До войны Матрона жила на Ульяновской улице, в доме священника Василия, мужа ее послушницы Пелагеи, пока его не посадили, а также на Пятницкой улице, в летней фанерной постройке в Сокольниках, в подвале у племянницы в Вишняковском переулке, у Никитских ворот, в Петровско-Разумовском, гостила у племянника в Сергиевом Посаде (Загорске), в Царицыно. Дольше всего, с 1942 по 1949 год, она прожила на Арбате, в Староконюшенном переулке, в старинном деревянном особняке, где 48-метровую комнату занимала односельчанка Матроны Е. М. Жданова с дочерью Зинаидой. Три угла в этой комнате были полностью уставлены иконами. Перед иконами горели старинные лампады, окна украшали тяжелые дорогие занавески. До революции владельцем дома являлся муж Е. М. Ждановой, который происходил из богатой и знатной семьи.
Времена были тяжелые, и люди, приютившие Матрону, боялись ее прописывать. Вот почему многие места своего временного проживания Матроне приходилось спешно покидать, духом предугадывая готовящиеся неприятности – приход милиции. Тем самым она спасала от репрессий не только себя, но и добросердечных хозяев, дававших ей приют.
Несколько раз Матрону хотели арестовать, но всякий раз ей удавалось избегать заключения. Однако многие из ее близких были арестованы, отправлены в тюрьму или сосланы. Так, Зинаиду Владимировну Жданову осудили как участницу церковно-монархической группы.
Ксения Ивановна Сифарова рассказывала о таком случае. Племянник Матроны Иван жил в Загорске. Однажды он почувствовал, что Матрона мысленно призывает его к себе. Тогда Иван пошел к своему начальнику и сказал ему: «Хочу у вас отпроситься, прямо не могу, надо мне к моей тете ехать». Начальник дал Ивану отпуск, и тот отправился к Матроне, не зная, в чем дело. По приезду Матрона ему говорит: «Давай, давай, перевези меня скорей в Загорск, к теще своей». Только они уехали, как пришла милиция. Много раз так случалось: только хотят ее арестовать, а она накануне уезжает.
Анна Филипповна Выборнова вспоминает другой случай. Как-то раз пришел милиционер, чтобы арестовать Матрону, а она ему говорит: «Иди, иди скорей, у тебя несчастье в доме! А слепая от тебя никуда не денется, я сижу на постели, никуда не хожу». Милиционер внял блаженной, поехал домой, а там у него жена от вспыхнувшего керогаза обгорела. Успел милиционер жену до больницы довезти, и она жива осталась. На следующий день приходит он на работу, а у него спрашивают: «Ну что, слепую забрал?». А он отвечает: «Слепую я забирать никогда не буду. Если б слепая мне не сказала, я б жену потерял, а так я ее все-таки в больницу успел отвезти».
Живя в Москве, Матрона не забывала и про родную деревню: то приедет по какому-то делу, то соскучится по дому, по матери.
Внешнее течение жизни Матроны в Москве не отличалось разнообразием: днем она принимала людей, а ночью молилась. Подобно древним подвижникам, она никогда не спала крепким сном, а только дремала, лежа на боку, оперев голову на кулачок. Так проходили годы.
Как-то незадолго до войны, в 1939 или 1940 году, Матрона сказала: «Вот сейчас вы все ругаетесь, делите, а ведь война вот-вот начнется. Конечно, народу много погибнет, но наш русский народ победит».
В начале 1941 года двоюродная сестра Зинаиды Васильевны Ждановой Ольга Носкова пришла к матушке за советом: идти ей в отпуск или нет – на работе дали путевку, а женщине не хотелось ехать отдыхать зимой. Матрона сказала: «Нужно идти в отпуск сейчас, потом долго-долго не будет отпусков. Будет война. Победа будет за нами. Москву враг не тронет, она только немного погорит. Из Москвы уезжать не надо».
Когда началась война, матушка не переставала принимать людей, но просила всех приходящих приносить ей ивовые ветки. Она их ломала на палочки одинаковой длины, затем очищала от коры и молилась. От такой работы все пальцы ее были в ранках.
Матрона обладала одной чудесной особенностью – она могла духовно посещать различные места. Преград для ее внутреннего взора в пространстве не существовало. Она часто говорила, что невидимо бывает на фронтах, помогает нашим воинам. Матрона предсказала, что в Тулу немцы не войдут, и ее пророчество сбылось.
Ежедневно Матронушка принимала до сорока человек. Люди приходили к ней со своими бедами, душевными и телесными страданиями. Никому не отказывала праведница в помощи, кроме тех, чьи намерения были полны хитрости и лукавства. Некоторые принимали матушку за народную целительницу, которая может снять порчу или сглаз, но после разговора с ней понимали, что перед ними Божий человек, и обращались к Церкви, ее спасительным таинствам. Помогала Матрона людям бескорыстно, она никогда ни у кого ничего не брала.
Молитвы матушка читала всегда громко. Причем они были не какие-нибудь особенные, а хорошо всем известные, которые верующие слышали в храме или читали у себя в доме: «Отче наш», «Да воскреснет Бог», девяностый псалом, «Господи Вседержителю, Боже сил и всякия плоти» (из утренних молитв). Матрона всегда говорила, что помогает не она, а Бог по ее молитвам: «Что, Матронушка – Бог, что ли? Бог помогает!» – отвечала она Ксении Гавриловне Потаповой на ее просьбу о помощи.
Исцеляя больных, матушка при этом требовала от них веры в Бога и исправления греховной жизни. Очевидцы рассказывают, что у одной женщины Матрона спросила, верует ли она, что Господь силен ее исцелить. Другой, страдающей падучей болезнью, велела не пропускать ни одной воскресной службы, на каждой исповедоваться и причащаться Святых Христовых Тайн. Всех, живущих в гражданском браке, она благословляла обязательно венчаться в церкви. А ношение нательного креста считала обязательным для каждого верующего.
Люди приходили к матушке с самыми разными бедами и напастями: неизлечимая болезнь, пропажа, уход мужа из семьи, несчастная любовь, потеря работы, гонения со стороны начальства… Задавали насущные житейские вопросы: выходить ли замуж? менять ли место жительства или работы? Очень много среди посетителей праведницы было людей, страдающих телесными и душевными недугами: кто-то заболел непонятной болезнью, кто-то вдруг начал лаять, у кого-то руки-ноги свело, кого-то преследуют галлюцинации. Это, как говорили, колдуны, знахари или чародеи наслали порчу, то есть оказали особое демоническое воздействие. Так, однажды четверо мужчин привели к матушке старушку, которая махала руками, как ветряная мельница. Матронушка отчитала ее, и старушка сразу ослабла и исцелилась.
Прасковья Сергеевна Аносова, часто посещавшая в психиатрической лечебнице своего брата, вспоминает: «Однажды, когда мы ехали к нему, с нами ехал мужчина с женой – дочь из больницы выписывать. Обратно мы опять ехали вместе. Вдруг эта девушка (ей было 18 лет) начала лаять. Я и говорю ее маме: "Жаль мне вас… Мы мимо Царицыно едем, давай завезем дочку к Матронушке…". Отец этой девушки, генерал, сначала и слышать ничего не хотел, говорил, что все это выдумки. Но жена его настояла, и мы поехали к Матронушке… И вот стали девушку подводить к Матронушке, а она сделалась как кол, руки как палки, потом стала на Матронушку плевать, вырывалась. Матрона говорит: "Оставьте ее, теперь она уже ничего не сделает". Девушку отпустили. Она упала, стала биться и кружиться по полу, ее стало рвать кровью. А потом эта девушка уснула и проспала трое суток. За ней ухаживали. Когда она очнулась и увидела мать, то спросила: "Мама, где мы находимся?". Та ей отвечает: "Мы, дочка, находимся у прозорливого человека…". И все ей рассказала, что с ней было. И с этого времени девушка совершенно исцелилась».
Еще один случай чудесного излечения рассказывала Зинаида Васильевна Жданова. Как-то в 1946 году к ним в дом, где жила тогда Матрона, привели женщину, которая занимала высокое положение. Ее единственный сын сошел с ума, муж погиб на фронте. Сама же она была безбожницей. Куда только не обращалась женщина, чтобы вылечить своего сына, к самым известным врачам возила его. Но даже самые крупные европейские специалисты не смогли ей помочь. Тогда кто-то посоветовал ей попросить помощи у Матроны. «Я пришла к вам от отчаяния, – сказала она матушке при встрече, – мне идти некуда». Матрона спросила: «Если Господь вылечит твоего сына, поверишь ли ты в Бога?». На что женщина откровенно призналась: «Я не знаю, как это – верить». Матрона попросила, чтобы ей принесли воды, и в присутствии несчастной матери стала громко читать над водой молитву. Затем отдала эту воду посетительнице и сказала: «Поезжай сейчас в Кащенко (психиатрическая больница в Москве), договорись с санитарами, чтобы они крепко держали сына, когда будут выводить. Он будет биться, а ты постарайся плеснуть этой водой ему в глаза и обязательно попади в рот».
Далее Зинаида Владимировна вспоминает: «Через некоторое время мы с братом стали свидетелями, как эта женщина вновь приехала к Матроне. Она на коленях благодарила матушку, говоря, что теперь сын здоров. А дело было так. Она приехала в больницу и все сделала, как матушка велела. Там был зал, куда с одной стороны барьера вывели ее сына, а она подошла с другой стороны. Пузырек с водой был у нее в кармане. Сын бился и кричал: "Мама, выброси то, что у тебя лежит в кармане, не мучай меня!". Ее поразило: откуда он узнал? Она быстро плеснула водой ему в глаза, попала в рот, вдруг он успокоился, глаза стали ясными, и он сказал: "Как хорошо!". Вскоре его выписали».