Первый самолет в строевой части был потерян в ночь на 26 сентября 1969 г. на ТОФ. Бе-12, базировавшийся на Елизово, выполняя в сложных метеоусловиях выход на бомбардировочный полигон на высоте 2100 м, из-за халатности руководителя полетов врезался в склон вулкана Авачинская сопка (высота 2750 м). Экипаж погиб.
Ночью 1 октября 1970 г. при взлете в Донузлаве (Крым) разбился Бе-12 318-го оплап ЧФ (серийный № 6600503, бортовой № 61). Экипаж под командованием капитана В.Ф. Жильцова погиб. По официальной версии, причиной стало столкновение со стаей птиц.
3 июня 1971 г. на полевом аэродроме Леонидово командир отряда 289-го оплап ТОФ майор А.И. Жиляков при рулении в спешке не включил систему торможения и не проверил работоспособность управления хвостовым колесом. В результате амфибия развернулась на 180° и столкнулась с рядом стоящим самолетом. Обе машины (серийные номера 9601401 и 0601903) сгорели, экипаж рулившего Бе-12 получил ожоги, а штурман скончался в госпитале.
20 июля 1972 г. потерпел катастрофу Бе-12 (серийный № 7600803, бортовой № 29) командира 318-го оплап ЧФ подполковника Ф.И. Пономаренко. Днем в простых метеоусловиях при штилевом море, выполнив задание по поиску ПЛ, командир решил выполнить тренировочную посадку и взлет в море. После плавного приводнения при скорости 160 км/час самолет носовой частью столкнулся с посторонним плавающим предметом и получил пробоину. Под напором поступающей воды передняя кабина разрушилась, самолет перевернулся.
Три члена экипажа погибли, лишь майор В.Н. Чуприн, находившийся в кормовой кабине на месте радиста, остался невредим и был подобран с воды кораблями. В районе происшествия нашли дубовую колоду для разделки мяса, окованную железными обручами, которая плавала в полузатопленном положении. Ее и сочли причиной катастрофы.
Еще одна катастрофа произошла 9 августа 1974 г. В ходе учений флота экипаж Бе-12 командира эскадрильи 318-го оплап ЧФ майора В.К. Денисова выполнял поиск подводной лодки ночью на высоте 300 м. В районе поиска находились еще две амфибии. В 4 часа 50 минут Денисов доложил об обнаружении ПЛ. По требованию командного пункта в 4 часа 54 минуты экипаж подтвердил координаты лодки и начал выполнение левого разворота, а в 4 часа 55 минут с Бе-12, которым командовал летчик Строкин, с высоты 600 м обнаружили горящий на воде самолет в 4 км от ПЛ, который быстро затонул.
Из воды удалось поднять только труп правого летчика лейтенанта Летягина, два парашюта, подкрыльевой поплавок, законцовку крыла и другие мелкие детали. Наиболее вероятной причиной катастрофы посчитали отказ левого двигателя, который подлежал проверке представителями промышленности по рекламационному акту.
4 сентября 1975 г. разбился Бе-12 163-го уап Ворошиловградского ВВАУШ (аэродром Бердянск, командир — майор В.М. Марчишин). После взлета в наборе высоты экипаж обнаружил, что левый элерон заклинен. Самолет вошел в правый крен, вывести из которого его, несмотря на все прилагаемые усилия, не удавалось. Выхода из такой ситуации не было, и командир приказал покинуть машину. Все члены экипажа, в том числе курсант-выпускник, оставили самолет и благополучно приземлились. Бе-12 под углом тангажа 20° с правым креном столкнулся с землей, взорвался и сгорел, но левая плоскость прекрасно сохранилась, что позволило сразу определить причину отказа управления. Он произошел из-за заклинивания левого элерона технологическим вкладышем балансира. Из-за нарушения технологии монтажа вкладыш выпал в результате отворачивания самоконтрящейся гайки болта крепления.
14 июня 1982 г. Бе-12 (серийный № 7600805, бортовой № 32) 130-го уап (аэродром Жданов, командир — капитан А.М. Ачкасов) выполнял учебный полет с боевым применением на полигоне Багерово в Крыму. При возвращении на аэродром разрушилась прокладка фланцевого соединения магистрали отбора воздуха правого двигателя, и в средней части крыла повысилась температура, из-за чего сработала сигнализация «Пожар» и разрядилась первая очередь огнетушителей.
В результате ошибочных действий экипажа были отключены оба двигателя и самолет грубо приводнился в районе Обиточной косы, разрушился на три части и затонул. В катастрофе погибли правый летчик старший лейтенант Поздеев и штурман курсант Мищенко.
Последний Бе-12 (серийный № 8601202, бортовой № 16) был потерян в аварии 17 июня 1987 г. В тот день экипаж командира эскадрильи подполковника Ш.И. Валеева из 318-го оплап ЧФ выполнял учебно-боевую задачу. При посадке на гидроаэродром Донузлав самолет на пробеге перевернулся через правую плоскость и затонул. Официальной причиной летного происшествия стало грубое нарушение инструкции по пилотированию. Грубая посадка на повышенной скорости привела к разрушению днища лодки. Самолет подняли из воды, но ремонту он не подлежал и был списан. Экипаж не пострадал.
Таким образом, в период с 1964 по 1992 г. было потеряно всего девять машин из 143 построенных.
Для сравнения — из 21 японской летающей лодки PS-1 за период с 1972 по 1989 г. в авариях и катастрофах погибли шесть самолетов.
Распад СССР и растаскивание некогда единых Вооруженных Сил не обошли стороной и Бе-12. В Азербайджане остались четыре Бе-12ПС (№№ 3602905, 0601905, 2602503, 2602603), базировавшихся на аэродроме Кала. Украине достались три Бе-12 из состава 316-й оплаэ 33-го Центра боевого применения на аэродроме Кульбакино под Николаевом.
В процессе раздела Черноморского флота Украине были переданы еще 10 Бе-12 и один Бе-12ПС из состава расформированного в октябре 1995 г. 318-го оплап в Донузлаве (в том числе Бе-12 №№ 6600405, 6600604, 6600605, 7600703, 7600801, 7600904, 8601204, 9601502, 9601604, 0602004, 1602103, Бе-12Н № 0602101, Бе-12ПС № 3602801). Впоследствии Украине же достался один из «азербайджанских» Бе-12ПС (№ 2602603).
В российском ВМФ число Бе-12 также неуклонно сокращалось, и выполнение их задач приняли на себя тоже не очень новые Ил-38. Если в 1993 г. в морской авиации числилось 55 «Чаек», то в 1996 г. немногим более 40, и еще 22 находились в резерве. После развала Союза Бе-12 некоторое время входили в состав 240-го отдельного смешанного авиационного полка, вновь созданного учебного центра авиации ВМФ.
В наступившем XXI веке «Чайки», несмотря на свой возраст, до сих пор еще остаются в боевом строю в составе Отдельной морской бригады авиации (аэродром Саки) ВМС Украины и авиации российского Черноморского флота. Экипажи российских Бе-12, входящих в противолодочную эскадрилью 318-го осап ВВС КЧФ (аэродром Кача), осваивают как новые средства поиска лодок, так и новые тактические приемы применения оружия.
Одна «Чайка» находится в экспозиции музея ВВС России в Монино. Это Бе-12 № 4600302 из состава 555-го противолодочного смешанного авиационного полка, перелетевший на вечную стоянку в музей 5 июля 1974 г. Еще одна амфибия входит в коллекцию авиационной техники музея ВВС Северного флота в Сафоново. Два Бе-12 находятся в украинских авиационных музеях — в Государственном музее авиации в Киеве и в Луганске.
Изначально в ОКБ Г.М. Бериева предусматривалось создание на базе Бе-12 специализированного самолета для проведения поисково-спасательных операций в открытом море. Работа над такой модификацией началась в соответствии с Постановлением ЦК КПСС и СМ СССР № 28-110 от 2 марта 1962 г. по тактико-техническим требованиям, утвержденным еще 22.12.1960 г., т. е. в период работы над поисково-спасательной летающей лодкой Бе-6СС. Новый самолет-спасатель, получивший обозначение Бе-12 (ПС) или изделие «2Е», предназначался для поиска экипажей самолетов и кораблей, потерпевших аварию в открытом море как днем, так и ночью в простых и сложных метеоусловиях.
Опытный поисково-спасательный самолет-амфибия Бе-14В 1965 г. он был построен опытным производством ОКБ при помощи авиационного завода № 86 имени Георгия Димитрова и получил обозначение Бе-14. Практически все внутренние отсеки фюзеляжа этой машины были приспособлены для размещения потерпевших бедствие людей и оказания им первой медицинской помощи. Самолет был способен принять и эвакуировать до 15 человек, а в перегрузочном варианте — до 29, для чего в бортах лодки имелись спасательные люки.
Машину оснастили дополнительными сбрасываемыми надувными плотами, спасательными кругами, канатами с поплавками, запасом медикаментов и другим спасательным и медицинским оборудованием. Все это потребовало основательной перекомпоновки лодки гидросамолета.
Вместо грузового отсека были оборудованы места для размещения спасенных, при этом днищевой и палубный люки отсека ликвидировались. Рабочее место радиста и его блистер сдвинули на несколько шпангоутов вперед, ВСУ переместили назад. Контейнер с надувной спасательной лодкой перенесли с правого борта на палубу. Люки для приема людей с воды находились теперь как с правого, так и с левого борта. В состав радиоэлектронного оборудования вошли радиоприемное устройство маяков-ответчиков РПМ-С, сопряженное с бортовой РЛС, УКВ радиокомпас АРК-У2 и УКВ радиостанция РСИУ-5В.
