Перед Краснознаменным Балтийским флотом встала ответственная задача по организации новых мест базирования кораблей флота и создания обороны на приморских направлениях. В октябре 1939 года была сформирована Береговая оборона Балтийского района. В первую очередь намечалось создание мощной артиллерийской обороны на островах Моонзундского архипелага, где должны были строиться береговые батареи калибром 130 - 406 миллиметров.
К лету 1940 года внутренняя обстановка в Эстонии резко обострилась. Профашистские правящие круги оказались изолированными от своего народа, и правительство президента Пятса вынуждено было уйти в отставку. Новое демократическое правительство, возглавляемое поэтом Варесом, провело выборы в Государственную думу Эстонии, депутаты которой 21 июля 1940 года провозгласили в своей республике власть Советов и приняли декларацию о вступлении в состав СССР. Примеру Эстонии последовали Латвия и Литва.
Советская Прибалтика приобрела важное стратегическое значение для СССР, новая государственная граница теперь проходила дальше к западу от промышленных районов Советского Союза. Это, в свою очередь, потребовало широкого развертывания строительства береговой обороны военно-морских баз и прибрежных участков, главная роль в которой отводилась дальнобойной береговой артиллерии.
В конце лета 1940 года военный совет Краснознаменного Балтийского флота пересмотрел план строительства береговых батарей крупного и среднего калибров в сторону их резкого увеличения. Строительство первой очереди должно было завершиться к сентябрю 1941 года, а второй, батарей калибром 305 - 406 миллиметров,- к июлю 1942 года.
Осложнение международной обстановки в начале 1941 года заставило военный совет флота сократить сроки строительства береговых батарей первой очереди, однако большинство батарей к началу войны построить не удалось. Сейчас на островах Моонзундского архипелага приходилось в спешном порядке и всеми имеющимися в распоряжении силами решать эту жизненно важную задачу. Работа продолжалась круглосуточно, в три смены. Вместе с инженерными подразделениями трудился и весь личный состав батарей.
Гораздо хуже обстояло дело с созданием сухопутной обороны островов. В состав Моонзундского архипелага входили четыре больших острова: Сааремаа (Эзель), Хиума (Даго), Муху (Моон) и Вормси, длина побережья которых составляла более 800 километров. Да еще имелось несколько сот мелких островков.
С вступлением Эстонии в состав СССР сухопутная оборона Моонзунда находилась в ведении Народного комиссариата обороны. Весной 1941 года, с открытием навигации, на Сааремаа прибыло Управление строительства Прибалтийского особого военного округа для постройки долговременных огневых точек, но к началу войны не было построено ни одного дота. Лишь саперным батальоном 3-й отдельной стрелковой бригады было сооружено сорок пулеметных и артиллерийских дзотов на побережье бухты Тагалахт, на полуострове Сырве и на острове Муху. Эти дзоты располагались в двух километрах один от другого и не могли обеспечить надежную оборону от высадки вражеского морского десанта.
Такое же положение было и на островах Хиума и Вормси. И тут и там сухопутная оборона островов планировалась и строилась из расчета высадки десантов противника с моря. Наступление же противника с материка совершенно не учитывалось. Никто не мог и подумать, что немецкие войска выйдут на территорию Эстонии, и в такое короткое время.
На Сааремаа и Муху в распоряжении Елисеева имелись 3-я отдельная стрелковая бригада, шесть береговых батарей калибром 130 - 180 миллиметров, четыре 76-миллиметровые зенитные батареи, два инженерных батальона, саперная рота и еще несколько мелких подразделений. Всего - чуть больше восемнадцати тысяч человек. Кроме того, на островах Хиума и Вормси находился Северный укрепленный сектор, оперативно подчиненный Береговой обороне Балтийского района. В его состав входили два стрелковых и два инженерных батальона, шесть береговых батарей и две зенитные батареи - около пяти тысяч человек.
Мало, слишком мало сил для длительной обороны островов! К тому же ограничены запасы снарядов и патронов, снаряжения и продовольствия.
Елисееву были известны планы гитлеровского командования по захвату Моонзунда: разведчики эстонского истребительного отряда, переправившись на Большую землю, в районе Виртсу захватили офицера связи одной из дивизий 18-й немецкой армии.
Из документов было видно, что едва немецкие войска вторглись на территорию советских прибалтийских республик, как в штабе группы армий "Север" началась подготовка к взятию островов Моонзундского архипелага. С учетом быстрого продвижения немецких армий на север Моонзунд, являвшийся передовым опорным пунктом советского Балтийского флота, приобретал особое значение. На этих островах базировались советские подводные лодки, эсминцы, торпедные катера, самолеты, мешающие переправлять морем из Германии оружие, технику, боеприпасы и людей для обеспечения войск группы армий "Север". Верховное главнокомандование вооруженных сил Германии при составлении директивы No 21 под названием план "Барбаросса", исходя из опыта первой мировой войны, учло этот факт. Группе армий "Север" ставилась главная задача:
"...Уничтожить все действующие в районе Балтийского моря силы противника и путем занятия балтийских портов, кончая портами Ленинграда и Кронштадта, лишить русский флот его опорных пунктов".
Действующей на левом приморском фланге 18-й армии после занятия Литвы и Латвии предлагалось очистить от противника Эстонию, при этом
"проводить все необходимые подготовительные мероприятия к занятию Моонзундских островов таким образом, чтобы обеспечить возможность внезапного осуществления этой операции, как только позволит обстановка".
На одиннадцатый день наступления начальник генерального штаба сухопутных сил Германии генерал-полковник Гальдер после беседы с Гитлером напомнил штабу группы армий "Север" о необходимости освобождения Эстонии от русских войск в самое ближайшее время и занятия в первую очередь всего побережья. На захват русских портов в Прибалтике с суши фюрер отводил всего три-четыре недели.
За этот срок войска 18-й армии сумели лишь овладеть Либавой, Виндавой, Ригой и Пярну. Частям 291-й дивизии удалось занять важный в тактическом отношении порт Виртсу и взять под контроль семикилометровый пролив Муху-Вяйн, отделяющий Моонзундские острова от материка. К этому времени продвижение войск 18-й армии замедлилось. В районе Марьямаа они встретили упорнейшее сопротивление дивизий советской 8-й армии.
В штаб группы армий "Север" поступила подписанная Гитлером директива ОКВ No 33 о дальнейшем ведении войны на Востоке. В ней предписывалось "как можно быстрее овладеть островами на Балтийском море, которые могут явиться опорными пунктами советского флота".
