После этого судьба двух церквей «всея Руси» была весьма различной. Киевская митрополия развивалась под патронажем католической Польши. Под сильным давлением со стороны польских королей большинство ее епископов, вопреки воле большинства паствы, со временем заключило унию с Римом в Брест–Литовске (1596). Однако в 1620 г. православная иерархия была восстановлена, и румынский дворянин Петр Могила был избран митрополитом Киевским (1632). Он создал первую православную богословскую школу Нового времени, знаменитую Киево–Могилянскую академию. Устроенная по образцу латинских семинарий Польши, где преподавание велось на латинском языке, эта школа оставалась центром богословского образования практически для всего высшего русского клира на протяжении XVII–XVIII вв. В 1686 г. Украина была окончательно воссоединена с Московией, и Киевская митрополия, с одобрения Константинополя, отошла к Московскому патриархату.
Московская Русь между тем стала осознавать себя последним оплотом истинного православия. В 1472 г. великий князь Иван III (1462–1505) женился на Софии Палеолог, племяннице последнего византийского императора. Московский государь стал перенимать все больше и больше элементов имперского церемониала и сделал двуглавого орла эмблемой своего государства. В 1510 г. псковский монах Филофей написал Василию III, обращаясь к нему как к «царю» (или императору): «Два Рима пали, третий стоит, а четвертому не бывать». Это означало, что первый Рим впал в ересь, второй — Византия — оказался под властью турок, третьим же стала Москва. Иван IV Грозный 16 января 1547 г. был помазан на царство уже по византийскому императорскому чину митрополитом Московским Макарием. В 1551 г. в Москве он торжественно председательствовал на Стоглаве, большом соборе русских архиереев, где были разрешены различные дисциплинарные и богослужебные вопросы и прославлены многие русские святые. Всем этим очевидным усилиям соответствовать титулу «третьего Рима» недоставало единственной окончательной санкции: глава Русской Церкви не имел титула «патриарх». «Цари» Болгарии и Сербии в прошлом, не колеблясь, наделяли этим титулом своих первоиерархов, однако русские хотели неопровержимой подлинности и ждали удобного случая, который и представился в 1589 г., когда Константинопольский патриарх Иеремия II приехал в Москву в поисках финансовой поддержки. Не имея возможности сопротивляться давлению принимающей стороны, он поставил митрополита Иова «патриархом Московским и всея Руси». Утвержденный впоследствии другими восточными патриархами, новый патриархат занял пятое место в порядке старшинства чести восточных престолов, после патриархов Константинополя, Александрии, Антиохии и Иерусалима.
Отношения между патриархом и царем. После XVI в. русские цари всегда ощущали себя преемниками византийских импе–раторов, считая своим долгом политически защищать и финансово поддерживать православие на Балканах и Ближнем Востоке. Патриарх Московский, однако, никогда не претендовал на первое место среди патриархов. В Московском государстве верно хранили многие традиции средневековой Византии. Процветающее монашество распространило практику христианской аскезы в северных лесах, которые были и колонизированы, и христианизированы монахами. Духовным отцом этого монашеского возрождения стал прп. Сергий Радонежский (1314–1392). Его современник свт. Стефан Пермский, миссионер среди зырянских племен, продолжал традиции свв. Кирилла и Мефодия, «апостолов славян» IX столетия, переводя Писание и богослужение на местные языки. Его примеру последовало множество других миссионеров, распространивших православное христианство по всей Азии и даже обосновавшихся на острове Кадьяк у берегов Аляски (1794). Развитие церковной архитектуры, иконописи и письменности также упрочило авторитет «третьего Рима».
Московская держава, однако, сильно отличалась от Византии и своим политическим устройством, и культурным самосознанием. Византийская «симфония» (гармонические взаимоотношения) между императором и патриархом никогда реально не привилась в России. Секулярные цели Московского государства и воля монарха всегда преобладали над каноническими и религиозными соображениями, которые еще сдерживали средневековых императоров Византии. На московскую политическую идеологию всегда больше влияли начала западноевропейского секуляризма и азиатского деспотизма, нежели римского или византийского права. Если сильные византийские патриархи Константинополя были в целом способны противостоять открытому насилию над вероучением или каноническим правом со стороны императоров, то их русские преемники оказались здесь довольно слабы; единственное исключение — свт. Филипп, митрополит Московский (1566–1568), который отважился осудить злоупотребления Ивана IV, за что был смещен и замучен.
Кризис идеологии «третьего Рима» пришелся на середину XVII столетия. Могущественный патриарх Никон (1652–1658) решил восстановить власть и авторитет церкви, объявив патриаршее служение высшим по отношению к царскому. Он склонил царя Алексея Романова принести покаяние за преступление его предшественника против свт. Филиппа и присягнуть на верность церкви. Одновременно с этим Никон попытался разрешить старую проблему русской церковной жизни — проблему богослужебных книг. Переведенные с греческого, эти книги на протяжении веков подверглись множеству искажений и содержали бесчисленные ошибки. Кроме того, разница в историческом развитии России и Ближнего Востока привела к различиям и в литургической практике русских и греков. Никон вознамерился привести всю русскую практику в точное соответствие с греческими образцами. Его литургическая реформа привела к главнейшему расколу в Русской Церкви. Народные массы всерьез уверовали, что Москва — последний оплот православия. И недоумевали: почему Россия должна перенимать практику греков, которые во Флоренции предали православие и были за то справедливо наказаны Богом, оказавшись пленниками неверных турок? Реформистские указы патриарха были отвергнуты миллионами представителей низшего клира и мирян, ушедших в раскол, или схизму «староверов». В конце концов, из–за своего противостояния царю Никон был низложен, но его богослужебные реформы были утверждены большим церковным собором, проходившим в присутствии двух восточных патриархов (1666–1667).
Реформы Петра Великого (1682–1725). Сын царя Алексея Петр Великий изменил историческую судьбу России, радикально отвернувшись от византийского наследия и реформировав государство по образцу протестантской Европы. Уязвленный временным подчинением своего отца патриарху Никону, Петр после смерти патриарха Адриана в 1700 г. воспрепятствовал выборам нового патриарха. После долгого вдовствования престола он и вовсе упразднил патриаршество (1721) и преобразовал центральное церковное управление в государственный департамент, получивший наименование «Святейшего Правительствующего Синода». Высший имперский чиновник обер–прокурор должен был присутствовать на всех его заседаниях и фактически выступать управителем церковных дел. Петр также выпустил пространный «Духовный регламент», служивший уставом всей религиозной деятельности в России. В ослабленной расколом церкви не нашлось человека, который смог бы защитить ее права, и она пассивно приняла эти реформы.
Действия Петра ознаменовали вступление Русской Церкви в новый период ее истории, длившийся вплоть до 1917 г. Не все прямые последствия царских реформ были негативными. Поскольку церковными советниками Петра были украинские архиереи, выпускники Киевской академии, в России была введена западная система богословского образования; самым знаменитым среди этих архиереев был друг Петра Феофан Прокопович, архиепископ Псковский. На протяжении всего XVIII в. Русская Церковь продолжала свою миссионерскую работу в Азии, а также обогатилась рядом духовных писателей и святых, в числе которых свт. Митрофан Воронежский († 1703) и свт. Тихон Задонский († 1783) — почитатель немецкого лютеранина Иоганна Арндта и германского пиетизма; многими выдающимися святителями и учеными, такими как митрополит Московский Платон (Левшин, † 1803). Однако все попытки оспорить власть царя над церковью заканчивались неудачей. Так, Ростовский митрополит Арсений (Мацеевич), воспротивившийся секуляризации церковного имущества императрицей Екатериной II, был лишен сана и умер в заключении (1772). Возобладавшая в России атмосфера секуляристского бюрократизма не благоприятствовала возрождению монашества, однако оно все же состоялось благодаря усилиям молодого киевского ученого Паисия Величковского (1722–1794), ставшего настоятелем Нямецкого монастыря в Румынии. Его славянское издание «Добротолюбия» способствовало возрождению традиций исихазма в России XIX в.
