В 1997 году трудами и попечением митрополита Феодосия на пожертвования прихожан были вызолочены и украшены платиной все три иконостаса собора. В 1998 году состоялось торжественное освящение обновленного собора. А 7 мая 1999 года митрополит Феодосий скончался. За годы служения митрополита Феодосия ему удалось сделать Японскую Церковь самостоятельной и процветающей.
Японская Церковь при митрополите Данииле (Нусиро)
После кончины владыки Феодосия было созвано совещание клира автономной Японской Православной Церкви. Оно состоялось 14–15 июня 1999 года. По результатам совещания было решено представить Патриарху Алексию II и Священному Синоду Русской Православной Церкви трех кандидатов, достойных к избранию и хиротонии в сан епископа, для замещения вакантных епископских кафедр Японии — вдовых протоиереев Кирилла Арихара и Иуду Нусиро и целибатного священника Андрея Цудзиэ.
11–12 июля того же года в Токио состоялся внеочередной Поместный Собор Японской Церкви, на котором в присутствии представителя кириархальной Церкви, архиепископа Калужского и Боровского Климента, единогласно было решено всех трех кандидатов, предложенных совещанием клира, представить Патриарху и Священному Синоду. В августе 1999 года избранные кандидаты были приглашены в Россию, где в течение месяца знакомились с жизнью Русской Православной Церкви, ее епархий и монастырей.
20 августа 1999 в Троицком соборе Свято-Троицкой Сергиевой Лавры все они приняли монашеский постриг: протоиерей Кирилл с именем Петр — в честь святителя Петра, митрополита Московского, протоиерей Иуда с именем Даниил — в честь благоверного князя Даниила Московского, иерей Андрей с именем Серафим — в честь преподобного Серафима Саровского. Отец Петр был рукоположен во епископа Иокогамского 9 октября 1999 года, отец Данииил во епископа Киотоского 14 октября, а отец Серафим во епископа Сендайского 15 января 2000 года. Все три хиротонии возглавлял Святейший Патриарх Алексий.
По возвращении всех трех архиереев в Японию состоялся Поместный Собор Японской Церкви, на котором Предстоятелем был избран епископ Петр (Арихара). Избрание было утверждено Святейшим Патриархом Алексием II и Священным Синодом, но внезапная болезнь заставила владыку Петра отказаться от предстоятельства. Был созван новый Поместный Собор Японской Церкви, избравший Предстоятелем епископа Киотоского Даниила.
Епископ Даниил (Нусиро) родился в православной семье в городе Тоёхаси префектуры Айти в Японии. Его гражданское имя было Ёсихара Икуо, в крещении он получил имя Иуда — в честь апостола Иуды Фаддея. В 1962 году окончил факультет французской литературы университета Айти. В 1965 году окончил Токийскую духовную семинарию и поступил в Свято-Владимирскую духовную академию в Нью-Йорке, каковую окончил в 1968 году, получив степень магистра богословия. Вступил в брак. В ноябре 1969 года в Токийском соборе Воскресения Христова был рукоположен во диакона, в январе 1972 года — во пресвитера, назначен настоятелем храма апостола Матфея в Тоёхаси. Впоследствии был возведен в сан протоиерея. После кончины супруги принял ее фамилию — Нусиро.
12 мая 2000 года с визитом в Японию прибыл Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Это было первое в истории посещение Японии главой Московского Патриархата. Основной целью его было возведение епископа
Даниила в сан митрополита Токийского и всея Японии. Интронизация владыки Даниила состоялась 14 мая в Токийском кафедральном соборе Воскресения Христова.
В отличие от своего предшественника, владыка Даниил поддерживает дружественные отношения с кириахальной Русской Церковью. Даже неурегулированный территориальный спор между Россией и Японией не мешает живой связи Японской и Русской Церквей. К настоящему времени стало традицией приглашать представителей России на все юбилейные торжества Японской Церкви. А в последние десятилетие таких событий было несколько.
16 февраля 2002 года Японская Церковь отметила 90-летие со дня блаженной кончины святого равноапостольного Николая, архиепископа Японского. Основные торжества прошли на северо-востоке Японии, в городе Хакодате, где святитель Николай начинал свое миссионерское служение. В Воскресенском храме Хакодата епископ Сендайский Серафим в сослужении со всеми клириками Восточно-Японской епархии, а также настоятелем Патриаршего подворья в Токио, протоиереем Николаем Кацюбаном, совершил литургию. В городе открыли выставку, посвященную деятельности святого: архиерейское облачение, письма, черновики переводов богослужебных текстов, большое количество фотографий.
В 2005 году в Токио, рядом с кафедральным собором Воскресения Христова («Николай-до») по благословению митрополита Токийского и всей Японии Даниила был образован первый монастырь Японской Православной Церкви. Настоятелем монастыря, освященного в 2006 году в честь равноапостольного Николая Японского, стал иеромонах Троице-Сергиевой лавры Герасим (Шевцов). В настоящее время в обители всего трое братий.
А в сентябре 2012 года Японскую Церковь посетил Святейший Патриарх Кирилл. Этот визит был приурочен к 100-летию преставления святого равноапостольного Николая Японского.
В настоящее время Японская Православная Церковь включает в себя три епархии: Токийскую епархию, Сендайскую и Восточно-Японскую епархию, Киотоскую и Западно-Японскую епархию. Японская Церковь насчитывает около 30 тысяч верующих, 150 приходов.
Тропарь, глас 4
Апо́столов единонра́вне и сопресто́льне, служи́телю Христо́в ве́рный и богому́дрый, цевни́це избра́нная Боже́ственнаго Ду́ха, сосу́де преизлива́ющийся любве́ Христо́вы, Япо́нския земли́ просвети́телю, святы́й Нико́лае, иера́рше равноапо́стольне, моли́ся Живонача́льней Тро́ице о всем твое́м ста́де и о всем ми́ре.
Кондак, глас 4
Стра́нника и прише́льца прия́т тя страна́ Япо́нская, равноапо́стольне святи́телю Нико́лае, в не́йже испе́рва позна́л еси́ себе́, я́ко чу́ждаго, оба́че тепло́ту и свет Христо́в источа́я, прелага́л еси́ враги́ твоя́ в сыны́ духо́вныя, и́мже раздая́ благода́ть Бо́жию, созида́л еси́ Це́рковь Христо́ву, о не́йже ны́не моли́ся, и тебе́ бо сы́нове ея́ и дще́ри взыва́ют: ра́дуйся, па́стырю до́брый наш.
На время служения архиепископа Николая выпали тяжелые годы русско-японской войны. Казалось, что хуже уже не бывает — две страны находились в состоянии войны. Воевали не на бумаге — стреляли друг в друга. Архиепископ Николай, живя в Японии, вошел в жизнь японского народа. Его никто не воспринимал, как представителя враждебной державы. Он был реальным послом — не просто послом мира, а реальным послом, который проявлял уважение и любовь к японскому народу, несмотря на тяжелый, даже очень опасный политический контекст.
Кирилл, Патриарх Московский и всея Руси
Мудрым богословом, истинным христианским просветителем, неколебимым защитником святого Православия, подлинным патриотом России, смело бичующим человеческие пороки, как в церковном, так и в светском обществе, человеком, взыскующим правды прежде всего от самого себя, предстает пред нами святитель Николай со страниц своих творений. Поэтому творения эти необходимо знать каждому православному в России — от епископа, преемника святых апостол, до простого мирянина. Каждому православному в России необходимо учиться на этих творениях беззаветному служению своей родной
