Только 7 июля началось дальнейшее продвижение пруссаков. Мольтке направил 2-ю армию в заслон против Бенедека, устраивавшего у Ольмюца свою армию, а остальные силы направил прямо к Дунаю, на Вену. Судьба австрийской столицы, казалось, была предрешена. Военная партия в Пруссии требовала обязательного ее взятия и триумфального парада на главной площади. Хотел этого и обычно скромный начальник генштаба, и еще недавно сомневавшийся в успехе Вильгельм I. Но против был хитрый Бисмарк. Он отлично понимал, что унижение Австрии может привести к нежелательным для Пруссии последствиям. Во-первых, в побежденной империи Бисмарк видел будущего союзника в европейских делах, поэтому вызывать сильные реваншистские настроения, возбуждать ненависть австрийцев канцлер не хотел. Кроме того, уже выступил с предложениями о посредничестве Наполеон III – разгром Вены стал бы для него личным оскорблением. Да и остальные европейские державы вряд ли бы положительно восприняли неумение Пруссии умерять свои амбиции. В прусских верхах, таким образом, шла жесткая борьба между умеренной и милитаристской партиями, которую выиграл Бисмарк. Рассказывают, что он чуть ли не валялся в ногах у короля со слезами на глазах и кричал: «Не трогайте Вену!» Впрочем, уже скоро он с гордостью писал в одном письме: «Я побил их всех! Всех!! Всех до одного!!!», имея в виду не австрийцев, а Вильгельма, Мольтке и др. 23 августа в Праге был заключен мир, исключивший Австрию из Германского союза. Пруссия удовольствовалась ограниченными приращениями, Бисмарк убедил Вильгельма отказаться от аннексии Саксонии и Баварии. Австрия уступила Венецию Италии, а Гольштейн – Пруссии, уплатила небольшую контрибуцию. Ганновер (которым до 1837 правил английский король), Кургессен, Нассау, Гессен-Гомбург и Франкфурт-на-Майне были присоединены к Пруссии, которой теперь принадлежало две трети территории и населения германских государств (не считая Австрии). 21 государство севернее Майна вошло в новый Северогерманский союз под эгидой Пруссии. В ведение прусского короля как главы союза были переданы внешняя политика и военные вопросы. Он был наделен полномочием объявлять оборонительную войну. Четыре других германских государства (Бавария, Вюртемберг, Баден и Гессен-Дармштадт) были обязаны выплатить небольшие контрибуции и заключить военные союзы с Пруссией. Окончательное объединение Германии было не за горами.
С каждым днем столь успешной для Пруссии войны Гельмут Мольтке и его ведомство приобретали все больший вес в глазах прусских военных и монарха. В течение межвоенного периода 1866–1870 годов «великий молчальник» стал управлять большинством процессов в армии. Этой цели послужило и быстрое изложение им самим выводов из войны 1866 года. Сразу после заключения Пражского мира Мольтке поставил перед своими подчиненными задачу: собрать архивные документы, оставленные войной, и приступить к их разработке. Полностью объективно осветить ход кампании не удалось, недаром во главе армий стояли столь влиятельные лица. Так, принц Фридрих Карл, конечно, не хотел видеть в официальной истории войны негативную оценку своих действий во время марша на Гичин или подробный рассказ о том, как во время битвы, не понимая целей Мольтке, нервничая, забыв о масштабах – временных и пространственных – сражения, пытался бросить в ненужную атаку на австрийцев тысячи людей. Так что для составления официальной истории войны 1866 года, предназначавшейся для печати, Мольтке дал директиву: «Правда, только правда, но не вся правда». Эта история вышла уже в 1867 году. Но одновременно генеральный штаб в лице, например, Верди-дю-Вернуа и графа Вартенслебена вел научное исследование и «для себя» – более тщательно, не останавливаясь перед критикой собственных действий. На основе этого исследования в 1868 году Мольтке составил и представил королю «Мемуар об опыте, вытекающем из рассмотрения кампании 1866 года». Через год переработанный мемуар был разослан всем начальникам, начиная с командира полка и выше в виде «Инструкции для высших строевых начальников». Считается, что именно эта инструкция позволила во время франко-прусской войны избежать имевшихся до того ошибок в использовании кавалерии и артиллерии.
Генеральный штаб захватил в свои руки высший арбитраж в вопросах стратегии и тактики. В течение четырех лет прусское военное устройство было распространено на все государства Северогерманского союза и на вновь присоединенные к Пруссии территории. Вопросы вооружения, образования запасов, постройки крепостей, увеличения штатов войсковых частей, размера призыва в ряды армии, формирования новых частей, поскольку они затрагивали численность и боеспособность действующей армии и влияли на быстроту ее сосредоточения, вошли в сферу компетенции генерального штаба как составные части плана войны. На генеральный штаб пала ответственность за руководящие директивы. Военный министр в Пруссии сохранил всю полноту власти лишь в отношении проведения их в жизнь.
Пруссия вплотную подошла к решению сверхзадачи – объединения Германии, но сделать последний шаг можно было, только сломив обязательное сопротивление Франции, имевшей традиционные интересы на Рейне.
В 1869 году Бисмарк предложил Баварии и Вюртембергу, двум важнейшим самостоятельным государствам Южной Германии, примкнуть к Северогерманскому союзу и провозгласить его президента – прусского короля – германским императором. Бавария, Вюртемберг, Баден в результате поражения, понесенного ими совместно с Австрией, еще осенью 1866 года вступили в оборонительный союз с Пруссией. Однако они не спешили объединяться с ней. Местные лидеры дали Бисмарку отрицательный ответ и вступили в тайные переговоры с французскими политиками об оказании им поддержки в случае войны с Пруссией. Для того чтобы склонить южногерманские земли на свою сторону, «железному канцлеру» была нужна война, но такая, в которой агрессию первой проявила бы Франция. В атмосфере подъема националистических настроений было легче склонить всех на свою сторону – сторону «защитников германской независимости».
Дальнейшие события стали классикой дипломатической интриги. Для того чтобы вызвать недовольство Франции, Бисмарк и Мольтке убедили Вильгельма выдвинуть претендентом на освободившийся испанский престол, который давно находился под влиянием французов, принца из рода Гогенцоллернов. Сделано это было, впрочем, тайно, в том смысле, что Бисмарк категорически отрицал свое участие в данном выдвижении. Однако Франция не могла закрыть на этот явный вызов глаза. В Эмс, где отдыхал прусский король, прибыл посол Бенедетти, который не то чтобы потребовал, а попросил дать его правительству гарантии, что пруссаки более никогда не будут выдвигать Гогенцоллернов на трон короля Испании. Впрочем, само содержание просьбы было довольно дерзким дипломатическим шагом. Вильгельм отказался дать такие гарантии, когда же Бенедетти попросил новой аудиенции для беседы на эту тему, король отказал ему в приеме и передал через своего адъютанта, что сказал свое последнее слово. Обо всем этом советник Вильгельма I сообщил Бисмарку в телеграмме. Ее канцлеру доставили во время обеда. Вместе с ним обедали Роон и Мольтке. Бисмарк прочитал им депешу. Роон и Мольтке были так расстроены, что «пренебрегли кушаньями и напитками». Закончив чтение, канцлер спросил у Мольтке о состоянии армии и о ее готовности к войне. Начальник штаба ответил, что «немедленное начало войны выгоднее, нежели оттяжка». После этого Бисмарк тут же за обеденным столом отредактировал телеграмму и зачитал ее генералам. Из депеши были убраны слова, обращенные лично к Бисмарку, вычеркнуто было и то, что король отвечал французскому посланнику «довольно резко», чтобы усилить впечатление о непочтительности Бенедетти. Услышав новый вариант эмской депеши, Мольтке воскликнул: «Так-то звучит иначе; прежде она звучала сигналом к отступлению, теперь – фанфарой!» Сообщение было опубликовано в германской прессе. 16 июля Франция объявила Пруссии войну.