Пять с половиною лет управлял Киевской митрополией Дионисий Балабан. И если он только около полугода оставался на своей кафедре в Киеве, а потом удалился во владения Польши и как бы изменил московскому правительству, то это с самого избрания Дионисия на Киевскую кафедру надлежало предвидеть. Он был подданный польского короля, которому, естественно, и старался служить: большая часть митрополии Дионисия, до четырех епархий, лежала в пределах Польши, все его митрополитские владения находились там же. И не один Дионисий содействовал гетману Выговскому вновь перейти с своими казаками на сторону Польши, то же известно о Львовском епископе Арсении Желиборском, заслужившем своею преданностию признательность короля . Впрочем, и удалившись в начале июля 1658 г. из Киева и Малороссии, бывшей под властию московского государя, Дионисий на первых порах не оставлял ее без своего духовного управления, пока не был назначен сюда особый блюститель митрополии. В ноябре того же 1658 г. Дионисий издал (от 20-го числа) следующую грамоту, свидетельствующую вместе о его расположенности к Черниговскому епископу Лазарю Барановичу: «Извещаем всем вообще и каждому особо, что, принимая во внимание бедность Черниговской епископской кафедры и также важные заслуги отца Лазаря Барановича, мы предписываем, чтобы протопопии, издавна належащие к нашей митрополитской кафедре, – черниговская, минская, борзенская, глуховская, конотопская, новгородская и стародубская, от сего часу подчинялись отцу епископу Черниговскому как своему пастырю и доходы, куничные или столовые, соответственно древнему обычаю отдавали, а дьяки всех названных протопопий рукоположение и благословение на иерейство брали чрез его милость епископа Черниговского и во всем ему были послушны». Из других действий митрополита Дионисия мы знаем очень немногое. Вероятно, еще в 1658 г. он подтвердил своею грамотою все права и привилегии, данные прежде Цареградскими патриархами Луцкому братству, в которое и сам незадолго пред тем вписался. В 1659 г. пожаловал свою благословенную грамоту Яблочинскому монастырю (ныне в Бельском уезде Седлецкой губернии), свидетельствуя в ней, что монастырь этот основан еще в XV в. знатными вельможами Богушами, и в том же году, посетив Почаевский монастырь вместе с овручским архимандритом Феофаном, открыл в нем мощи преподобного Иова Железа (†1651) после предварительного исследования его жизни и деяний. В 1662 г., когда несчастный гетман-юноша Юрий Хмельницкий отрекся от гетманства и передал гетманскую булаву Павлу Тетере, Дионисий в Корсунском монастыре постриг этого юношу в монахи, переименовав его из Георгия в Гедеона. В Киеве и Малороссии не переставали смотреть на Дионисия как на своего митрополита до самой его кончины, хотя и имели своего блюстителя митрополии. Епископ Лазарь, получив первое известие о смерти Дионисия от наказного гетмана Самки, отвечал: «Помилуй, Боже! В такие трудные времена, когда нам наиболее нужны богомольцы, чтобы отвращать праведный гнев, мы лишились столь благочестивого пастыря. Нужно нам молиться, чтобы Бог всякие утехи утешил Церковь Свою и не оставил овец без пастыря». А в ответе Иннокентию Гизелю, который с великою скорбию извещал о кончине Дионисия, Баранович выражался: «Вечная память усопшему о Господе! Усерднейше желаю Вашей пречестности видеть на себе опыты утешений Божиих». Сам Баранович составил скончавшемуся митрополиту и эпитафию.
В письме своем от 10 июня 1663 г. к наказному гетману и всему запорожскому войску Баранович, как мы уже упоминали, отказываясь от блюстительства митрополии, которое ему предлагали, просил ходатайствовать пред великим государем, чтобы дозволил избрать действительного митрополита на Киевскую кафедру. Просьба Барановича осталась неисполненною. Между тем православные других епархий Киевской митрополии, не находившихся под властию Москвы, хотя и не так скоро, позаботились об избрании для себя митрополита. Первое собрание их духовенства и представителей от мирян происходило 9 ноября в городе Корсуне. Но собравшиеся разделились на две партии: одна из них избрала Иосифа Нелюбовича-Тукальского, епископа Мстиславского, который назывался также епископом Белорусским, наместником митрополии Киевской, архимандритом лещинским и старшим монастырей виленского Свято-Духова, пинского Богоявленского и иных; другая же избрала Антония Винницкого, епископа Перемышльского и Самборского. Вследствие такого разногласия назначено было на 19 ноября новое собрание, на которое кроме епископов – Луцкого Гедеона Четвертинского, именовавшегося прототроном, Перемышльского Антония Винницкого и Львовского Афанасия Желиборского (недавно избранного на место родного брата его, епископа Арсения, скончавшегося 18 сентября 1662 г.) прибыл и сам гетман правой стороны Днепра Павел Тетеря. Но и на этот раз согласия между избирателями не установилось. Одни, в том числе епископы и гетман, избрали Антония Винницкого, а другие – Иосифа Нелюбовича-Тукальского. Огорченные епископы в тот же день обнародовали протестацию, в которой объявляли, что Антоний Винницкий избран на митрополию единогласно всеми и торжественно, а Иосифа Тукальского избрал только слуцкий архимандрит Феодосий Василевич с несколькими духовными и светскими лицами, и избрал приватно, почему последнее избрание ничтожно и Тукальского нельзя признавать за избранного кандидата на митрополитскую кафедру. Несмотря, однако ж, на эту протестацию, обе стороны представили своих кандидатов на утверждение короля. И король Ян Казимир грамотою от 24 ноября утвердил на митрополитской кафедре Антония Винницкого и вслед за тем, если даже не прежде, утвердил такою грамотою и на той же кафедре Иосифа Нелюбовича-Тукальского с оставлением за ним и Лещинского монастыря. По крайней мере об утверждении последнего, верно, дано было знать от имени короля гетману Тетере, потому что Тетеря, хотя сам стоял при избрании за Антония Винницкого, издал универсал, которым объявлял, что на митрополии утвержден епископ Мстиславский Иосиф Тукальский и что ему должно оказывать послушание. Местом для своего пребывания Иосиф избрал, вероятно, Корсунь, где скончался его предместник, или Чигирин, где жил гетман. Но едва прошло несколько месяцев со времени избрания Иосифа на митрополию, как его постигло великое несчастье. Его обвиняли в том, будто он вместе с бывшим гетманом Выговским, который назывался теперь воеводою киевским, замышлял вытеснить поляков из Малороссии по правую сторону Днепра и возвратить ее московскому государю, а вместе с бывшим гетманом Юрием Хмельницким, теперь иноком Гедеоном, возбуждал казаков против гетмана Тетери. Выговский был взят в плен польским полковником Маховским и в марте 1664 г. расстрелян в Корсуне как изменник. А митрополит Иосиф и инок Гедеон Хмельницкий по жалобе на них гетмана Тетери королю, который проезжал тою же весною из-за Днестра через Корсунь, были схвачены и отвезены в Варшаву и оттуда в крепость Мариенбург, где и томились в заключении около двух лет. В продолжение этого времени Антоний Винницкий не вступал в управление митрополии, но жил постоянно в своей Перемышльской епархии и вел борьбу с местным униатским епископом; администратором же Киевской митрополии почему-то назывался епископ Львовский Афанасий Желиборский. В апреле 1665 г., 28-го числа, гетман Тетеря писал к канцлеру коронному и к самому королю, чтобы Антонию Винницкому позволено было вступить на митрополию, но не имел успеха. В следующем году, 28 июля, новый гетман Петр Дорошенко писал к королю, что желал бы принять Винницкого на митрополию, но не может, пока он не избран будет всеми, и просил позволения произвесть по обычаю елекцию в Белой Церкви. Но скоро возвратился из своего заточения Иосиф Тукальский и, несмотря на все ходатайства за Винницкого и на все домогательства его самого, оставался Киевским митрополитом еще много лет.
Малороссийское духовенство левой стороны Днепра с своею паствою вовсе не участвовало в избрании митрополита Киевского Иосифа Тукальского, а оставалось по-прежнему под властию блюстителя митрополии епископа Мефодия, который после избрания гетмана Брюховецкого на нежинской раде возвратился наконец в Киев. С этого времени Мефодий имел более возможности заняться церковными делами, и действительно занялся. Один из киевских иноков, живший при Софийском соборе, в письме своем к царю от 12 октября 1663 г., прося у него милостыни на этот собор, выражался: «Церковь св. Софии до первой своей красоты, даст Бог, придет. Верим, не умер Могила, смею я то говорить: как его милость (еп. Мефодий) при престоле митрополитском остовает, зачал, яко покойник Могила, починять церковь побожне. Имею я надежду к Богу, что его милость совершит счастливое». С своей стороны и киевское духовенство, так резко нападавшее на Мефодия, особенно вследствие патриаршей на него анафемы, начало мало-помалу сближаться с ним, и имя Мефодия как блюстителя митрополии вновь стали поминать в киевских церквах и монастырях, что, разумеется, могло последовать не прежде, как получено было из Царьграда известие о снятии с Мефодия патриаршей клятвы. Между тем новый гетман Брюховецкий, столько одолженный Мефодию, скоро оказался неприязненным как к Мефодию, так и к подведомому ему духовенству. Еще 18-го числа 1663 г. Брюховецкий, приехав в полночь с несколькими старшинами к гадячскому воеводе Хлопову, говорил ему наедине, тайно относительно Мефодия и киевских монахов следующее: «В городе Киеве творится что-то очень недоброе от умысла злых людей: король идет к Киеву по приглашению киевских жителей. А вся злая беда началась от старицы Ангелины, которая учит в Киеве дочь епископа (Мефодия) грамоте. Старица та, какие ни услышит вести от епископовой дочери, про все передает ведомость в Польшу к панке (жене) Тетере. Кажется, что у епископа есть прозябь большая и неверность в раденье к великому государю. Потому я имею подозрение на епископа, что после рады (нежинской) в Киеве заключен был нежинский атаман Шмотович, и старцы (печерские) взяли его себе на поруки, и тот атаман будто ушел, а его-де отпустили старцы нарочно умыслом и велели ему, Шмотовичу, собрав казаков и татар, приходить на государевы черкасские города. Я посылал по тех старцев, и епископ не прислал их ко мне, а взял с них золотые червонные. Страшусь, чтобы епископ своим злым умыслом не учинил чего-либо над Киевом и королю города не сдал». Эти слова тогда же были переданы Хлоповым московским дьякам Башмакову и Флорову, находившимся в Малороссии по поручению государя, а ими потом сообщены самому государю. В следующем 1664 г. сам Мефодий должен был сознаться в нерасположенности к нему Брюховецкого и писал в Москву, «чтобы великий государь не во всем полагался на гетмана, ни в чем меня гетман не слушает». В своей неприязни к духовенству, особенно монашествующему, Брюховецкий дозволял казакам грабить и разорять церковные имения и на все жалобы духовных властей не обращал никакого внимания, так что духовенство стало считать гетмана врагом Церкви и в монастырях прекратило о нем молитвы. А в феврале 1665 г. он прямо доносил государю, что печерские чернецы замышляют измену и хотят впустить в свой монастырь поляков.
