Однако отступившие с бастиона турки, получив значительное подкрепление, пошли в яростную контратаку. Благодаря своему численному превосходству туркам удалось сбросить русских с вала в ров. Положение кутузовской колонны стало критическим. С одной стороны на нее напало превосходящее число турок, с другой — с вала в ров на русских летели камни, бревна, ружейные пули.
К исходу первого приступа в шестой колонне были перебиты или ранены почти все старшие начальники, офицеров в рядах сражающихся русских солдат остались единицы. Несмотря на все геройство штурмующих, генерал-майор М.И. Голенищев-Кутузов признал необходимым отступить от Новой крепости на дальность ружейного выстрела и о своем решении известил A.B. Суворова. В ответ генерал-аншеф передал:
«Я донес уже в Петербург о покорении Измаила, а Кутузова назначаю измаильским комендантом».
Командир шестой колонны призвал бывший в резерве Херсонский гренадерский полк, собрал воедино егерей и снова пошел на штурм бастиона у Килийских ворот. Атакующие, преодолев ров, снова взошли на вал и ударом в штыки опрокинули собравшихся против них турок. У тех уже не было ни сил, ни порыва повторить сильную контратаку.
Когда в руках русских оказался крепостной вал и бастионы, рукопашный бой разгорелся на улицах и площадях горящего города. Тысячи обезумевших лошадей, сорвавшихся с коновязей, табунами носились по улицам, сметая все на своем пути. Егеря и гренадеры кутузовской колонны дружными штыковыми ударами пробивались к центру города. Турки с яростью обреченных защищали каждый каменный дом, любое строение, где можно было укрепиться.
С семи до одиннадцати часов утра кровопролитный бой, не утихая ни на минуту, шел внутри крепости. Засевшие в домах турки сражались отчаянно. В одном из ханом — больших каменных домов — засело до 2000 янычар. Солдаты шестой колонны взяли этот дом штыковой атакой. В другом месте толпа янычар окружила партию вооруженных короткими пиками казаков, вырвавшихся вперед, грозя их истребить. Генерал-майор Кутузов вовремя пришел им на помощь ударом гренадеров в штыки.
Упорное сопротивление измаильского гарнизона вызвало не меньший напор русских войск. Штурм Измаила вошел в мировую военную историю как самый кровопролитный, не имеющий себе равных. Из турецкого войска спасся один-единственный человек, сумевший вплавь добраться до противоположного берега. Он и принес султанскому командованию первым весть о падении крепости.
Турецкий гарнизон был или уничтожен, или сдался в плен. Среди пленных оказалось много тяжелораненых, вскоре умерших. Победа русским войскам досталась ценой больших жертв. Их потери составили 1815 убитыми и 2400 ранеными.
В письме родным, отправленном сразу после взятия Измаильской крепости, М.И. Голенищев-Кутузов напишет:
«…Век не увижу такого дела. Волосы дыбом становятся… Кого в лагере не спрошу, либо умер, либо умирает. Сердце у меня обливается кровью, и залился слезами. Целый вечер был один, к тому же столько хлопот, что за ранеными присмотреть не могу; надобно в порядок привести город, в котором однех турецких тел больше 15 тысяч…
Корпуса собрать не могу, живых офицеров почти не осталось…»
В победной реляции генерал-фельдмаршалу Г.А. Потемкину-Таврическому Александр Васильевич Суворов так оценил действия генерал-майора М.И. Голенищева-Кутузова при штурме Измаила:
«Достойный и храбрый генерал-майор и кавалер Голенищев-Кутузов мужеством своим был примером подчиненным и сражался с неприятелем. Но множество оного остановило на первый миг распространение по валу, и для сего призвал он Херсонский полк, в резерве бывший…
С прибытием резерва неприятель не токмо отражен, но и знатною частию побит…
Генерал-майор и кавалер Голенищев-Кутузов оказал новые опыты искусства и храбрости своей, преодолев под сильным огнем неприятеля все трудности, влез на вал, овладел бастионом, и, когда превосходный неприятель принудил его остановиться, он, служа примером мужества, удержал место, превозмог сильного неприятеля, утвердился в крепости и продолжал потом поражать врагов…»
Полководец подытожил измаильскую характеристику М.И. Голенищеву-Кутузову следующими словами: «Он шел у меня на левом крыле, но был правою моею рукою».
Назначенный комендантом поверженного Измаила, М.И. Кутузов, вступив уже в эту должность, спросил шутя Суворова что значит назначение его комендантом в то время, когда до взятия крепости было еще далеко?
«Ничего! — отвечал Суворов. — Кутузов знает Суворова, а Суворов знает Кутузова. Если бы не взяли Измаил, Суворов умер бы под его стенами, и Кутузов тоже».
За отличие при штурме крепости Измаил Михаил Илларионович Голенищев-Кутузов удостоился сразу двух награждений, какие он только мог ожидать и какие ему только могла пожаловать императрица Екатерина II. Высочайшим указом от 25 марта 1791 года он был пожалован в генерал-поручики и награжден орденом Святого Георгия 3-го класса.
С большими трудами захваченную крепость, всю в пожарищах, удалось привести в порядок, захоронить своих погибших воинов и неприятельских. В одной из городских мечетей, переделанной в походную церковь, отслужили молебен в память солдат, казаков и офицеров, павших на поле брани. Через неделю после штурма Измаила войска под командованием генерал-аншефа A.B. Суворова ушли на зимние квартиры к Галацу.
Генерал-поручик М.И. Голенищев-Кутузов продолжал оставаться комендантом Измаильской крепости и одновременно командующим воинскими частями по нижнему течению Дуная от его устья до впадения реки Прут. То есть отвечать за тот участок фронта на суше, который тогда смотрелся самым опасным.
Из всех осадных войск у него в подчинении оставлялись: заметно поредевшие четыре батальона егерей Бугского корпуса, Херсонский гренадерский и Полоцкий мушкетерский полки, бомбардирская рота с 12 полевыми орудиями и три донских полка в 2000 казаков. Коменданту поверженной вражеской крепости приходилось заниматься и налаживанием ухода за ранеными и больными.
Между тем султанское командование собирало остатки разбитых войск вблизи Бабадага и Мачина, подтягивало резервы из дальних областей. Турки явно хотели взять реванш за измаильское поражение и вернуть себе «орду-колеси». Крупные отряды турецкой конницы стали появляться на правом дунайском берегу, ведя разведку и поджигая во многих местах заросли сухого камыша.
Вскоре вступивший в командование Екатеринославской армией князь Н.В. Репнин (Г.А. Потемкин-Таврический уехал в Санкт-Петербург и вскоре на юге Бессарабии умер по дороге), приказал «произвести поиск» в Задунавье. Из Измаильского гарнизона предписывалось взять с собой 3000 пехоты, 800 пеших и 500 конных казаков.