получила характерный «вздернутый» вверх вид. Одновременно трубу оборудовали козырьком, отводившим дым в корму, и модифицировали ходовой мостик, признанный неудобным для командования. 1 сентября 1939 года, в день начала Второй мировой войны, "Адмирал Хиппер" все еще находился на пробных испытаниях в Киле. Его тут же сочли временно боеспособным и отправили в пролив Большой Бельт к датскому побережью в попытке предотвратить прорыв польских надводных кораблей и подводных лодок на Запад. Затем испытания продолжились, переместившись с началом военных действий в более безопасную Балтику, и продлились весь сентябрь. На учебных стрельбах по бывшему линкору «Гессен» присутствовала советская артиллерийская делегация, крайне заинтересованная возможностями новых германских крейсеров (вопрос о предстоящей покупке «Лютцова» уже стоял на повестке дня). К тому времени скоротечная кампания против Польши закончилась, и не сделавший ни одного залпа по неприятелю «Хиппер» вновь отправился в Киль на завод фирмы "Блом унд Фосс". После почти месячного нахождения в доке 15 декабря корабль вновь оказался у достроечной стенки, и только в начале января 1940 года он смог возобновить испытания. Однако суровая зима покрыла льдом устья рек и прибрежную зону, и число практических выходов в море пришлось сократить. Поэтому формально находившийся в строю уже 9 месяцев крейсер все еще не был вполне боеспособным, когда в последний день января последовал приказ о необходимости прибыть в Вильгельмсхафен для участия в активных операциях. На нем поднял свой флаг вице-адмирал Лютьенс, в то время командующий Разведывательными силами флота, а 12 февраля его посетил командующий надводным флотом адмирал Маршалль. На главной базе флота за две недели на «Хиппере» установили радар, и в полночь 18 февраля он вышел в составе оперативного соединения под командованием Маршалля, включавшего линкоры «Гнейзенау» (флагманский) и «Шарнхорст», "Адмирал Хиппер" и 2 эсминца. Операция «Нордмарк» предусматривала действия против британского судоходства между Шотландией и Норвегией, однако была свернута уже в 3 часа пополудни, когда, достигнув середины Северного моря, группа не обнаружила ни единой цели. 20 февраля корабли благополучно вернулись в Вильгельмсхафен. Этот безрезультатный в военном отношении поход оказался тем не менее весьма полезным для команды крейсера, которая наконец-то приобрела реальный боевой опыт действий в составе соединения. В ходе «Нордмарка» обнаружились первые неурядицы с машинной установкой «Хиппера», которые в дальнейшем будут преследовать его на протяжении всей службы. Команда получила месячную передышку: только 20 марта поступил приказ перейти в Куксхафен. Крейсеру, как и почти всем действующим кораблям Кригсмарине, предстояло участие в операции «Везерюбунг» ("Учения на Везере") — вторжении в Норвегию.