Но на самом деле, как оказалось, "новогодний бой" имел куда как более серьезные последствия. В общем-то вполне понятный ход дел в скоротечном сражении одного крейсера против двух противников, проходившем на малой дистанции и в плохих погодных условиях, при определенном техническом преимуществе неприятеля, вызвал бурю гнева у Гитлера. В дополнение ко всему, "вождю германской нации" пришлось сначала ознакомиться с британским сообщением о бое, переданном агентством Рейтер. Доклад о действиях своих сил запаздывал, а когда он появился, то выглядел совершенно одиозно. Контр-адмирал Клубер, получивший с борта наблюдавшей бой подводной лодки U-85 сигнал "Продолжаю видеть красный…" счел, что это относится к красному зареву от горящих судов союзников. Сообщение о "большой победе" проследовало по всем инстанциям на самый верх, вызвав дополнительный приступ ярости у фюрера, окончательно потерявшего веру в возможности больших надводных кораблей. Последовали изменения в верховном руководстве войной на море. Место Редера занял "подводный адмирал" Дёниц. Воевать оставалось еще два с лишним года, но для «Хиппера», как и для остальных тяжелых крейсеров его класса, да и для всех прочих больших кораблей "настоящая война" завершилась. Их судьба отныне ограничивалась ролью плавучих батарей, помогавших своим войскам, в сущности, весьма почетной, но явно недостойной главных единиц так и не состоявшегося "Большого флота".
Поврежденный "Адмирал Хиппер" прошел земенный ремонт с помощью плавучей мастерской «Ноймарк», после чего 23 января 1943 года перешел из Альта-фиорда в залив Боген. Кораблю в любом случае требовался стационарный ремонт, поэтому 7 февраля он сопровождении легкого крейсера «Кёльн» и эсминцев отправился сначала в Тронхейм, а затем, после краткой остановки, в Киль. Путешествие на родину прошло благополучно; 11 февраля крейсер проследовал в Вильгельмсхафен, где 28-го последовал приказ о выводе его в резерв. Тем не менее, на следующий день его поставили на ремонт на завод ВМС, который закончить не удалось. Угроза набиравших силу воздушных налетов союзников заставила командование отправить еще далеко не готовый к походу корабль в более безопасную Балтику. Переход в Пиллау в середине апреля 1943 года пришлось проделать на буксире, не столько из-за того, что механическую установку еще не до конца привели в порядок, сколько по причине резкого сокращения инженерного персонала, сильно затребованного на других боевых единицах, которые теперь имели приоритет перед "нелюбимыми кораблями фюрера".
Вообще, почти полуторатысячная команда сократилась в несколько раз. После сложных опасных походов новая служба казалась сонным существованием. Целый год некогда грозный тяжелый крейсер простоял у стенки, и это в разгар войны! Только 1 марта 1944 года "Адмирал Хиппер" вновь формально вошел в состав флота, хотя и в несколько унизительном статусе учебного корабля. Именно так Дёниц и командование флота пытались спасти большие корабли от окончательной сдачи на слом. Последовало некоторое оживление деятельности. Работы в Готенхафене продолжались до конца июня, однако и к назначенному сроку не удалось привести некогда отличную боевую машину в пригодное даже для действий против берега состояние. Сгоревшее и затопленное в "новогоднем бою" котельное отделение № 3 так и не отремонтировали. Не хватало людей и запчастей, а активность советской и союзной авиации все возрастала, мешая нормальным работам.
В течение 4 месяцев, с апреля по август, крейсер проходил ходовые испытания; при этом всё еще без котельного отделения № 3. Наконец, в сентябре «Хиппер» вышел в свой первый учебный поход с кадетами на борту, после которого было решено, что корабль в принципе годится для службы.
Однако в конце 1944 года Кригсмарине уже было не до учебных походов. Советские войска выходили на берега Балтики, и оставшиеся тяжелые артиллерийские корабли предполагалось использовать для более полезного дела — поддержки своих войск. 26 октября последовал соответствующий приказ и «Хипперу». Предполагалось, что ноябрю он вновь сможет выходить в море, где уже относительно активно действовал «Ойген». Но проблемы продолжали громоздиться одна на другую. Главной оставалась нехватка личного состава, часть которого бросили на рытье противотанковых рвов в окрестностях Готенхафена. А в декабре в процесс вмешалась британская авиация, выставившая солидное минное поле у выхода из порта.
Последняя вспышка активности имела место спустя ровно 2 года после злополучного новогоднего сражения. 1 января поступил приказ за 3 месяца привести в боевую готовность оба крейсера — «Хиппер» и «Ойген». 15 января корабль поступил на завод, но ненадолго. Советские войска стремительно приближались, и вместо запланированного ремонта пришлось заняться спешной эвакуацией. На борт снова приняли зенитную артиллерию, сданную на берег на время ремонта, и ее боезапас. Крейсер получил приказ находиться в 18-часовой готовности к выходу. 22 января последовал приказ выйти в море вместе с «Эмденом». Тяжелый корабль представлял собой печальное зрелище: ход могла дать лишь одна турбина, управлять зенитным огнем могли только два носовых КДП. Вечером того же дня последовал приказ выгрузить 203-мм боезапас, но степень расстройства немецкого военного механизма достигла столь высокой степени, что приказ не был выполнен и до 16.00 29 января, когда на «Хиппер» начали прибывать эвакуируемые. За несколько часов на борт поднялись 1529 человек, в основном женщины и раненые. Ночью крейсер все-таки выполз в море и направился на запад под командой последнего командира капитана цур зее Ганса Хенигста.
Вскоре после выхода «Хиппер» оказался в районе потопления лайнера "Вильгельм Густлов" советской подводной лодкой С-13. Ему пришлось маневрировать между шлюпками, спасательными плотиками и людьми, плававшими в ледяной воде. Хенигст оставил для спасения единственный миноносец эскорта, Т-36, а сам направился дальше, опасаясь за свой «хромой» корабль, на котором находилось 2,5 тысячи человек команды и эвакуировавшихся. Согласно записям в вахтенном журнала, в походе крейсер уклонился от двух торпед, хотя об атаках на него сведений нет.
Прибыв в Киль, «Хиппер» 2 февраля был поставлен в док фирмы "Дойче Верке". Однако последний в его истории ремонт так и не удалось окончить. 3 апреля британское Бомбардировочное командование привело свой последний массированный налет на территорию Северной Германии. Целью тяжелых бомбардировщиков стал именно Киль. В ходе налета крейсер получил прямое попадание бомбой в правый борт; на нем погибло 5 человек. 9 апреля мощный налет повторился. Британские бомбардировщики сбросили на город и порт 2600 т бомб. Своя доля досталось и «Хипперу», в надстройки которого попали 3 бомбы среднего калибра. На практически разоруженном корабле команды в этот момент не было; она благоразумно перебралась в бетонный бункер-убежище для подводных лодок. В результате никто не пострадал, но никто и не боролся за живучесть. Основательно выгоревший крейсер сел на дно дока. В начале мая его окончательно привели в негодность взрывами нескольких подрывных зарядов. Так бесславно проведший два последних года "Адмирал Хиппер" незаметно сошел со сцены. После капитуляции Германии в июле 1945 года при ремонте дока его отбуксировали в бухту Хайкендорф, где притопили на мелком месте. Останки крейсера не спеша разбирали на металл: работы закончились только в 1949 году.
В результате многочисленных задержек, связанных с изменениями проекта в ходе постройки и первых испытаний 6 сентября 1939 года второй крейсер серии формально вступил в строй 20 сентября. Однако после приемки комиссией «Блюхер» еше не стал боевой единицей: всякого рода доделки и исправления продолжались еще полтора месяца. Только в середине ноября командир, 47-летний капитан цур эее Генрих Вольдаг, смог приступить к предварительным испытаниям своего корабля, пока еще в основном у причала. 13-го и 14-го крейсер ненадолго поднимал якорь и выходил в короткие «путешествия» в бухте. Они выявили неполадки в машинах, и весь месяц пришлось провести в Киле, «доводя» крейсер пока только до возможности выйти в море. Наконец, 27 ноября «Блюхер» покинул завод и направился в район Готенхафена, где приступил к окончательным испытаниям механической установки. В походе замерялся расход топлива для определения дальности и некоторые другие параметры работы МКУ. Ввиду военного времени официальные результаты испытаний не регистрировались.
По завершении испытательного похода крейсер вернулся в Киль, где работы на нем продолжились. Вновь последовали мелкие контрольные выходы и испытания. Только 7 января 1940 года «Блюхер», наконец, смoг покинуть завод. Но его отнюдь нельзя было считать боеготовым кораблем, поскольку не проводились даже пробные артиллерийские и торпедные стрельбы, не говоря уже о серьезных учениях. Единственным безопасным местом для их проведения являлась восточная Балтика, куда и направился «Блюхер». Суровая зима 1939/40 года окончательно испортила и без того мало комфортабельные условия неприветливого в это время года Балтийского моря. Снег и туман не давали возможности проводить стрельбы, а сковавший воду лед могли разбить только ледоколы, требовавшиеся для других надобностей. Пришлось возвращаться в Киль, куда крейсер прибыл 17 января. На следующий день «Блюхер» открыл "боевой счет". Его жертвой стал собственный крейсер «Кёльн», в корму которого тяжелый крейсер уткнулся носом при рутинной операции проворота турбин (оборвался швартов и корабль подался вперед). Для самого «Блюхера» инцидент остался без последствий; повреждений не было. В течение 10 дней несчастливый корабль находился на мертвом якоре в Кильской бухте, быстро вмерзая в лед. Не нашлось лучшего решения, кроме как перевести его обратно к заводскому причалу. Пользуясь удобным случаем, инженеры и рабочие вновь приступили к многочисленным мелким работам, затянувшимся до конца марта. В итоге корабль, формально находившийся в строю уже почти полгода, покидал достроечную стенку только на 19 суток и, конечно же, не мог считаться полноценной боевой единицей.
