5 мая план адмирала Ямамото начал воплощаться в жизнь. В этот день императорская ставка издала директиву No 18, которая приказывала Объединенному флоту, взаимодействуя с армией, обеспечить захват Мидуэя и западной гряды Алеутских островов. Этой директивой была утверждена и кодировка операции. Вся операция была закодирована как "Операция MJ", Алеутские острова обозначались "АО", а сам Мидуэй - "AF".
Размышляя над итогами военно-морской игры, капитан 1-го ранга Куросима пришел к выводу, что не мешало бы знать немного больше о том, чем занимается флот США. Поэтому 8 мая он внес в свой план коррективы, согласно которым гидросамолеты, дозаправляясь топливом с подводных лодок, должны были за неделю до начала операции провести разведку Перл-Харбора и доложить о месте пребывания флота противника.
Первыми, как обычно, начали действовать подводные лодки. Часть из них, неся на борту сверхмалые подводные лодки, ушла на юг для произведения демонстративных диверсий в огромном районе от Сиднея до Мадагаскара, с тем чтобы держать противника в напряжении. Другие лодки ушли на восток для обеспечения топливом гидросамолетов, когда последние начнут разведку Перл-Харбора. Затем покинули базы подводные лодки, входящие в завесы для наблюдения за американским флотом, и, наконец, в море вышла подводная лодка "J-168" под командованием опытнейшего командира капитана 3-го ранга Яхаги Танабе. Лодка взяла курс на Мидуэй, чтобы прямо из логова врага докладывать обстановку. Это было вызвано необходимостью, поскольку, как это ни удивительно, японцы почти ничего не знали об обстановке на Мидуэе. Ответственный за сбор информации об атолле, капитан 2-го ранга Ясуми Таяма, был рад самым различным сведениям из любых источников, но этих сведений, к сожалению, явно не хватало. Как он позднее признался, Мидуэй был для него "темным пятном в океане". Таяма не имел даже приличной фотографии атолла, а карты, которые оказались в его распоряжении, были настолько схематичными и древними, что Таяма, размышляя о лучшем месте для высадки десанта, в конце концов, махнул рукой и порекомендовал высадку на южном побережье атолла, где рифы ближе всего подходят к берегу. При этом Таяма даже не подозревал о том, что в северных рифах был широкий естественный проем, через который могли пройти десантные суда. И уж, конечно, Таяма мог только гадать, какими силами располагает Мидуэй для обороны против вторжения. В оценке численности гарнизона атолла данные армии и флота сильно расходились. Флот считал, что Мидуэй обороняют 750 морских пехотинцев, армия полагала, что их 1700. Но в остальном все сходились на общем мнении, что Мидуэй мог иметь 50-60 самолетов, около 10 зенитных орудий, несколько береговых батарей, но ничего больше. Впрочем, это не вызывало особого беспокойства, поскольку даже по самым пессимистичным оценкам американских сил преимущество японцев было бесспорным. Объединенные десантные силы армии и флота, которым предстояло захватить Мидуэй, насчитывали 4 600 человек. Армия была представлена отборным 28-м полком полковника Ичики, вооруженным по последнему слову техники и имевшим великолепные инженерные и штурмовые средства. Флот выделил для операции 2-е Объединенное подразделение морской пехоты особого назначения. Командовал этим подразделением капитан 1-го ранга Ота, известный на флоте тем, что его люди обучены действовать против любого противника, в любой обстановке.
Неожиданно возник вопрос о средствах прохода через коралловые рифы. Начальник штаба подразделения морской пехоты капитан 2-го ранга Чиро Ионаи ломал голову, где достать специальные плоскодонные десантно-высадочные средства, если их вообще не было в распоряжении флота. Наконец Ионаи выяснил, что необходимые ему десантные катера имеются в Армейском пехотном училище, после чего он, плюнув на самолюбие, выпросил их у армейского командования.
15 мая транспорты с морскими пехотинцами капитана 1-го ранга Ота на борту вышли в район сосредоточения сил вторжения у острова Сайпан. 18 мая к Сайпану вышли транспорты с подразделениями 28-го пехотного полка. Перед их отбытием адмирал Ямамото лично проинструктировал полковника Ичики.
В тот же день произошел забавный эпизод, продемонстрировавший высокое боевое мастерство пилотов авианосной авиации, которые, в буквальном смысле слова, рвались в бой. Пилот торпедоносца старшина Такаяси Моринага шутки ради с авианосца "Kaгa" атаковал соединение собственных крейсеров, идущих во Внутреннем море. Атака была выполнена блестяще и еще раз подтвердила, что слава лучших в мире не зря принадлежит летчикам японских авианосцев, которым после Перл-Харбора еще не предоставился случай показать себя в полном блеске.
А между тем на авианосцах адмирала Нагумо шла лихорадочная подготовка к предстоящей операции. Пополнялись запасы всех видов боевого довольствия, приводилась в порядок материальная часть авиации, обучались вновь прибывшие пилоты. Начальник штаба соединения, маленький и энергичный контр-адмирал Рейносуке Кусака, получив приказ закончить все подготовительные мероприятия к 24 мая, считал, что времени для отдыха экипажей, вернувшихся из похода, и для подготовки молодых пилотов явно недостаточно. Но подобно каждому, кто советовал помедлить и лучше подготовиться к предстоящей операции, Кусака получал довольно резкие отказы из штаба Объединенного флота. Впрочем адмирал Кусака не очень огорчался. Сетуя, что времени на подготовку к операции выделено очень мало, он тратил большую часть этого времени на хлопоты по посмертному производству в следующее звание летчиков, погибших полгода назад при нападении на Перл-Харбор. И, хотя адмирал Кусака отлично понимал, что тратит драгоценное время на пустяки, он, как и многие другие, верил в душе, что для разгрома американцев особой подготовки не нужно. "Одного нашего вздоха достаточно, чтобы янки были разбиты", - это мнение в японском флоте превалировало над всеми остальными.
Наконец, час настал. 20 мая адмирал Ямамото утвердил тактический состав своих сил, и цвет японского флота - 70 могучих боевых кораблей собрался на Хасирском рейде. Все огромные корабли Объединенного флота казались карликами по сравнению с флагманским линкором "Ямато" - чудовищным кораблем водоизмещением в 70 000 тонн, чьи 18-дюймовые орудия могли вести огонь более чем на 25 миль. Однако сегодня центром всеобщего внимания был не "Ямато", а ударные авианосцы соединения адмирала Нагумо - четыре прославленных корабля.
Мрачно-величественным видом выделялся флагманский авианосец "Акаги" водоизмещением 30 000 тонн. За ним находился "Кага", имевший самую сильную авиагруппу. Далее стояли на якорях авианосцы "Сорю" и "Хирю" - более современные, чем два предыдущих. Согласно Лондонскому морскому договору, эти два авианосца должны были иметь водоизмещение не более 10 000 тонн, но в действительности оно превышало 18 000 тонн.
