Деятельность англиканской церкви в Петербурге, в отличие от других протестантских церквей, не подлежала российской регламентации. Священнослужители англиканской церкви зависели исключительно от дипломатических представителей Великобритании в России. Самостоятельный приход англиканской церкви в Петербурге возник в 1718 г., когда англичане перестали посещать «адмиральскую» церковь в доме Крюйса. Для отправления богослужений на английском языке и исполнения обязанностей пастора в англиканский приход приезжали на время служители либо из Англии, либо из московской англиканской общины. В 1723 г. здание англиканской церкви было украшено алтарем из красного дерева со стелой, декорированной текстами Десятисловия и Афанасьевского символа веры. В храме имелись орган, кафедра проповедника и почетное место для посланника Великобритании и его свиты. Когда здание обветшало, прихожане поручили Дж. Кваренги постройку нового здания для церкви на Английской набережной. Декор зала при этом изменился, в алтаре поместили картину «Снятие с креста», кафедре проповедника придали изысканную форму и установили добротный орган (сохранившийся поныне).
Фронтон здания украшали, помимо колонн, статуи, олицетворявшие христианские добродетели — Веру, Надежду, Любовь.
Англиканские общины и церкви имелись в русских городах с XVI в. В Петербурге с 1830-х гг. появились, помимо англиканской общины, и другие протестантские общины, основанные выходцами из Великобритании и Северной Америки. В городе была построена Британско-американская церковь, в начале XX в. действовали общины методистов, Армии спасения, Христианской науки, Кафолически-апостольская община ирвингиан (последователей Эдуарда Ирвинга, отделившихся в первой половине XIX в. от Церкви Шотландии). Они пытались добиться легализации своей деятельности, но до событий Октябрьской революции 1917 г. проблема не была решена, а позже перестала быть актуальной в связи с гонениями на все вероисповедания.
Особым авторитетом пользовалась в Петербурге лютеранская община Св. Петра, которая сложилась еще при Петре I. В нее входили многие «птенцы гнезда Петрова», именитые петербуржцы и российские государственные деятели. Храмы, которые возводились для этой общины, после всех перестроек оставались украшением главной столичной улицы — Невского проспекта. Под непосредственным контролем графа и генерал-фельдмаршала Бурхарда Христофора фон Миниха (1686–1767) возводилось первое каменное здание церкви Св. Петра. Его освящение было приурочено к 200-летнему юбилею «Аугсбургского вероисповедания» и произошло 14 июня 1730 г.
Выполненное по плану архитектора И Я. Шумахера молитвенное помещение было украшено колоннами, статуями евангелистов, располагало алтарем, кафедрой проповедника, органом. Живописные полотна с изображениями распятия и апостолов создал для Петрикирхе швейцарский художник Георг Гзелль, с которым Петр I познакомился в Амстердаме, пригласив его в Россию. В Петербурге мастер жил и работал в 1717–1740 гг. Членом лютеранского прихода Св. Петра был сподвижник Петра I Андрей Иванович Остерман, назначенный при Анне Иоанновне в могущественный Тайный верховный совет. Именно он подписывал разрешения на постройку храмов иностранных исповеданий в России.
В следующем столетии новое здание Петрикирхе было построено в 1833–1838 гг. по проекту архитектора А. П. Брюллова, создавшего шедевр петербургской архитектуры. В интерьере храма центральное место занимали «Распятие» кисти знаменитого живописца К. П. Брюллова (ныне хранится в Русском музее) и монументальная кафедра проповедника.
В 1761 г. приход Св. Петра пригласил на пасторское служение А. Ф. Бюшинга (1724–1793) во время его пребывания в Петербурге в свите датского посланника. Антон Фридрих Бюшинг, получив образование в Галле, преподавал философию и теологию в университетах Галле и Геттингена. В Петербурге он, наряду с проповедничеством, занялся реорганизацией школы при церкви, в которой учились дети из немецких, голландских, датских и немногих русских семей. В программу обучения были введены естественные науки, русский язык, занятия по искусству. При Бюшинге школа выдвинулась в число лучших в городе, получила ряд привилегий, закрепленных в 1764 г. грамотой императрицы Екатерины И. Впоследствии она получила право надзора за школами российских немецких приходов и статус «Нормальной народной школы» (1783). После отъезда из Петербурга ученый предпринял издание «Истории евангелически-лютеранских общин в России», положившей начало изучению российского протестантизма, которой впоследствии занимались преимущественно исследователи из числа служившего в Петербурге протестантского духовенства.
При образовании лютеранских и реформатских приходов на территории города преобладали центробежные тенденции. По мере прироста населения в различных кварталах столицы, а также при государственных учебных заведениях, в больницах, приютах, в частных особняках учреждались церкви и молитвенные залы для лютеранских богослужений на немецком языке. В центре города действовала совместная шведско-финская община; после многолетних конфликтов, которые решались в Юстиц-коллегии, община разделилась. Общий деревянный храм, освященный в 1745 г. во имя Св. Анны (покровительницы императрицы Анны Иоанновны, подарившей общине участок на Большой Конюшенной улице), отошел к финнам. Обветшавшее здание было заменено каменным, и при его освящении лютеранский генерал-суперинтендант Томас Фридрих Теодор Райнботт произносил речь на финском языке. Новую финскую церковь освятили во имя Св. Марии.
Собственная церковь для шведов, выстроенная на Малой Конюшенной улице при активной хозяйственной деятельности пастора Исаака Хоугберта, была освящена во имя Св. Екатерины. Автором проекта постройки был архитектор Ю. М. Фельтен, строивший ее одновременно со зданием немецкой лютеранской церкви во имя Св. Екатерины на Васильевском острове. Он же был автором проекта нового здания для лютеранской церкви Св. Анны, возведенной в 1779 г. на месте деревянной церкви на Кирочной улице. Один из прихожан, архитектор Карл Андерсон, в 1863-65 гг. провел перестройку здания шведской церкви.
Среди пасторов шведской лютеранской церкви Св. Екатерины яркой личностью был Эрих Густав Эрстрём (1791–1835). Эрстрём, получивший образование в университетах Або и Москвы, был глубоким почитателем русской культуры. Он оставил яркие воспоминания о пережитом им нашествии Наполеона на Москву. Получив известность как один из первых скандинавских славистов, он отстаивал правомерность использования финского языка в качестве официального языка нации, что не признавалось в шведском королевстве. Составленное им «Историческое описание шведско-финской общины Петербурга» (1829) отличается тщательной разработкой историкоэтнографических проблем. Его идея о том, что национальный язык — это часть гражданского просвещения народа, сыграла важную роль в укреплении финской национальной культуры в России.
Вопрос о необходимости подготовки духовенства для проведения лютеранских богослужений на эстонском языке обсуждался в Юстиц-коллегии около 1787 г., и такие службы проводились ранее в церкви Первого кадетского корпуса, а также для членов эстонской общины. На этой территории сложился эстонско-латышский приход, для нужд которого возвели храм, освященный в 1839 г. во имя Св. Михаила — патрона великого князя Михаила Павловича. Для петербургских латышей богослужения на родном языке проводились в ряде ведомственных и приходских церквей, к 1817 г. у них появился собственный храм на Загородном проспекте. Специальным распоряжением Николая I пастор Георг Пауль Эрнст Райнфелъдт был обязан с 1839 г. обеспечивать проведение богослужений на эстонском и латышском языках для гражданского и военного населения столицы.
Тенденция к объединению в сфере социальной деятельности среди лютеран сказалась в создании в течение 1845–1859 гг. кассы взаимопомощи лютеранских общин России с центром в Петербургском округе. Из средств кассы финансировались многие благотворительные учреждения и различные направления религиозно-просветительской деятельности.
Голландская реформатская община образовалась из 36 семейств в 1717 г., в 1730 г. приобрела собственное помещение церкви на Мойке, которое после пожара было перестроено и после 1741 г. служило для литургии до 1831 г. Строительство нового церковного комплекса в 1831-34 гг. (Невский пр., 20) отразило устойчивость общественного и материального положения общины, состоявшей в основном из купеческого сословия. Здание церкви, выполненное по проекту придворного архитектора Поля Жако, принадлежавшего к французской реформатской церкви, было рассчитано на 372 человека. Проект курировался императором Николаем I, который был в родстве с королевским домом Нидерландов. На освящении церкви в январе 1834 г. присутствовал принц Оранский, будущий король Вильгельм II, с супругой Анной Павловной и наследником нидерландского престола, будущим королем Вильгельмом III. Интерьер церкви включал кафедру проповедника, расположенный ниже небольшой престол для свершения таинств и орган для сопровождения песнопений. Орган был выполнен петербургским мастером Г. Л. Фридрихсом по чертежам Жако, в 1892 г. его заменили другим органом, который после закрытия церкви в 1927 г. был установлен в Академической капелле.
