Путешествие по Янцзы были очень опасным, даже в условиях того, что побережье реки охраняли как могли. После того как судно миновало Ханькоу, Шеферу пришлось взять в руки винтовку. Это не было лишней предосторожностью, так как кораблик несколько раз обстреливали. Шефер, оставивший запись об этом инциденте в своих дневниках, полагал, что это сделали «бандиты-коммунисты». После утомительного плавания Шефер достиг Чунцина. Здесь он некоторое время жил всемье, глава которой работал на ИГ-Фарбен и хорошо знал Шефера-старшего. Несколько недель спустя в город прибыла и остальная часть экспедиции. Несколько дней Долану пришлось потратить на подготовку каравана. Отбытие опять затягивалось.
В планах Шефера и Долана было посещение Восточного Тибета. В то время было очень сложно установить, где проходила граница между Тибетом и Китаем. Если американца интересовали прежде всего приключения, то Шефер хотел изучить яков, на тот момент очень загадочных для европейца животных. Дальнейшее продвижение на восток явило им страшную картину. Повсюду царила нищета. Шефер описывал случай: «В одной деревне Долан пытается очистить от экскрементов, которыми завалена вся улица, подошву сапос Он отбрасывает их на груду соломы, лежащую на краю улицы. Вдруг солома начинает шевелиться. Из-под нее на нас смотрит прокаженный, нищий». Но в Ченду, куда экспедиция попала после десяти дней утомительного пути, ее участники встречают европейцев. Там они находят хоть какие-то признаки западной цивилизации.
Во время своего пути Шефер делает несколько удачных выстрелов. Так в зоологической коллекции экспедиции появляются золотой фазан и горал. На тибетской границе он буквально одержим идеей найти гигантскую панду, или «белого медведя», как зовут это животное местные жители. В итоге 13 мая 1931 года он стал вторым белым человеком в мире, который смог подстрелить панду. Сохранилась фотография, сделанная в этой экспедиции. Шефер запечатлен с пандой на одной руке и мертвой птицей — в другой. В июне 1931 года экспедиция проникла во Внутренний Тибет. Шефер видит повсюду специфическое проявление буддизма — развевающиеся узкие флажки, на которых написаны молитвы. Считалось, что ветер, колышущий эти вымпелы, как бы читал и произносил текст молитв. В тот момент Шефер относится с большим скептицизмом к тибетскому ламаизму. Чуть позже он напишет в своей книге: «Я знаю тибетцев как сильных людей, которые страдают от гнета их религии, которая мешает любому развитию». Впрочем, подобное отношение у него будет сохраняться не всегда.
После нескольких месяцев путешествий Эрнст Шефер возвратился в 1931 году в Германию, где продолжил свое обучение в Геттингене. Его отчет о поездке, трансформированный в небольшую книжку под названием «Горы, Будда и медведи», распространяется по всей Германии, принося известность 21-летнему студенту.
Тем временем в Германии к власти пришел Гитлер. Политические события 1933–1934 годов не обошли стороной Эрнста Шефера. 1 ноября 1933 года он становится кандидатом на Принятие в 51 — й штандарт (полк) СС, который располагался как раз в Геттингене. Этот шаг был отнюдь не случайным. Обер-бургомистр Гетгингена, хорошо знакомый с книгой молодого исследователя, сам являлся офицером СС. Именно он порекомендовал Эрнсту Шеферу вступить в охранные отряды НСДАП (СС). Но собственно членом СС Шефер стал много позже, накануне своей второй экспедиции. Тогда он сделал шаг, который изменил всю его последующую жизнь.
Сам же Шефер в те дни весьма озабочен поведением своего знакомого Долана. О его пьяных выходках пишется почти во всех крупных газетах. Однажды смертельно пьяный Долан ворвался в дом одного из своих американских друзей, где начал крушить всю мебель. В ходе этого пьяного дебоша он умудрился разбить несколько ценнейших китайских ваз династии Мин. В итоге он был арестован. Ущерб, нанесенный Доланом, оценивался в 50 тысяч долларов (по тем временам просто фантастическая сумма). От тюрьмы его спасло только чудо и деньги родителей.
В январе 1934 года Шефер получает от Долана приглашение присоединиться к небольшой экспедиции, которая в том же самом году направлялась в Центральную Азию. Годы спустя Шефер напишет по этому поводу: «Вторая экспедиция была не итогом тщательного планирования и результатом научных разработок, а следствием выходки сумасбродного американца, у которого было слишком много денег. Он пресытился обычной жизнью и не знал, куда деть свою энергию».
Третьим участником экспедиции должен был стать английский миссионер Дункан, который почти в совершенстве владел не только китайским, но и тибетским языком. Целью без малого двухлетнего путешествия должно было стать исследование почти не изученной горы Амне-Мачин, которая располагалась на китайско-тибетской границе, а также разведывание истоков реки Янцзы. Однако начавшаяся японско-китайская война поставила жирный крест на всех этих планах. Националистическое правительство в Нанкине отказало трем иностранцам во въезде в страну. В итоге исследователям пришлось отказаться от посещения Тибета и попытаться добиться хотя бы разрешения на изучение Янцзы.
Между тем Эрнст Шефер обратился в управление культуры при Министерстве иностранных дел Германии, чтобы попытаться найти там какую-нибудь поддержку, что могло помочь в общении с немецкими консульствами на территории Индии и Китая. Шефер обращался во все структуры, в которые только мог. Так, в итоге он обратился в письменном виде к командованию 51-го геттингене кого штандарта СС с просьбой, чтобы СС помогли в решении сложившейся проблемы. В данной ситуации молодого ученого даже не смущал тот факт, что экспедиция отчасти финансировалась из США. Это указывает на некую политическую наивность Шефера, который не видел в этом шаге (СС помогают экспедиции, финансируемой из США) ничего противоестественного. Как ни странно, но из 51 — го штандарта СС пришел ответ, в котором сообщалось, что в Министерство иностранных дел было направлено соответствующее ходатайство. Уже только один этот момент показывает, что руководство СС понимало, насколько важным для них было участие одного членов охранных отрядов в азиатской экспедиции. В указанном ходатайстве была одна интересная фраза: «Самой большой целью Шефера является желание не только послужить немецкой науке в роли исследователя, но и стать представителем новой Германии во всех государствах и областях, которые он посетит во время своей 2-летней поездки. Он готов послужить словом и делом. Именно поданной причине он просит содействия у высшего руководства С С, а также поддержки правительства всех его последующих научных начинаний».
Оказалось, что уже в начале карьеры Шефер смог доказать политическую значимость своей научной деятельности. Впрочем, не будь он членом СС, то неизвестно, мог бы он рассчитывать на поддержку Министерства иностранных дел. Но Шефер не хотел рисковать, он предпочитал действовать наверняка. А для этого ему любой ценой надо было получить поддержку немецких консульств за рубежом. По этой причине можно говорить о том, что на тот момент попытка заручиться поддержкой со стороны СС была его личной инициативой. Но в любом случае заступничество СС усиливало его позиции.
Членство Шефера в СС пригодилось ему и во время самой экспедиции. Так, например, германское посольство в Нанкине стало собирать все китайские статьи и газетные заметки об экспедиции, членом которой являлся молодой эсэсовец. В итоге можно с определенной долей уверенности утверждать, что членство Шефера в охранных отрядах оказалось решающим фактором для разрешения его выезда в Азию. Но при этом нельзя отрицать и того факта, что большая часть организационных и финансовых затрат была возложена на американцев.
Эрнст Шефер был научным руководителем предстоящей экспедиции. 5 апреля 1934 года он покинул Германию, чтобы несколькими неделями позже встретиться в Китае с Доланом и Дунканом. Несмотря на то что между Доланом и Шефером установились дружеские связи, это не исключало неких договорных отношений. Так, например, именно Долан должен был первым сообщать в США обо всех открытиях, которые сделает экспедиция. Именно так произошло в случае с неизвестным видом барана, который в декабре 1934 года был обнаружен именно Шефером. Но пальма первенства досталась Долану. И лишь по возвращении в Европу Шефер получил возможность доложить об этом открытии в научных кругах. Не исключено, что в СС знали об этом экспедиционном договоре. Только так можно объяснить тот факт, что в шанхайском представительстве немецкой фирмы AGFA, в котором имелось немало резидентов немецких спецслужб, после проявки фотографических пленок, отснятых во время экспедиции, были тут же сделаны дубликаты всех фотоснимков. Эти отпечатки были тут же посланы в Германию.
Во время длительной и трудной экспедиции не обходилось без ссор и споров. Тяготы не улучшали психологический климат в коллективе. В городе Джекондо, расположенном в верховьях Янцзы, губернатор, поставленный на пост нанкинским правительством, фактически на несколько недель задержал экспедицию. Именно по этой причине само предприятие развалилось. Долан намеревался вернуться назад, чтобы заручиться помощью, получить новые разрешения и доверенности. Однако к Шеферу он так и не вернулся. Он направился в Шанхай, где (по странному стечению обстоятельств) оказался и Дункан. Отныне брошенный Шефер должен был сам руководить остатками экспедиции. Невзирая на трудности и опасности, он все-таки продолжил свой путь. 2 ноября 1935 года, как единственный и полновластный руководитель экспедиции, Шефер, казалось бы, освобожденный от всех обязательств, с богатым зоологическим, ботаническим и географическим «уловом» прибыл в Шанхай.
