А теперь оно действительно настроено было по отношению к Мефодию весьма неприязненно и резко выразило эту свою неприязнь при первом открывшемся случае. В мае 1663 г., 10-го числа, скончался в Корсуне митрополит Дионисий Балабан, а около половины мая прибыл в Малороссию новый уполномоченный от государя, окольничий князь Великого-Гагин, с товарищи и разослал приглашения собраться в Нежин на генеральную раду для избрания гетмана. Получив известие о времени этой рады, главные представители киевского духовенства, печерский архимандрит Иннокентий Гизель, игумены: николо-пустынский Алексей Тур, михайловский Феодосий Сафонович, межигорский Варнава Лебедевич, кирилловский Мелетий Дзик и ректор братских школ Иоанникий Голятовский – написали послание к наказному гетману Самку и к старшине запорожского войска и, высказывая им свои благословения и благожелания, чтобы «рада принесла все доброе как запорожскому войску, так и Церкви Божией», слезно просили их вместе с панами полковниками, сотниками, есаулами, атаманами и всем знатным рыцарством позаботиться на раде не о своих только вольностях, но и о вольностях духовных, особенно же о том, чтобы теперь, когда по смерти митрополита Дионисия Церковь осиротела, дан был ей впредь до избрания нового митрополита достойный блюститель митрополии. «А если бы, – продолжали настоятели киевских монастырей, – отец Мефодий захотел пред вами присваивать себе на дальнейшее время блюстительство митрополитской кафедры, в таком случае усердно просим не допускать ему того, потому что мы не хочем иметь его за блюстителя по следующим причинам: а) отец Мефодий находится под проклятием как патриарха Константинопольского, так и Московского за то, что вмешался незаконно в чужую диецезию, а от таковых каноны св. отец не только запрещают духовным и мирским людям принимать благословение, но повелевают устраняться даже в пище и питии; б) он посвящен на епископство без всякой елекции (какая бывала в епархиях Киевской митрополии); в) он только по своему желанию, не имея никаких заслуг пред Церковию, выпросил себе блюстительство... вопреки канонам и нас всех фальшиво привел в подозрение у его царского величества. Для лучшего уразумения клятвы, положенной на него Константинопольским патриархом, посылаем вам с нее копию. Если отец Мефодий хочет быть блюстителем, то пусть покажет вам хоть какое-нибудь разрешение от этого проклятия; мы же отнюдь не желаем его блюстительства и не соизволяем на то. Если он и вам показал себя не пастырем, то тем более нам. Мы принимали его по грамоте нашего милостивого государя за блюстителя, ожидая от него, что он будет нам отцом; он же вместо отца явился нам великим неприятелем и вместо блюстителя – губителем. Между вами он произвел такое раздвоение и замешательство, что вовсе неприлично его званию и сану... Посылаем к вам от себя двух игуменов, выдубицкого Клементия Старушича и мгарского Виктора Загорского, для устных объяснений с вами, чтобы на генеральной раде не было допущено блюстительство отца Мефодия, и просим вас писать к его царскому величеству, да даст нам в блюстители отца епископа Черниговского, к тому пригодного и много заслуженного пред св. Церковию, которого отец Мефодий сместил с кафедры». В то же время настоятели киевских монастырей написали и к самому Лазарю Барановичу, просили его выслать на генеральную раду своего наместника для совокупного действия с игуменами выдубицким и мгарским против Мефодия и затем просили, «уважая его (Барановича) славные заслуги для Церкви Божией, чтобы он как прежде, так и теперь, если последует соизволение царского величества, благоволил своею личностию украсить осиротелую митрополитскую кафедру, пока будет избран новый митрополит». А наказной гетман Самко от себя письменно просил Лазаря Барановича даже лично пожаловать на нежинскую раду, чтобы благословить ее и утвердить. Осторожный и благоразумный Баранович хотя послал на раду своего наместника Иеремию Ширкеевича, но сам поехать не захотел, а от принятия на себя блюстительства митрополии решительно отказался. «И слабость моя непритворная, – писал он, – возбраняет мне то, и двукратное блюстительство, недостойно мною отправленное, страшит меня, как бы не дать за то Господу ответа, да к тому же блюстительство это я должен был бы отправлять из коштов моей убогой епископии, а не из митрополитских имений, лежащих на той стороне Днепра». Баранович с своей стороны предлагал и просил ходатайствовать пред государем о позволении избрать поскорее совершенного митрополита . Впрочем, напрасны были все эти хлопоты и переписка киевского духовенства и наказного атамана, направленные против епископа Мефодия. Распорядителем генеральной рады был царский посланник князь Великого-Гагин, и он прежде всего пригласил на раду епископа Мефодия. И на раде вовсе не поднималось вопросов о церковных делах, о блюстительстве митрополии и не делалось никаких заявлений против Мефодия. А в гетманы на раде был избран не Самко, как надеялись он сам и его приверженцы, но Брюховецкий, которому покровительствовал Мефодий и которого привел потом к присяге на верность государю. Самко же и Золотаренко, совместники Брюховецкого, выданы были по просьбе последнего на войсковой суд и казнены смертию как изменники с несколькими другими лицами.
Пять с половиною лет управлял Киевской митрополией Дионисий Балабан. И если он только около полугода оставался на своей кафедре в Киеве, а потом удалился во владения Польши и как бы изменил московскому правительству, то это с самого избрания Дионисия на Киевскую кафедру надлежало предвидеть. Он был подданный польского короля, которому, естественно, и старался служить: большая часть митрополии Дионисия, до четырех епархий, лежала в пределах Польши, все его митрополитские владения находились там же. И не один Дионисий содействовал гетману Выговскому вновь перейти с своими казаками на сторону Польши, то же известно о Львовском епископе Арсении Желиборском, заслужившем своею преданностию признательность короля . Впрочем, и удалившись в начале июля 1658 г. из Киева и Малороссии, бывшей под властию московского государя, Дионисий на первых порах не оставлял ее без своего духовного управления, пока не был назначен сюда особый блюститель митрополии. В ноябре того же 1658 г. Дионисий издал (от 20-го числа) следующую грамоту, свидетельствующую вместе о его расположенности к Черниговскому епископу Лазарю Барановичу: «Извещаем всем вообще и каждому особо, что, принимая во внимание бедность Черниговской епископской кафедры и также важные заслуги отца Лазаря Барановича, мы предписываем, чтобы протопопии, издавна належащие к нашей митрополитской кафедре, – черниговская, минская, борзенская, глуховская, конотопская, новгородская и стародубская, от сего часу подчинялись отцу епископу Черниговскому как своему пастырю и доходы, куничные или столовые, соответственно древнему обычаю отдавали, а дьяки всех названных протопопий рукоположение и благословение на иерейство брали чрез его милость епископа Черниговского и во всем ему были послушны». Из других действий митрополита Дионисия мы знаем очень немногое. Вероятно, еще в 1658 г. он подтвердил своею грамотою все права и привилегии, данные прежде Цареградскими патриархами Луцкому братству, в которое и сам незадолго пред тем вписался. В 1659 г. пожаловал свою благословенную грамоту Яблочинскому монастырю (ныне в Бельском уезде Седлецкой губернии), свидетельствуя в ней, что монастырь этот основан еще в XV в. знатными вельможами Богушами, и в том же году, посетив Почаевский монастырь вместе с овручским архимандритом Феофаном, открыл в нем мощи преподобного Иова Железа (†1651) после предварительного исследования его жизни и деяний. В 1662 г., когда несчастный гетман-юноша Юрий Хмельницкий отрекся от гетманства и передал гетманскую булаву Павлу Тетере, Дионисий в Корсунском монастыре постриг этого юношу в монахи, переименовав его из Георгия в Гедеона. В Киеве и Малороссии не переставали смотреть на Дионисия как на своего митрополита до самой его кончины, хотя и имели своего блюстителя митрополии. Епископ Лазарь, получив первое известие о смерти Дионисия от наказного гетмана Самки, отвечал: «Помилуй, Боже! В такие трудные времена, когда нам наиболее нужны богомольцы, чтобы отвращать праведный гнев, мы лишились столь благочестивого пастыря. Нужно нам молиться, чтобы Бог всякие утехи утешил Церковь Свою и не оставил овец без пастыря». А в ответе Иннокентию Гизелю, который с великою скорбию извещал о кончине Дионисия, Баранович выражался: «Вечная память усопшему о Господе! Усерднейше желаю Вашей пречестности видеть на себе опыты утешений Божиих». Сам Баранович составил скончавшемуся митрополиту и эпитафию.
В письме своем от 10 июня 1663 г. к наказному гетману и всему запорожскому войску Баранович, как мы уже упоминали, отказываясь от блюстительства митрополии, которое ему предлагали, просил ходатайствовать пред великим государем, чтобы дозволил избрать действительного митрополита на Киевскую кафедру. Просьба Барановича осталась неисполненною. Между тем православные других епархий Киевской митрополии, не находившихся под властию Москвы, хотя и не так скоро, позаботились об избрании для себя митрополита. Первое собрание их духовенства и представителей от мирян происходило 9 ноября в городе Корсуне. Но собравшиеся разделились на две партии: одна из них избрала Иосифа Нелюбовича-Тукальского, епископа Мстиславского, который назывался также епископом Белорусским, наместником митрополии Киевской, архимандритом лещинским и старшим монастырей виленского Свято-Духова, пинского Богоявленского и иных; другая же избрала Антония Винницкого, епископа Перемышльского и Самборского. Вследствие такого разногласия назначено было на 19 ноября новое собрание, на которое кроме епископов – Луцкого Гедеона Четвертинского, именовавшегося прототроном, Перемышльского Антония Винницкого и Львовского Афанасия Желиборского (недавно избранного на место родного брата его, епископа Арсения, скончавшегося 18 сентября 1662 г.) прибыл и сам гетман правой стороны Днепра Павел Тетеря. Но и на этот раз согласия между избирателями не установилось. Одни, в том числе епископы и гетман, избрали Антония Винницкого, а другие – Иосифа Нелюбовича-Тукальского. Огорченные епископы в тот же день обнародовали протестацию, в которой объявляли, что Антоний Винницкий избран на митрополию единогласно всеми и торжественно, а Иосифа Тукальского избрал только слуцкий архимандрит Феодосий Василевич с несколькими духовными и светскими лицами, и избрал приватно, почему последнее избрание ничтожно и Тукальского нельзя признавать за избранного кандидата на митрополитскую кафедру. Несмотря, однако ж, на эту протестацию, обе стороны представили своих кандидатов на утверждение короля. И король Ян Казимир грамотою от 24 ноября утвердил на митрополитской кафедре Антония Винницкого и вслед за тем, если даже не прежде, утвердил такою грамотою и на той же кафедре Иосифа Нелюбовича-Тукальского с оставлением за ним и Лещинского монастыря. По крайней мере об утверждении последнего, верно, дано было знать от имени короля гетману Тетере, потому что Тетеря, хотя сам стоял при избрании за Антония Винницкого, издал универсал, которым объявлял, что на митрополии утвержден епископ Мстиславский Иосиф Тукальский и что ему должно оказывать послушание. Местом для своего пребывания Иосиф избрал, вероятно, Корсунь, где скончался его предместник, или Чигирин, где жил гетман. Но едва прошло несколько месяцев со времени избрания Иосифа на митрополию, как его постигло великое несчастье. Его обвиняли в том, будто он вместе с бывшим гетманом Выговским, который назывался теперь воеводою киевским, замышлял вытеснить поляков из Малороссии по правую сторону Днепра и возвратить ее московскому государю, а вместе с бывшим гетманом Юрием Хмельницким, теперь иноком Гедеоном, возбуждал казаков против гетмана Тетери. Выговский был взят в плен польским полковником Маховским и в марте 1664 г. расстрелян в Корсуне как изменник. А митрополит Иосиф и инок Гедеон Хмельницкий по жалобе на них гетмана Тетери королю, который проезжал тою же весною из-за Днестра через Корсунь, были схвачены и отвезены в Варшаву и оттуда в крепость Мариенбург, где и томились в заключении около двух лет. В продолжение этого времени Антоний Винницкий не вступал в управление митрополии, но жил постоянно в своей Перемышльской епархии и вел борьбу с местным униатским епископом; администратором же Киевской митрополии почему-то назывался епископ Львовский Афанасий Желиборский. В апреле 1665 г., 28-го числа, гетман Тетеря писал к канцлеру коронному и к самому королю, чтобы Антонию Винницкому позволено было вступить на митрополию, но не имел успеха. В следующем году, 28 июля, новый гетман Петр Дорошенко писал к королю, что желал бы принять Винницкого на митрополию, но не может, пока он не избран будет всеми, и просил позволения произвесть по обычаю елекцию в Белой Церкви. Но скоро возвратился из своего заточения Иосиф Тукальский и, несмотря на все ходатайства за Винницкого и на все домогательства его самого, оставался Киевским митрополитом еще много лет.