После первой оценки повреждений инженеры решили, что ремонт можно будет произвести на месте. В Тронхейм из Киля прибыл один из ведущих корабельных специалистов (фактически он был главным конструктором германского флота), инженер с ученой степенью доктор Штробуш. Под его руководством персонал ремонтного судна «Хуаскаран» начал ремонт, который оказался значительно более трудным и продолжительным, чем это следовало из первоначальной оценки. Выяснилось, что помимо повреждений и затоплений в кормовой части, корпус имел разрывы в носу (в районе 168-го шпангоута), на расстоянии всего 20 м от форштевня, а средняя часть наружного слоя днища дала течь во многих местах. 11 апреля крейсер прошел пробные испытания, пока без руля. Корабль развил 21 узел и мог управляться турбинами, хотя и с некоторыми затруднениями. 21 апреля судно снабжения «Карнтен» доставило из Киля временный руль, который к 9 мая установили на место. Теперь «Ойген» мог направиться домой для окончательного ремонта. Его скорость с временным рулем не превышала 29 узлов, хотя инженеры считали, что в экстренном случае крейсер может дать и все 31. Что более важно, диаметр циркуляции увеличился вдвое, значительно ухудшив маневренные качества. Командование серьезно беспокоилось о судьбе «Ойгена» и предполагало использовать для прикрытия его перехода однотипный «Хиппер», также находившийся в Тронхейме, для чего оба корабля должны были получить совершенно одинаковый камуфляж. Тем не менее, «Принц» 16 мая вышел из порта без своего «напарника», сопровождаемый эсминцами «Якоби», Z-25 и миноносцами Т-11 и Т-12. Переходу придавалось настолько важное значение, что его оформили в виде отдельной операции «Цауберфлютте» ("Волшебная флейта").
Неприятности начались спустя всего час после выхода. При первой же попытке сманеврировать на скорости 26 узлов крейсер перестал слушаться руля и чуть было не врезался в скалистый берег. Оказалось, что по ошибке управление рулем переключили с механического на ручное. Днем, на широте Ас-фиорда, обнаружились неисправности в левой турбине, и ход пришлось сбросить. Неоднократные сообщения об активности сил противника нервировали командира и экипаж. Первый контакт состоялся только вечером 17-го, когда слишком сблизившийся «Хадсон» был обстрелян зенитками и атакован воздушным прикрытием из четырех «Мессершмиттов-109». На деле англичане заметили «Ойген» уже на выходе из Тронхейма и готовили свой удар. Однако вновь «Принцу» повезло: спустя несколько минут его воздушные наблюдатели заметили большую группу самолетов, которая, покружив вдали, вновь исчезла за горизонтом. Это были «Бофорты» 86-й эскадрилий, вооруженные торпедами, но так и не заметившие свою цель. Но другая эскадрилья, 42-я, вооруженная такими же самолетами (12 «Бофортов» в эскорте 4 «Бофайтеров» и 6 «Бленхеймов» в истребительном варианте) произвела свою атаку в 20.15. 6 истребителей прикрытия и 2 корабельных «Арадо» атаковали центр атакующей группы, тогда как зенитки вели огонь по флангам. К обороне от низколетящих самолетов принял участие и главный калибр крейсера. В круговерти из кораблей и самолетов «Ойгену» удалось уклониться сначала от первой волны из 6 торпедоносцев, а затем и от второй. Его зенитчики претендовали на сбитие 6 торпедоносцев, еще 3 отнесли на счет миноносца эскорта и "Арадо".
Реально британские потери были втрое меньше: на базу не вернулись только 3 «Бофорта», да один «Бофайтер» вынужден был сесть на воду. Но главное — крейсер в очередной раз избежал смертельной опасности. Последовавшая вскоре атака бомбардировщиков «Хадсон» представляла гораздо меньшую угрозу. Бомбы легли далеко от цели, а англичане потеряли еще один самолет. В общем, атака полностью сорвалась, несмотря на то, что для ее проведения выделялись значительные силы. Координированный удар горизонтальных бомбардировщиков и торпедоносцев не получился, и все потери авиации Великобритании оказались бесполезными.
Дальнейший переход «Ойгена» в Германию прошел без помех. Вечером 18 мая крейсер прибыл в Киль, а на следующий день формально был включен в состав учебной эскадры. На деле на корабле начался основательный ремонт: с него сгрузили на берег боезапас и при помощи мощного плавучего крана сняли 105-мм зенитные установки, после чего перевели в сухой док компании "Дойче Верке". За трехмесячный ремонт «Принц» сменил командира: место повышенного в чине Бринкманна занял капитан цур зее Ганс-Эрих Фосс. В августе крейсер вывели из дока, но только для того, чтобы сменить завод — его отправили для дальнейшего переоборудования на верфь «Германия». Спустя еще 2 месяца он вернулся на завод "Дойче Верке" для завершения работ. Для восстановления корабля была использована значительная часть оборудования, снятого с однотипного «Зейдлица», находящегося на вялотекущем переоборудовании в авианосец. Недостаток рабочих и постоянные авианалеты значительно замедляли процесс вступления в строй. Хотя в «Ойген» не попала ни одна бомба, его экипаж понес значительные потери, когда один из катеров крейсера был протаранен патрульным кораблем в гавани Киля. Холодная октябрьская вода унесла жизни 33 моряков. Только 20 октября вновь началась погрузка боезапаса, а неделю спустя полугодичный ремонт завершился. Предполагалось, что он немедленно проследует в Норвегию вместе с линкором «Шарнхорст», также отремонтированным и готовым к службе. Монотонность ремонта и портовой службы нарушила лишь проведенная 21 ноября церемония, в ходе которой с большой помпой на борт был водружен корабельный колокол, стоявший в годы 1-й мировой войны на австро-венгерском дредноуте «Тегетгофф», однотипном с давшим имя крейсеру "Принцем Ойгеном". Его доставил из Италии контр-адмирал де Анджелис; также в церемонии участвовал контр-адмирал в отставке граф Фирмиан — последний командир австро-венгерского дредноута "Принц Ойген".
9 января 1943 года началась операция «Фронтхитер»: оба тяжелых корабля с эскортом из 3 эсминцев и большого числа мелких боевых судов двинулись в путь из Готенхафена; командующий отрядом, контр-адмирал Шнивинд, находился на борту «Ойгена». Однако в это время спокойствия немцам не было даже в своих водах. Уже при проходе датскими проливами воздушная разведка англичан обнаружила отряд, несмотря на наличие воздушного прикрытия. Служба радиоперехвата расшифровала сообщение разведчика, и контр-адмирал Шнивинд приказал «Ойгену» вернуться в Готенхафен. Командир крейсера счел распоряжение неверным, но подчинился приказу, и 12 января его корабль вернулся в порт. Спустя несколько дней командование группы «Север» вновь попыталось усилить свой корабельный состав в ходе операции «Домино»: 23 января линкор и крейсер опять вышли в море в сопровождении 2 эсминцев, но только для того, чтобы вернуться из почти той же точки, что двумя неделями раньше. 27 января тяжелый крейсер вернулся в Готенхафен.
Этот выход стал последней попыткой «Принца» участвовать в океанских боевых действиях. Сказались, в частности, и первые последствия "новогоднего сражения". В результате «Шарнхорст» 8 марта ушел в Норвегию один, навстречу гибели в полярной ночи, а вот для «Ойгена» рейдерская служба завершилась. За два с половиной года войны ему так и не удалось потопить ни одного транспорта или боевого корабля противника.
Самая большая канонерка Балтики
К середине 1943 года на Балтийском море под флагом учебной эскадры собралось большинство германских крейсеров: тяжелые "Принц Ойген" и "Адмирал Хиппер" (последний еще ремонтировался), а также легкие «Нюрнберг», "Кёльн" и «Эмден». Остаток года прошел для «Принца» в рутинной службе с небольшими тренировочными выходами в море. При этом корабль находился в довольно высокой боевой готовности, хотя часть команды заменили 300 кадетов строевых специальностей и 150 учеников-механиков. Осенью 1943 года проводились стрельбы с использованием радиолокации в ночных условиях, завершившиеся обстрелом корабля-цели «Гессен», при котором были показаны хорошие результаты. 1 октября 1943 года тяжелый крейсер был готов для боевых действий. Его экипаж приближался к полному, число кадетов уменьшилось до 200. «Принц» стал флагманским кораблем вице-адмирала Тиле, командующего учебной эскадрой, включавшей все боеспособные корабли. Но морского противника не было и не предвиделось. Дальновидный Тиле тем не менее провел несколько учений, в ходе которых отрабатывались действия против береговых объектов. Его корабли получили необходимую практику в этом деле, которая вскоре им весьма пригодилась.
Так же мирно прошла для «Ойгена» первая половина 1944 года. К тому времени отчетливо выявился перелом в войне на суше. Советские войска, в частности, усилили нажим на союзников немцев — финнов в районе Выборг—Койвисто. Поддержки легких сил оказалось явно недостаточно, и командование Кригсмарине решило использовать для обстрела берега самый боеспособный из находящихся на Балтике тяжелых кораблей. 19 июня 1944 года в Готенхафене на борт «Принца» поднялся командующий вновь сформированной 2-й боевой группы вице-адмирал Тиле и его штаб. Рано утром следующего дня крейсер в сопровождении двух миноносцев и сторожевого корабля направился на восток. Ситуация в районе Койвисто становилась все более тяжелой, но Тиле считал неразумным использовать «Ойген» без достаточного зенитного и противолодочного прикрытия, и отряд крейсировал в восточной Балтике в течение нескольких дней. 25 июня к нему присоединился «Лютцов», 3 эсминца и 3 миноносца. Колебания командования продолжались; после высадки советского десанта ситуация на берегу стала настолько неясной, что оказалось трудно найти достойные и легко распознаваемые цели для 8-дюймовок. 27-го "Принц Ойген" отправился обратно в Готенхафен.
