Схимница же, видя, как тяжело ей расставаться с безмолвною жизнью, к которой лежала ее душа, видя ее постоянные слезы, убеждала ее добровольно принять на себя новый подвиг. "Хотя и желаю, - говорила она, - чтобы ты исполнила в этом мою волю, но желаю также, чтоб ты сама убедилась в необходимости ее исполнить, чтобы ты с охотой приняла на себя должность, которую предлагают тебе сестры и к которой призывает тебя Господь; чтобы ты пожелала с усердием послужить обители, воспитавшей тебя в монашеской жизни. И для тебя самой, для твоего спасения такая деятельность необходима. С самого поступления в монастырь ты жила уединенною жизнью, работала над своим внутренним человеком. Если и проходила ты послушания, то в них ты не вкладывала своего сердца, тебя там не было, до тебя, значит, ничего не касалось. А тебе нужна такая деятельность, в которой приняли бы участие все чувства твоего сердца, все способности твоей души. Ты увидишь, что в сердце твоем живут страсти, тебе самой неведомые. И самолюбие, и гордость, и тщеславие, и гнев - все обнаружатся. А для человека, стремящегося выйти из страстей, важно именно то, чтобы их познать в себе, чтобы они обнаружились, иначе он и бороться с ними не может.
Настоящее твое бесстрастие есть только равнодушие ко всему, оттого оно не дает тебе теплоты и полноты внутренней жизни, тогда как истинное бесстрастие есть выход из страстей, дающий свободу духу. Чистота сердца не есть его нечувствие, уничтожающее в нем сочувствие к страстям. Твои отношения к ближним холодны оттого, что они не растворены ни любовью, ни смирением. Ты готова помочь их нужде, отдать все, что имеешь, но в этой помощи нет тебя самой.
Когда настоятельская должность введет тебя в тесное общение с другими жизнями, с другими душами, и они раскроют перед тобою все скорби, все немощи, все страдания человечества, боримого страстями, человечества, находящегося в слепоте неведения, и ты не только внешней помощью, но внутренним чувством войдешь в сочувствие к ближнему, удовлетворяя его немощи, а иногда отстаивая чистоту души его как собственную, ты будешь вызвана не только научить, но обличить, огорчить, наказать. И когда скорби ближнего тебе станут больны как свои, тогда ты можешь уйти в затвор. Ты понесешь туда с собою любовь к ближнему, и эта любовь будет наполнять собственную твою жизнь, а молитва твоя будет молитвой за весь страждущий род человеческий. Убеждая тебя принять игуменство, я призываю тебя не на честь, а на великий подвиг борьбы, труда над собственною душою и над душами сестер. Если ты откажешься вступить на этот путь, то ты откажешься от данного тебе Господом средства к собственному очищению и пути, ведущего тебя к совершенству. Эти годы уединенного безмолвия, эта жизнь со мною, эти постоянные беседы духовные не были ли посланы тебе как приготовление к готовящемуся тебе подвигу? И можешь ли ты теперь, имеешь ли право отказаться вступить на новый подвиг труда и борьбы?"
Убежденная такими доводами старицы, матушка Арсения с душою, полною мужества и готовности к новому подвигу, приняла предлагаемую ей должность 3-го января 1864 года, на 31-м году своей жизни она была посвящена в сан игумении архиепископом Иоанном в Новочеркасске.
Несмотря на всю готовность потрудиться в настоятельской должности, для матери Игумении Арсении переход от жизни уединенной к деятельности общественной был очень тяжел. Новые условия жизни предъявляли свои права: она чувствовала, точно поток какой-то увлекает ее в иную жизнь. Она боялась, что он унесет ее далеко и невозвратно от дорогого для нее безмолвия, и потому всеми силами души старалась держаться возле схимницы Ардалионы, которую упросила перейти жить с нею в игуменский дом. Схимница, видя часто ее взволнованной, говорила ей: "Ты не можешь свободно действовать в том мире, где ты видишь, что меня уж нет, потому что боишься отклониться от меня и моей жизни. Я же вижу, что хотя поддерживаю твой дух, но мешаю тебе жить. А что мешает нам на пути, от того надо отрекаться, хотя это будет единодушный друг, или даже наставник".
Схимница не могла долго ужиться в игуменском доме и стала просить мать игумению отпустить ее в затвор. Для этого матушка начала строить ей на средства своей родной сестры, Аграфены Михайловны Мержановой, небольшую келлию в монастырском саду. Но не успели окончить постройку, как Господь призвал схимницу в иной мир. Сильно, до болезни, скорбела мать Арсения о потере духовной матери, тем более что умерла она в ее отсутствие, когда матушка ездила навестить отца своего. Казначея монастыря, матушка Валерия, распорядилась похоронить схимницу, не дожидаясь возвращения матушки, чем еще более усилила ее скорбь.
Умерла схимница, но жива осталась она в сердце матушки. Вера в свою духовную наставницу поддерживала, укрепляла ее дух. Матушка часто посещала дорогую для нее могилку и там поверяла ей, как живой, все свои скорби, сомнения и получала обильное духовное утешение.
Любила матушка Арсения, даже в последние годы своей жизни, вспоминать беседы схимницы. Действительно, мудро и высокодуховно было ее слово. Но, вспоминая его, удивляясь ему, в душе невольно восстает теперь другой, более близкий сердцу образ незабвенной матушки Арсении.
"Одно должна знать душа, - говорила схимница в своих беседах, - что только в Боге ее покой и предел исканий. Поэтому она должна выйти в совершенную свободу не только от страстей, но и от своих чувств, в свободу от всего временного и войти в Бога. Такая свобода есть младенчество души, неведение зла. В такой свободе душа присуща всему человеческому, но ничему не подчинена, живет жизнию всего мира, ничем не гнушается, ничего не уничижает, ничего не исключает из общей жизни как зло, как дурное, но сама ничем не связана, ни в чем не заключена, она точно умерла для своей жизни. Она вышла в свободу из себя самой и заключилась в Боге Вечном. И то, что в ней живет, и то, что все объемлет, это - Христос, Который стал полнотою ее сердца, руководителем ее ума. К такому состоянию приводит свобода от всего человеческого".
Сказанное схимницей о душе, отреченной от всего человеческого, вполне подходит к состоянию духа матушки Арсении, в особенности в последние годы ее жизни, когда тот высший идеал любви к Богу и ближнему был до того усвоен ею, что она действительно, как говорила схимница, переживала в сердце своем все скорби ближних как свои собственные, а неземная любовь к Богу светилась в ее чудных глазах. Иногда же так воодушевлялась она в духовной беседе, что лик ее менялся и нельзя было без особого внутреннего волнения слушать ее слово. В такие минуты все земное точно не существовало для нее - она жила вся в Боге.
VIСделавшись игуменией, матушка Арсения, можно сказать, усугубила свои труды и подвиги. Не оставляя свой внутренний, Единому Богу ведомый подвиг, она энергично принялась за устроение обители, как с внешней стороны, так и с внутренней. И, несмотря на свои молодые годы, она сумела так расположить к себе сестер, что они не только уважали ее, но и благоговели перед нею, хотя, по смирению своему, она никогда не искала этого.
Первою заботою матушки было распространение в монастыре грамотности. Многие, поступая в монастырь, были совершенно безграмотны и лишены возможности поддерживать, укреплять свое благочестивое настроение чтением духовных книг. Игумения велела обучаться всем безграмотным сестрам, чтобы каждая из них могла прочитывать себе положенные молитвы, а в свободное время читать слово Божие и творения святых отцов. С этой же целью, собрав все разрозненные книги, принадлежащие монастырю, она составила библиотеку, дополнив ее творениями древних святоотеческих отцев, преподающих правило внутреннего делания, приобретением книг: "Добротолюбия", творений св. отцов -преподобных Варсонофия Великаго, Ефрема Сирина и других.
В 1867 году заботами матушки игумении было открыто в монастыре бесплатное четырехклассное женское училище с преподаванием в нем Закона Божиего, русского и славянского языков, географии, арифметики и русской истории.
Михаил Васильевич Себряков, не оставлявший и ранее монастырь своими пожертвованиями, теперь, когда дочь его стала настоятельницей, принимал живое участие в делах монастыря. Он помогал ему всегда, чем только мог. Конечно, и школу не оставил без внимания. На его средства были устроены небольшая библиотека и вся необходимая школьная мебель.
Первое время преподавала в школе сама матушка игумения, священники монастыря и инспектор Усть-Медведицкой гимназии Юргилевский. Когда же здоровье и силы стали изменять ей, то в училище начали заниматься монахини, воспитанные ею для этой цели. Открытие школы в монастыре встречено было общим сочувствием. Преосвященный Платон, тогдашний Донской Архипастырь, по возвращении своем из объезда епархии в 1867 году, прислал матушке игумении свое святительское благословение за благоустройство монастыря и за открытие в нем женского училища.