Во время длительной и трудной экспедиции не обходилось без ссор и споров. Тяготы не улучшали психологический климат в коллективе. В городе Джекондо, расположенном в верховьях Янцзы, губернатор, поставленный на пост нанкинским правительством, фактически на несколько недель задержал экспедицию. Именно по этой причине само предприятие развалилось. Долан намеревался вернуться назад, чтобы заручиться помощью, получить новые разрешения и доверенности. Однако к Шеферу он так и не вернулся. Он направился в Шанхай, где (по странному стечению обстоятельств) оказался и Дункан. Отныне брошенный Шефер должен был сам руководить остатками экспедиции. Невзирая на трудности и опасности, он все-таки продолжил свой путь. 2 ноября 1935 года, как единственный и полновластный руководитель экспедиции, Шефер, казалось бы, освобожденный от всех обязательств, с богатым зоологическим, ботаническим и географическим «уловом» прибыл в Шанхай.
Но здесь его ожидала проблема, которая предопределила все его будущее. В Германии его покровитель и научный руководитель зоолог Юон с самого начала отказывался признавать вторую экспедицию молодого исследователя. С другой стороны, экспедицию все-таки финансировали Долан и Академия естественных наук Филадельфии. Шефера в тот момент интересовал исключительно научный успех экспедиции, а не договорные отношения, которые предусматривали, кстати, вывоз всех собранных ею материалов на корабле в Америку. Дружеские отношения между Шефером и Доланом, которого немец встретил, как ни в чем не бывало, в Шанхае, дали огромную трещину. В итоге Шефер скрипя сердце передал американцу собранные им материалы, как то изначально предусматривал договор. Более того, он не намеревался направляться вместе с ним в США. Именно по этой причине Шефер накануне своего отъезда в США обратился в немецкое дипломатическое консульство в Шанхае. Тогда консульством руководил Герман Крибель, «старый боец национал-социалистического движения». Еще в 1923 году он участвовал в так называемом «пивном путче». Некоторое время он тесно общался с фюрером, когда тот еще только рвался к вершине власти.
Крибель, как ярый националист, даже допустить не мог, чтобы молодой перспективный ученый направился в Америку. Он тут же написал в Берлин, в Министерство иностранных дел: «Я знаю Шефера лично, а потому могу удостовериться, что он один из немногих людей, твердых как кремень. В будущем он станет великим немецким ученым. Но теперь он находится перед мучительным выбором: окончательно продаться американцам или взять на себя китайские обязательства. В любом случае мы теряем человека, который мог бы быть истинным украшением нашего ученого мира. Необходимо, чтобы этот человек вернулся к нам». Крибель поведал и о замысле Шефера — направиться в США вместе Доланом, чтобы обработать собранные материалы и тайком начать готовиться к новой экспедиции, которая предположительно должна была осуществиться два года спустя. Но для этого ему требовалось получить на 1938 год въездную визу от китайского МИДа в Нанкине. Это было непременным условием осуществления экспедиции в Западный Китай.
В те дни Крибель направил письмо не только в немецкое Министерство иностранных дел, но и во множество других не менее авторитетных инстанций. Во всех сообщениях он просил заступиться за Молодого немецкого ученого. Среди всех прочих адресатов в списке значились Вальтер Грайте, главный референт общества Немецкой научной взаимопомощи (Немецкое исследовательское общество), а также основоположник геополитики Карл Хаусхофер, который с 1934 года являлся президентом «Немецкой академии — Академии научного исследования и сохранения немецкого духа».
Хаусхофер был готов поддержать начинание Крибеля. Забегая вперед, скажем, что в феврале 1936 года он направит в Немецкое исследовательское общество письмо, в котором напишет: «Немецкая академия полагает, что в интересах Германии оберегать ценные исследования молодого немецкого ученого. По этой причине мы бы не только приветствовали, но и были крайне благодарны, если предложения генерального консульства были взяты на вооружение, а молодому ученому, находящемуся в настоящее время в Филадельфии было послано сообщение, что авторитетные структуры Рейха хотят поддержать его научную деятельность».
Очевидно, что Шефер смог убедить Крибеля в том, что он, как перспективный ученый, мог использоваться не только Министерством иностранных дел, но целым рядом влиятельных личностей, например Карлом Хаусхофером. Но на этот раз речь шла уже о том, чтобы продолжить свои исследования уже в Германии. Вне всякого сомнения, Шефер, разочарованный «интернациональными проектами», на этот раз планировал сформировать исключительно немецкую экспедицию. Он не хотел в очередной раз повторять своих ошибок общения с Доланом. Но при этом нельзя четко определить, отказывался ли молодой немец далее путешествовать с американцами по личным или все-таки политическим мотивам. Но ни одного из них нельзя было исключать. В любом случае он намеревался впредь для продвижения своей научной карьеры использовать только германские инстанции. Крибель же, в свою очередь, сообщал в управление культуры при Министерстве иностранных дел Германии, что хотя бы по соображениям национального престижа Шефер должен был оказаться вновь в Германии. Только так можно было предотвратить получение ученым американского гражданства и последующую работу на благо США. Крибель настаивал на том, что Министерство иностранных дел должно было как минимум поздравить Шефера в официальном письме с его научными достижениями, что не только значительно упростило бы переговоры, но позволило бы Германии занять более выгодную по сравнению с США позицию в переговорах с Шефером. Используя свой последний аргумент, Крибель писал: «Эрнст Шефер является нашим партайгеноссе и служащим СС, а потому должен, прежде всего, использоваться на благо нашего национал-социалистического движения».
Начальник управления культуры при МИДе Германии Штифе лично занялся делом Шефера. Когда тот еще находился в Шанхае, он почти моментально направил ему поздравительную телеграмму, в которой сообщал, что в будущем Министерство иностранных дел Германии совместно с Имперским министерством воспитания будут всячески содействовать его начинаниям. Действительно, накануне состоялись переговоры представителей двух министерств, в ходе которых дипломат смог убедить Имперское министерство воспитания (аналог Министерства образования в Третьем рейхе) в поддержке молодого путешественника, «хотя бы по внешнеполитическим причинам». Итогом этих переговоров стало намерение Немецкого исследовательского общества, действовавшего при Министерстве воспитания, поддержать финансами проекты Шефера.
Таким образом, благодаря инициативе Шефера его имя оказалось запущенным в маховик государственной бюрократии Третьего рейха. Некоторое удивление вызывает тот факт, с какой быстротой и даже поспешностью правительственные учреждения гарантировали свою поддержку исследователю Азии, еще недавно известному только в узких научных кругах. Это говорит только об одном — функционеры Третьего рейха видели, что Шефера можно было использовать в политических целях. В данной ситуации их интересовали не столько результаты его зоологических исследований, сколько нежелание, чтобы ученый все-таки уехал в США. В данной ситуации можно было вести речь о международном противостоянии в сфере естественных наук.
Кроме всего прочего, в Шанхае Шефер установил непосредственные контакты с имперским руководством СС. 18 декабря 1935 года он направил группенфюреру СС Августу Хайсмай-ру письмо, в котором рассказывал об итогах своей экспедиции. В нем также упоминал о дилемме, с которой он столкнулся. Это письмо было много показательнее других. Шефер обращался к начальнику главного управления СС, который чуть позже будет курировать л еятельность элитарных учебных заведений НАПОЛАС, не иначе как «Дорогой господин Хайсмайер!». В этом письме Шефер был значительно откровеннее, нежели в общении с Крибелем. Он почти сразу же изложил истинную причину его напряженных отношений с Доланом. Он писал о том, что, добившись полного успеха экспедиции, он смог собрать множество образцов флоры и фауны и ожидал поддержки с родины. Но в ответ к нему поступили только предложения занять хорошо оплачиваемое место либо в Нью-Йорке, либо в Филадельфии. И самое обидное для него заключалось в том, что ни одного подобного предложения не поступило из Германии. Сам Шефер не исключал того, что Долан и Академия естественных наук Филадельфии были заинтересованы. в его личных материалах — 28 тетрадях экспедиционных дневников. В письме к Хайсмайеру Шеферу специально подчеркивал исключительную значимость этих дневниковых записей, сделанных в районах Азии, «куда до этого момента не ступала нога ни одного белого человека». Речь шла о быте жителей высокогорного Тибета, их отношении к религии, принципах общественного устройства. «Одни эти наблюдения и комментарии к ним уже стоили того, чтобы совершить экспедицию в этот район, так как речь шла об абсолютно неизведанной местности, изучение которой могло бы дать самые неожиданные результаты». Шефер блефовал, когда просил высокопоставленного эсэсовца выступить в роли своего покровителя в переговорах о финансовой поддержке со стороны германских научных структур. Кроме этого надо подчеркнуть, что накануне своего отъезда в экспедицию молодой немец прекратил работу над своей научной диссертацией. А потому без собранного материла он не видел никакой возможности закончить ее в Геттингене. Для того чтобы урегулировать данный вопрос, Август Хайсмайер должен был заручится поддержкой имперского министра воспитания и образования Бернхардта Руста. Именно он мог повлиять на научные круги, чтобы те присвоили Шеферу ученую степень в обход традиционной процедуры. Для того чтобы упростить этот процесс, Шефер приводил в своем письме список влиятельных ученых, занимавшихся естественными науками, которые могли дать положительный отзыв о проделанной им исследовательской работе.
