В Авдотьине постоянно жил младший брат Николая Ивановича, совладелец имения Алексей Иванович, с супругой.
В 1784 году после безвременной кончины И. Г. Шварца его вдова Мария Ильинична, оставшаяся без средств к существованию, по словам современников, «женщина весьма благочестивая», вместе с детьми приехала по приглашению Новикова в Авдотьино, где она и осталась на всю жизнь и где на ее попечении лежали все хозяйственные заботы.
Долгие годы жил в Авдотьине самый близкий друг Новикова Семен Иванович Гамалея. Он трудился над переводами книг, вел нескончаемые беседы с хозяином на духовные темы.
Из молодежи часто подолгу оставался в Авдотьине доктор Багрянский, бывший пансионер Типографической компании. По возвращении из-за границы он приглядывал за здоровьем хозяина. Николай Иванович постарел: в 48 лет он чувствовал себя стариком. Приближался день его рожденья — 27 апреля, а 21 апреля праздновался день тезоименитства ее императорского величества Екатерины. Оба они были рождены под знаком Тельца и имели, если верить гороскопу, характеры скрытные и упрямые. На досуге многие «болести» начали давать о себе знать: прежде среди трудов и забот Новиков не замечал их...
Угнетало и то, что в течение целой недели прилетал в Авдотьино ворон и своим зловещим карканьем пугал обитателей. Он садился напротив окон кабинета на старую ветлу и, казалось, с любопытством смотрел в лицо хозяина. Николай Иванович знал, что за спиной шептались: «Быть беде». Но он не был суеверен: ведь суеверие удел людей темных и необразованных, а Николай Иванович был силен христианской верой и знаниями, но тяжелым предчувствием сжималось сердце. Расстраивали и реальные обстоятельства последних лет, однако Новиков старался вернуть себе душевное равновесие, углубившись в привычную работу.
Он остался один в кабинете. Письменный стол — бюро красного дерева с тремя выдвижными столами — оклеен сукном, завален бумагами. Множество гравюр на стенах, книжные шкафы, где шестьсот томов. Отдельно стоят словари, справочники. Семьдесят книг на латинском, французском, немецком языках. Большинство издано в его же московских типографиях, но есть два экземпляра одной книги из Петербурга. Это «Житие Ф. В. Ушакова» А. Н. Радищева, его первое большое произведение, вышедшее в свет в 1789 году. Есть в этой книге утверждение автора о том, что невыносимость жестокого угнетения неминуемо должна повлечь за собой восстание. Новиков знал о том, что автор сослан в Сибирь. «Бунтовщиком хуже Пугачева» назвала Радищева императрица. «Путешествие из Петербурга в Москву», по ее словам, было наполнено «самыми вредными умствованиями, разрушающими покой общественный, умаляющими должное ко властям уважение».
...Много лет прошло с тех пор, как молодой, никому не известный отставной поручик Новиков дерзко и зло высмеял на страницах «Трутня» плохо изъясняющегося на русском языке автора «Всякой всячины». Этим автором была Екатерина II. «Госпожа «Всякая всячина»,— писал Новиков,— на нас прогневалась и наши нравоучительные рассуждения называет ругательствами. Но теперь вижу, что она меньше виновата, нежели я думал. Вся ее вина состоит в том, что на русском языке изъясняться не умеет».
На критику со стороны «Всякой всячины» он ответил: «Госпожа «Всякая всячина» написала, что пятый лист «Трутня» уничтожает. И это как-то сказано не по-русски уничтожить, то есть в ничто превратить есть слово, самовластию свойственное, а таким безделицам, как ее листки, никакая власть не прилична».
Тогда в мае 1769 года императрица впервые узнала его имя. Потом Новиков действовал более осторожно, обращаясь на страницах своего журнала к самому себе, писал: «Наконец, требую от тебя, чтобы ты в сей дороге никогда не разлучался с той прекрасною женщиною, с которою иногда я тебя видел: ты отгадать можешь, что она называется Осторожность». Свой третий сатирический журнал «Живописец» он открыл посвящением неизвестному господину сочинителю комедии «О, время!». Каждый грамотный человек в России знал, что ее автором является Екатерина II. Каких только похвал не расточал Новиков императрице, сравнивая ее талант с «молиеровым». Екатерине II пришлось притвориться польщенной и даже обещать, что она будет присылать в журнал свои сочинения.
Много событий свершилось в канун 1792 года. Во Франции пала твердыня французского абсолютизма. Королевская семья ждала в крепости своей участи. Еще до того, как свершилась революция во Франции, здравый смысл подсказал русской самодержице, что в учении энциклопедистов, которым она еще недавно восхищалась, кроется опасность и для ее личного благополучия. И вот бывшая поклонница Вольтера уже разрешила ордену иезуитов, запятнавшему себя многими черными делами, интригами, официально упраздненному папой и изгнанному изо всех европейских государств, обосноваться в Белоруссии. Присутствие иезуитов сказалось очень скоро. Святые отцы, используя клевету, инсинуации, добились конфискации правдивых, но опасных для них книг.
23 сентября 1784 года последовал указ Екатерины II об аресте книг «История ордена иезуитов» и «О влиянии наук», напечатанных в типографии Новикова. «Я не позволю осуждать иезуитов, которым обещала свое покровительство»,— писала Екатерина II. Новиков не собирался осуждать их, в книге были только факты, но этого-то и боялись святые отцы.
Московскому архиепископу Платону Екатерина повелела «испытать Новикова в законе нашем». После испытания, к неудовольствию императрицы, святейший дал следующий отзыв: «Как пред престолом Божьим, так и пред престолом твоим, Всемилостивейшая Государыня Императрица, я одолжаюсь по совести и сану моему донести тебе, что молю всещедрого Бога, чтобы не только в словесной пастве, Богом и тобою, всемилостивейшая Государыня, мне вверенной, но и во всем мире были христиане, такие, как Новиков». Новиков остался на свободе, хотя и понес немалые материальные потери в связи с конфискацией многих изданных им книг. Но и после этого преследования Новикова и московских мартинистов, которых Екатерина презрительно называла мартышками и писала о них издевательские комедии, не прекратились. 23 декабря 1785 года последовал новый указ об обысках в типографиях Новикова за «колобродство, нелепые умствования и раскол».
1 мая 1789 года закончился срок аренды университетской типографии. Екатерина II уже заранее побеспокоилась, чтобы «аренду Новикову не продлевать. Он опасный человек, фанатик». Затем наступил крах Типографической компании. Ловкий интриган барон Шредер внезапно уехал в Германию, обещая достать денег, а оттуда написал, что в Москву не вернется, и потребовал свою долю. Гендриков дом, купленный для компании, стоил баснословно дорого. Новиков все долги компании взял на себя, обязуясь заплатить поверившим и давшим ему деньги людям. Компанию в 1791 году пришлось распустить.
В начале 1792 года уже было порушено дело жизни просветителя. Училища, открытые им, закрывались. Московские склады, переполненные тысячами книг, были опечатаны. На торговлю книгами был наложен запрет. Новиков был лишен дальнейшей возможности просвещать русское общество. Он остался не у дел и почти безвыездно жил в имении, чувствуя, как круг смыкается.
Среди тех, кто близко знал Новикова, был и первый сановник империи Григорий Александрович Потемкин, его бывший однокашник по гимназии. В разговоре с иезуитами Потемкин назвал Новикова «святым человеком», а когда Екатерина II сместила московского генерал-губернатора П. Д. Еропкина, который, по ее мнению относился к Новикову слишком снисходительно, и 19 февраля 1790 года назначила на этот пост А. А. Прозоровского, князь Потемкин-Таврический написал императрице: «Ваше величество выдвинуло из вашего арсенала самую старую пушку, которая непременно будет стрелять в вашу цель, потому что своей собственной не имеет. Только берегитесь, чтоб она не запятнала кровью в потомстве имя вашего величества». Осенью 1791 года Потемкин скончался в степях Таврии, и одним могущественным доброжелателем стало у Новикова меньше.
И вот пришло 22 апреля 1792 года. В кабинет Новикова вошел советник уголовной палаты Д. А. Олсуфьев и предъявил хозяину ордер на обыск. «Приступайте»,— просто и печально сказал Николай Иванович и попросил разрешения удалиться в свою комнату, где друг его и врач М. И. Багрянский старался его поддержать. Обитатели Авдотьина были потрясены происходящим. Сын и старшая дочь писателя не выдержали нервного напряжения, и с ними первый раз в жизни случился припадок эпилепсии.
Крестьяне, не понимая, в чем виноват их барин, собирались группами и издали со страхом следили за происходящим. А Николай Иванович не знал приказа Екатерины II, данного Прозоровскому: «Найдется ли у него такая книга, либо другие, ей подобные... и то, и другое будет служить достаточным обличением».
Главным обвинением против него оказалось письмо В. И. Баженова о свидании архитектора с наследником престола Павлом и о передаче ему масонских книг, посланных Новиковым. Это письмо неведомыми путями оказалось в руках Екатерины. Закончив обыск, Олсуфьев объявил хозяину дома об его аресте. При этом известии Николай Иванович потерял сознание. Когда некоторое время спустя он открыл глаза, то был уже другим человеком. Ворон, который, по свидетельствам очевидцев, так упорно прилетал в Авдотьино в апреле 1792 года, действительно оказался вестником несчастья. Его зловещее карканье предвещало духовную смерть великого просветителя, смелого сатирика, неутомимого борца за торжество разума и справедливости. Нам остается только догадываться о причинах того глубокого духовного потрясения, которое Новиков пережил в этот день. Все, что Новиков успел сделать в жизни, для блага своих сограждан, он сделал до этого дня. Дальше ему оставалось лишь прожить второе земное воплощение.