Как только огласилось это решение митрополита и владык, тотчас раздались против него сильные протесты православных: в Львове, Новогродке, Вильне и других местах, и во главе протестовавших стал могущественный князь Острожский. Король старался успокоить недовольных своими грамотами, убеждениями, обещаниями, угрозами. Митрополит силился уверить всех, что он вовсе не причастен делу об унии, что он ревнует о православии, и в то же время преследовал наиболее выдававшихся противников унии духовными наказаниями. Волнения между православными не только не прекращались, но еще увеличивались. Но, несмотря на то, по воле короля уполномоченные его, митрополита и владык Потей и Терлецкий поехали в Рим и 23 декабря приняли там унию - фазис третий!
По возвращении уполномоченных из Рима (в начале марта 1596 г.) поднялись новые протесты против унии отвсюду, где только обитали православные. Земские послы, избранные на провинциальных сеймах, явились на генеральный сейм в Варшаву, подали просьбы королю вместе с князем Острожским и затем торжественно заявили на сейме от лица всех православных, что они не хотят унии и что Потей и Терлецкий как изменники и отступники должны быть лишены сана и своих епархий. Король счел нужным утвердить вновь своими грамотами за Потеем и Терлецким их епархии, старался ограждать митрополита от восстаний против него и оскорблений, издавал строгие указы на противников унии и наконец повелел митрополиту созвать в Бресте Собор. В Бресте образовались (6 - 9 октября) два Собора: один - из православных, другой - из ревнителей унии. На первом уния была отвергнута, на последнем торжественно принята - фазис четвертый и последний!
Кого ж следует назвать виновником церковной унии в Литве? Не одного, а многих виновников имела церковная уния, под влиянием которых она в продолжение почти ста пятидесяти лет подготовлялась и, наконец, насаждена. Это были, с одной стороны, Константинопольские патриархи, а с другой польские короли, с одной - русское, а с другой - латинское духовенство, и особенно иезуиты в Литве и Польше.
Патриархи Царьграда считались верховными архипастырями над Западнорусскою Церковию, но не обращали на нее почти никакого внимания, не имели о ней ни малейшего попечения. Как ни горестно было их собственное положение, как ни далеко от них находилась Западная Русь, но это не освобождало их от священнейшей обязанности по отношению к подведомой им митрополии. Лишь изредка, когда здесь нужен был новый митрополит, патриархи по предварительной просьбе из Литвы присылали свое благословение избранному митрополиту или своих экзархов для посвящения его, получали денежную благодарность, и тем дело оканчивалось. Во весь длинный период до самого патриарха Иеремии II едва можно указать пять-шесть патриарших грамот, присланных в Литву к какому-либо митрополиту (Иосифу Болгариновичу) или в какой-либо монастырь (Киево-Печерский, Супрасльский), и то грамот по частным случаям и предметам, а не по общим потребностям Церкви. Ни разу ни один патриарх не посетил лично своей литовской паствы, чтобы ближе видеть ее нужды и удовлетворить их, не присылал даже от себя какого-либо нарочито уполномоченного, который бы пожил здесь достаточное время и принял какие-либо меры против непрестанно усиливавшихся беспорядков. Часто приходили сюда греки духовного сана из Цареградской патриархии, как и из других, ради собственных нужд, для собирания милостыни, и нередко вмешивались здесь в церковные дела, но своими вмешательствами производили только новые беспорядки, и за эти вмешательства справедливо осуждены впоследствии самим патриархом Иеремиею II, а за свои притязательные требования милостыни, за свои поборы с церквей и монастырей заслужили от здешних иерархов имя грабителей. Этот самый Иеремия был лучшим патриархом для Литовской митрополии и более всех сделал для нее своими посланиями и наставлениями относительно нового календаря, учреждением в ней двух главнейших братств, львовского и виленского, и при них училища и типографии, и некоторыми дальнейшими своими распоряжениями и грамотами, касавшимися общих потребностей местной Церкви. Он первый из патриархов решился посетить ее лично, но - надобно говорить правду - посетить не столько ради ее нужд, сколько ради нужд собственных: он крайне нуждался в деньгах для построения себе нового патриаршего храма взамен прежнего, отобранного турками и обращенного в мечеть. Наделенный богатою милостынею и великими дарами в Москве, где поставил первого патриарха, Иеремия возвратился в Литву с тою же главною мыслию, с какою предпринял вообще свое дальнее путешествие. Он посвятил здесь нового митрополита, чрез несколько времени потребовал от него платы. Странными кажутся и некоторые другие действия патриарха, если в основе их не предположить такой же платы и приношений со стороны тех, к кому действия относились. Странно, что два самые богатые епископа в Литве, Луцкий и Владимирский, получили от патриарха такие достоинства, какие прежде никогда не существовали в Русской Церкви: один возведен в звание экзарха, или кардинала, другой - в звание прототрона. Еще страннее были отношения патриарха к епископам Гедеону Балабану и Кириллу Терлецкому. Сначала патриарх поверил всему, что сообщил ему Гедеон о разных преступлениях Кирилла, и подписал несколько грозных грамот против Кирилла, но, как только явился Кирилл, патриарх начал верить ему, назвал Гедеона клеветником, отменил все свои грамоты против Кирилла, говоря, что подписал их по незнанию русского языка, и объявил Кирилла оправданным и прощенным на всю его жизнь. А отношения патриарха к львовскому братству и епископу Гедеону? То поддерживал патриарх братство, наделял его своими грамотами и привилегиями и охранял его от притязаний Гедеона; то уничтожал все эти грамоты и привилегии и отдавал братство под власть Гедеона, к изумлению самого братства; то снова вооружался за братство против Гедеона и не давал ему никакой пощады. Не напрасно литовские епископы, в том числе Терлецкий и Балабан, близко видевшие действия патриарха, говорили потом на съезде в Сокале, что патриархи приезжают в Литву затем только, чтобы собрать побольше денег, и понадавали здесь грамот на братства ради своих прибытков. Недаром и благочестивый воевода новогродский Скумин, услышав об уклонении Гедеона в унию, сказал, что в этом, без сомнения, виноват и сам патриарх, который своими непрестанными грамотами за львовское братство против Гедеона довел его до того, что он должен был броситься в такое отщепенство. Да, патриархи Цареградские могут быть названы виновниками унии в том смысле, что они своим нерадением о Западнорусской Церкви допустили ее дойти до такого внутреннего расстройства, при котором ее легко могли одолеть иноверцы, а своим своекорыстием как бы отталкивали от себя ее сынов, и в особенности ее иерархов, и заставили их искать себе другого верховного архипастыря.
Но тогда как патриархи действовали на расстройство и расслабление Западнорусской Церкви больше отрицательно, своим нерадением о ней и небрежностию, литовско-польские государи содействовали этому расстройству и расслаблению положительно. От начала до конца периода все польские короли, одни менее, другие более, злоупотребляли своим правом верховного патронатства над православною Церковию, находившеюся в их владениях. Они раздавали в ней архиерейские места неразборчиво и безрассудно людям, вовсе к тому не приготовленным, за воинские и гражданские заслуги, за деньги, по ходатайствам, по проискам и подобному; раздавали одни и те же места разом двум-трем лицам, и часто еще при жизни иерархов, занимавших эти места. Оттого высшая иерархия мало-помалу совершенно ниспала и потеряла свои нравственные силы и значение. Не стало архипастырей, достойных своего звания по своему образованию и жизни, по ревности и заботливости о пользах Церкви, архипастырей-наставников, руководителей, охранителей и защитников для паствы в делах веры. На архиерейских кафедрах явились настоящие паны, которые искали себе в архиерействе только права владеть архиерейскими имениями и потом стремились к одному, чтобы воспользоваться этими имениями и по возможности приобретать еще новые. Заботились лишь о себе и о своих выгодах, а о своей духовной пастве почти забывали и пренебрегали ею. Зато и паства почти не признавала их за своих пастырей, соблазнялась их поведением и жизнию и иногда называла их даже, как мы видели, не святителями, а сквернителями. Эти пастыри постыдно бросали свое духовное стадо, когда на него нападали враги, предоставляли ему самому защищаться и отбиваться, как оно могло и умело, и способны были совсем пожертвовать им для своих выгод. В то же время короли не менее безрассудно раздавали православные монастыри светским лицам или отдавали по два, по три монастыря панам архиереям, которые большею частию только грабили, разоряли и опустошали монастырские имения, а самые монастыри доводили до обнищания, до развалин и до оскудения или низвращения в них монашеской жизни. И таким образом подрывалась в корне еще одна нравственная сила в местной Церкви - монашество, которое в других Церквах часто подготовляло и давало достойнейших иерархов, имело самое благотворное влияние на нравственное воспитание народа и в минуты религиозных движений и опасностей укрепляло народ в православной вере и удерживало его от увлечения в ереси и расколы. Тогда как патриархи только как бы отталкивали от себя западноруссов и их иерархов, польские короли положительно влекли их к папе и Римской Церкви, одни менее, другие более. Они то не допускали православных к высшим гражданским должностям, которые предоставляли только латинянам, в силу известного Городельского постановления; то не давали православным свободы в построении церквей и в отправлении церковных обрядов, какою пользовались латиняне; то употребляли насильственные меры против православных и попускали преследования за приверженность к православию и нежелание принять латинство; то действовали обещаниями льгот и дарованием льгот тем, которые склонялись на принятие унии. Последний король, Сигизмунд III, превзошел в этом всех своих предместников. При нем началось, при нем же и окончилось самое введение унии, и без его решительного участия уния не была бы введена. Когда некоторые владыки и митрополит уже заявили письменно свое желание принять унию, но еще не согласились между собою вместе, не подписали общего послания к папе и начали было колебаться, их удержал только страх пред королем. Припомним замечательные слова Потея к митрополиту: "Если ты не приедешь (в Брест для совещаний), то, право, ты нас выдашь на снедение; нас погубишь, да и сам не воскреснешь, ибо это не с своим братом шутишь". Рады не рады, а уже должны были вести начатое дело до конца. Когда после подписания соборного послания к папе митрополитом и владыками поднялись протесты и смуты в народе, когда сами даже владыки вслед за мирянами начали просить у короля созвания Собора, который мог расстроить дело и воспрепятствовать отъезду избранных депутатов в Рим, король решительно отказал в Соборе и велел депутатам ехать в Рим. Когда по возвращении их земские послы от лица всех православных подали просьбу королю и публично заявили на варшавском сейме, что они не желают унии, король не обратил на эти просьбы и заявления никакого внимания, а велел созвать Собор и прислал на Собор своих могущественных послов, под охраною которых уния и была провозглашена. Сигизмунд III был самым сильным, хотя и не главным, виновником унии.