Ко времени прибытия святителя в Америку Святейший Синод прекратил выдачу субсидий американской епархии. Приходилось опираться лишь на собственные средства, что было особенно сложно из-за малочисленности православных приходов и их разбросанности по всему материку. Святитель почти непрестанно находился в пути: он плыл то на пароходике по североамериканским рекам, то на кожаной байдаре, иной раз с риском для жизни; то пешком пробирался по заснеженной тундре в какой-нибудь дальний приход.
За восемь лет его управления епархией было сделано чрезвычайно много. Организованы Братство Нью-Йоркской церкви и Кресто-Воздвиженский союз взаимопомощи сестер милосердия, открыта духовная семинария в Миннеаполисе, основан первый на Американском континенте православный Свято-Тихоновский монастырь (во имя святителя Тихона Задонского) в Пенсильвании, открыты духовная семинария в Кливленде и женский приют на Кадьяке, выстроен новый кафедральный Свято-Николаевский собор в Нью-Йорке. (Святитель и впоследствии не забывал своим попечением основанный им Свято-Тихоновский монастырь. В 1910 году, будучи уже архиепископом Ярославским, он пожертвовал монастырю из своих личных сбережений 10 тысяч рублей.)
Число православных приходов в Америке при святителе Тихоне возросло с пятнадцати до семидесяти пяти. В Чикаго, Бруклине, других городах и селениях США и Канады открывались новые православные храмы. Благодаря усилиям святителя несколько тысяч униатов (эмигранты из Карпатской Руси) перешли в православие. Участились случаи обращения в православие и из других инославных вероисповеданий. Святитель Тихон неустанно заботился о переводе на английский язык православного богослужения. Сам он нередко совершал службу на трех языках — греческом, церковно-славянском и английском.
Большинство переселенцев из Европы (в том числе и православных) оседало на восточном побережье США. Поэтому святитель Тихон добивается перенесения епископской кафедры из Сан-Франциско в Нью-Йорк. В мае 1905 года он был возведен в сан архиепископа Алеутского и Северо-Американского с кафедрой в Нью-Йорке.
Святитель понимал всю сложность развития православия в США и Канаде и предлагал меры, способные консолидировать православное население в Новом Свете. «Северо-Американскую епархию, — писал он в Святейший Синод, — следует преобразовать в экзархат Российской Церкви в Северной Америке. Дело в том, что в состав ее входят не только разные народности, но и разные Православные Церкви, которые, при единстве веры, имеют каждая свои особенности в каноническом строе, в богослужебном чине, в приходской жизни; особенности эти дороги для них и вполне терпимы с общей православной точки зрения. Посему мы не считаем себя вправе посягать на национальный характер здешних Церквей, напротив, стараемся сохранить таковой за ними, предоставляя им возможность быть непосредственно подчиненными начальникам их же национальности. Словом, в Северной Америке может образоваться целый экзархат православных национальных Церквей со своими епископами, возглавляемыми экзархом — русским архиепископом. Через него сохраняется связь Американской Церкви с Всероссийской Церковью и известная зависимость от нее; причем не следует упускать из виду того обстоятельства, что жизнь в Новом Свете по сравнению со Старым имеет свои особенности, с которыми приходится считаться и здешней Церкви, а посему этой последней должна быть предоставлена большая автономия (автокефальность?), чем другим русским митрополиям».
С 1905 года святитель начал готовить Собор с участием епископов, священников, а также делегатов от всех православных приходов. Этот собор открылся в феврале (по новому стилю в марте) 1907 года в храме Иоанна Крестителя в городе Майфилде. Один из вопросов, поднятых на Соборе, был вопрос о юридическом статусе Православной Церкви в Америке. Тогда этот вопрос был не понят Святейшим Синодом, и лишь шестьдесят лет спустя Американская Православная Церковь получила самостоятельность.
Впрочем, еще накануне открытия Собора архиепископ Тихон получил уведомление Святейшего Синода о своем переводе в Россию: 25 января (7 февраля) 1907 года он был назначен архиепископом Ярославским и Ростовским.
За годы, проведенные святителем на Американском континенте, в России многое изменилось. Страна пережила неудачную войну с Японией 1904–1905 годов и революцию 1905–1907 годов. «Больно читать, что творится в бедной России, — писал святитель еще в ноябре 1905 года из Нью-Йорка настоятелю Великолукского Троице-Сергиева монастыря архимандриту Аркадию. — Кажется, все правящие потеряли голову. Бог знает, к чему это все приведет. Ужели Господь до конца прогневался на нас? И скоро ли мы образумимся?..»
11 апреля 1907 года владыка Тихон прибыл в Ярославль. Прямо с вокзала святитель направился в кафедральный собор города, где обратился к пастве с такой речью: «Мой приезд совпал со днями, когда Церковь готовится к торжественному входу Иисуса Христа в Иерусалим, где множество народа встретило Его. Среди них были и враги, и друзья Христа, были исцеленные Им и любопытные, желавшие взглянуть на Галилейского Пророка. Множество народа встретило и меня. Не думаю, чтобы здесь были враги у незнакомого для всех собравшихся человека. Сюда стеклись посмотреть на нового владыку, прибывшего из далекой Америки. Но не любопытство одно привело сюда вас, а любовь к Церкви, к ее служителям. Еще до приезда я слышал много отрадного о вас, о любви ярославцев к благолепию храмов, о внимании к пастырям, и нынешнее стечение народа отрадно для меня. Храните эту любовь к вере и Церкви Православной, к посещению храмов!»
В течение семи лет владыка Тихон возглавлял ярославскую кафедру и за эти годы успел заслужить искреннюю любовь народа. Как и прежде, он много разъезжает по епархии, посещая даже самые отдаленные уголки, совершает божественную литургию во всех посещенных им храмах, заботится о священнослужителях. В 1908 году святитель Тихон вновь побывал в Петербурге, где посетил отца Иоанна Кронштадтского. Это было незадолго до смерти великого праведника и чудотворца. Рассказывали, что после продолжительной беседы кронштадтский батюшка поднялся со своего места и предложил святителю: «Теперь, владыка, садитесь вы на мое место, а я пойду отдохну», и вышел. Архиепископ Тихон не посмел сесть на место отца Иоанна. И лишь спустя многие годы открылся сокровенный смысл слов великого старца: патриарх Тихон занял место того, кому поклонялась вся Россия.
Во всех спорных вопросах святитель Тихон всегда становился на сторону священнослужителей, защищал их от произвола властей. Это вызвало его конфликт с ярославским губернатором, который добился удаления с кафедры неугодного ему пастыря. 2 января 1914 года указом Святейшего Синода святитель Ярославский Тихон был поставлен архиепископом Литовским и Виленским, а на его место перемещен прежний архиепископ Литовский Агафангел. В воскресенье, 19 января, святитель Тихон отслужил прощальную литургию в переполненной народом Крестовой церкви Ярославского Спасского монастыря. В адресе, преподнесенном ему от городского управления Ярославля, говорилось: «Никто не уходил от Вас без утешения, ободрения, ласки, благословения; Вашим светлым умом и добрым сердцем Вы легко проникали в самое сложное дело, за разрешением которого к Вам каждый из пасомых шел прямо, не обинуясь, как к истинному отцу и постоянному душевному доброжелателю». Теплые слова содержались и в других прощальных адресах, преподнесенных архиепископу от гражданских и военных властей, именитых жителей, духовенства и т. д.
Уже в Литве святитель узнал о том, что жители Ярославля избрали его почетным гражданином своего города.
24 января 1914 года святитель Тихон прибыл в Вильно (нынешний Вильнюс), в Свято-Духов монастырь. «Я сознаю всю трудность святительского служения в этом разноверном и разноплеменном крае, — обратился он к духовенству и мирянам, — и прошу у вас помощи в моем служении».
Два с половиной года провел святитель в Литве. Уже в первые месяцы он объехал города и села своей епархии; как и прежде, святитель повсюду посещает храмы, совершает богослужения, благословляет народ.
Вскоре после начала его пастырского служения в Литве Россия вступила в Первую мировую войну. Территория епархии оказалась в сфере военных действий. «Тяжелейшее служение выпало на долю архипастыря Литовской епархии, — пишет современный биограф патриарха Тихона М. И. Вострышев. — Удовлетворение религиозных нужд фронтовых частей, нравственная поддержка солдат и офицеров, врачебная помощь и широкая благотворительность имели в лице владыки Тихона горячего вдохновителя и бескорыстного дарителя». Архиепископу Литовскому приходится постоянно быть в гуще событий: он приезжает на передовую, где благословляет солдат и вдохновляет их на ратные подвиги, он освящает лазареты и совершает в них молебны, обходит тяжелораненых, успокаивает беженцев, освящает святой водой и благословляет полки, прибывающие на фронт, совершает панихиды с поминовением погибших. «А я все езжу, — пишет он в это время, — возвратился вчера, а на днях опять поеду в другие места, и военные просят, и на позиции».
