Принявшему «Хиппер» первому командиру, 44-летнему капитану цур зее (соответствует капитану 1 ранга) Гельмуту Хейе, только что произведенному в чин, пришлось для начала заняться «хозяйственными» проблемами. После первого похода по Балтике с заходом в столицу Эстонии Таллин и шведский Хернёсанд 3 и 24 июля соответственно крейсер вновь поставили в док. В ходе работ он получил так называемый «атлантический» форштевень, в результате чего носовая оконечность получила характерный «вздернутый» вверх вид. Одновременно трубу оборудовали козырьком, отводившим дым в корму, и модифицировали ходовой мостик, признанный неудобным для командования. 1 сентября 1939 года, в день начала Второй мировой войны, "Адмирал Хиппер" все еще находился на пробных испытаниях в Киле. Его тут же сочли временно боеспособным и отправили в пролив Большой Бельт к датскому побережью в попытке предотвратить прорыв польских надводных кораблей и подводных лодок на Запад. Затем испытания продолжились, переместившись с началом военных действий в более безопасную Балтику, и продлились весь сентябрь. На учебных стрельбах по бывшему линкору «Гессен» присутствовала советская артиллерийская делегация, крайне заинтересованная возможностями новых германских крейсеров (вопрос о предстоящей покупке «Лютцова» уже стоял на повестке дня). К тому времени скоротечная кампания против Польши закончилась, и не сделавший ни одного залпа по неприятелю «Хиппер» вновь отправился в Киль на завод фирмы "Блом унд Фосс". После почти месячного нахождения в доке 15 декабря корабль вновь оказался у достроечной стенки, и только в начале января 1940 года он смог возобновить испытания. Однако суровая зима покрыла льдом устья рек и прибрежную зону, и число практических выходов в море пришлось сократить. Поэтому формально находившийся в строю уже 9 месяцев крейсер все еще не был вполне боеспособным, когда в последний день января последовал приказ о необходимости прибыть в Вильгельмсхафен для участия в активных операциях. На нем поднял свой флаг вице-адмирал Лютьенс, в то время командующий Разведывательными силами флота, а 12 февраля его посетил командующий надводным флотом адмирал Маршалль. На главной базе флота за две недели на «Хиппере» установили радар, и в полночь 18 февраля он вышел в составе оперативного соединения под командованием Маршалля, включавшего линкоры «Гнейзенау» (флагманский) и «Шарнхорст», "Адмирал Хиппер" и 2 эсминца. Операция «Нордмарк» предусматривала действия против британского судоходства между Шотландией и Норвегией, однако была свернута уже в 3 часа пополудни, когда, достигнув середины Северного моря, группа не обнаружила ни единой цели. 20 февраля корабли благополучно вернулись в Вильгельмсхафен. Этот безрезультатный в военном отношении поход оказался тем не менее весьма полезным для команды крейсера, которая наконец-то приобрела реальный боевой опыт действий в составе соединения. В ходе «Нордмарка» обнаружились первые неурядицы с машинной установкой «Хиппера», которые в дальнейшем будут преследовать его на протяжении всей службы. Команда получила месячную передышку: только 20 марта поступил приказ перейти в Куксхафен. Крейсеру, как и почти всем действующим кораблям Кригсмарине, предстояло участие в операции «Везерюбунг» ("Учения на Везере") — вторжении в Норвегию.
"Адмирал Хиппер" возглавил Группу 2, предназначенную для захвата важного норвежского порта Тронхейм. Кроме него в состав сил входили 4 эсминца ("Якоби", «Ридель», "Хайнеманн" и "Экольдт"). Оперативное прикрытие высадки возлагалось на «Гнейзенау» и «Шарнхорст». На борту кораблей находилось около 1700 солдат и офицеров Вермахта, в том числе на самом «Хиппере» перевозились подразделения 138-го горно-егерского полка, батарея 112-го горно-артиллерийского полка, рота 83-го саперного батальона, подразделение зенитной артиллерии, группа связистов и полевая почта — в общей сложности 900 солдат и офицеров.
Группа 2 покинула Куксхафен незадолго до полуночи 6 апреля, рано утром следующего дня соединилась с линкорами и в условиях все ухудшающейся погоды германские силы, состоящие теперь из Группы 1 (эсминцы с десантом для Нарвика), Группы 2 и Группы оперативного прикрытия, двинулась на север. Начало операции обещало серьезные проблемы.
Впервые британская авиационная разведка обнаружила немецкие корабли около полудня 7 апреля и донесла об одном тяжелом корабле, двух крейсерах и десяти эсминцах. Вскоре их атаковали 12 бомбардировщиков «Бленхейм» 107-й и 82-й эскадрилий. Первым обнаруживший противника «Хиппер» вовремя объявил тревогу, самолеты были встречены плотным зенитным огнем. Попаданий замечено не было. Две эскадрильи «Веллингто-нов» (9-я и 115-я), взлетевшие во второй половине дня, цели вообще не нашли.
В это время в той же части Северного моря находилось британское оперативное соединение адмирала Уитворта в составе линейного крейсера «Ринаун» и 4 эсминцев, прикрывавшее минную постановку в норвежских проливах. С борта одного из них, «Глоууорма», упал в воду матрос. Лейтенант-коммандер Дж. Руп приказал повернуть и попытаться найти своего члена команды в бурном море. К тому времени сильный ветер и волнение при минимальной видимости, а также аварии в механизмах полностью нарушили строй германского соединения, так что корабли оказались рассеянными на большой площади. «Глоууорм» уже повернул на обратный курс, чтобы соединиться со своими силами, когда на него внезапно наткнулся один из немецких кораблей того же класса — "Ганс Людеман". На запрос с британского эсминца немцы ответили: "Шведский эскадренный миноносец «Гётеборг». Однако хитрость не удалась: англичане открыли огонь, не причинив, правда, противнику никакого вреда, поскольку «Людеманн» быстро отвернул и скрылся из видимости.
Но инцидент на этом не был исчерпан. Около 9 часов с «Глоууормом» столкнулся другой германский эсминец — "Бернд фон Арним". Теперь англичане были начеку и открыли огонь не раздумывая. Противники обменялись несколькими выстрелами, но попаданий опять не добились.
"Глоууорм" уже повернул на обратный курс, чтобы соединиться со своими силами, когда на него внезапно наткнулся один из немецких кораблей того же класса — "Бренд фон Арним". Противники обменялись несколькими выстрелами, не причинившими им никакого вреда. Оба сообщили о контакте, и с этого момента немецкая операция стала фактом для англичан, хотя они еще долго не догадывались о ее истинных целях и масштабах.
"Фон Арним" запросил помощи, и Маршалль приказал «Хипперу» уничтожить неприятеля. Крейсер отвернул от своей группы около 09.20 и двинулся против волны к сообщенной своим эсминцем позиции. Плохая погода настолько затрудняла действия, что ему потребовался свыше получаса, чтобы прибыть к месту действия. Только в 09.50 с крейсера заметили сначала один эсминец, а затем и второй. С большим трудом отличив «Арним» от противника, Хейе в 09.59 приказал открыть огонь по «Глоууорму» из носовых башен с дистанции около 45 кбт. Командир крейсера сознательно предпочел вести стрельбу только из половины артиллерии, чтобы быстро сблизиться с британским эсминцем на остром курсовом угле, не подставляя при том борт под торпедный залп. Крейсер успел дать пять залпов, тогда как «Глоууорм» быстро распознал угрозу и отвернул влево, выпустив торпеды из одного из своих торпедных аппаратов и прикрывшись дымзавесой. Торпеды были вовремя обнаружены на «Хиппере», и ему пришлось навернуть на залп, пропустив их по обоим бортам. По наблюдениям с «Хиппера» 203-мм снаряд из третьего залпа поразил надстройку «Глоууорма», прервав сообщение об обнаружении германского крейсера. Эсминец быстро поставил дымовую завесу, из которой торчала только мачта «британца», и артиллеристы «Хиппера» произвели еще 2 залпа, ориентируясь на нее.
Внезапно «Глоууорм» выскочил из завесы и выпустил торпеды (очевидно, две) из второго аппарата. Немецкий крейсер вовремя отвернул и тут же ответил следующим, восьмым залпом, из которого один или несколько снарядов попали в эсминец. На малой дистанции открыли стрельбу 105-мм зенитки, также добившиеся нескольких попаданий в мостик, носовое орудие и середину корпуса. «Глоууорм» ответил несколькими беспорядочными выстрелами, один из которых поразил германский крейсер в верхнюю часть правого борта около волнолома. Это единственное попадание не причинило никаких неприятностей, а вот британский эсминец был уже серьезно поврежден и в 10.07 попытался вновь скрыться в поставленной ранее дымзавесе. Однако «Хиппер» уже ввел в действие свой радар, наблюдая за перемещениями своего противника в дыму. Спустя 3 минуты тот вынырнул из-под спасительного прикрытия и разрядил в своего грозного противника второй торпедный аппарат с дистанции около 3000 м. Три торпеды пошли практически по поверхности и были хорошо видны с борта крейсера, которому пришлось вновь уклоняться. Две из них прошли по левому борту всего в паре метров, а третья по правому.
