И по долгу верноподданного, и по чувству признательности Иов с полным усердием служил царю Федору Ивановичу, по воле которого удостоился быть сперва митрополитом, а потом и патриархом. В начале 1591 г. Федор Иванович, лично предводительствуя своим войском, одолел шведов и отнял у них и возвратил России города Яму, Ивангород и Копорье. Иов торжественно встретил возвратившегося в Москву победителя и приветствовал его речью, в которой уподоблял его равноапостольному царю греческому Константину и русскому великому князю Владимиру, указывая на то, что как они очистили свои земли от язычества и водворили в них христианство, так теперь и царь Федор очистил от иноверия города, отнятые у неприятеля, и восстановил в них православие.
В том же 1591 г. царский дом постигло несчастие: 15 мая не стало царевича Димитрия, единственного брата Федора Ивановича, которого он очень любил и в котором, не имея детей, мог видеть своего наследника. Царевич жил в своем удельном городе Угличе со своею материю царицею Мариею и ее братьями Михаилом и Григорием Нагими. По свидетельству летописей, девятилетний царевич погиб насильственною смертию от убийц, подосланных Борисом Годуновым, подготовлявшим себе путь к царскому престолу, но сбежавшийся по набату народ при виде преступления тогда же умертвил самих убийц, Осипа Волохова, Никиту Качалова и Данилу Битяговского, а также и отца Данилы дьяка Михаила Битяговского и других, всего 12 человек. Когда гонец с вестию об убиении царевича прибыл в Москву, Годунов взял у него грамоту и велел написать другую, будто царевич, страдавший падучею болезнию, сам заколол себя ножом, играя с детьми, и эту грамоту представил царю. Царь горько плакал. Для розыска послан был в Углич знатнейший боярин князь Василий Иванович Шуйский с двумя другими лицами, а для погребения царевича - митрополит Крутицкий Геласий. Следователи в угоду Годунову повели дело так, что, по большинству показаний, царевич действительно закололся сам и что дьяк Битяговский и прочие с ним убиты народом совершенно невинно по наущению Михайла Нагого, враждовавшего против Битяговского. Царь приказал боярам идти с следственным делом на Собор к патриарху Иову, и оно прочитано было в присутствии всего освященного Собора и бояр дьяком Щелкаловым. Патриарх, выслушав следствие, сказал: "Пред государем царем Михайлы и Григория Нагих и углицких посадских людей измена явная: царевичу Димитрию смерть учинилась Божиим судом, а Михайла Нагой государевых приказных людей, дьяка Михайлу Битяговского с сыном, Никиту Качалова и других, которые стояли за Михаилу Битяговского, велел побить напрасно за то, что Битяговский часто бранился с Нагим за государя. За такое великое изменное дело Михаила Нагой с братьею и мужики-угличане по своим винам дошли до всякаго наказания. Но это дело земское, градское, то ведает Бог да государь, а наш долг молить Бога о государе и государыне". Речь патриарха бояре немедленно передали царю, и царь велел казнить виновных. Нагих разослали по городам и заключили в темницы, саму царицу Марию постригли в монашество и заточили в Николаевскую пустынь на Выксе, близ Череповца, угличан одних казнили смертию, другим отрезали языки, а многих вывели в Сибирь и населили ими город Пелым. Патриарх, очевидно, высказал свое мнение на основании того, что узнал из следственного дела, и думать, будто он покривил здесь своею совестию в угоду Годунову, совершенно неосновательно. Патриарх тогда еще не мог знать об участии Годунова в убиении Димитрия, как не знали и другие архиереи: событие совершилось так недавно и не успело довольно огласиться, сам Годунов не открыл же Иову злых своих замыслов. Отвергнуть следственное дело или не доверять ему Иов не имел никакого основания, тем более что и митрополит Сарский Геласий, бывший в Угличе на следствии, засвидетельствовал пред Собором от имени царицы о виновности Михайла Нагого с братиею в убиении Битяговского. Если и могли патриарх и прочие архиереи узнать правду об этом деле, то разве только впоследствии, когда она сделалась известною многим.
Спустя год после смерти царевича Димитрия Бог утешил царя Федора Ивановича дарованием ему дочери Феодосии, но в следующем году дочь скончалась, и это повергло отца и особенно мать в чрезвычайное горе. Патриарх Иов счел нужным написать царице Ирине послание и убеждал ее не предаваться скорби, но уповать на Бога и усердно Ему молиться, напоминал ей о праотце Адаме, как горько он плакал над телом своего сына Авеля, но не мог слезами возвратить его к жизни по силе неизменного приговора: Земля ecu и в землю отыдеши, указывал на праведных Иоакима и Анну, которые хотя до старости оставались неплодными, но своим упованием на Бога, своими неотступными молитвами подвигли Его разрешить неплодство Анны и даровать им благословенное чадо. "Видишь ли, благоверная государыня царица, - заключал первосвятитель, - сколько может молитва праведных, терпеливо переносящих постигающие их скорби. А кручиною, государыня, ничего нельзя взять, можно взять лишь милостью Божиею; если печалишься, то только гневишь Бога, а своей душе причиняешь немалый вред и безгодно изнуряешь свое тело; диавол же, когда видит кого-либо скорбящего, укрепляется на него. Потому молю твое благочестие, положи во всем упование на Бога и на Пречистую Богородицу, и Она, видя твое упование, умолит Сына Своего, да исполнит всякое твое прошение, да сотворит чресла твои многоплодными и да устроит тебя как лозу плодовитую в дому твоем".
Когда Федор Иванович скончался (7 генваря 1598 г.), патриарх Иов оплакал его самыми непритворными слезами, как и вся Москва. Но, кроме того, как бы в дань признательности к почившему, сам принял на себя труд, несмотря на свою старость и многотрудные обязанности, написать житие этого благочестивого государя на память потомству. В житии патриарх несколько раз делает общие отзывы о царе Феодоре, описывает важнейшие события его царствования, каковы: венчание его на царство, усмирение Казанского края, вторичное покорение Сибири, учреждение патриаршества, двукратная война со шведами, нашествие крымцев и борьба с ними под стенами Москвы, изображает обстоятельства кончины Феодора и те скорбные чувства, какие возбудила она во всех, особенно в царице Ирине, и оканчивает житие молитвенным обращением к почившему. В общих отзывах выражается: "Этот благочестивый самодержец, праведный, досточудный и крестоносный царь древним благочестивым царям был равнославен, нынешним служил украшением, для будущих послужит сладчайшею повестию. Хотя от юности он окружен был бесчисленными и многоценными благами мира, но ни одним из них не увлекался, ни одним не услаждался... Хотя и держал в руках своих скипетр славного царства Русского, но всегда устремлял ум свой к Богу и сердечную веру сопровождал добрыми делами; тело удручал церковными песнями, дневными правилами, всенощными бдениями, воздержанием и постом, а душу умащал поучением Божественных Писаний, украшая ее благими нравами... Был весьма нищелюбив, милуя вдовиц и сирот, особенно же чтил священнический и монашеский чин, удовлетворяя их всегда пространною милостынею... И в дальние страны земли всегда текла, как нескудная река, его щедрая милостыня, как-то: во св. гору Афонскую, в Александрию, в Ливию, в великую Антиохию и во все святые места даже до Иерусалима..." В своем молитвенном обращении к почившему государю Иов говорил: "Ты же, о великая, блаженная царская красота, если уже достиг в премирные селения умных сил и ясно зришь пресветлое сияние триипостасного Существа, поминай царское твое достояние, да сохранит Господь в мире и тишине наследие царства твоего и живущих в нем, а мне, дерзнувшему принести тебе сие малое хвалословие, испроси оставление грехов моих и за дерзновение даруй прощение... Как ублажу тебя, великий государь, какое благодарение принесу тебе я, неразумный, и как возмогу по достоинству восхвалить тебя, о блаженная и всекрасная царская душа? Насколько солнце выше персти земной, настолько твое царское величество превыше нашей похвалы..."
Равным образом не мог патриарх Иов не быть преданным и новому государю - Борису Федоровичу Годунову, о котором потом в своем духовном завещании так отозвался: "Зело всячески мя преупокои во вся дни живота моего, егда бех на Коломенской епископии и на Ростовской архиепископии, такоже и в митрополитех, и на патриаршеском степени, яко не могу по достоянию изрещи превеликия его царския милости к себе, смиренному". Известно, что Иов преимущественно и содействовал избранию Годунова на царство. Когда Ирина отказалась от престола и, удалившись в Новодевичий монастырь, приняла там монашество с именем Александры, патриарх с духовенством, боярами и гражданами Москвы отправился в тот монастырь и умолял царицу благословить на царство брата своего Бориса, который и при жизни ее мужа был правителем России, а самого Бориса просил принять царское достоинство. Но Борис решительно сказал: "Мне и на ум никогда не приходило о царстве, как мне помыслить на такую высоту?.. О государстве и о всяких земских делах радеть и помышлять тебе, государю моему отцу, святейшему Иову патриарху, и с тобою боярам..." Борису хотелось быть избранным не одною Москвою, а всею Русскою землею. Созван был великий земский Собор из выборных представителей всего государства числом до 474 человек. Патриарх обратился к ним с речью (17 февраля 1598 г.) и, объявив, что по смерти царя Федора Ивановича ни царица Ирина, ни брат ее Борис, несмотря на все просьбы, не согласились занять царский престол, предложил: "Теперь вы бы о том великом деле нам и всему освященному Собору мысль свою объявили и совет дали, кому у нас государем быть?" Но вдруг же, не дожидаясь ответа, продолжал: "А у меня, Иова патриарха, и у митрополитов, архиепископов, епископов и у всего освященного Собора, которые при преставлении царя Федора Ивановича были, мысль и совет у всех один, что нам, мимо Бориса Федоровича, иного государя никого не искать и не хотеть". После этого, естественно, и все прочие архиереи и вообще духовные лица, прибывшие из других городов в Москву, единогласно воскликнули: "И наш совет и желание то же, и мы единомысленны с тобою, отцом нашим, великим господином Иовом патриархом". А за архиереями волею и неволею то же велегласно и многократно повторяли и все бояре, и все выборные Русской земли. Следующие три дня (18 - 20 февраля) Иов торжественно служил молебны в Успенском соборе, чтобы Бог даровал России царя Бориса Федоровича, и на третий день после молебна отправился с духовенством, боярами и множеством народа в Новодевичий монастырь с прежнею просьбою к царице и брату ее от лица всей Русской земли. Но, получив и теперь отказ, патриарх распорядился, чтобы на следующий день молебны отслужены были не в одном Успенском соборе, но во всех церквах и монастырях столицы и чтобы потом все православные с иконами и крестами шли в Новодевичий монастырь просить милости царицы и Бориса Федоровича, а с архиереями тайно приговорил: если опять царица и Борис Федорович откажут, то отлучить его от церкви, самим же сложить с себя святительский сан и во всех храмах запретить богослужение.
