Для содержания пограничных кордонов и конных разъездов к генерал-майору Голенищеву-Кутузову дополнительно поступают три казачьих полка: Донской — Табунщикова, 1-й и 2-й — Бугские. Чтобы не упустить теплое время, он предпринимает форсированное укрепление Николаевской крепости (ныне город Николаев): ежедневно наряд егерей в 180 человек ведет земляные работы вокруг замка, а внутри его ликвидируются многие хозяйственные пристройки, сооружаются подмостки для установки пушек.
Проверявший состояние Николаевской крепости начальник 1-й дивизии Екатеринославской армии генерал-аншеф Н.В. Репнин нашел, что все у Голенищева-Кутузова «весьма порядочно, как и укрепление здешнего замка же хорошо устроено, так что… при сем посте под предводительством его… в случае нападения неприятельского все пойдет с желаемым успехом».
Корпусной командир проявляет заботу о вооружении егерей. По его заявкам каждому батальону придается по одному восьмифунтовому единорогу и одной трехфунтовой пушке. Для обучения батальонных канониров пушечной стрельбе на каждое орудие получается 2,5 пуда пороха, а для обучения стрелков — по 840 готовых восьмизолотниковых пуль на батальон.
При корпусе образуется команда «верных казаков» под начальством секунд-майора Захара Алексеевича Чепеги, ставшего в июле 1788 года кошевым атаманом Черноморского казачьего войска. «Верными казаками» называли запорожцев, перешедших на службу России после ликвидации в 1775 году Запорожской Сечи. Другая часть запорожцев бежала в Турцию и поселилась на Дунае, образовав там Дунайскую Сечь.
М.И. Голенищев-Кутузов доносил армейскому командованию в рапорте, что «верных казаков» к нему «ежечасно пребывает». Команда Чепеги вооружается циками и пистолетами, обучается стрельбе, ведению пехотного боя. Черноморское казачье войско пройдет всю войну и после ее завершения по указу императрицы Екатерины II поселится на Тамани и близлежащем правобережье Кубани, став в будущем частью Кубанского казачьего войска.
Наступившая зима была в Северном Причерноморье необычно холодной — река Буг замерзла, и противник мог воспользоваться этим. Генерал-майор М.И. Голенищев-Кутузов принимает дополнительные меры предосторожности. Вдоль Буга рассылаются малые разъезды, которые по вечерам, перейдя на другой берег, осматривают степь с курганов. Также по заданию командира егерского корпуса, хорошо понимавшего значимость достоверных сведений о неприятеле еще со времен квартирмейстерской службы, за Буг на турецкую сторону в разведку ежедневно высылаются небольшие специальные отряды — «партии».
Сбором разведывательных данных занимались и более крупные отряды «верных казаков» секунд-майора Чепеги и полковника Дягина от Донского казачьего полка. Полезную информацию приносили с собой перебежчики, бывшие запорожцы. И разумеется, торговцы, для которых тогда, казалось бы, не существовало ни государственных границ в степи, ни военного времени.
Все попытки противника вторгнуться на сопредельную территорию малыми и большими отрядами зимой и весной 1788 года проваливались. Его своевременно обнаруживали или конные разъезды, или «разъездные лодки», и обычно, не принимая боя, турки возвращались восвояси.
Заботясь о надежности прикрытия государственной границы, генерал-майор и кавалер М.И. Голенищев-Кутузов не забывал при этом и о безопасности местного населения Прибужья. По его указанию «жителям, для хлебопашества приехавшим, жен и детей на берегу при себе иметь не велено»; мужчины не должны ночевать по разным избам, а размещаться на ночлег «потеснее в несколько изб», и при них обязаны быть караул и разъезд; «пахарям при их плугах близко берега также ночевать поодиночке запрещено, и за всем этим поручено “строжайшее смотрение казачьим полковникам…”».
Весной 1788 года султанское командование решило активизировать боевые действия в Северном Причерноморье. 20 мая под Очаков прибыл турецкий флот — 92 вымпела, в том числе 14 линейных кораблей. Они доставили все необходимое Очаковскому гарнизону.
Для начала турки решили атаковать с моря пристань Глубокую, форпост Херсона. Россия была готова к решающему столкновению на водах Днепровско-Бугского лимана, хотя соотношение в численности парусных кораблей для действий в открытом море складывалось не в ее пользу.
Севастопольская эскадра насчитывала всего 3 линейных корабля и 14 фрегатов. В Херсонской парусной эскадре было 2 линейных корабля и 6 фрегатов. Однако главнокомандующий русской армией генерал-фельдмаршал Г.А. Потемкин-Таврический сумел подготовить сюрприз султанскому флоту: в лимане укрывалось 65 судов Днепровской гребной флотилии, которой командовал немецкий принц К.Г. Нассау-Зиген, состоявший на русской службе.
Получив сообщение о прибытии турецкого флота под Очаков, Г.А. Потемкин приказал Бугскому егерскому корпусу «следовать вниз по Бугу… и соображаться в своих действиях с войсками в Херсоне и на Глубокой находящимися». Егерские батальоны, полностью снаряженные, прибыли к пристани Глубокой и расположились там. Корпусу придали два донских казачьих полка — Василия Орлова и Гавриила Бокова.
7 июня, в семь часов утра, турецкая гребная флотилия, поддержанная несколькими мелкосидящими в воде парусными кораблями, пошла в атаку на русские суда, стоявшие в лимане. Вся тяжесть сражения легла на гребную флотилию принца Нассау-Зигена, поскольку встречный ветер не позволил русским парусникам вступить в бой. Артиллерийская перестрелка шла «наижестокая».
Исход сражения в лимане решила более искусная русская артиллерия. Не выдержав меткого пушечного огня, турецкие суда в беспорядке бежали к Очакову, под защиту его крепостных батарей. В воздух взлетели корабль и шебека (небольшое трехмачтовое парусно-гребное судно, имевшее на вооружении от 12 до 40 орудий).
Султанское командование не отказалось от мысли уничтожить новопостроенный флот России, стоявший в лимане.
17 июня сражение в его водах повторилось. На сей раз в лиман вошли многопушечные турецкие линейные корабли, но, оказавшись на мелководье, они с трудом маневрировали, часть из них села на мель, сделавшись в конце концов добычей маневренных гребных судов русских.
На следующий день в четыре часа утра в лимане разгорелось новое морское сражение. Г.А. Потемкин успевает прислать подкрепление — 22 новые канонерские лодки. Турецкий флот в жестоком бою теряет два линейных корабля, одну шебеку и позорно отступает. Когда турецкие корабли стали выходить из лимана, на Кинбурнской косе заговорили суворовские батареи, потопив семь судов.
Разгром султанского флота, нашедшего было спасение под защитой орудий Очаковской крепости, довершила русская гребная флотилия. В новой схватке на водах лимана было взорвано пять линейных кораблей и захвачен невредимым вражеский фрегат. A.B. Суворов доносил главнокомандующему привычно кратко: «Прежде Очаков не наш, разбит флот».
