Пока войска Болотникова сидели в осаде, некоторые казачьи атаманы отправились в западные пределы страны, на польскую границу, где вместе с польскими и белорусскими дворянами провозгласили царем нового самозванца, известного позже как Лжедмитрий II.
Сначала Лжедмитрий II опирался на польскую шляхту, но вскоре на помощь ему пришел большой отряд донских казаков атамана Ивана Мартиновича Заруцкого. Сам Заруцкий был мещанин из Тарнополя, попавший в плен к туркам и освобожденный донскими казаками. Теперь он был избран донцами атаманом.
Летом 1607 года Лжедмитрий двинулся в поход. В 1608 году он стал под Москвой лагерем с селе Тушино. За это его прозвали Тушинским вором. Многие бояре перебегали к Лжедмитрию II и составили при нем целый двор. И.М. Заруцкий тоже получил боярский чин и командовал всеми казаками. В правительстве Лжедмитрия II он был единственным казаком.
Но казаки не только сражались с войсками Василий Шуйского. Не имея нормального снабжения, они грабили население. Многие шайки разбойников примкнули к Лжедмитрию и тоже объявили себя казаками.
В конце 1609 г. Лжедмитрий II был разбит войсками князя М.В. Скопина-Шуйского. Ему пришлось бежать из Тушина в Калугу. С ним ушли многие казаки. Вскоре самозванец был убит своими же союзниками-татарами.
Для борьбы с Тушинским вором Василий Шуйский пригласил в Россию шведские войска. Противник шведов, польский король Сигизмунд III воспользовался этим, чтобы самому напасть на Россию. Часть казаков из лагеря Лжедмитрия II на какое-то время примкнула к полякам.
В 1609 г. поляки осадили Смоленск, а летом 1610 г. они разбили армию Василия Шуйского. Шуйский был свергнут и выдан боярами полякам, а власть оказалась в руках коллегии из семи бояр (семибоярщины), которая пригласила на русский престол польского королевича Владислава. После этого в сентябре 1610 года польские войска вошли в Москву.
Казаки не смирились с польской оккупацией столицы. Их отряды во главе с И.М. Заруцким и князем Д. Трубецким приняли участие в ополчении, сформированном в Рязани и выступившем на Москву с целью освобождения столицы от поляков. В марте 1611 г. ополчение подошло к Москве, но освободить город сил не хватало.
В самом ополчении начались ссоры между казаками и дворянами, которые окончились убийством на Круге предводителя дворян П. Ляпунова. Ополчение стало распадаться.
Недоверие казаков к дворянам проявилось, когда к Москве подошло второе народное ополчение, созданное осенью 1611 г. в Нижнем Новгороде Козьмой Мининым и князем Дмитрием Михайловичем Пожарским. Когда летом 1612 г. это ополчение приблизилось к Москве, часть казаков во главе с Заруцким, не желая поддерживать ополчение, ушла из-под Москвы на юг. Эти казаки хотели посадить на русский престол младенца, сына Лжедмитрия II, чтобы от его имени управлять государством. Однако значительная часть казаков во главе с князем Д. Трубецким осталась под Москвой и дралась против поляков в августе – октябре 1612 года, пока не капитулировал польский гарнизон. Особенно отличились казачьи сотни Трубецкого, когда в решающем сражении ударили в тыл полякам.
Значительная роль казаков в освобождении Москвы предопределила их участие в Земском соборе 1613 г., на котором избирали царя. Это был единственный в истории Земский собор, на котором были представлены вольные казаки. До шести тысяч казаков остались в Москве, ожидая выборов царя, в то время как многие дворяне разъехались по поместьям, а представители земель с трудом могли добраться до столицы по разоренной России, которую наводнили шайки разбойников, называвшие себя также казаками. Таким образом, казаки составили в Москве наиболее активную часть общества на период царских выборов.
7 января 1613 года открылся в Москве Земский собор. Стали русские люди выбирать царя.
Претендентов было много. Издали требовал признать его законным русским царем молодой польский королевич Владислав, чьи войска только что отогнали от русской столицы. Шведы предлагали герцога Карла Филиппа. Сам спаситель Москвы, князь Пожарский, хотел стать царем и раздал людям, чтоб кричали за него, огромные деньги – 20 тысяч рублей.
Князь Дмитрий Трубецкой, казачий вождь, заранее остановился на дворе Бориса Годунова и устраивал там пиры для казаков, «моля их, чтоб быти ему на России царем и от них бы, казаков, похвален же был». Казаки на тех пирах пили и шумели, а меж собой над Трубецким смеялись.
Помимо этих знатных воевод, претендовали на русский престол один из Шуйских, князь Иван Голицын, князь Пронский, кабардинец князь Черкасский и другие достойные вельможи.
Но казаки, среди которых преобладали ветераны движения Лжедмитрия II, настаивали на избрании молодого Михаила Федоровича Романова, который не был запятнан какими-либо связями с интервентами и чей отец в свое время играл важную роль в Тушинском лагере. Кроме того, Михаила Романова поддерживала мощная боярская группировка.
И Трубецкой, и Пожарский, и Черкасский да еще и Мстиславский с Куракиным были против молодого Михаила Романова.
7 февраля объявили на Соборе перерыв на две недели. Ждали, что казаки разъедутся на службу или разбредутся воровать, чтоб без их давления посадить на Москве царем кого надо.
И тогда казаки сказали свое слово.
21 февраля многие вольные казаки осадили дворы Трубецкого и Пожарского, ворвались в Кремль на Земский собор и ругали там бояр, что не выбирают царя, чтоб самим властвовать. Бояре им стали говорить – вот восемь достойнейших, среди них будем выбирать. Но казаки закричали, что выбирать не надо, что царь Федор Иоаннович, умирая, «благословил посох свой» Федору Никитичу Романову, но поскольку Федор Никитич от мирской жизни отошел и принял постриг под именем Филарет, а сейчас находится у ляхов в застенках, то выкрикнуть царем надо сына его – Михаила Федоровича.
Дядя Михаила, хитрейший Иван Никитич Романов стал говорить: «Тот князь, Михаил Федорович, еще млад и не в полном разуме». На что казаки, как и договорились, ответили ему: «Но ты, Иван Никитич, стар, в полном разуме, а ему, государю, ты по плоти дядюшка прирожденный и ты ему крепкий подпор будешь».
В общем, заставили присягнуть Михаилу Романову.
По легенде, казачий атаман на Соборе подал грамоту об избрании царем Михаила Романова, а поверх нее положил свою обнаженную саблю.
Писали через полтора века историки, что настоял на избрании некий «славного Дону атаман», а кто – Бог весть. На утвержденной грамоте казачьих подписей нет.
Добившись своего, многие казаки поразъехались, а многие ушли на войну с литовскими и шведскими людьми к Смоленску, Путивлю и Новгороду, за что обещали им бояре от имени нового царя великое жалованье, «смотря по службе».
За границу полетели вести, что царь новый не крепок, что казаки выбрали «этого ребенка», чтобы манипулировать им, а большая часть населения казаков не любит и боится. И в Польше поляки говорили в сердцах сидевшему в плену Филарету: «Посадили сына твоего на Московское государство одни казаки-донцы».
На этом Смута в России стала стихать. Но еще несколько лет в северных и центральных уездах страны бродили разбойничьи казачьи отряды, грабившие население. Ведя борьбу с разбоями, новое русское правительство стремилось одновременно заинтересовать казаков в возвращении на Дон.
После Смуты русская земля лежала в развалинах. Власть была слаба. Продолжалась война с Польшей. Русское правительство было заинтересовано в поддержке казачества и поначалу шло ему на разные уступки. Царь в своей грамоте обещал им жалованье больше прежнего. Однако жалованье из обнищавшей страны к казакам шло мизерное.
Зато отныне царь называл донских казаков Великим войском Донским, а с сентября 1614 года сношения с казаками велись не через Разряд, а через Посольский приказ, как с соседним государством. В то же время на Дон было выслано царское знамя и обещание регулярного жалованья.
Впервые зафиксировано знамя, которое царь послал на Дон в 1614 году… «И вам бы с тем знаменем, – говорилось в царской грамоте, – против наших недругов стоять, на них ходить и, прося у Бога милости, над ними промышлять, сколько милосердный Бог помощи подаст; и нам, великому государю, поначалу и по своему обещанию службу свою и радение совершали бы, а наше царское слово инако к вам не будет».
Знамя было «кармазинового» (то есть малинового, благородного пурпурного) цвета. Изображался на знамени царь на коне, поражающий змея. Совсем как Георгий Победоносец.
Знамя, как считал С.Г. Сватиков, было «своего рода инвеститура». Высылая его, предлагал царь Дону оформить отношения вассалитета. Причем присяги со стороны войска не требовалось, и свобода за войском оставалась невиданная.
Более того, с установлением этих отношений менялся статус всего войска. Раньше Московское государство сносилось с казаками через Разряд, орган, набирающий людей на службу, сносилось с каждым атаманом, который приводил с собой на службу станицу. Теперь, когда вассалом предложили стать всему сообществу, менялась и форма сношений. Правда, официально оформили это чуть позже.