В 1959 году Маркос избирается в Сенат. Он становится «признанным лидером Севера», в особенности илоканцев, третьей по численности национальной группы, составляющей 10 процентов населения страны. Будучи членом Конгресса, он имел возможность в непосредственной близости наблюдать деятельность трех президентов страны: Элпидио Кирино (1948–1953), Рамона Магсайсайя (1953–1957) и Карлоса Гарсия (1957–1961). В качестве вице-президента Либеральной партии он был одним из руководителей оппозиции по отношению к Диосдадо Макапагалу, своему непосредственному предшественнику, избранному в 1961 году.
В 1963 году Маркоса избирают президентом Сената. Его предвыборная кампания 1965 года планировалась как крупномасштабная военная операция. Он выступал с зажигательными речами об «этике свободы — не свободы уединения, а свободы борьбы».
Три срока в Палате представителей, один — в Сенате, руководство Либеральной партией, прекрасное происхождение, героическая биография, красавица жена, трое милых детей, которым он, несмотря на свою занятость, уделяет много внимания, — все это делало Маркоса несомненным претендентом на президентский пост.
В ноябре 1965 года Маркос победил на выборах своего соперника Д. Макапагала, в мгновение ока изменив своей партии и став кандидатом Националистической партии, тем самым поставив своеобразный рекорд филиппинского политиканства.
Приняв «руководство нацией в кризисной обстановке» 30 декабря 1965 года, (дата официального принятия присяги), филиппинский президент заявил в своем первом послании Конгрессу: «Нам не следует надеяться на чью-либо помощь. Мы должны рассчитывать только на самих себя, чтобы собственным трудом поднять экономику, улучшить условия жизни народа, проводить политику национальной консолидации внутри страны и независимую внешнюю политику». Из мероприятий, принятых в первый срок пребывания Маркоса у власти, выделяется «программа развития инфраструктуры», которая в отличие от прежней экономической политики в равной степени затронула все основные острова Филиппинского архипелага.
Переизбранный в 1969 году подавляющим большинством голосов на второй срок (ему противостоял на этот раз Серхио Осменья-младший, сын первого вице-президента), Маркос провозгласил намерение решить наиболее серьезные и трудные проблемы: ликвидировать бедность, социальное неравенство, преодолеть застой в сельскохозяйственном производстве. Он начал проведение активной «личной дипломатии», отказавшись поддержать политику «холодной войны» и поставив целью консолидацию региона Юго-Восточной Азии.
Обострились до предела его отношения с Конгрессом и политическими партиями. Манилу захлестнула волна насилия, организованной преступности. В этих условиях 21 сентября 1972 года президент провозгласил чрезвычайное положение на территории всей республики.
Уже в 1973 году Маркосу удалось достичь благоприятного баланса во внешней торговле, увеличить на 60 процентов налоговые поступления, разработать и осуществить начальный этап радикальной земельной реформы, создать широкую политическую и административную базу для дальнейших преобразований и преодоления общего экономического застоя. Наиболее значительным мероприятием его правительства стало создание Национального управленияэкономики и развития, на которое было возложено плановое руководство экономическими процессами (его председателем стал сам президент). Основным направлением экономической политики был провозглашен «экономический национализм». Характеризуя ситуацию начала семидесятых как «возмущение бедноты», Маркос объявил о программе создания «нового общества — общества равноправия» и о «новой социальной ориентации» для улучшения жизни семей с низкими доходами (от 1000 до 3000 песо в год) посредством земельной реформы, увеличения занятости, повышения зарплаты.
Действительно, за 5 лет строительства «нового общества» госбюджет вырос в 4 раза и достиг к 1978 году 32,8 миллиарда песо, к 1984 году планировалось в основном завершить электрификацию всех 1414 городов и 34 000 деревень страны. Маркос призывал совершить «демократическую революцию из центра» с перераспределением частной собственности и богатства. «Наше общество должно выбрать, — заявил в те дни филиппинский президент, — между демократизацией богатства и его уничтожением. Нашему обществу необходимы коренные, фундаментальные намерения. И следовательно, революция неизбежна». Провести ее он предлагал мирными средствами, обеспечив «преобладание прав человека для всего народа над правами немногих».
Маркосу в целом удалось справиться с «частными армиями», обладавшими большим числом единиц огнестрельного оружия, чем регулярная, и «политическими военачальниками» — так называемыми пулитико, торговавшими властью в филиппинском обществе, а также сократить организованную преступность за счет непосредственной опоры на военных. Но сокрушить «коммунистический вооруженный мятеж» и локализовать сепаратистское движение на островах Минданао и Сулу ему удалось в значительно меньшей степени. Что же касается «традиционной Компартии Филиппин», то президент констатировал, что ее лидеры «прекратили антиправительственную деятельность и сдались правительству». «Более коварной опасностью» для правительства, нежели коммунистическое и повстанческое движение, он считал «действующие с использованием легальных средств правые группы».
Добиваясь «политической зрелости» народа, Маркос ввел Конституцию 1973 года (третью с 1898 года), практиковал ничего не доказывавшие референдумы, которые, как и выборы, проводились под наблюдением военных. Провозглашая главной задачей достижение политического и экономического равенства, обеспечение прав человека, он отправил в тюрьму большинство оппозиционных деятелей: генерального секретаря Либеральной партии Б. Аки-но, видных журналистов, ученых, промышленников, нередко прибегая к экспроприации их собственности; другие успели эмигрировать.
«Для политического руководителя, — писал Маркос в книге „Пять лет нового общества“, — достижение счастья народа является его личным долгом… Исторический случай и обстоятельства возложили на меня великую миссию руководства нацией в наиболее критическое и — не побоюсь этого слова — опасное пятилетие ее истории. И решающим оказался тот факт, что наш народ остался со мной и поддерживает меня не столько ради моего руководства, сколько ради своего собственного будущего».
В борьбе за «счастье народа» Маркос и его семейство не забывали и о себе. Их «личная экономика» состояла из множества процветающих предприятий промышленности и сферы обслуживания, оформленных на имя родственников и знакомых. Американский журнал «Сан-Хосе Меркури ньюс» в 1985 годув серии нашумевших статей вскрыл механизм безудержного обогащения «первой четы», в особенности в тех сферах, которые связаны с США. Но он так и не смог определить всех его источников, и до настоящего времени количество «денег Маркоса» оценивается от 5 до 10 миллиардов долларов. Несмотря на морально-этическое осуждение «личной экономики» президента, очевидно, с точки зрения права ее нельзя идентифицировать с казнокрадством или «грабежом». Недаром же швейцарские банкиры вообще отказались принять иск правительства Акино как недостаточно обоснованный и не раскрыли тайных счетов семейства Маркос. Однако специальная президентская комиссия «по добропорядочному управлению» к августу 1987 года возбудила 35 дел о возмещении нанесенного государству финансового ущерба против бывшего президента, его супруги и 300 лиц из их окружения на общую сумму 90 миллиардов долларов. Особый интерес вызывает вопрос о так называемом золоте Маркоса: около 1000 тонн золота, нахождение которого было известно только ему самому, — якобы «сокровища азиатских стран, награбленные японскими вооруженными силами во время Второй мировой войны и погребенные японским главнокомандующим Томоюки Ямаситой». Вполне возможно, что это всего лишь красивые легенды.
Тем не менее с 1977 года президент с каждым годом все более откровенно злоупотреблял властью. Фердинанд-младший возглавил одну из провинций в Илокосе в 20-летнем возрасте, обучаясь при этом в университете в США; старшая дочь, Имельда-младшая, руководила официальным «Советом молодежи», вторая, Ирэн уже в 20-летнем возрасте дирижировала Манильским симфоническим оркестром. Брат Имельды, Бенджамин Ромуальдес, был послом Республики Филиппины в КНР, а затем в США. Следует оговориться, что в принципе «семейственность», «клановость» филиппинцы не считают предосудительной. Однако Маркос, по-видимому, перешел допустимые границы. Своего друга детства из Саррата, Фабиана Вэра, он последовательно назначал на различные посты: от личного президентского шофера до начальника Генерального штаба филиппинской армии. Кстати, вооруженные силы при Маркосе возросли в 2 раза, составив 112 800 человек; было значительно увеличено денежное содержание для солдат и офицеров.