Поставление митрополита Ионы, хотя имело все свойства законности, но как выходившее из ряда естественно должно было привлечь на себя внимание и возбудить мнения и толки. Потому сам святитель сознавал нужду выяснять значение этого события верующим. Едва только взошедши на свою кафедру, он в своей окружной грамоте ко всем христианам русским между прочим писал: "Вам известно, дети, сколько лет вдовствовала Церковь Божия без большего святителя, без митрополита, и оттого много учинилось лиха и истомы христианству нашей земли. И ныне, волею Божиею, собрались на священный Собор владыки, и архимандриты, и игумены со всем великим Божиим священством нашей земли и, припомнив прежнее о нас повеление святого царя и благословение святого Вселенского патриарха и всего святого Вселенского Собора, поставили меня митрополитом по Божественным правилам и по думе господина сына моего великого князя Василия Васильевича и младшей его братии - князей, которые, пока было в Царьграде православие, оттуда принимали и благословение и митрополита". Еще подробнее излагал дело святой Иона в послании к киевскому князю Александру Владимировичу: "Ты сам знаешь, что сталось в Царьграде в царях и в патриаршестве... В великой соборной церкви и в палате царской начали поминать имя папы, тогда как ни в монастырях, ни в одной из церквей во всем Царьграде и во всей Святой горе нигде не поминается имя папино, а держат все по милости Божией добрую старину. Посему доселе в Русской митрополии не было митрополита - не к кому было посылать: царь не таков, и патриарх не таков; они иномудрствуют и приближаются к латинам". Затем Иона говорил, как великий князь Василий Васильевич, ревнуя об отечественной Церкви, многократно ("во многия времена") совещался со всеми святителями и другими пастырями своей земли, сносился со всеми православными князьями, разыскивал старину, представившую примеры поставления митрополитов если не в Москве или Владимире, то в Киеве, и как наконец Собор русских иерархов поставил его, Иону, митрополитом по священным правилам и по прежнему благословению, данному ему еще в Царьграде от патриарха. Эти же самые мысли и объяснения святой Иона повторял и впоследствии в своих посланиях к литовским епископам. И не напрасны были такие объяснения: известно, например, что даже преподобный Пафнутий Боровский соблазнялся поставлением митрополита Ионы, не велел называть его митрополитом, не хотел исполнять в своей обители его пастырских распоряжений и объяснялся с ним непочтительно, так что Иона жаловался великому князю Василию Васильевичу, и Пафнутий, заключенный в оковы, должен был довольно времени просидеть в темнице, пока не смирился, не покаялся и не получил благословения от митрополита возвратиться в свою обитель.
Если считали нужным объяснять для самих русских поставление Ионы в митрополита, то еще более настояла нужда объяснить это в Царьграде - пред царем и патриархом. Император Иоанн Палеолог, поборник Флорентийской унии, скончался (31 октября 1448 г.), место его занял (с 12 марта 1450 г.) брат его Константин. Когда весть об этом достигла Москвы, великий князь Василий Васильевич написал новому императору послание, в котором, высказав ему приветствие и благожелание по случаю вступления его на престол, изложил весь ход дела о посольстве Ионы в Царьград, о прибытии оттуда Исидора в Россию, о путешествии его во Флоренцию и измене и об отвержении его самого Россиею. "С того времени, - продолжал князь, - мы начали иметь попечение о своем православии и желали и искали, чтобы послать в Царьград наших послов и известить о состоянии нашей Церкви и о поставлении нам митрополита. Но хотя мы "многолетне" того искали и желали, однако ж не имели успеха не по лености нашей и небрежности, а по недостатку случая, ибо, как мы слышали, в ваших державах было разногласие в Церкви Божией, на пути к вам происходила всякая теснота для путешественников от разбойников и грабителей, а в наших странах было всякое нестроение: частию - от нашествия татар, а частию - от междоусобной брани. Вследствие такой-то великой нужды мы, созвав епископов своей земли, по правилам святых апостолов и отцов поставили себе митрополита Иону. Просим твое царское величество, да не молвишь об нас, будто мы совершили это дерзостно, не снесшись с вами, - мы поступили так по великой нужде, а не по кичливости и дерзости. Мы остаемся в древнем благочестии и сохраним преданное нам православие до скончания века. Церковь наша Русская требует и ищет благословения от святой Вселенской Цареградской Церкви и во всем по древнему благочестию повинуется ей. Равно и митрополит наш Иона просит от нее благословения и единения с нею, за исключением вновь явившихся разногласий... Мы хотели писать о наших делах церковных и о нашем митрополите и к Вселенскому православному патриарху и просить его благословения, да не знаем, есть ли уже в царствующем граде патриарх или нет: мы о нем ни от кого не слышали. А как Бог даст - у вас будет в великой соборной церкви патриарх по древнему благочестию, наш долг писать к нему о положении наших дел и во всем просить его благословения". На одном из сохранившихся списков этой грамоты помечено, что она "не пошла", т. е. не была отправлена в Константинополь. Но, не будучи отправлена в одно время по каким-либо обстоятельствам, она могла быть отправлена в другое время, когда обстоятельства изменились. Или, быть может, наш князь и вовсе не отправлял ее, услышав, что и новый император Константин хотя притворно, но склонялся на сторону латинян, сносился с папою в надежде получить от него помощь против турок и с честию принял "кардинала Польши, прежде бывшего архиепископа России" Исидора, присланного папою (в ноябре 1452 г.) для восстановления в Царьграде Флорентийской унии. Как бы то ни было, впрочем, для нас важно собственно содержание грамоты, определяющее тот взгляд, какой имели тогда у нас на поставление митрополита Ионы: он поставлен был без сношения с Царьградом единственно по великой нужде; и русские вовсе не хотели чрез это отделиться от Церкви Константинопольской, напротив - желали оставаться в единении с нею и в повиновении ей.
Вскоре дела приняли другой оборот. Константинополь взят был турками 29 мая 1453 г., и тогда же погиб император Константин Палеолог, и рушились все надежды латинян утвердить свою власть в столице Греческой империи. На патриаршем престоле Цареградском воссел с утверждения самого султана Магомета II известный ревнитель православия Геннадий, в мире называвшийся Георгием Схоларием. Озабоченный нуждами своей бедствующей Церкви, он решился обратиться за материальными пособиями к единоверной России, ибо, без сомнения, по его благословению прибыл тогда к нам какой-то "митрополит цареградский" (т. е. из Царяграда) Игнатий, который в 1454 г. целый месяц июнь прожил в Пскове и, щедро одаренный, отправился оттуда в Новгород, Вероятно, чрез этого-то митрополита, которому нужно же было пред началом сборов своих по России представиться нашему великому князю или, по крайней мере, митрополиту, патриарх и прислал последнему свою грамоту. В грамоте первосвятитель напоминал о своих правах на Русскую митрополию, просил пособий своей угнетенной Церкви как теперь, так и на будущее время и выражал желание, чтобы наш великий князь прислал к нему в Царьград своего посла. Все это видно из ответного послания нашего митрополита, который между прочим писал к патриарху: "Благословения от твоей великой святыни мы требовать хочем, равно и ото всех, кто ни будет патриархом на патриаршестве, соблюдая Церковь Христову и держа истинное православие. И когда что у нас найдется, то за Христову любовь посылать к вам хочем. Ныне, господине, сын мой великий князь послал к твоей великой святыне своего посла, человека честного и близкого к нему, Ивана Владимировича, по твоему к нам приказу и писанию, и что, господине, у нас нашлось, то от веры, за духовную великую любовь мы послали к тебе с тем же великокняжеским послом. И ты за те наши малые поминки на нас не помолви, ибо и наша земля по грехам от поганства и междоусобных браней весьма истощала и истомилась". Затем митрополит просил, чтобы патриарх показал к нему свою совершенную духовную любовь и прислал ему чрез посла великого князя честное свое писание обо всем, в душевную пользу нашему православию и для святительской чести его, митропополита, прибавляя, что грамоты прежних патриархов погибли все от пожаров во время бывших земских нестроений, а в заключение просил, чтобы патриарх верил всему, что ни будет говорить ему посол великого князя от имени князя и от имени его, митрополита. Так возобновились наши церковные сношения с Византиею. Обстоятельства были для нас благоприятны: патриарх крайне нуждался в нашем пособии и, как видно, первый отнесся к нам, а потому от него можно было ожидать тех уступок, которые нам были необходимы.
Великий князь Василий Васильевич и митрополит Иона, кроме этого первого посольства в Царьграде, посылали еще два раза к патриарху "о церковном исправлении" игумена Кирилло-Белозерского монастыря Кассиана. И когда Кассиан возвратился из Царьграда, великий князь "почтил его, и дал ему довольная требования монастырю, и (впоследствии, уже при митрополите Феодосии) отпустил его в пострижение свое на Каменной" - знак, что князь был вполне доволен успехом своего посла. В чем же состоял этот успех? В том, что Царьградский патриарх, а с ним и прочие патриархи, принимая во внимание бедственное положение своего отечества под властию турок и трудность или даже невозможность для русских посещать Царьград по делам церковным, раз навсегда предоставили своею грамотою нашим Русским митрополитам право не ходить в Константинополь для поставления, но ставиться дома своими епископами и, кроме того, узаконили, чтобы Русский митрополит считался по чести выше всех прочих митрополитов и занимал место по Иерусалимском патриархе. Таким образом, оказывается, что как первое самостоятельное действие Русской Церкви в поставлении в митрополита Ионы без сношения с патриархом, так и последовавшая вообще затем ее самостоятельность, признанная самими патриархами, были вызваны и обусловлены "нуждою" или, иначе, историческим ходом событий и что эта самостоятельность нашей Церкви соединена была с возвышением ее на степень первой митрополии во всей Восточной православной Церкви.
