На острове Ситха о. Иоанн пробыл пять лет. Вся его пятнадцатилетняя деятельность сперва на острове Уналашке, а потом на Ситхе отличалась тем же рвением, которое издревле прославило проповедников Евангелия. Он всегда осторожно принимался за свое дело и тем привлекал к себе грубые сердца дикарей; старался более убеждать, чем принуждать, и терпеливо выжидал добровольного желания креститься. Для детей он устраивал школы, в которых преподавал по учебникам, составленным им самим. Наконец, кроме просвещения светом Евангелия, он обучал туземцев разным мастерствам: кузнечному, плотницкому; научил их прививать оспу. При этом он сумел снискать сердечное расположение к себе: дикари полюбили его. И поистине он был их благодетелем и наставником.
Многолетняя опытность в деле распространения Слова Божия убедила нашего проповедника в том, что при большом числе окрещенных трудно поддерживать дух христианства в той стране при разбросанности туземных заселений. Нужна была для этого постоянная проповедь, что однако же было невозможно при малочисленности священников и недостатке средств. Удаление этих причин, мешавших успеху проповедничества, зависело от высшего начальства, следовательно, нужно было хлопотать. И вот отец Иоанн решился отправиться с этой целью в Петербург. Кроме того, ему нужно было лично просить о разрешении печатать его переводы священных книг на алеутский язык. Приняв такое решение отец Иоанн взял отпуск и, отправив детей и супругу на родину, в Иркутск, 8 ноября 1838 года отплыл с острова Ситха на кругосветном корабле. Плавание его продолжалось около восьми месяцев; 25 июня 1839 года о. Вениаминов прибыл в Петербург и подал свою просьбу на рассмотрение Святейшего Синода. Узнав, что дело затянется на несколько месяцев, он занялся сбором пожертвований для распространения и утверждения христианства на Алеутских островах и с этой целью отправился в Москву. В Москве он явился к преосвященному Филарету, тогдашнему митрополиту Московскому. Святитель с первого взгляда полюбил трудолюбивого проповедника. “В этом человеке есть что-то апостольское”, - говорил он об отце Иоанне. Не раз в свободное время беседовали они наедине, и святитель с удовольствием слушал дивные рассказы отца Иоанна о его жизни среди алеутов. Осенью наш путешественник возвратился в Петербург и был награжден званием протоиерея за свои долголетние апостольские подвиги.
Но в это время он получил скорбное известие о кончине своей супруги. тяжко поразило его это горе. Митрополит Филарет, утешая его, убеждал принять монашество. Это предложение заставило призадуматься отца протоиерея. Его удерживали дети, которых у него было шестеро — два сына и четыре дочери; их не на кого было ему оставить, некуда пристроить. Не приняв поэтому предложения митрополита Филарета, он отправился в Киев для поклонения киевским чудотворцам. По возвращении из этого путешествия он был вызван в Святейший Синод, и когда здесь тоже стали убеждать его принять монашество, он предал себя воле Божией и дал свое согласие. Дети его по ходатайству м. Филарета были пристроены как нельзя лучше.
29 ноября 1840 года протоиерей Иоанн Вениаминов был пострижен в монахи с именем Иннокентия и получил сан архимандрита. Между тем состоялось постановление Святейшего Синода об устроении отдельной епархии на Алеутских островах. Возник вопрос, кого назначить архиереем вновь открытой епархии. Императору Николаю Павловичу был представлен список трех избранников, в числе которых был и архимандрит Иннокентий. Государь пожелал его видеть. Обласкав новопоставленного архимандрита, император сказал ему на прощанье: “Передайте митрополиту, что я желаю, чтобы вы были назначены архиереем новой епархии”.
Посвящение Иннокентия во епископа последовало 15 декабря 1840 года в Санкт-Петербурге в Казанском соборе. “Я твердо уповаю и верую, — говорил во время своего наречения во епископа Иннокентий, — что Господь, так давно путеводящий меня и дающий мне ныне новый жребий служения — благодатию Своею дарует мне и новые и большие силы к совершению моего служения. Молю вас, Богоизбраные отцы и предстоятели сущей на земле Церкви! Воспримите меня в молитвы ваши и молите Господа, да будет со мною благодать и милость Его всегда”. 10 января 1841 года преосвященный Иннокентий уже выехал из Петербурга к месту своего служения на остров Ситха в Новоархангельск, где было назначено главное его местопребывание.
Проездом он заехал в Иркутск. Можно себе представить с каким чувством въезжал преосвященный Иннокентий в родной город и с каким благоговением и радостью встретили жители Иркутска бывшего своего священника о. Иоанна Вениаминова, а теперь архипастыря. Народ толпами встречал его при въезде, с колокольным звоном во всех церквах. Преосвященный посетил Благовещенскую церковь, где прежде служил священником, и совершил там литургию с благодарственным молебствием. Отъезжая из Иркутска, он заехал на место своего рождения в село Ангинское, заходил в избу, в которой родился и провел детство, посетил своих старых знакомых и, отслужив молебен, пустился в дальний путь, напутствуемый добрыми пожеланиями земляков. Наконец, 27 сентября 1841 года после утомительного и долгого пути Иннокентий благополучно прибыл на остров Ситху в Новоархангельский порт.
Теперь с принятием нового звания сильно расширился круг просветительной деятельности епископа Иннокентия. Он начал с открытия новых приходов, в которых чувствовался сильный недостаток до сих пор. Поставляя священников во вновь открытые приходы, преосвященный Иннокентий давал им самые подробные наставления и убеждал их действовать силой проповеднического слова, а не принуждением или заманчивыми обещаниями.
Прожив в Новоархангельске по приезде своем туда не более семи месяцев, преосвященный Иннокентий отправился обозревать свою епархию и 4 мая 1842 года на корабле отплыл с острова Ситхи.
На каждом острове, в каждой деревне, куда ни приезжал преосвященный Иннокентий, жители принимали его с величайшим торжеством и радостью, и нигде он не оставлял жителей без архипастырского назидания. 18 августа 1842 года он прибыл на Камчатку, в Петропавловский порт.
Петропавловск — это небольшое селение, окруженное горами и построенное на отлогом скате их к морю, в Авачинской губе (заливе). Он состоит из небольшого числа хижин, построенных совершенно так же, как строятся они и в прочих местах Восточной Сибири. Но гавань, обширная и удобная для судов, известна мореплавателям как одна из огромнейших во всем мире. В Петропавловске преосвященный Иннокентий прожил четыре месяца в ожидании зимнего пути. Наконец, 29 ноября, началось дальнейшее путешествие преосвященного Иннокентия по Камчатке. Теперь ему пришлось ехать на собаках. Таким способом передвижения преосвященный Иннокентий сделал более 5000 верст.
3 апреля 1843 года преосвященный прибыл в Охотск и прожил здесь около 4-х месяцев; он просвещал в это время коряков, чукчей и тунгузов.
Наконец окончилось первое путешествие преосвященного Иннокентия, и он благополучно возвратился в Новоархангельск, где занялся управлением и устроением своей юной епархии. Но это было не последнее его путешествие: таких поездок для обозрения епархии у него было три, во время которых он старательно осматривал вновь устроенные приходы, освящая церкви, лично поучал инородцев слову Божию и устраивал, где можно, училища для детей. В 1850 году за полезные труды епископ Иннокентий был возведен в сан архиепископа.
Успешное распространение христианства на дальней окраине Азии и Америки преосвященным Иннокентием склонило высшую духовную власть присоединить к его Камчатской епархии и Якутскую область, с населением которой преосвященный был знаком ранее. По этой причине преосвященный Иннокентий должен был переменить место своего постоянного жительства и из Новоархангельска с острова Ситхи переехать в Сибирь в город Якутск.
Проживая в Якутске, владыка много заботился о переводе священных книг на якутский язык. Велик для якутов был тот день, когда, наконец, совершена была первая Литургия на их родном языке. Преосвященный сам служил молебен и читал Евангелие. Якутов до того тронуло это событие, что старшины от лица всех своих собратьев представили владыке Иннокентию просьбу, чтобы день этот навсегда был днем праздничным. потому что в этот день они в первый раз Божественное слово в храме на своем языке.
Из Якутска архиепископ, несмотря на свои уже преклонные лета, почти постоянно предпринимал путешествия по своей, теперь еще более расширившейся епархии, подвергал себя разного рода лишениям и опасностям. В одно из таких путешествий, находясь в Аянском порту, он едва не был взят в плен англичанами, которые вели в то время с Россией войну и завладели неожиданно этим городом.
В конце июня 1857 года архиепископ Иннокентий был вызван в Петербург для присутствования в Св. Синоде. Во время его пребывания в Петербурге состоялось Высочайшее повеление о назначении двух викариев, т. е. помощников архиепископа — в Якутск н Новоархангельск. Таким образом, труды преосвященного Иннокентия по управлению епархией были несколько облегчены.
