Была срочно созвана пресс-конференция в прессклубе Детройта. Аллен Хайнек, представлявший ВВС, предположил, что огни могли быть результатом самовоспламенения гниющей растительности, что привело к образованию тускло мерцающего болотного газа. Его объяснение было отвергнуто, и пресса принялась обвинять ВВС в том, что от них скрывают информацию. Журналисты требовали проведения серьезного расследования. Дошло даже до того, что лидер республиканского меньшинства Джералд Форд (впоследствии президент США) и Уэстон Вивиан, конгрессмен-демократ от штата Мичиган, подняли вопрос в конгрессе. Так, 5 апреля 1966 года впервые в истории НЛО конгресс проводил открытые слушания по делу. Рекомендации комитета О'Брайена были выполнены, и это привело к самой крупной афере ВВС в истории НЛО — образованию комитета Кондона.
Майский опрос 1966 года показал, что 96 процентов американцев читали или слышали об НЛО, а почти 9 миллионов человек убеждены, что сами видели хотя бы одну тарелку. В том же месяце ВВС вынуждены были объявить, что собираются заключить контракт с учеными на исследование феномена. Пять месяцев спустя, 7 октября 1966 года, стало известно, что университет Колорадо будет участвовать в проекте и что доктор Эдвард Кондон, всемирно известный физик и в прошлом глава Национального бюро стандартов, будет руководить работами. В проекте будут принимать участие Роберт Лоу в качестве координатора и психологи Стюарт Кук и Франклин Роач.
Комитет Кондона, приступивший к работе в октябре 1966 года, довольно плохо начал, и его авторитет неумолимо падал. В самом начале Кондон заявил, что он не верит в гуманоидов и летающие тарелки и считает, что ВВС провели огромную работу по исследованию феномена. Он также сказал, что неверная интерпретация естественных явлений, напоминающих НЛО, привела к появлению множества ложных рапортов и что он намерен остановить поток этих рапортов посредством обучающей работы среди масс. К 25 января 1967 года Кондон сказал, что правительству следует отойти от этих дел, так как ничего серьезного в них нет.
К тому времени стало ясно, что Кондон концентрируется на двух сторонах вопроса: неправильное истолкование естественных феноменов и психологические мотивы свидетелей. Тогда же Джон Лир, научный редактор «Сетедей ревью», обнародовал информацию, что ЦРУ отредактировало, или подвергло цензуре, рассекреченную версию доклада Робертсона, прежде чем он был представлен публике, убрав имена участников и их рекомендации. Подозрения усилились, когда Джеймс Макдональд, старший физик отделения атмосферных наук университета Аризоны, заявил, что читал доклад Робертсона и может подтвердить, что ЦРУ приказало ВВС разоблачить НЛО и тех, кто сообщал о них.
Заявление Макдональда только усугубило положение в комитете Кондона. Штат комитета включал психологов, химика и астронома, ему оказывали поддержку Аллен Хайнек, ученый-компьютерщик Жак Валле, майор ВВС Гектор Квантанилла, глава проекта «Синяя книга», и Дональд Кейхоу, директор Национального исследовательского комитета по воздушным феноменам (NICAP). Деятельность комитета свелась к внутренним распрям и стычкам, чему способствовали цинизм Кондона и координатора Роберта Лоу, которые хватались за абсурдные дела и блокировали более правдоподобные рапорты от военных и гражданских пилотов.
Конфликт всплыл на поверхность, когда в феврале 1968 года доктор Джеймс Макдональд обнародовал содержание меморандума, представленного Лоу в августе 1966 года администрации университета Колорадо, в котором он объяснял свой взгляд на феномен и высказывал позицию, которую надлежало разделять членам комитета. Лоу заявлял, что феномен физически нереален, что штат комитета Кондона должен быть образован людьми, разделяющими эту точку зрения, и что лучший способ развенчать НЛО — сосредоточиться на психологических мотивах, побудивших свидетелей сделать абсурдные заявления.
По словам Макдональда, необходимо было представить проект таким образом, чтобы для народа он казался объективным исследованием, а научное сообщество видело только группу скептиков, усиленно пытающихся быть объективными, но практически не верящих в возможность существования тарелок.
Обнародование меморандума привело к скандалу в комитете Кондона. Взбешенный Кондон выгнал Девида Саундерса и Нормана Левайна, которые передали доклад Лоу Кейхоу и Макдональду. После отстранения этих важных сотрудников ушел и административный помощник Кондона Мери Луи Армстронг. Затем и другие члены разуверились в Кондоне, и, наконец, кроме Лоу и еще двух сотрудников, никого не осталось. NICAP отказал в поддержке комитету.
Саундерс и Левайн обвиняли Кондона в ненаучном подходе в проблеме. Такие же претензии предъявляли Кондону конгрессмены, в результате чего состоялось еще одно слушание, которое проходило 29 июля 1968 года. На заседании конгресса присутствовали Макдональд и Хайнек, астроном и писатель Карл Саган, социолог Роберт Холл, профессор гражданской инженерии Джеймс Гардер и космический инженер Роберт Бейкер. Эти участники воздержались от открытой критики Кондона, но высказали свое недовольство, когда речь зашла о продолжении исследований феномена.
Доклад Кондона был опубликован в январе 1969 года. Там говорилось, что ничего ценного для науки из исследований НЛО извлечь нельзя, что дальнейшее изучение предмета бессмысленно и что проект «Синяя книга» должен быть закрыт. На пути к этому заключению Кондон прибегал в качестве примеров в основном к «опознанным» делам и старательно обходил те, которые были классифицированы как «неопознанные», игнорируя выводы своих коллег.
11 января 1969 года Макдональд, Кейхоу и Саундерс созвали пресс-конференцию, где объявили, что комитет попросту зря тратит деньги, указывая на то, что Кондон раскрыл свои карты и комитету не удалось надлежащим образом расследовать важные донесения. Позже Кейхоу обвинил Кондона в попытке дискредитировать некоторых свидетелей в сосредоточивании на малозначительных случаях, APRO обвинила Кондона в том, что он расследовал слишком мало случаев и даже эта работа была проведена плохо, что доклад изобилует противоречиями и несостоятельными выводами. Джеймс Макдональд, Аллен Хайнек и другие тоже высказались по этому поводу, предположив, что ВВС использовали Кондона для дискредитации феномена и свертывания всей работы.
Так и случилось. 17 декабря 1969 года секретарь ВВС Роберт Сименс объявил об официальном окончании 22-летнего расследования, посвященного проблеме НЛО. Документы проекта «Синяя книга» были переправлены на хранение на авиабазу Максуэлл, Монтгомери, Алабама.
Как и ожидало командование ВВС, закрытие проекта привело к ослаблению интереса к проблеме. Хайнек был больше не нужен и снова приступил к преподавательской работе в Северо-Восточном университете. Штат NICAP вскоре уменьшился с 12 тысяч до 4 тысяч человек. APRO испытывал те же трудности, и Дональд Кейхоу, в течение 12 лет бывший директором, вынужден был отступить. К 1970 году «проблема НЛО» практически ушла в прошлое, хотя еще раздавались смешки в адрес исследователей. В 1971 году Джеймс Макдональд подвергся нападкам и был обвинен в профессиональной непригодности.
Ученый, открывший, что сверхзвуковые самолеты сокращают озоновый слой Земли и тем самым приводят к увеличению числа заболеваний раком кожи в Соединенных Штатах, был приглашен на освидетельствование в Комитет соответствия. На этом освидетельствовании безжалостно высмеивали его веру в НЛО и маленьких человечков, летающих по небу, в то время как его абсолютно верное предположение об озоновом слое осталось без внимания. Последующие месяцы унизительная возня продолжалась, Макдональд впал в состояние депрессии, развелся с женой, а в июне в возрасте 51 года покончил с собой.
К концу 1972 года интерес публики к НЛО угас, новых сообщений практически не поступало, и руководство ВВС, в прошлом вынужденное отвечать на скользкие вопросы, теперь хранило молчание. Такая ситуация продолжается до сих пор.
Говард Блюм — в прошлом журналист из «Нью-Йорк таймс», работы которого дважды выдвигались на Пулитцеровскую премию, опубликовал свою книгу «Разыскивается! Розыск нацистов в Америке». Сначала к книге отнеслись с недоверием, но после слушания в конгрессе было создано Ведомство военных преступлений и предпринята депортация 37 человек, обвиненных в военных преступлениях.
Блюм не интересовался НЛО до 1987 года. Тогда он занимался расследованием дела семьи Джона Уокера, которая шпионила в пользу СССР. Ему позвонили из Национального агентства безопасности и назначили тайную встречу. Некое официальное лицо сообщило Блюму, что в космосе происходят странные вещи и правительство учредило секретную комиссию, состоящую из энтузиастов, для расследования феномена НЛО. Так Блюм стал исследователем НЛО. Он работал в этой области два года, и это исследование явилось еще одной махинацией правительства. В процессе работы, после бесед с высшим командованием секретных военных баз, лабораторий, космических организаций в Пентагоне, Белом доме и даже ЦРУ, Блюм обнаружил, что зимой 1987 года правительство, обеспокоенное «необъяснимыми вторжениями в околоземное планетарное пространство», собрало в Пентагоне 17 американских разведчиков. Эти 17 человек, включая членов Национального агентства безопасности и ЦРУ, составили сверхсекретную Рабочую группу по НЛО, встречи группы проходили раз в месяц в «Танке» — святая святых Пентагона, где она обсуждала рапорты, представляемые Центром космических наблюдений. Блюм также выяснил, что Пентагон, открыто объявлявший, что не интересуется НЛО, был замешан в грязной кампании, целью которой было подвергать осмеянию каждого, кто углубится в тайну НЛО, и что группы, занимающиеся феноменом, и дезинформация призваны были отвлечь внимание общественности от собственных расследований Пентагона.
