Внутри организованной таким образом церковной структуры с 1960-х гг. возникло движение так называемых «инициативников», направленное против сотрудничества руководства ВСЕХБ с государственными органами. Не признававшие позиции ВСЕХБ верующие формулировали новое вероисповедание, приверженцев этого вероисповедания подвергали судебным преследованиям, и в этих условиях вероучительной основой «инициативников» стал культ мучеников. На нелегальном положении возник Совет церквей евангельских христиан-баптистов (СЦЕХБ), который выделился в самостоятельное объединение; с 1980-х гг. власти регистрируют его как легальное религиозное объединение. Программа и устав СЦЕХБ подчеркивали автономность местной церкви и включали требование от верующего «духовного возрождения».
В современной России большинство баптистских общин с 1991 г. принадлежат к Союзу евангельских христиан-баптистов (около тысячи религиозных организаций), входящему в Евро-Азиатскую Федерацию Союзов ЕХБ и Всемирный союз баптистов.
Протестанты в ПетербургеВ Петербурге было значительно больше протестантского населения, чем в среднем по России. Если в 1912 г. протестанты составляли 4,85 % российского населения в целом, то в Петербурге и его окрестностях — 12,59 %. Архитектурная панорама города включала 22 монументальных храма, где проходили богослужения лютеран, реформатов и англикан и была сосредоточена многообразная духовная жизнь прихожан.
В 1704 г. лютеранская кирха во имя Св. Анны стояла на территории Петропавловской крепости, неподалеку от деревянной православной церкви Св. апостолов Петра и Павла. Позже ее перенесли ближе к Мытнинскому двору. Пока количество приезжавших на русскую службу иностранцев было не слишком велико, все петербургские протестанты — лютеране, реформаты, англикане — приходили на богослужения в так называемую «адмиральскую» церковь. Вице-адмирал Корнелий Иванович Крюйс (1657–1727) командовал балтийским флотом и участвовал во многих военно-морских походах Петра I. Он принадлежал к голландской реформатской церкви и построил на своем подворье и на свои средства комплекс из молитвенного помещения, жилища пастора и школы. Церковь была сложена из бревен в форме креста, ее окна украшали семейные гербы морских офицеров, во время воскресных служб на ней поднимали адмиральский флаг. Один из первых пасторов X Г. Нациус (1687–1751) был учеником А. Г. Франке, и тот консультировал петербургского пастора по вопросам голландской литургии. Пастор Вильгельм Толле (1674–1710), уроженец Геттингена и магистр философии, проповедовал на немецком, голландском и финском языках.
Тогда же в Шлиссельбурге насчитывалось четыре лютеранские церкви, в Выборгском уезде — восемь, в Кексгольме — тринадцать. В Нарве помимо лютеранских церквей действовала и одна реформатская. В Кронштадте с 1712 г. совершались лютеранские богослужения. Исполнение религиозных обрядов и чтение проповедей в частных домах, принятые среди протестантов, вызывали удивление православного клира, которому запрещали служить по домам в качестве «крестовых попов». Создание в 1717 г. «Справного устава церковной лютеранской веры» закрепляло легальное положение лютеранской и реформатских церквей в условиях первенствующего статуса православной церкви.
Записи в метрических книгах, которые велись в приходах, свидетельствовали о приросте числа протестантских семей в столице. В 1717–1724 гг. приглашенный из Голландии пастор Херману с Герарду с Грубе совершил сто двадцать четыре крещения новорожденных. Внутри голландской реформатской общины прибавлялось количество швейцарцев и французов, в основном из военных, служивших в петровской армии.
Из-за нехватки молитвенных помещений по воскресеньям и праздникам богослужения проводились в большой зале Берг-коллегии. Президент Берг-коллегии Яков Виллимович Брюс (1670–1735), шотландец по национальности, помог при строительстве очередной кирхи для лютеран в 1722 г. Тогда церковь носила имя Св. Петра, при императрице Анне Иоанновне ее переименовали в церковь Св. Анны. Согласно «Аугсбургскому вероисповеданию», вопрос о выборе святого покровителя был предоставлен общине, и верующие — лютеране и реформаты — выбирали тех христианских святых, которые помогали царственным особам на их второй родине. Поэтому в Петербурге были освящены лютеранские церкви во имя Св. Петра (1708 и 1722) и Св. Анны (1730), а в Кронштадте — во имя Св. Елизаветы (1753). При Екатерине II два лютеранских храма посвятили Св. Екатерине (шведский — в 1767, немецкий — в 1768 г.), реформатскую церковь в 1772 г. в честь покровителя наследника престола Павла Петровича посвятили Св. Павлу.
Приходы формировались по национальному признаку, а поскольку в городе довольно долго сохранялось расселение по «колониям», или «слободам» (финская, немецкая, голландская, французская, шведская, эстонская и т. д.), то и протестантские приходы первоначально находились в районах компактного расселения верующих. Особое впечатление производило на приезжих из Западной Европы созерцание панорамы Невского проспекта, вдоль которого сосредоточились к последней трети XVIII в. храмы основных христианских исповеданий. В непосредственной близости к православным храмам и царским дворцам возвышались молитвенные здания для англикан, реформатов, лютеран, армяно-грегориан и католиков. Протестантские храмы посещались не только жителями столицы, но и приезжими, которым приходилось обращаться в управление Петербургским консисториальным округом. Среди западных столиц в ту пору не было городов, подобных столице Российской империи, которая самой своей планировкой отразила тенденцию к согласию исповеданий.
Для религиозно-просветительской деятельности, развивавшейся в России и в Петербурге, показательны связи с центром пиэтизма — Галле. Просветительская деятельность пиэтистов оказалась востребованной культурной политикой Петра I, который поощрял изучение иностранных языков. С этой целью в Амстердаме и в Петербурге начал печататься двуязычный голландско-русский текст Библии, создавался корпус переводной литературы, были сделаны распоряжения об издании необходимых для иноверцев катехизисов и служебников, учреждались школы нового типа. По поручению Филиппа Якоби Шпенера к русскому двору был отправлен с миссией Иоганн Вернер Паус (1670–1735), педагог и литератор, многое сделавший для развития русской словесности. Он наладил в Галле печатание книг на русском языке, опираясь на помощь со стороны главного организатора пиэтизма Августа Германа Франке. Из Галле в Петербург приглашали пасторов лютеранские и реформатские общины. С деятельностью пиэтистов из княжества Вюртемберг связано возникновение в России Библейского общества.
В Петербурге, открытом для многих исповеданий, положение пастора протестантской церкви привлекало иностранцев не только тем, что обеспечивалось солидным казенным содержанием. Здесь духовному лицу был открыт простор для выбора индивидуальной религиозной позиции. Это было известно на Западе и могло интересовать пиэтистов и участников возникавших в русле пиэтизма групп, которым чинили препятствия лютеранские власти Германии, Шведского королевства и др. Так, реформатская община Петербурга, состоявшая из немцев и французов, пригласила пастора Иеремию Рислера, который в 1740–1760 гг. вел богослужения на двух языках. Прихожане выяснили, что на родине он был тайным членом братства гернгутеров и подали донос в Юстиц-коллегию. В государственном учреждении сочли несущественной разницу между исповеданиями реформатов и гернгутеров, поскольку обе конфессии в России действовали легально. В России гернгутеры получили равные с прочими протестантскими церквами права, хотя в Лифляндии и Эстляндии между лютеранами и гернгутерами случались конфликты. В Петербурге братство гернгутеров Сарепты, отделение колонии в Поволжье, появилось в 1766 г. Оно получило в дар территорию с домом на Адмиралтейском острове с разрешением использовать их для богослужений, проживания, устройства мастерских. Проповедники братства обладали авторитетом и деловыми связями почти во всех странах Европы, Азии и Америки. Некоторые из них проходили обряд рукоположения в самом Гернгуте. Братья заводили мануфактуры, торговали продуктами своего производства, поддерживали духовные и деловые контакты с верующими из колонии Сарепты.
Деятельность англиканской церкви в Петербурге, в отличие от других протестантских церквей, не подлежала российской регламентации. Священнослужители англиканской церкви зависели исключительно от дипломатических представителей Великобритании в России. Самостоятельный приход англиканской церкви в Петербурге возник в 1718 г., когда англичане перестали посещать «адмиральскую» церковь в доме Крюйса. Для отправления богослужений на английском языке и исполнения обязанностей пастора в англиканский приход приезжали на время служители либо из Англии, либо из московской англиканской общины. В 1723 г. здание англиканской церкви было украшено алтарем из красного дерева со стелой, декорированной текстами Десятисловия и Афанасьевского символа веры. В храме имелись орган, кафедра проповедника и почетное место для посланника Великобритании и его свиты. Когда здание обветшало, прихожане поручили Дж. Кваренги постройку нового здания для церкви на Английской набережной. Декор зала при этом изменился, в алтаре поместили картину «Снятие с креста», кафедре проповедника придали изысканную форму и установили добротный орган (сохранившийся поныне).
