Воспользовавшись перерывом в работах сейма, Потоцкий в августе и сентябре 1791 года побывал в Париже. Он посещал салон вдовы Гельвеция, где встречались выдающиеся представители французского Просвещения — философы и ученые К.-Ф. Вольней, Ж.-А, Кондорсе, П.-Ж. Кабанис и другие. С Вольнеем впоследствии его связывала на протяжении многих лет дружеская переписка. Познакомился Потоцкий и с Маратом, который за несколько лет до того написал роман о его отце — «Приключения молодого графа Потоцкого» (1786). Париж был взбудоражен неудавшейся попыткой бегства короля, и Потоцкий опасался революционного террора. Он с горечью восклицал в одном из своих писем: «Прощай, прекрасная надежда! Свобода здесь уцелела. Но как это далеко от всеобщего блага народа! Нынешнее поколение его не увидит».
«Всеобщее благо» перестало совпадать со «свободой» — наблюдение, свидетельствующее о социальной проницательности и одновременно о противоречивости взглядов Потоцкого. Не понимая исторической необходимости революционного насилия, он в то же время хотел облегчения участи парода. В его памфлете «Путешествие Гафеса. Восточная повесть» (из книги «Путешествие в Марокко», 1792) под названием Бахрейна описана революционная Франция. Автор, выступающий от имени «любознательного Гафеса» и «мудреца Бекташа», обратил внимание на крайнюю нужду рабочих, нередко лишенных куска хлеба и какой-либо возможности заработка. Карикатурно изображая «крикунов» и «демагогов», в которых легко узнать якобинцев, он вместе с тем искренне возмущен алчностью купцов и фабрикантов Басры (Лиона), озабоченных лишь собственным обогащением.
Подобно многим своим современникам, радостно приветствовавшим великие лозунги 1789 года, Потоцкий отшатнулся от революции, когда она готовилась перешагнуть через конституционно-монархические барьеры. В одной из своих комедий-миниатюр «Кассандр-демократ» (1793) Потоцкий с едкой иронией изображает буржуа, нагло рвущегося к власти. С таким же сарказмом показана напыщенная ничтожность аристократа Леандра. Его «брак по расчету» с дочерью Кассандра — пророческое предвидение эпохи Реставрации, принесшей с собой циничный компромисс между новой и старой знатью.
Тем временем произошли второй (1793 г.) и третий (1795 г.) разделы Польши. Объединенные силы России, Австрии и Пруссии, опираясь на прямую поддержку польской реакции, подавили сопротивление армий Костюшко и завершили дележ польских земель. Политический скепсис не помешал Потоцкому надеть в 1792 году мундир капитана инженерных войск и заниматься оборонительными работами на берегах Вислы. Имя Потоцкого, как и многих других польских реформаторов, оказалось в списке «преступников», чьи поместья подлежали конфискации после третьего раздела Польши. Только вмешательство влиятельного при русском дворе родственника, Феликса Потоцкого, спасло его от разорения, а возможно, и от тюрьмы. Эти же связи помогли ему позже, после смерти Екатерины II, совершить путешествие на Кавказ (1797-1798 гг.).
В дневниковых записях Потоцкого тех лет отразились его размышления о современном мире: «Сколько держав исчезло! Сколько монархий распалось... Чудом избегнувши опасности, я проведу эту зиму спокойно, у предгорий знаменитого хребта, древней колыбели народов, происхождение которых я изучаю. Но я был бы еще более счастлив, если бы смог вообще забыть о делах современного мира. Увы, и здесь, даже в самых диких пещерах, невозможно скрыться от политики». Значение науки для Потоцкого безмерно возрастало, она становилась для него некоей нравственной утопией, резко противопоставленной политической злобе дня: «Благословляю пауку, принесшую мне счастье, покой и даже наслаждение, вопреки ужасному хаосу, в который погружено наше время... Великой истиной является то, что мир принадлежит людям труда, но пользуются им бездельники. Поговорите с другом наук — и вы убедитесь, что он не желает ничего иного, как продолжать свои труды; так же рассуждает крестьянин, и это означает лишь то, что оба постигли смысл истинного счастья».
Эти рассуждения свидетельствуют об общественном пессимизме Потоцкого, который заметно отразился в написанной позднее «Рукописи, найденной в Сарагосе» (особенно в главах, посвященных жизни ученых — Веласкеса и Эрваса). Понимание науки как нравственной утопии отделяло Потоцкого от практической деятельности созданного в 1800 году в Варшаве Общества друзей наук, членом которого он был и которое ставило своей целью развитие польской культуры и «сохранение национального духа».
Кратким эпизодом возвращения Потоцкого к политической деятельности было его участие в реализации антинаполеоновских планов Адама Чарторыского, ближайшего друга Александра I и министра иностранных дел России в 1804— 1806 годах. Именно Чарторыский привлек своего кузена Яна Потоцкого на русскую службу при министерстве иностранных дел по азиатскому департаменту.
Как уже упоминалось, в 1805—1806 годах Потоцкий возглавлял научную миссию при русском посольстве графа Ю.А. Головкина. Находясь в Сибири, он составил записку о культурном и экономическом развитии этого края, предсказывая ему большое будущее. 8 января 1806 года Российская академия наук избрала польского ученого в почетные члены. Потоцкий вернулся в Петербург в начале лета 1806 года, когда складывалась четвертая коалиция против Наполеона. Хотя Чарторыский вышел в отставку из-за прусских симпатий Александра I, Потоцкий на протяжении года до заключения Тильзитского мира служит пером публициста в борьбе против Наполеона I.
Об этом периоде жизни Потоцкого, мало изученном его биографами, сохранились интересные сведения в архиве министерства иностранных дел. 24 июля 1806 года Потоцкий предложил проект издания правительственной политической газеты под названием «Санкт-петербургская императорская газета» («La Gazette Imperiale de Saint-Pettersbourg»). В последующих его записках газета фигурирует под названием «Северные известия» («Journal du Nord»). Газета стала выходить начиная с весны 1807 года по три выпуска в неделю. «Издателем назначили маркиза Мермона... Но цензор, директор, глава этого издания — граф Ян Потоцкий, состоящий при министерстве иностранных дел по азиатскому департаменту, человек, весьма преданный наукам. Объявления и два первых номера принадлежат его перу», — отмечал в своих письмах Ж. де Местр, посланник Сардинии в Петербурге в 1802—1817 годах. Тогда же Потоцкий сообщал исполнявшему обязанности министра иностранных дел барону Будбергу, что у него заготовлено материалов на три номера вперед.
В записке барону Будбергу по поводу издания газеты Потоцкий писал, что интересы Франции не совпадают с интересами «семьи корсиканца» и противоречия между ними рано или поздно обнаружатся. Поэтому уже сейчас необходимо противопоставить «императору французов» Сенат и армию, воздействовать на генералов и, может быть, на Талейрана («когда появится сильная оппозиция, он будет не из последних, кто к ней примкнет»). Потоцкий предлагал даже такую необычную для крепостной России форму политической пропаганды, как издание десятков тысяч листовок с воззваниями к французским солдатам: «Вы храбрые люди, и русские сожалеют, что вынуждены сражаться с вами. Наполеон проливает реки французской крови. Заключить с ним мир невозможно. Но с Сенатом его можно заключить немедленно».
