Первые две части этого предсказания скоро исполнились. Еще сам Фотий возвел Иону в сан епископа Рязанского и Муромского. И как в пределах его обширной епархии, обнимавшей и некоторые части нынешних епархий Тамбовской и Воронежской, находились целые селения финских племен: мордвы, мещеры, муромы, державшиеся идолопоклонства, то он обратил свою архипастырскую ревность на этих неверных и действительно многих из них привел к истинному Богу и просветил святым крещением. Зато исполнение остальной части предсказания встретило целый ряд препятствий.
Когда митрополит Фотий скончался (8 июля 1431 г.), Иону, как мы уже знаем, избрали на место его, но по смутным обстоятельствам отечества не спешили отправить в Царьград для поставления в митрополита. В 1433 г. Иона продолжал еще именоваться только "нареченным в святейшую митрополию Русскую" и заведовать ею. А между тем в том же году Смоленский епископ Герасим побывал в Царьграде и возвратился оттуда митрополитом "на Русскую землю". Герасима скоро не стало (26 июля 1434 г.), тогда Иону послали наконец к патриарху для поставления в митрополита. Но в Царьграде уже назначили к нам митрополита Исидора, а Ионе сказали только, что он благословляется быть митрополитом после Исидора, если с последним случится смерть или что другое. С Исидором действительно скоро случилось недоброе: он изменил православию и был осужден Собором русских иерархов, в числе которых находился и Рязанский епископ Иона.
После этого великий князь Василий Васильевич решился писать к императору и патриарху. Сказав о принятии Россиею православия из Царьграда и о том, что оттуда она постоянно принимала своих митрополитов, иногда греков, а иногда русских, избранных в отечестве, князь продолжал с заметным огорчением, как и он по смерти митрополита Фотия посылал в Царьград епископа Рязанского Иону с просьбою о поставлении его в митрополита и как неизвестно почему просьбе этой не вняли. Иону на митрополию не поставили, а о ком не писал он, князь, кого не просил и не требовал, того прислали в Россию митрополитом, т. е. Исидора; как этот Исидор, которого князь едва-едва согласился принять, вопреки воле его отправился на Флорентийский Собор и, дав обещание сохранить православие, изменил ему, возвратился легатом папы к князю, привез от него послание, начал вводить латинские заблуждения и как, наконец, Собор русских епископов и прочего духовенства, рассмотрев внимательно послание папино, нашел "Исидорово все дело и прихождение чуждым и странным от Божественных и священных правил". Изложив это довольно подробно, князь обратился к императору и патриарху с словами: "Посему мы послали к вам наших послов и с ними писание папино, писанное по-латыни и по-гречески, которое принес к нам Исидор, и просим вас: воззрите в Божественные правила и в папино послание и рассудите, а нам дозвольте свободно совершать поставление для себя митрополита в нашей земле. Нужно это и по дальности и непроходимости пути к вам, по частым набегам татар в наши пределы, по нестроениям и мятежам в соседних нам странах. Нужно и потому, что всякому православному христианину приходится беседовать с митрополитом о духовных своих делах, а нам, государю, и о гражданских, иногда сокровенных, между тем с митрополитом из греков можно говорить не иначе как через молодых переводчиков, которые таким образом первые узнают то, чего им не следовало бы знать. Просим вас: пришлите нам ваше письменное разрешение, чтобы по святым правилам Собор епископов нашей земли, избрав человека доброго, мужа духовного, верою православного, поставил нам митрополита на Русь, как и прежде бывало по нужде поставление на Руси митрополита. А мы желаем, как было изначала, иметь сношения и любовь с святым царем и просить благословения и молитв у святейшего патриарха, пока будет стоять наша земля, и отнюдь не думаем разлучать от вас наше православное христианство". Из чтения этого послания легко приметить, что главным побуждением, почему великий князь Василий Васильевич решился ходатайствовать о поставлении Русских митрополитов в самой России, было вообще все прискорбное дело Исидорово... А остальные причины и обстоятельства, на которые ссылается князь, отнюдь не новые: на них русские могли бы ссылаться для той же цели и в прежние времена. Это послание, писанные в 1441 г. вдруг по осуждении Исидора в России, было отправлено в Константинополь, но вскоре пришедшая весть в Россию, что греческий император вместе с патриархом принял латинскую веру, заставила нашего князя воротить своих послов. Чрез два года послание было вновь приготовлено, с небольшими переменами, к отсылке в Царьград, но, может быть, по той же причине не было отправлено. И Рязанский епископ Иона все еще оставался епископом.
В 1446 г., когда великий князь Василий Васильевич был ослеплен князем Димитрием Шемякою, занявшим московский престол, и сослан в Углич, Шемяка, желая иметь в руках своих и малолетних детей Василия, которые были скрываемы в Муроме, вызвал Рязанского епископа Иону и обещал ему митрополию, если он отправится в Муром, возьмет "на свою епитрахиль" этих детей и привезет в Москву. Иона, не подозревая злых намерений Шемяки, исполнил его волю, привез детей в Москву и потом отвез к отцу в Углич. Тогда Шемяка повелел Ионе жить на митрополичьем дворе и Иона повиновался. Но скоро обстоятельства изменились. Василий Васильевич снова занял великокняжеский престол, и против Шемяки, бежавшего из Москвы и продолжавшего смуты, Собор русских владык и прочего духовенства издал (29 декабря 1447 г.) известное обличительное послание. В числе этих владык стоит и имя Ионы, только не митрополита, а владыки Рязанского, и не на первом, а на третьем месте, после владык Ростовского и Суздальского. Уже не прежде как в 1448 г. святой Иона достиг наконец митрополитского сана, к которому был избран семнадцать лет тому назад по смерти Фотия.
Исидор, осужденный в России за измену православию, удалился в Рим и хотя продолжал титуловать себя Русским митрополитом, но не был признаваем Русскою Церковию. Великий князь Василий Васильевич многократно пытался послать своих послов в Константинополь известить царя и патриарха об измене Исидора и просить их о поставлении для России нового митрополита, но не находил возможности. Ему постоянно препятствовали домашняя кровавая борьба, которую он вел с князем Димитрием Шемякою, грабежи и разбои, совершавшиеся на пути из России в Константинополь, а особенно то, что в самом Константинополе не к кому было обратиться: и царь и патриарх держались Флорентийской унии. От них нельзя было ожидать ни осуждения Исидору, ни назначения на место его нового православного митрополита. Напротив, второй после Митрофана (4 мая 1440 г. - 1 августа 1443 г.) латинствовавший патриарх Григорий Мамма (7 июля 1446 г. - август 1451 г.) принимал у себя Исидора и рукоположил вместе с ним в Константинополе епископа Даниила на епархию Владимиро-Волынскую, а когда киевский князь Александр Владимирович, зять великого князя Василия Васильевича московского, спросил его, патриарха, чрез своего слугу о Флорентийской унии, то написал к этому князю, восхваляя унию, чтобы он принял "кира Исидора, митрополита и кардинала", имел к нему послушание и не принимал к себе никакого епископа или инока, которые учат несогласно с Флорентийскою униею. Что же оставалось делать? Ждать более благоприятных обстоятельств? Но Россия и без того ждала уже очень долго и около семи лет оставалась без митрополита. А притом неизвестно было, настанут ли и скоро ли настанут такие обстоятельства в Константинополе. И вот Василий Васильевич решился на последнее средство, какое у него оставалось, - решился созвать всех епископов своей земли и предложить им, чтобы они сами поставили для России митрополита, и именно Иону, епископа Рязанского, как избранного к тому еще прежде. По зову великого князя прибыли в Москву епископы: Ефрем Ростовский, Аврамий Суздальский, Варлаам Коломенский, Питирим Пермский, а владыки Новгородский Евфимий и Тверской Илия прислали свои грамоты, в которых выражали свое согласие на поставление Ионы в митрополита. Собор открылся в церкви святого архангела Михаила, и здесь присутствовали, кроме святителей, множество архимандритов, игуменов и прочего духовенства. Прежде всего обратились к правилам святых апостолов и Соборов и нашли, что правила эти не только не возбраняют, напротив, повелевают епископам известной области поставлять большего святителя или митрополита. Чувствовали, что в России для этого нужны согласие и благословение Цареградского патриарха, и сослались на то, что патриарх с своим освященным Собором уже давно благословил Иону быть митрополитом после Исидора, когда Иона ездил в Константинополь. Припомнили, что в России и прежде по нужде ставились митрополиты Собором своих архиереев: Иларион при великом князе Ярославе и Климент при Изяславе. Вследствие всего этого Иона, епископ Рязанский, 5 декабря 1448 г. поставлен был в митрополита. Самое поставление состояло в том, что при совершении Ионою Божественной литургии на него возложен был митрополичий омофор, а в руки ему дан был великий митрополичий посох символ митрополитской власти. Это был первый митрополит, поставленный своими епископами собственно в Москве, тогда как прежние два опыта совершены были еще в Киеве.
