Второе заседание Собора совершилось только 29 апреля, в неделю святых жен-мироносиц, следовательно, спустя около двух месяцев после первого заседания. Такое замедление могло зависеть от того, что признали, может быть, неудобным открыто заниматься судом над раскольниками и волновать народ в продолжение святого Великого поста, который начался в том году 25 февраля, и в продолжение святой Пасхальной недели, а занимались в продолжение всего означенного времени только приготовительными работами для Собора, предварительными допросами и увещаниями лиц, которые должны были судиться на Соборе. Это второе заседание в действительности было первым, потому что на нем только последовало торжественное открытие Собора самим государем. Заседание происходило не в патриаршей крестовой, а в царской столовой палате. Когда собрались в нее все архиереи, бывшие и на первом заседании, кроме митрополита Сербского, и прочие члены духовенства, равно и царский синклит, князья, бояре, окольничие и думные люди, тогда вышел и царь и обратился к духовенству с речью. Он выразил свою радость при виде собравшихся архипастырей своей земли, но вместе и свою скорбь при воспоминании о том, что понудило его созвать их. «Небесный Домовладыка, – говорил царь, – посеял на ниве нашей православной державы одну только чистую пшеницу благочестия, но враг завистливый, спящим нам, кому поручено быть стражами пшеницы, всеял в ней куколь – душепагубные расколы... Уже богохульное учение обносится не только в разных странах Богом врученного нам царства, по городам и весям, но вторглось в самую нашу столицу, коснулось нашего слуха, представлено нам в свитках. И мы узнали, что оно содержит следующие хулы: нынешняя Церковь не есть Церковь, Тайны в ней Божественные – не тайны, крещение – не крещение, архиереи – не архиереи, учение неправедное – и все в ней скверно и неблагочестно. Многие скудоумные заразились этим лжеучением и, как бы обезумев, уклонились в нововозникшие сонмища, отвергли крещение, не исповедуют своих грехов иереям Божиим, не причащаются Животворящим Тайнам и совсем отчуждились от Церкви и от Бога». Изобразив такими яркими чертами положение раскола в России, царь умолял архипастырей и пастырей со всем тщанием заняться этим делом, чтобы за свое нерадение и небрежность не отвечать им пред Богом в день Страшного суда, а о себе свидетельствовал, что готов положить за Церковь Божию все свое и самого себя. Затем царь объявил, что он в то самое время, как размышлял об утолении мятежа церковного, обрел при помощи Божией в своей царской сокровищнице бесценный бисер – книгу «Хризовул», утвержденную всеми Восточными патриархами и другими греческими архиереями и присланную ими царю Федору Ивановичу и патриарху Иову (разумелось известное определение Цареградского Собора 12 февраля 1593 г. о Русском патриаршестве), и, называя эту книгу данным от Бога оружием против раскола, пожелал прежде сам прочитать ее на Соборе и потом уже передать архиереям. Приняв на то благословение от святителей, царь сел на свое царское место, велел также сесть архиереям и боярам и, сидя, читал всю книгу. Когда же дошел до Символа веры, начертанного в книге, то поднялся и прочел Символ стоя и спросил архиереев и бояр: так ли они содержат святой Символ и прочие догматы, как изложено в «Хризовуле»? На речь царя отвечал от лица Собора Новгородский митрополит Питирим также речью: благодарим Бога, благоволившего даровать Церкви Своей такого доброго и ревностного стража и поборника; благодарим и самого государя, величая его вторым Константином, истинным расширителем православия, верным слугою Христовым, теплым рачителем кафолической веры; свидетельствовал, что все собравшиеся архипастыри веруют и содержат Символ и все догматы точно так, как прочитано государем в книге «Хризовул», и готовы употребить все меры против врагов Церкви при пособии крепкой царской десницы. По окончании речи митрополита царь поцеловал Символ веры, начертанный в книге «Хризовул», и передал Собору; архиереи все один за другим также поцеловали и передали боярам, окольничим и думным людям, которые поступили так же. И потом велено было чудовскому архимандриту Иоакиму отнести книгу «Хризовул» как духовное сокровище в Успенский собор, и заседание окончилось.
Все последующие заседания Собора происходили в патриаршей крестовой палате, и на них присутствовало только духовенство, но время этих заседаний, к сожалению, с точностию не обозначено в деяниях Собора. С третьего заседания начался суд над лицами, которые подозревались в противлении Церкви и принадлежности к расколу. И первым приглашен был и предстал пред лицо Собора епископ Вятский Александр, который потому-то как подозреваемый и не участвовал в двух предшествовавших заседаниях. Его вопросили: признает ли своим писание, в котором похулил исправление святого Символа, новопечатные книги и иные чины церковные? Александр не отрекся от своего писания, но только молил удостоверить его, что новоисправленные книги и Символ чужды погрешностей. При этом, вероятно, он и представил на разрешение Собора свои вопросы, написанные еще прежде, о которых мы упоминали. Бывшие на Соборе пастыри и учители разрешили все недоумения Александра и «изъяснили ему истину многими книгами, древними, харатейными, и твердыми доказательствами», на что, без сомнения, потребовалось немало времени. И он, просвещенный благодатию Божиею, тотчас же написал покаянный свиток и вручил Собору. В свитке этом епископ Александр сначала по примеру других архиереев высказал свое исповедание, что признает всех Восточных патриархов православными, книги их греческие, печатные и рукописные, приемлет без всякого сомнения и Московский Собор 1654 г. во всем приемлет и лобызает, а затем продолжал: «Приемлю также и лобызаю и новоисправленные книги, особенно же Символ веры, который ради удостоверения я подписал своею рукою и подаю ныне свящ. Собору; равно без всякого сомнения приемлю и о сложении перстов и прочие исправления. А что прежде сего я как человек смущался о вышеписанном, наиболее о прилагательном имени истинного в св. Символе, те все мои сомнения совершенно отвергаю, потому что во всем том ныне истинно уверился истинным уверением от древних рукописных книг и от греческих, особенно же в том, что св. соборная, апостольская, Восточная Церковь, мать наша, означенного прилагательного имени в Символе веры никогда не имела и не имеет. Посему отныне и я, без всякого сомнения, так держу и от сердца моего исповедую. И ради достоверного свидетельства это исповедание мое подписую моею рукою». По прочтении на Соборе свитка, поданного епископом Александром, он «абие прощения сподобися, и к тому не по мятежницех, но по истине побораше». Александр, очевидно, если восставал прежде против новопечатных книг, то по одному лишь недоразумению, а не по слепому фанатизму, не считал казавшихся ему погрешностей в этих книгах ересями и имел настолько здравого смысла и христианского смирения, что способен был понять и принять вразумления других архипастырей, сознать свое заблуждение и покориться Церкви. Он подал добрый пример бывшим своим единомышленникам, среди которых пользовался уважением по самому своему сану, и некоторые из них действительно последовали его примеру, но не все.
В четвертом заседании, на котором вместе с другими русскими святителями присутствовал и Вятский епископ Александр, предстал пред лицо Собора протопоп Аввакум. Он еще прежде, недель за десять, привезен был из Мезени в Москву и после напрасных увещаний, сделанных ему Крутицким митрополитом Павлом, отослан в Пафнутиев монастырь под начало. Сюда также несколько раз присылали архиереи убеждать его, но безуспешно, и Аввакум даже написал в ответ им, как сам сознается, «с большою бранью» свою сказку. На Соборе его допрашивали о тех хулах, которые написал он на исправленный Символ веры, на троеперстие в крестном знамении, на новоисправленные книги и исправителей, и о клеветах его на московских священников, будто они не веруют во Христа вочеловечившегося, не исповедуют Его Воскресения, не исповедуют Духа Святого истинным, и пр. и пр. Аввакум вступил в состязание с отцами Собора, упорно отстаивал свои мысли, оставался глух ко всем доказательствам и убеждениям и дерзко «укори в лице весь освященный Собор, вся неправославными нарицая». Ввиду такой нераскаянности и ожесточения Собор определил лишить Аввакума священства и предать анафеме. Определение Собора исполнено 13 мая в соборной церкви Мшения Пресвятой Богородицы. Но Аввакум и при этом остался себе верен. «Власти стригли меня, – говорит он, – потом и проклинали, а я их проклинал сопротив; зело было мятежно в обедню ту тут». Далее рассказывает еще, будто за него сильно заступилась царица Марья Ильинишна пред своим супругом: «Как стригли (меня), в то время велико нестроение вверху у них бысть с царицею покойницею; она за нас стояла тогда, миленькая, напоследок и от казни отпросила меня». Лишенный сана и отлученный от Церкви, Аввакум сослан был в Угрешский монастырь и заключен здесь в темницу, в которой и содержался под стражею до сентября, а в сентябре перемещен опять в боровский Пафнутиев монастырь, где содержался прежде.
