В третий день, пятницу, 8 октября, на православном Соборе была уже большая деятельность. Лишь только открылось заседание, как поднялись сильные голоса против митрополита за то, что он оставил без внимания две грамоты к нему патриарших экзархов Никифора и Кирилла (от 13 сентября и 5 октября), которые тут же и были прочитаны, и два соборные приглашения. Но председатель Собора, держась строго правил церковных, предложил послать к митрополиту и владыкам еще третий позыв, или приглашение, для чего избраны были: три архимандрита, четыре протопопа и при них нотарий Григорий с парагностиком. На этот раз посланные возвратились скоро и принесли ответ: «Что сделано, то уже сделано, и иначе быть или переделаться не может; хорошо или худо мы поступили, только мы отдались Западной Церкви». После такого ответа не оставалось ждать ничего более, и протосинкелл Никифор обратился к Собору с обширною речью. Он резко осуждал митрополита и единомысленных с ним владык за их явное пренебрежение к Цареградскому патриарху и за те волнения, какие они произвели в Церкви своим отступничеством; хвалил православных того и другого соборного кола, духовного и светского, за их твердость в православии; укорял тех из их собратий, которые ради земных выгод и почестей или из боязни изменили вере своих отцов; защищал себя против возражений своих врагов, будто он не имеет права председательствовать на Брестском Соборе, и наконец спросил: когда и каким образом митрополит и владыки начали хлопотать об отступничестве? Киево-печерский архимандрит Никифор Тур отвечал, что это началось с того времени, как патриарх Иеремия года четыре тому назад наложил на митрополита Рагозу запрещение за рукоположение им в священный сан двоеженцев, многоженцев и явных прелюбодеев и за многие другие беззаконные его поступки и пригрозил, если не исправится, даже низвергнуть его с кафедры, как низвергнут был митрополит Онисифор. С того-то времени Рагоза и вступил в замысл с другими владыками отдаться папе; посылал к нему двух послов своих для принятия унии, а теперь, по возвращении их, думает привлечь к тому и всех мирян. Но все мы, сказал в заключение Никифор, православные, не только находящиеся здесь на Соборе, но и оставшиеся по домам, решительно не желаем унии, и в доказательство своих слов сослался на инструкции, привезенные земскими послами. Тогда Собор приступил к слушанию этих инструкций. Их было несколько десятков, но все они сходились в трех следующих статьях: 1) духовные, отступившие от власти патриархов, должны быть наказаны лишением сана, какой имели до подчинения их папской власти; 2) Поместный Собор в Бресте не вправе постановить решение о соединении с Римскою Церковью без согласия патриархов и всей Восточной Церкви, без основательного соглашения всех разностей по вере между обеими Церквами и только на основании, положенном двумя владыками, желавшими чрез отступничество в унию прикрыть свои преступления и приобресть себе выгоды и почести; напротив, древнее христианское вероисповедание, переданное нашим предкам от Церкви Восточной и содержимое доселе, подтвержденное законами, привилегиями, конфедерациями и присягами королевскими, должно быть оставлено в целости и подтверждено без перемены обрядов и прежней патриаршей власти; 3) не принимать нового календаря, явно противного церковным правилам, а сохранить ненарушимо употребление старого календаря согласно с указами короля Стефана и другими о том постановлениями. По выслушании Собором инструкций киево-печерский архимандрит высказал свое мнение, что с отступниками следует поступить по канонам и определениям святых отцов, и председатель признал мнение справедливым.
Тут соборные рассуждения были прерваны. Доложено было, что королевские послы прислали Собору предложение выслать к ним депутатов для выслушания королевской воли. В числе принесших предложение находился и иезуит Петр Скарга. Он вызвал князя Константина Острожского с сыном его Александром в особую небольшую комнату и вступил с ними в тайную беседу, стараясь склонить их к унии. Протосинкелл Никифор, услышав об этом, сказал, что Скарге вместо диалектических упражнений в каком-нибудь углу приличнее было бы прийти в заседание Собора и вести открытый диспут с учеными богословами, так как мы и просили всех желающих возражать против догматов и обрядов Восточной Церкви приходить к нам и вести с нами публичные прения. Попытка иезуита поколебать князя осталась тщетною. Собор избрал и послал к королевским послам по четыре депутата от кола духовного и от кола светского; с ними же по просьбе послов отправились и владыки Львовский и Перемышльский с несколькими священниками. Речь королевских послов к депутатам в присутствии самого князя Острожского была очень продолжительна. Послы прежде всего напомнили, как три года тому назад и владыки Львовский и Перемышльский вместе с другими владыками заявили королю о своем желании принять унию, как и князь Острожский с тою же целию несколько лет назад сносился чрез Поссевина с папою Григорием XIII, а недавно сам просил короля созвать Собор. Потом укоряли русских, что они прибыли на Собор с вооруженною силою, допустили к себе разных еретиков, составили с ними особый синод, или сходку, и не в церкви, а в еретическом доме, поставили главою своей сходки грека Никифора, беглеца, союзника турок на погибель Польши, дозволяют светским людям вмешиваться в дела Собора... и пр. Наконец, послы призывали православных, в особенности дворян, к соединению с католиками-соотечественниками именем Бога, короля и отечества, указывая на то, что отечеству при внутренних несогласиях грозит опасность от турок и неволя, какой подпали греки-отщепенцы и другие еретики. По окончании своей речи послы ожидали, что депутаты вступят в диспутацию об унии, и для этого пригласили иезуита Скаргу и товарища его Иуста Роба, но депутаты сказали, что им необходимо скорее донести Собору о том, что слышали они от королевских послов, и потом доставить последним ответ Собора. Вечером того же дня послы действительно получили от членов православного Собора следующий ответ: «Мы принимаем с великою признательностию и благодарностию отеческое попечение короля о водворении ненарушимого согласия между его подданными и весьма рады приступить к тому как по христианскому долгу, так и по желанию исполнить волю его королевской милости. Но мы видим из истории, что св. соединение Церквей уже несколько раз было установляемо и столько же раз было расторгаемо, потому что не были устраняемы все к нему препятствия. Не желая более напрасно воздвигать такого непрочного здания, мы желаем, чтобы к соединению Церквей приступлено было с возможною осмотрительностию и избраны были надлежащие пути и средства и чтобы уния, созданная на прочном основании, могла существовать долго и, дай Боже, вечно. Но зная, какие люди в настоящее время подали повод к переговорам о соединении Церквей, зная, что нет на это согласия всей Восточной Церкви, и особенно патриархов, что переговоры об унии поручено вести владыкам, большею частию подозрительным, и что разности в членах веры между обоими исповеданиями не могут быть примирены здесь, мы не видим ныне доброго основания для соединения Церквей. А чтобы наше несогласие на унию не было объяснено королевскими послами в дурную сторону и не навлекло на нас королевской немилости, мы объявляем, что охотно приступим к соединению с Римским Костелом, когда согласится на то вся Восточная Церковь, и особенно патриархи, когда для этого избраны будут законные пути и приняты надлежащие меры, когда соглашены будут в самом основании все разности в догматах и обрядах между Восточною и Западною Церковию и когда, таким образом, проложится дорога к прочному и неразрывному их соединению». Отправив своих депутатов к королевским послам, православный Собор занялся рассмотрением дела виленских братских проповедника Стефана Зизания и священников Василия и Герасима, преданных проклятию митрополитом Рагозою за какую-то будто бы ересь, совершенно оправдал их и восстановил во всех правах и обязанностях, остальное же время дня посвятил богословским беседам о папской власти и других предметах: вопросы предлагаемы были разными членами, ответы давали протосинкеллы Никифор и Кирилл, и эти беседы записаны были в соборные акты. А королевские послы, получив ответ православного Собора, увидели, что нет никакой возможности примирить обе стороны, униатскую и православную, и соединить их для общих совещаний. Тем и кончился третий день настоящего Собора.
Четвертый день Собора, суббота, 9 октября, был самый решительный. Королевские послы сказали своим бискупам и владыкам, чтобы они делали то, зачем собрались, не обращая внимания на другую сторону собравшихся, более еретическую, чем греческую, т. е. православную. И вот бискупы и владыки, облачившись в свои полные церковные облачения, вместе с другими духовными: протопопами, попами, архимандритами и игуменами – отправились в церковь святого Николая при колокольном звоне и пении, сопровождаемые множеством светских панов и народа; совершили там молебствие к Богу о соединении христиан и заняли свои места; на одной стороне сели папские и королевские послы, а на другой – митрополит с владыками. Тотчас поднялся с места архиепископ Полоцкий Герман, имея в руках грамоту на пергамене, подписанную митрополитом и владыками и скрепленную их печатями, и, вступив на амвон, прочел ее во всеуслышание. В грамоте этой митрополит и владыки во имя триипостасного Бога объявляли всем «на вечную память», что, признавая главенство папы над Церковию Христовою (которое будто бы признавалось всегда от начала), они посылали в Рим двух своих братий с просьбою к папе принять их в соединение с Римско-католическою Церковию и сохранить им только обрядность Восточной Церкви, что папа согласился на их просьбу и приказал им созвать Собор, и учинить исповедание святой католической веры, и дать клятву на покорность Римскому престолу и что, наконец, они учинили это ныне, на Соборе, как свидетельствуют их листы, собственноручно ими подписанные и скрепленные их печатями, которые они и вручили трем послам святого отца папы бискупам в присутствии их милостей, послов короля, и многих других духовных и светских лиц, находящихся на Соборе. Таким образом, вся цель униатского Собора в Бресте состояла, несомненно, лишь в том, чтобы митрополит и владыки, желавшие унии, повторили то самое исповедание и ту самую клятву, какие произнесены были в Риме Потеем и Терлецким, изложили все это на особых листах и утвердили своими подписями и печатьми. И очевидно, что листы митрополита и владык были написаны ими, подписаны и скреплены еще прежде 9 октября, равно как и самая грамота, которая прочитана была теперь на Соборе Полоцким архиепископом. Как только окончилось чтение грамоты, тотчас бискупы Западной Церкви бросились к бискупам Восточной, облобызались с ними и в живейшей радости воспели вместе хвалебную песнь триипостасному Богу; потом в тех же своих облачениях и со всем Собором пошли в латинский костел Марии и там торжественно воспели: «Те, Deum, laudamus». Не довольствуясь одним этим торжеством по случаю соединения с Римскою Церковию, митрополит и владыки доставили себе еще другое торжество. Они лишили сана и священства и предали проклятию Гедеона, епископа Львовского, и Никифора Тура, киево-печерского архимандрита, и в тот же день дали им знать об этом своими грамотами; та же, без сомнения, участь постигла вместе и прочих духовных, действовавших с Гедеоном на православном Соборе, хотя грамоты к ним до нас не дошли. А на следующий день, 10 октября, митрополит и владыки издали окружную соборную грамоту и чрез нее объявляли всем духовным и мирянам, что епископы Гедеон Балабан и Михаил Копыстенский, также архимандриты, игумены, протопопы и попы (большею частик) в грамоте поименованные), которые не согласились принять унию, предаются проклятию и лишаются сана и священства навсегда, равно и все те, которые не перестанут иметь их за епископов или пресвитеров, подвергаются тому же проклятию и что настоящее свое решение Собор представил уже на утверждение королю, дабы он мог по своему усмотрению отдать места всех лишенных теперь духовного сана, другим лицам.